man/man1/g_anadock.1

   1 .TH g_anadock 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_anadock - cluster structures from Autodock runs
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_anadock\fP
   8 .BI "\-f" " eiwit.pdb "
   9 .BI "\-ox" " cluster.pdb "
  10 .BI "\-od" " edocked.xvg "
  11 .BI "\-of" " efree.xvg "
  12 .BI "\-g" " anadock.log "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-xvg" " enum "
  17 .BI "\-[no]free" ""
  18 .BI "\-[no]rms" ""
  19 .BI "\-cutoff" " real "
  20 .SH DESCRIPTION
  21 \&\fB g_anadock\fR analyses the results of an Autodock run and clusters the
  22 \&structures together, based on distance or RMSD. The docked energy
  23 \&and free energy estimates are analysed, and for each cluster the
  24 \&energy statistics are printed.
  25
  26
  27 \&An alternative approach to this is to cluster the structures first
  28 \&using \fB g_cluster\fR and then sort the clusters on either lowest
  29 \&energy or average energy.
  30 .SH FILES
  31 .BI "\-f" " eiwit.pdb"
  32 .B Input
  33  Protein data bank file
  34
  35 .BI "\-ox" " cluster.pdb"
  36 .B Output
  37  Protein data bank file
  38
  39 .BI "\-od" " edocked.xvg"
  40 .B Output
  41  xvgr/xmgr file
  42
  43 .BI "\-of" " efree.xvg"
  44 .B Output
  45  xvgr/xmgr file
  46
  47 .BI "\-g" " anadock.log"
  48 .B Output
  49  Log file
  50
  51 .SH OTHER OPTIONS
  52 .BI "\-[no]h"  "no    "
  53  Print help info and quit
  54
  55 .BI "\-[no]version"  "no    "
  56  Print version info and quit
  57
  58 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  59  Set the nicelevel
  60
  61 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  62  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  63
  64 .BI "\-[no]free"  "no    "
  65  Use Free energy estimate from autodock for sorting the classes
  66
  67 .BI "\-[no]rms"  "yes   "
  68  Cluster on RMS or distance
  69
  70 .BI "\-cutoff"  " real" " 0.2   "
  71  Maximum RMSD/distance for belonging to the same cluster
  72
  73 .SH SEE ALSO
  74 .BR gromacs(7)
  75
  76 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.