man/man1/g_bond.1

   1 .TH g_bond 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_bond - calculates distances between atoms
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_bond\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-o" " bonds.xvg "
  12 .BI "\-l" " bonds.log "
  13 .BI "\-d" " distance.xvg "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-[no]w" ""
  21 .BI "\-xvg" " enum "
  22 .BI "\-blen" " real "
  23 .BI "\-tol" " real "
  24 .BI "\-[no]aver" ""
  25 .BI "\-[no]averdist" ""
  26 .SH DESCRIPTION
  27 \&\fB g_bond\fR makes a distribution of bond lengths. If all is well a
  28 \&Gaussian distribution should be made when using a harmonic potential.
  29 \&Bonds are read from a single group in the index file in order i1\-j1
  30 \&i2\-j2 through in\-jn.
  31
  32
  33 \&\fB \-tol\fR gives the half\-width of the distribution as a fraction
  34 \&of the bondlength (\fB \-blen\fR). That means, for a bond of 0.2
  35 \&a tol of 0.1 gives a distribution from 0.18 to 0.22.
  36
  37
  38 \&Option \fB \-d\fR plots all the distances as a function of time.
  39 \&This requires a structure file for the atom and residue names in
  40 \&the output. If however the option \fB \-averdist\fR is given (as well
  41 \&or separately) the average bond length is plotted instead.
  42 .SH FILES
  43 .BI "\-f" " traj.xtc"
  44 .B Input
  45  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  46
  47 .BI "\-n" " index.ndx"
  48 .B Input
  49  Index file
  50
  51 .BI "\-s" " topol.tpr"
  52 .B Input, Opt.
  53  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  54
  55 .BI "\-o" " bonds.xvg"
  56 .B Output
  57  xvgr/xmgr file
  58
  59 .BI "\-l" " bonds.log"
  60 .B Output, Opt.
  61  Log file
  62
  63 .BI "\-d" " distance.xvg"
  64 .B Output, Opt.
  65  xvgr/xmgr file
  66
  67 .SH OTHER OPTIONS
  68 .BI "\-[no]h"  "no    "
  69  Print help info and quit
  70
  71 .BI "\-[no]version"  "no    "
  72  Print version info and quit
  73
  74 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  75  Set the nicelevel
  76
  77 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  78  First frame (ps) to read from trajectory
  79
  80 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  81  Last frame (ps) to read from trajectory
  82
  83 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  84  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  85
  86 .BI "\-[no]w"  "no    "
  87  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  88
  89 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  90  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  91
  92 .BI "\-blen"  " real" " \-1    "
  93  Bond length. By default length of first bond
  94
  95 .BI "\-tol"  " real" " 0.1   "
  96  Half width of distribution as fraction of blen
  97
  98 .BI "\-[no]aver"  "yes   "
  99  Average bond length distributions
 100
 101 .BI "\-[no]averdist"  "yes   "
 102  Average distances (turns on \fB \-d\fR)
 103
 104 .SH KNOWN PROBLEMS
 105 \- It should be possible to get bond information from the topology.
 106
 107 .SH SEE ALSO
 108 .BR gromacs(7)
 109
 110 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.