man/man1/tpbconv.1

   1 .TH tpbconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 tpbconv - makes a run input file for restarting a crashed run
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3tpbconv\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.trr "
  10 .BI "\-e" " ener.edr "
  11 .BI "\-n" " index.ndx "
  12 .BI "\-o" " tpxout.tpr "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-extend" " real "
  17 .BI "\-until" " real "
  18 .BI "\-nsteps" " int "
  19 .BI "\-time" " real "
  20 .BI "\-[no]zeroq" ""
  21 .BI "\-[no]vel" ""
  22 .BI "\-[no]cont" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&tpbconv can edit run input files in four ways.
  25
  26
  27 \&\fB 1st.\fR by modifying the number of steps in a run input file
  28 \&with options \fB \-extend\fR, \fB \-until\fR or \fB \-nsteps\fR
  29 \&(nsteps=\-1 means unlimited number of steps)
  30
  31
  32 \&\fB 2nd.\fR (OBSOLETE) by creating a run input file
  33 \&for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.
  34 \&a full disk, or by making a continuation run input file.
  35 \&This option is obsolete, since mdrun now writes and reads
  36 \&checkpoint files.
  37 \&Note that a frame with coordinates and velocities is needed.
  38 \&When pressure and/or Nose\-Hoover temperature coupling is used
  39 \&an energy file can be supplied to get an exact continuation
  40 \&of the original run.
  41
  42
  43 \&\fB 3rd.\fR by creating a tpx file for a subset of your original
  44 \&tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from
  45 \&your tpx file, or when you want to make e.g. a pure Ca tpx file.
  46 \&\fB WARNING: this tpx file is not fully functional\fR.
  47 \&\fB 4th.\fR by setting the charges of a specified group
  48 \&to zero. This is useful when doing free energy estimates
  49 \&using the LIE (Linear Interaction Energy) method.
  50 .SH FILES
  51 .BI "\-s" " topol.tpr"
  52 .B Input
  53  Run input file: tpr tpb tpa
  54
  55 .BI "\-f" " traj.trr"
  56 .B Input, Opt.
  57  Full precision trajectory: trr trj cpt
  58
  59 .BI "\-e" " ener.edr"
  60 .B Input, Opt.
  61  Energy file
  62
  63 .BI "\-n" " index.ndx"
  64 .B Input, Opt.
  65  Index file
  66
  67 .BI "\-o" " tpxout.tpr"
  68 .B Output
  69  Run input file: tpr tpb tpa
  70
  71 .SH OTHER OPTIONS
  72 .BI "\-[no]h"  "no    "
  73  Print help info and quit
  74
  75 .BI "\-[no]version"  "no    "
  76  Print version info and quit
  77
  78 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  79  Set the nicelevel
  80
  81 .BI "\-extend"  " real" " 0     "
  82  Extend runtime by this amount (ps)
  83
  84 .BI "\-until"  " real" " 0     "
  85  Extend runtime until this ending time (ps)
  86
  87 .BI "\-nsteps"  " int" " 0"
  88  Change the number of steps
  89
  90 .BI "\-time"  " real" " \-1    "
  91  Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame
  92
  93 .BI "\-[no]zeroq"  "no    "
  94  Set the charges of a group (from the index) to zero
  95
  96 .BI "\-[no]vel"  "yes   "
  97  Require velocities from trajectory
  98
  99 .BI "\-[no]cont"  "yes   "
 100  For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step
 101
 102 .SH SEE ALSO
 103 .BR gromacs(7)
 104
 105 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.