man/man1/ngmx.1

   1 .TH ngmx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 ngmx - displays a trajectory
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3ngmx\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-b" " time "
  15 .BI "\-e" " time "
  16 .BI "\-dt" " time "
  17 .SH DESCRIPTION
  18 \&ngmx is the Gromacs trajectory viewer. This program reads a
  19 \&trajectory file, a run input file and an index file and plots a
  20 \&3D structure of your molecule on your standard X Window
  21 \&screen. No need for a high end graphics workstation, it even
  22 \&works on Monochrome screens.
  23
  24
  25 \&The following features have been implemented:
  26 \&3D view, rotation, translation and scaling of your molecule(s),
  27 \&labels on atoms, animation of trajectories,
  28 \&hardcopy in PostScript format, user defined atom\-filters
  29 \&runs on MIT\-X (real X), open windows and motif,
  30 \&user friendly menus, option to remove periodicity, option to
  31 \&show computational box.
  32
  33
  34 \&Some of the more common X command line options can be used:
  35
  36 \&\-bg, \-fg change colors, \-font fontname, changes the font.
  37 .SH FILES
  38 .BI "\-f" " traj.xtc"
  39 .B Input
  40  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  41
  42 .BI "\-s" " topol.tpr"
  43 .B Input
  44  Run input file: tpr tpb tpa
  45
  46 .BI "\-n" " index.ndx"
  47 .B Input, Opt.
  48  Index file
  49
  50 .SH OTHER OPTIONS
  51 .BI "\-[no]h"  "no    "
  52  Print help info and quit
  53
  54 .BI "\-[no]version"  "no    "
  55  Print version info and quit
  56
  57 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  58  Set the nicelevel
  59
  60 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  61  First frame (ps) to read from trajectory
  62
  63 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  64  Last frame (ps) to read from trajectory
  65
  66 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  67  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  68
  69 .SH KNOWN PROBLEMS
  70 \- Balls option does not work
  71
  72 \- Some times dumps core without a good reason
  73
  74 .SH SEE ALSO
  75 .BR gromacs(7)
  76
  77 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.