man/man1/genrestr.1

   1 .TH genrestr 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 genrestr - generates position restraints or distance restraints for index groups
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genrestr\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-o" " posre.itp "
  11 .BI "\-of" " freeze.ndx "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-fc" " vector "
  16 .BI "\-freeze" " real "
  17 .BI "\-[no]disre" ""
  18 .BI "\-disre_dist" " real "
  19 .BI "\-disre_frac" " real "
  20 .BI "\-disre_up2" " real "
  21 .BI "\-cutoff" " real "
  22 .BI "\-[no]constr" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&genrestr produces an include file for a topology containing
  25 \&a list of atom numbers and three force constants for the
  26 \&X, Y and Z direction. A single isotropic force constant may
  27 \&be given on the command line instead of three components.
  28
  29
  30 \&WARNING: position restraints only work for the one molecule at a time.
  31 \&Position restraints are interactions within molecules, therefore
  32 \&they should be included within the correct \fB [ moleculetype ]\fR
  33 \&block in the topology. Since the atom numbers in every moleculetype
  34 \&in the topology start at 1 and the numbers in the input file for
  35 \&genpr number consecutively from 1, genpr will only produce a useful
  36 \&file for the first molecule.
  37
  38
  39 \&The \-of option produces an index file that can be used for
  40 \&freezing atoms. In this case the input file must be a pdb file.
  41
  42
  43 \&With the \fB \-disre\fR option half a matrix of distance restraints
  44 \&is generated instead of position restraints. With this matrix, that
  45 \&one typically would apply to C\-alpha atoms in a protein, one can
  46 \&maintain the overall conformation of a protein without tieing it to
  47 \&a specific position (as with position restraints).
  48 .SH FILES
  49 .BI "\-f" " conf.gro"
  50 .B Input
  51  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  52
  53 .BI "\-n" " index.ndx"
  54 .B Input, Opt.
  55  Index file
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  57 .BI "\-o" " posre.itp"
  58 .B Output
  59  Include file for topology
  60
  61 .BI "\-of" " freeze.ndx"
  62 .B Output, Opt.
  63  Index file
  64
  65 .SH OTHER OPTIONS
  66 .BI "\-[no]h"  "no    "
  67  Print help info and quit
  68
  69 .BI "\-[no]version"  "no    "
  70  Print version info and quit
  71
  72 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  73  Set the nicelevel
  74
  75 .BI "\-fc"  " vector" " 1000 1000 1000"
  76  force constants (kJ mol\-1 nm\-2)
  77
  78 .BI "\-freeze"  " real" " 0     "
  79  if the \-of option or this one is given an index file will be written containing atom numbers of all atoms that have a B\-factor less than the level given here
  80
  81 .BI "\-[no]disre"  "no    "
  82  Generate a distance restraint matrix for all the atoms in index
  83
  84 .BI "\-disre_dist"  " real" " 0.1   "
  85  Distance range around the actual distance for generating distance restraints
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  87 .BI "\-disre_frac"  " real" " 0     "
  88  Fraction of distance to be used as interval rather than a fixed distance. If the fraction of the distance that you specify here is less than the distance given in the previous option, that one is used instead.
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  90 .BI "\-disre_up2"  " real" " 1     "
  91  Distance between upper bound for distance restraints, and the distance at which the force becomes constant (see manual)
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  93 .BI "\-cutoff"  " real" " \-1    "
  94  Only generate distance restraints for atoms pairs within cutoff (nm)
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  96 .BI "\-[no]constr"  "no    "
  97  Generate a constraint matrix rather than distance restraints. Constraints of type 2 will be generated that do generate exclusions.
  98
  99 .SH SEE ALSO
 100 .BR gromacs(7)
 101
 102 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.