man/man1/g_membed.1

   1 .TH g_membed 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_membed - embeds a protein into a lipid bilayer
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_membed\fP
   8 .BI "\-f" " into_mem.tpr "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-p" " topol.top "
  11 .BI "\-o" " traj.trr "
  12 .BI "\-x" " traj.xtc "
  13 .BI "\-cpi" " state.cpt "
  14 .BI "\-cpo" " state.cpt "
  15 .BI "\-c" " membedded.gro "
  16 .BI "\-e" " ener.edr "
  17 .BI "\-g" " md.log "
  18 .BI "\-ei" " sam.edi "
  19 .BI "\-rerun" " rerun.xtc "
  20 .BI "\-table" " table.xvg "
  21 .BI "\-tablep" " tablep.xvg "
  22 .BI "\-tableb" " table.xvg "
  23 .BI "\-dhdl" " dhdl.xvg "
  24 .BI "\-field" " field.xvg "
  25 .BI "\-table" " table.xvg "
  26 .BI "\-tablep" " tablep.xvg "
  27 .BI "\-tableb" " table.xvg "
  28 .BI "\-rerun" " rerun.xtc "
  29 .BI "\-tpi" " tpi.xvg "
  30 .BI "\-tpid" " tpidist.xvg "
  31 .BI "\-ei" " sam.edi "
  32 .BI "\-eo" " sam.edo "
  33 .BI "\-j" " wham.gct "
  34 .BI "\-jo" " bam.gct "
  35 .BI "\-ffout" " gct.xvg "
  36 .BI "\-devout" " deviatie.xvg "
  37 .BI "\-runav" " runaver.xvg "
  38 .BI "\-px" " pullx.xvg "
  39 .BI "\-pf" " pullf.xvg "
  40 .BI "\-mtx" " nm.mtx "
  41 .BI "\-dn" " dipole.ndx "
  42 .BI "\-[no]h" ""
  43 .BI "\-[no]version" ""
  44 .BI "\-nice" " int "
  45 .BI "\-deffnm" " string "
  46 .BI "\-xvg" " enum "
  47 .BI "\-xyinit" " real "
  48 .BI "\-xyend" " real "
  49 .BI "\-zinit" " real "
  50 .BI "\-zend" " real "
  51 .BI "\-nxy" " int "
  52 .BI "\-nz" " int "
  53 .BI "\-rad" " real "
  54 .BI "\-pieces" " int "
  55 .BI "\-[no]asymmetry" ""
  56 .BI "\-ndiff" " int "
  57 .BI "\-maxwarn" " int "
  58 .BI "\-[no]compact" ""
  59 .BI "\-[no]v" ""
  60 .SH DESCRIPTION
  61 \&g_membed embeds a membrane protein into an equilibrated lipid bilayer at the position
  62 \&and orientation specified by the user.
  63
  64 \&
  65
  66 \&SHORT MANUAL
  67 \-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-
  68
  69 \&The user should merge the structure files of the protein and membrane (+solvent), creating a
  70 \&single structure file with the protein overlapping the membrane at the desired position and
  71 \&orientation. Box size should be taken from the membrane structure file. The corresponding topology
  72 \&files should also be merged. Consecutively, create a tpr file (input for g_membed) from these files,with the following options included in the mdp file.
  73
  74 \& \- integrator      = md
  75
  76 \& \- energygrp       = Protein (or other group that you want to insert)
  77
  78 \& \- freezegrps      = Protein
  79
  80 \& \- freezedim       = Y Y Y
  81
  82 \& \- energygrp_excl  = Protein Protein
  83
  84 \&The output is a structure file containing the protein embedded in the membrane. If a topology
  85 \&file is provided, the number of lipid and
  86 \&solvent molecules will be updated to match the new structure file.
  87
  88 \&For a more extensive manual see Wolf et al, J Comp Chem 31 (2010) 2169\-2174, Appendix.
