man/man1/genbox.1

   1 .TH genbox 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 genbox - solvates a system
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genbox\fP
   8 .BI "\-cp" " protein.gro "
   9 .BI "\-cs" " spc216.gro "
  10 .BI "\-ci" " insert.gro "
  11 .BI "\-o" " out.gro "
  12 .BI "\-p" " topol.top "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-box" " vector "
  17 .BI "\-nmol" " int "
  18 .BI "\-try" " int "
  19 .BI "\-seed" " int "
  20 .BI "\-vdwd" " real "
  21 .BI "\-shell" " real "
  22 .BI "\-maxsol" " int "
  23 .BI "\-[no]vel" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 \&Genbox can do one of 3 things:
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  27
  28 \&1) Generate a box of solvent. Specify \-cs and \-box. Or specify \-cs and
  29 \&\-cp with a structure file with a box, but without atoms.
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  32 \&2) Solvate a solute configuration, eg. a protein, in a bath of solvent
  33 \&molecules. Specify \fB \-cp\fR (solute) and \fB \-cs\fR (solvent).
  34 \&The box specified in the solute coordinate file (\fB \-cp\fR) is used,
  35 \&unless \fB \-box\fR is set.
  36 \&If you want the solute to be centered in the box,
  37 \&the program \fB editconf\fR has sophisticated options
  38 \&to change the box dimensions and center the solute.
  39 \&Solvent molecules are removed from the box where the
  40 \&distance between any atom of the solute molecule(s) and any atom of
  41 \&the solvent molecule is less than the sum of the VanderWaals radii of
  42 \&both atoms. A database (\fB vdwradii.dat\fR) of VanderWaals radii is
  43 \&read by the program, atoms not in the database are
  44 \&assigned a default distance \fB \-vdwd\fR.
  45 \&Note that this option will also influence the distances between
  46 \&solvent molecules if they contain atoms that are not in the database.
  47 \&
  48
  49
  50 \&3) Insert a number (\fB \-nmol\fR) of extra molecules (\fB \-ci\fR)
  51 \&at random positions.
  52 \&The program iterates until \fB nmol\fR molecules
  53 \&have been inserted in the box. To test whether an insertion is
  54 \&successful the same VanderWaals criterium is used as for removal of
  55 \&solvent molecules. When no appropriately
  56 \&sized holes (holes that can hold an extra molecule) are available the
  57 \&program tries for \fB \-nmol\fR * \fB \-try\fR times before giving up.
  58 \&Increase \-try if you have several small holes to fill.
  59
  60
  61 \&The default solvent is Simple Point Charge water (SPC), with coordinates
  62 \&from \fB $GMXLIB/spc216.gro\fR. These coordinates can also be used
  63 \&for other 3\-site water models, since a short equibilibration will remove
  64 \&the small differences between the models.
  65 \&Other solvents are also supported, as well as mixed solvents. The
  66 \&only restriction to solvent types is that a solvent molecule consists
  67 \&of exactly one residue. The residue information in the coordinate
  68 \&files is used, and should therefore be more or less consistent.
  69 \&In practice this means that two subsequent solvent molecules in the
  70 \&solvent coordinate file should have different residue number.
  71 \&The box of solute is built by stacking the coordinates read from
  72 \&the coordinate file. This means that these coordinates should be
  73 \&equlibrated in periodic boundary conditions to ensure a good
  74 \&alignment of molecules on the stacking interfaces.
  75 \&The \fB \-maxsol\fR option simply adds only the first \fB \-maxsol\fR
  76 \&solvent molecules and leaves out the rest would have fit into the box.
  77 \&
  78
  79
  80 \&The program can optionally rotate the solute molecule to align the
  81 \&longest molecule axis along a box edge. This way the amount of solvent
  82 \&molecules necessary is reduced.
  83 \&It should be kept in mind that this only works for
  84 \&short simulations, as eg. an alpha\-helical peptide in solution can
  85 \&rotate over 90 degrees, within 500 ps. In general it is therefore
  86 \&better to make a more or less cubic box.
  87
  88
  89 \&Setting \-shell larger than zero will place a layer of water of
  90 \&the specified thickness (nm) around the solute. Hint: it is a good
  91 \&idea to put the protein in the center of a box first (using editconf).
  92 \&
  93
  94
  95 \&Finally, genbox will optionally remove lines from your topology file in
  96 \&which a number of solvent molecules is already added, and adds a
  97 \&line with the total number of solvent molecules in your coordinate file.
  98 .SH FILES
  99 .BI "\-cp" " protein.gro"
 100 .B Input, Opt.
 101  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 102
 103 .BI "\-cs" " spc216.gro"
 104 .B Input, Opt., Lib.
 105  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 106
 107 .BI "\-ci" " insert.gro"
 108 .B Input, Opt.
 109  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 110
 111 .BI "\-o" " out.gro"
 112 .B Output
 113  Structure file: gro g96 pdb etc.
 114
 115 .BI "\-p" " topol.top"
 116 .B In/Out, Opt.
 117  Topology file
 118
 119 .SH OTHER OPTIONS
 120 .BI "\-[no]h"  "no    "
 121  Print help info and quit
 122
 123 .BI "\-[no]version"  "no    "
 124  Print version info and quit
 125
 126 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 127  Set the nicelevel
 128
 129 .BI "\-box"  " vector" " 0 0 0"
 130  box size
 131
 132 .BI "\-nmol"  " int" " 0"
 133  no of extra molecules to insert
 134
 135 .BI "\-try"  " int" " 10"
 136  try inserting \-nmol*\-try times
 137
 138 .BI "\-seed"  " int" " 1997"
 139  random generator seed
 140
 141 .BI "\-vdwd"  " real" " 0.105 "
 142  default vdwaals distance
 143
 144 .BI "\-shell"  " real" " 0     "
 145  thickness of optional water layer around solute
 146
 147 .BI "\-maxsol"  " int" " 0"
 148  maximum number of solvent molecules to add if they fit in the box. If zero (default) this is ignored
 149
 150 .BI "\-[no]vel"  "no    "
 151  keep velocities from input solute and solvent
 152
 153 .SH KNOWN PROBLEMS
 154 \- Molecules must be whole in the initial configurations.
 155
 156 .SH SEE ALSO
 157 .BR gromacs(7)
 158
 159 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.