man/man1/g_x2top.1

   1 .TH g_x2top 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_x2top - generates a primitive topology from coordinates
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_x2top\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-o" " out.top "
  10 .BI "\-r" " out.rtp "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-ff" " string "
  15 .BI "\-[no]v" ""
  16 .BI "\-nexcl" " int "
  17 .BI "\-[no]H14" ""
  18 .BI "\-[no]alldih" ""
  19 .BI "\-[no]remdih" ""
  20 .BI "\-[no]pairs" ""
  21 .BI "\-name" " string "
  22 .BI "\-[no]pbc" ""
  23 .BI "\-[no]pdbq" ""
  24 .BI "\-[no]param" ""
  25 .BI "\-[no]round" ""
  26 .BI "\-kb" " real "
  27 .BI "\-kt" " real "
  28 .BI "\-kp" " real "
  29 .SH DESCRIPTION
  30 \&x2top generates a primitive topology from a coordinate file.
  31 \&The program assumes all hydrogens are present when defining
  32 \&the hybridization from the atom name and the number of bonds.
  33 \&The program can also make an rtp entry, which you can then add
  34 \&to the rtp database.
  35
  36
  37 \&When \fB \-param\fR is set, equilibrium distances and angles
  38 \&and force constants will be printed in the topology for all
  39 \&interactions. The equilibrium distances and angles are taken
  40 \&from the input coordinates, the force constant are set with
  41 \&command line options.
  42 \&The force fields somewhat supported currently are:
  43
  44
  45 \&G53a5  GROMOS96 53a5 Forcefield (official distribution)
  46
  47
  48 \&oplsaa OPLS\-AA/L all\-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
  49
  50
  51 \&The corresponding data files can be found in the library directory
  52 \&with name atomname2type.n2t. Check chapter 5 of the manual for more
  53 \&information about file formats. By default the forcefield selection
  54 \&is interactive, but you can use the \fB \-ff\fR option to specify
  55 \&one of the short names above on the command line instead. In that
  56 \&case pdb2gmx just looks for the corresponding file.
  57
  58
  59 .SH FILES
  60 .BI "\-f" " conf.gro"
  61 .B Input
  62  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  63
  64 .BI "\-o" " out.top"
  65 .B Output, Opt.
  66  Topology file
  67
  68 .BI "\-r" " out.rtp"
  69 .B Output, Opt.
  70  Residue Type file used by pdb2gmx
  71
  72 .SH OTHER OPTIONS
  73 .BI "\-[no]h"  "no    "
  74  Print help info and quit
  75
  76 .BI "\-[no]version"  "no    "
  77  Print version info and quit
  78
  79 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  80  Set the nicelevel
  81
  82 .BI "\-ff"  " string" " oplsaa"
  83  Force field for your simulation. Type "select" for interactive selection.
  84
  85 .BI "\-[no]v"  "no    "
  86  Generate verbose output in the top file.
  87
  88 .BI "\-nexcl"  " int" " 3"
  89  Number of exclusions
  90
  91 .BI "\-[no]H14"  "yes   "
  92  Use 3rd neighbour interactions for hydrogen atoms
  93
  94 .BI "\-[no]alldih"  "no    "
  95  Generate all proper dihedrals
  96
  97 .BI "\-[no]remdih"  "no    "
  98  Remove dihedrals on the same bond as an improper
  99
 100 .BI "\-[no]pairs"  "yes   "
 101  Output 1\-4 interactions (pairs) in topology file
 102
 103 .BI "\-name"  " string" " ICE"
 104  Name of your molecule
 105
 106 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 107  Use periodic boundary conditions.
 108
 109 .BI "\-[no]pdbq"  "no    "
 110  Use the B\-factor supplied in a pdb file for the atomic charges
 111
 112 .BI "\-[no]param"  "yes   "
 113  Print parameters in the output
 114
 115 .BI "\-[no]round"  "yes   "
 116  Round off measured values
 117
 118 .BI "\-kb"  " real" " 400000"
 119  Bonded force constant (kJ/mol/nm2)
 120
 121 .BI "\-kt"  " real" " 400   "
 122  Angle force constant (kJ/mol/rad2)
 123
 124 .BI "\-kp"  " real" " 5     "
 125  Dihedral angle force constant (kJ/mol/rad2)
 126
 127 .SH KNOWN PROBLEMS
 128 \- The atom type selection is primitive. Virtually no chemical knowledge is used
 129
 130 \- Periodic boundary conditions screw up the bonding
 131
 132 \- No improper dihedrals are generated
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 134 \- The atoms to atomtype translation table is incomplete (atomname2type.n2t files in the data directory). Please extend it and send the results back to the GROMACS crew.
 135
 136 .SH SEE ALSO
 137 .BR gromacs(7)
 138
 139 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.