  89
  90 \&
  91
  92 \&SHORT METHOD DESCRIPTION
  93
  94 \&\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-\-
  95
  96 \&1. The protein is resized around its center of mass by a factor \-xy in the xy\-plane
  97 \&(the membrane plane) and a factor \-z in the z\-direction (if the size of the
  98 \&protein in the z\-direction is the same or smaller than the width of the membrane, a
  99 \&\-z value larger than 1 can prevent that the protein will be enveloped by the lipids).
 100
 101 \&2. All lipid and solvent molecules overlapping with the resized protein are removed. All
 102 \&intraprotein interactions are turned off to prevent numerical issues for small values of \-xy
 103 \& or \-z
 104
 105 \&3. One md step is performed.
 106
 107 \&4. The resize factor (\-xy or \-z) is incremented by a small amount ((1\-xy)/nxy or (1\-z)/nz) and the
 108 \&protein is resized again around its center of mass. The resize factor for the xy\-plane
 109 \&is incremented first. The resize factor for the z\-direction is not changed until the \-xy factor
 110 \&is 1 (thus after \-nxy iteration).
 111
 112 \&5. Repeat step 3 and 4 until the protein reaches its original size (\-nxy + \-nz iterations).
 113
 114 \&For a more extensive method descrition see Wolf et al, J Comp Chem, 31 (2010) 2169\-2174.
 115
 116 \&
 117
 118 \&NOTE
 119 \-\-\-\-
 120
 121 \& \- Protein can be any molecule you want to insert in the membrane.
 122
 123 \& \- It is recommended to perform a short equilibration run after the embedding
 124 \&(see Wolf et al, J Comp Chem 31 (2010) 2169\-2174, to re\-equilibrate the membrane. Clearly
 125 \&protein equilibration might require longer.
 126
 127 \&
 128
 129 .SH FILES
 130 .BI "\-f" " into_mem.tpr"
 131 .B Input
 132  Run input file: tpr tpb tpa
 133
 134 .BI "\-n" " index.ndx"
 135 .B Input, Opt.
 136  Index file
 137
 138 .BI "\-p" " topol.top"
 139 .B In/Out, Opt.
 140  Topology file
 141
 142 .BI "\-o" " traj.trr"
 143 .B Output
 144  Full precision trajectory: trr trj cpt
 145
 146 .BI "\-x" " traj.xtc"
 147 .B Output, Opt.
 148  Compressed trajectory (portable xdr format)
 149
 150 .BI "\-cpi" " state.cpt"
 151 .B Input, Opt.
 152  Checkpoint file
 153
 154 .BI "\-cpo" " state.cpt"
 155 .B Output, Opt.
 156  Checkpoint file
 157
 158 .BI "\-c" " membedded.gro"
 159 .B Output
 160  Structure file: gro g96 pdb etc.
 161
 162 .BI "\-e" " ener.edr"
 163 .B Output
 164  Energy file
 165
 166 .BI "\-g" " md.log"
 167 .B Output
 168  Log file
 169
 170 .BI "\-ei" " sam.edi"
 171 .B Input, Opt.
 172  ED sampling input
 173
 174 .BI "\-rerun" " rerun.xtc"
 175 .B Input, Opt.
 176  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 177
 178 .BI "\-table" " table.xvg"
 179 .B Input, Opt.
 180  xvgr/xmgr file
 181
 182 .BI "\-tablep" " tablep.xvg"
 183 .B Input, Opt.
 184  xvgr/xmgr file
 185
 186 .BI "\-tableb" " table.xvg"
 187 .B Input, Opt.
 188  xvgr/xmgr file
 189
 190 .BI "\-dhdl" " dhdl.xvg"
 191 .B Output, Opt.
 192  xvgr/xmgr file
 193
 194 .BI "\-field" " field.xvg"
 195 .B Output, Opt.
 196  xvgr/xmgr file
 197
 198 .BI "\-table" " table.xvg"
 199 .B Input, Opt.
 200  xvgr/xmgr file
 201
 202 .BI "\-tablep" " tablep.xvg"
 203 .B Input, Opt.
