man/man1/g_xrama.1

   1 .TH g_xrama 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_xrama - shows animated Ramachandran plots
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_xrama\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-[no]h" ""
  11 .BI "\-[no]version" ""
  12 .BI "\-nice" " int "
  13 .BI "\-b" " time "
  14 .BI "\-e" " time "
  15 .BI "\-dt" " time "
  16 .SH DESCRIPTION
  17 \&xrama shows a Ramachandran movie, that is, it shows
  18 \&the Phi/Psi angles as a function of time in an X\-Window.
  19
  20 Static Phi/Psi plots for printing can be made with g_rama.
  21
  22
  23 \&Some of the more common X command line options can be used:
  24
  25 \&\-bg, \-fg change colors, \-font fontname, changes the font.
  26 .SH FILES
  27 .BI "\-f" " traj.xtc"
  28 .B Input
  29  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  30
  31 .BI "\-s" " topol.tpr"
  32 .B Input
  33  Run input file: tpr tpb tpa
  34
  35 .SH OTHER OPTIONS
  36 .BI "\-[no]h"  "no    "
  37  Print help info and quit
  38
  39 .BI "\-[no]version"  "no    "
  40  Print version info and quit
  41
  42 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  43  Set the nicelevel
  44
  45 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  46  First frame (ps) to read from trajectory
  47
  48 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  49  Last frame (ps) to read from trajectory
  50
  51 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  52  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  53
  54 .SH SEE ALSO
  55 .BR gromacs(7)
  56
  57 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.