man/man1/g_nmeig.1

   1 .TH g_nmeig 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_nmeig - diagonalizes the Hessian
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_nmeig\fP
   8 .BI "\-f" " hessian.mtx "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-of" " eigenfreq.xvg "
  11 .BI "\-ol" " eigenval.xvg "
  12 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-xvg" " enum "
  17 .BI "\-[no]m" ""
  18 .BI "\-first" " int "
  19 .BI "\-last" " int "
  20 .SH DESCRIPTION
  21 \&g_nmeig calculates the eigenvectors/values of a (Hessian) matrix,
  22 \&which can be calculated with \fB mdrun\fR.
  23 \&The eigenvectors are written to a trajectory file (\fB \-v\fR).
  24 \&The structure is written first with t=0. The eigenvectors
  25 \&are written as frames with the eigenvector number as timestamp.
  26 \&The eigenvectors can be analyzed with \fB g_anaeig\fR.
  27 \&An ensemble of structures can be generated from the eigenvectors with
  28 \&\fB g_nmens\fR. When mass weighting is used, the generated eigenvectors
  29 \&will be scaled back to plain cartesian coordinates before generating the
  30 \&output \- in this case they will no longer be exactly orthogonal in the
  31 \&standard cartesian norm (But in the mass weighted norm they would be).
  32 .SH FILES
  33 .BI "\-f" " hessian.mtx"
  34 .B Input
  35  Hessian matrix
  36
  37 .BI "\-s" " topol.tpr"
  38 .B Input
  39  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  40
  41 .BI "\-of" " eigenfreq.xvg"
  42 .B Output
  43  xvgr/xmgr file
  44
  45 .BI "\-ol" " eigenval.xvg"
  46 .B Output
  47  xvgr/xmgr file
  48
  49 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
  50 .B Output
  51  Full precision trajectory: trr trj cpt
  52
  53 .SH OTHER OPTIONS
  54 .BI "\-[no]h"  "no    "
  55  Print help info and quit
  56
  57 .BI "\-[no]version"  "no    "
  58  Print version info and quit
  59
  60 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  61  Set the nicelevel
  62
  63 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  64  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  65
  66 .BI "\-[no]m"  "yes   "
  67  Divide elements of Hessian by product of sqrt(mass) of involved atoms prior to diagonalization. This should be used for 'Normal Modes' analysis
  68
  69 .BI "\-first"  " int" " 1"
  70  First eigenvector to write away
  71
  72 .BI "\-last"  " int" " 50"
  73  Last eigenvector to write away
  74
  75 .SH SEE ALSO
  76 .BR gromacs(7)
  77
  78 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.