 204  xvgr/xmgr file
 205
 206 .BI "\-tableb" " table.xvg"
 207 .B Input, Opt.
 208  xvgr/xmgr file
 209
 210 .BI "\-rerun" " rerun.xtc"
 211 .B Input, Opt.
 212  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 213
 214 .BI "\-tpi" " tpi.xvg"
 215 .B Output, Opt.
 216  xvgr/xmgr file
 217
 218 .BI "\-tpid" " tpidist.xvg"
 219 .B Output, Opt.
 220  xvgr/xmgr file
 221
 222 .BI "\-ei" " sam.edi"
 223 .B Input, Opt.
 224  ED sampling input
 225
 226 .BI "\-eo" " sam.edo"
 227 .B Output, Opt.
 228  ED sampling output
 229
 230 .BI "\-j" " wham.gct"
 231 .B Input, Opt.
 232  General coupling stuff
 233
 234 .BI "\-jo" " bam.gct"
 235 .B Output, Opt.
 236  General coupling stuff
 237
 238 .BI "\-ffout" " gct.xvg"
 239 .B Output, Opt.
 240  xvgr/xmgr file
 241
 242 .BI "\-devout" " deviatie.xvg"
 243 .B Output, Opt.
 244  xvgr/xmgr file
 245
 246 .BI "\-runav" " runaver.xvg"
 247 .B Output, Opt.
 248  xvgr/xmgr file
 249
 250 .BI "\-px" " pullx.xvg"
 251 .B Output, Opt.
 252  xvgr/xmgr file
 253
 254 .BI "\-pf" " pullf.xvg"
 255 .B Output, Opt.
 256  xvgr/xmgr file
 257
 258 .BI "\-mtx" " nm.mtx"
 259 .B Output, Opt.
 260  Hessian matrix
 261
 262 .BI "\-dn" " dipole.ndx"
 263 .B Output, Opt.
 264  Index file
 265
 266 .SH OTHER OPTIONS
 267 .BI "\-[no]h"  "no    "
 268  Print help info and quit
 269
 270 .BI "\-[no]version"  "no    "
 271  Print version info and quit
 272
 273 .BI "\-nice"  " int" " 0"
 274  Set the nicelevel
 275
 276 .BI "\-deffnm"  " string" " "
 277  Set the default filename for all file options
 278
 279 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 280  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 281
 282 .BI "\-xyinit"  " real" " 0.5   "
 283  Resize factor for the protein in the xy dimension before starting embedding
 284
 285 .BI "\-xyend"  " real" " 1     "
 286  Final resize factor in the xy dimension
 287
 288 .BI "\-zinit"  " real" " 1     "
 289  Resize factor for the protein in the z dimension before starting embedding
 290
 291 .BI "\-zend"  " real" " 1     "
 292  Final resize faction in the z dimension
 293
 294 .BI "\-nxy"  " int" " 1000"
 295  Number of iteration for the xy dimension
 296
 297 .BI "\-nz"  " int" " 0"
 298  Number of iterations for the z dimension
 299
 300 .BI "\-rad"  " real" " 0.22  "
 301  Probe radius to check for overlap between the group to embed and the membrane
 302
 303 .BI "\-pieces"  " int" " 1"
 304  Perform piecewise resize. Select parts of the group to insert and resize these with respect to their own geometrical center.
 305
 306 .BI "\-[no]asymmetry"  "no    "
 307  Allow asymmetric insertion, i.e. the number of lipids removed from the upper and lower leaflet will not be checked.
 308
 309 .BI "\-ndiff"  " int" " 0"
 310  Number of lipids that will additionally be removed from the lower (negative number) or upper (positive number) membrane leaflet.
 311
 312 .BI "\-maxwarn"  " int" " 0"
 313  Maximum number of warning allowed
 314
 315 .BI "\-[no]compact"  "yes   "
 316  Write a compact log file
 317
 318 .BI "\-[no]v"  "no    "
 319  Be loud and noisy
 320
 321 .SH SEE ALSO
 322 .BR gromacs(7)
 323
 324 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.