man/man1/eneconv.1

   1 .TH eneconv 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 eneconv - converts energy files
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3eneconv\fP
   8 .BI "\-f" " ener.edr "
   9 .BI "\-o" " fixed.edr "
  10 .BI "\-[no]h" ""
  11 .BI "\-[no]version" ""
  12 .BI "\-nice" " int "
  13 .BI "\-b" " real "
  14 .BI "\-e" " real "
  15 .BI "\-dt" " real "
  16 .BI "\-offset" " real "
  17 .BI "\-[no]settime" ""
  18 .BI "\-[no]sort" ""
  19 .BI "\-[no]rmdh" ""
  20 .BI "\-scalefac" " real "
  21 .BI "\-[no]error" ""
  22 .SH DESCRIPTION
  23 \&With \fI multiple files\fR specified for the \fB \-f\fR option:
  24
  25 \&Concatenates several energy files in sorted order.
  26 \&In the case of double time frames, the one
  27 \&in the later file is used. By specifying \fB \-settime\fR you will be
  28 \&asked for the start time of each file. The input files are taken
  29 \&from the command line,
  30 \&such that the command \fB eneconv \-f *.edr \-o fixed.edr\fR should do
  31 \&the trick.
  32
  33
  34 \&With \fI one file\fR specified for \fB \-f\fR:
  35
  36 \&Reads one energy file and writes another, applying the \fB \-dt\fR,
  37 \&\fB \-offset\fR, \fB \-t0\fR and \fB \-settime\fR options and
  38 \&converting to a different format if necessary (indicated by file
  39 \&extentions).
  40
  41
  42 \&\fB \-settime\fR is applied first, then \fB \-dt\fR/\fB \-offset\fR
  43 \&followed by \fB \-b\fR and \fB \-e\fR to select which frames to write.
  44 .SH FILES
  45 .BI "\-f" " ener.edr"
  46 .B Input, Mult.
  47  Energy file
  48
  49 .BI "\-o" " fixed.edr"
  50 .B Output
  51  Energy file
  52
  53 .SH OTHER OPTIONS
  54 .BI "\-[no]h"  "no    "
  55  Print help info and quit
  56
  57 .BI "\-[no]version"  "no    "
  58  Print version info and quit
  59
  60 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  61  Set the nicelevel
  62
  63 .BI "\-b"  " real" " \-1    "
  64  First time to use
  65
  66 .BI "\-e"  " real" " \-1    "
  67  Last time to use
  68
  69 .BI "\-dt"  " real" " 0     "
  70  Only write out frame when t MOD dt = offset
  71
  72 .BI "\-offset"  " real" " 0     "
  73  Time offset for \fB \-dt\fR option
  74
  75 .BI "\-[no]settime"  "no    "
  76  Change starting time interactively
  77
  78 .BI "\-[no]sort"  "yes   "
  79  Sort energy files (not frames)
  80
  81 .BI "\-[no]rmdh"  "no    "
  82  Remove free energy block data
  83
  84 .BI "\-scalefac"  " real" " 1     "
  85  Multiply energy component by this factor
  86
  87 .BI "\-[no]error"  "yes   "
  88  Stop on errors in the file
  89
  90 .SH KNOWN PROBLEMS
  91 \- When combining trajectories the sigma and E2 (necessary for statistics) are not updated correctly. Only the actual energy is correct. One thus has to compute statistics in another way.
  92
  93 .SH SEE ALSO
  94 .BR gromacs(7)
  95
  96 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.