man/man1/g_select.1

   1 .TH g_select 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_select - selects groups of atoms based on flexible textual selections
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_select\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-sf" " selection.dat "
  11 .BI "\-n" " index.ndx "
  12 .BI "\-os" " size.xvg "
  13 .BI "\-oc" " cfrac.xvg "
  14 .BI "\-oi" " index.dat "
  15 .BI "\-om" " mask.dat "
  16 .BI "\-on" " index.ndx "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-xvg" " enum "
  24 .BI "\-[no]rmpbc" ""
  25 .BI "\-[no]pbc" ""
  26 .BI "\-select" " string "
  27 .BI "\-selrpos" " enum "
  28 .BI "\-seltype" " enum "
  29 .BI "\-[no]dump" ""
  30 .BI "\-[no]norm" ""
  31 .BI "\-[no]cfnorm" ""
  32 .BI "\-resnr" " enum "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 \&g_select writes out basic data about dynamic selections.
  35 \&It can be used for some simple analyses, or the output can
  36 \&be combined with output from other programs and/or external
  37 \&analysis programs to calculate more complex things.
  38 \&Any combination of the output options is possible, but note
  39 \&that \fB \-om\fR only operates on the first selection.
  40
  41
  42 \&With \fB \-os\fR, calculates the number of positions in each
  43 \&selection for each frame. With \fB \-norm\fR, the output is
  44 \&between 0 and 1 and describes the fraction from the maximum
  45 \&number of positions (e.g., for selection 'resname RA and x  5'
  46 \&the maximum number of positions is the number of atoms in
  47 \&RA residues). With \fB \-cfnorm\fR, the output is divided
  48 \&by the fraction covered by the selection.
  49 \&\fB \-norm\fR and \fB \-cfnorm\fR can be specified independently
  50 \&of one another.
  51
  52
  53 \&With \fB \-oc\fR, the fraction covered by each selection is
  54 \&written out as a function of time.
  55
  56
  57 \&With \fB \-oi\fR, the selected atoms/residues/molecules are
  58 \&written out as a function of time. In the output, the first
  59 \&column contains the frame time, the second contains the number
  60 \&of positions, followed by the atom/residue/molecule numbers.
  61 \&If more than one selection is specified, the size of the second
  62 \&group immediately follows the last number of the first group
  63 \&and so on. With \fB \-dump\fR, the frame time and the number
  64 \&of positions is omitted from the output. In this case, only one
  65 \&selection can be given.
  66
  67
  68 \&With \fB \-on\fR, the selected atoms are written as a index file
  69 \&compatible with make_ndx and the analyzing tools. Each selection
  70 \&is written as a selection group and for dynamic selections a
  71 \&group is written for each frame.
  72
  73
  74 \&For residue numbers, the output of \fB \-oi\fR can be controlled
  75 \&with \fB \-resnr\fR: \fB number\fR (default) prints the residue
  76 \&numbers as they appear in the input file, while \fB index\fR prints
  77 \&unique numbers assigned to the residues in the order they appear
  78 \&in the input file, starting with 1. The former is more intuitive,
  79 \&but if the input contains multiple residues with the same number,
  80 \&the output can be less useful.
  81
  82
  83 \&With \fB \-om\fR, a mask is printed for the first selection
  84 \&as a function of time. Each line in the output corresponds to
  85 \&one frame, and contains either 0/1 for each atom/residue/molecule
  86 \&possibly selected. 1 stands for the atom/residue/molecule being
  87 \&selected for the current frame, 0 for not selected.
  88 \&With \fB \-dump\fR, the frame time is omitted from the output.
  89 .SH FILES
  90 .BI "\-f" " traj.xtc"
  91 .B Input, Opt.
  92  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  93
  94 .BI "\-s" " topol.tpr"
  95 .B Input, Opt.
  96  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  97
  98 .BI "\-sf" " selection.dat"
  99 .B Input, Opt.
 100  Generic data file
 101
 102 .BI "\-n" " index.ndx"
 103 .B Input, Opt.
 104  Index file
 105
 106 .BI "\-os" " size.xvg"
 107 .B Output, Opt.
 108  xvgr/xmgr file
 109
 110 .BI "\-oc" " cfrac.xvg"
 111 .B Output, Opt.
 112  xvgr/xmgr file
 113
 114 .BI "\-oi" " index.dat"
 115 .B Output, Opt.
 116  Generic data file
 117
 118 .BI "\-om" " mask.dat"
 119 .B Output, Opt.
 120  Generic data file
 121
 122 .BI "\-on" " index.ndx"
 123 .B Output, Opt.
 124  Index file
 125
 126 .SH OTHER OPTIONS
 127 .BI "\-[no]h"  "no    "
 128  Print help info and quit
 129
 130 .BI "\-[no]version"  "no    "
 131  Print version info and quit
 132
 133 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 134  Set the nicelevel
 135
 136 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 137  First frame (ps) to read from trajectory
 138
 139 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 140  Last frame (ps) to read from trajectory
 141
 142 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 143  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 144
 145 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 146  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 147
 148 .BI "\-[no]rmpbc"  "yes   "
 149  Make molecules whole for each frame
 150
 151 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 152  Use periodic boundary conditions for distance calculation
 153
 154 .BI "\-select"  " string" " "
 155  Selection string (use 'help' for help)
 156
 157 .BI "\-selrpos"  " enum" " atom"
 158  Selection reference position: \fB atom\fR, \fB res_com\fR, \fB res_cog\fR, \fB mol_com\fR, \fB mol_cog\fR, \fB whole_res_com\fR, \fB whole_res_cog\fR, \fB whole_mol_com\fR, \fB whole_mol_cog\fR, \fB part_res_com\fR, \fB part_res_cog\fR, \fB part_mol_com\fR, \fB part_mol_cog\fR, \fB dyn_res_com\fR, \fB dyn_res_cog\fR, \fB dyn_mol_com\fR or \fB dyn_mol_cog\fR
 159
 160 .BI "\-seltype"  " enum" " atom"
 161  Default analysis positions: \fB atom\fR, \fB res_com\fR, \fB res_cog\fR, \fB mol_com\fR, \fB mol_cog\fR, \fB whole_res_com\fR, \fB whole_res_cog\fR, \fB whole_mol_com\fR, \fB whole_mol_cog\fR, \fB part_res_com\fR, \fB part_res_cog\fR, \fB part_mol_com\fR, \fB part_mol_cog\fR, \fB dyn_res_com\fR, \fB dyn_res_cog\fR, \fB dyn_mol_com\fR or \fB dyn_mol_cog\fR
 162
 163 .BI "\-[no]dump"  "no    "
 164  Do not print the frame time (\-om, \-oi) or the index size (\-oi)
 165
 166 .BI "\-[no]norm"  "no    "
 167  Normalize by total number of positions with \-os
 168
 169 .BI "\-[no]cfnorm"  "no    "
 170  Normalize by covered fraction with \-os
 171
 172 .BI "\-resnr"  " enum" " number"
 173  Residue number output type: \fB number\fR or \fB index\fR
 174
 175 .SH SEE ALSO
 176 .BR gromacs(7)
 177
 178 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.