man/man1/g_dielectric.1

   1 .TH g_dielectric 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_dielectric - calculates frequency dependent dielectric constants
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dielectric\fP
   8 .BI "\-f" " dipcorr.xvg "
   9 .BI "\-d" " deriv.xvg "
  10 .BI "\-o" " epsw.xvg "
  11 .BI "\-c" " cole.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .BI "\-[no]w" ""
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-[no]fft" ""
  21 .BI "\-[no]x1" ""
  22 .BI "\-eint" " real "
  23 .BI "\-bfit" " real "
  24 .BI "\-efit" " real "
  25 .BI "\-tail" " real "
  26 .BI "\-A" " real "
  27 .BI "\-tau1" " real "
  28 .BI "\-tau2" " real "
  29 .BI "\-eps0" " real "
  30 .BI "\-epsRF" " real "
  31 .BI "\-fix" " int "
  32 .BI "\-ffn" " enum "
  33 .BI "\-nsmooth" " int "
  34 .SH DESCRIPTION
  35 \&dielectric calculates frequency dependent dielectric constants
  36 \&from the autocorrelation function of the total dipole moment in
  37 \&your simulation. This ACF can be generated by g_dipoles.
  38 \&For an estimate of the error you can run g_statistics on the
  39 \&ACF, and use the output thus generated for this program.
  40 \&The functional forms of the available functions are:
  41
  42
  43 \&One parameter  : y = Exp[\-a1 x],
  44 \&Two parameters : y = a2 Exp[\-a1 x],
  45 \&Three parameters: y = a2 Exp[\-a1 x] + (1 \- a2) Exp[\-a3 x].
  46 \&Start values for the fit procedure can be given on the command line.
  47 \&It is also possible to fix parameters at their start value, use \-fix
  48 \&with the number of the parameter you want to fix.
  49 \&
  50
  51
  52 \&Three output files are generated, the first contains the ACF,
  53 \&an exponential fit to it with 1, 2 or 3 parameters, and the
  54 \&numerical derivative of the combination data/fit.
  55 \&The second file contains the real and imaginary parts of the
  56 \&frequency\-dependent dielectric constant, the last gives a plot
  57 \&known as the Cole\-Cole plot, in which the imaginary
  58 \&component is plotted as a function of the real component.
  59 \&For a pure exponential relaxation (Debye relaxation) the latter
  60 \&plot should be one half of a circle.
  61 .SH FILES
  62 .BI "\-f" " dipcorr.xvg"
  63 .B Input
  64  xvgr/xmgr file
  65
  66 .BI "\-d" " deriv.xvg"
  67 .B Output
  68  xvgr/xmgr file
  69
  70 .BI "\-o" " epsw.xvg"
  71 .B Output
  72  xvgr/xmgr file
  73
  74 .BI "\-c" " cole.xvg"
  75 .B Output
  76  xvgr/xmgr file
  77
  78 .SH OTHER OPTIONS
  79 .BI "\-[no]h"  "no    "
  80  Print help info and quit
  81
  82 .BI "\-[no]version"  "no    "
  83  Print version info and quit
  84
  85 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  86  Set the nicelevel
  87
  88 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  89  First frame (ps) to read from trajectory
  90
  91 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  92  Last frame (ps) to read from trajectory
  93
  94 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  95  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  96
  97 .BI "\-[no]w"  "no    "
  98  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  99
 100 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 101  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 102
 103 .BI "\-[no]fft"  "no    "
 104  use fast fourier transform for correlation function
 105
 106 .BI "\-[no]x1"  "yes   "
 107  use first column as X axis rather than first data set
 108
 109 .BI "\-eint"  " real" " 5     "
 110  Time were to end the integration of the data and start to use the fit
 111
 112 .BI "\-bfit"  " real" " 5     "
 113  Begin time of fit
 114
 115 .BI "\-efit"  " real" " 500   "
 116  End time of fit
 117
 118 .BI "\-tail"  " real" " 500   "
 119  Length of function including data and tail from fit
 120
 121 .BI "\-A"  " real" " 0.5   "
 122  Start value for fit parameter A
 123
 124 .BI "\-tau1"  " real" " 10    "
 125  Start value for fit parameter tau1
 126
 127 .BI "\-tau2"  " real" " 1     "
 128  Start value for fit parameter tau2
 129
 130 .BI "\-eps0"  " real" " 80    "
 131  Epsilon 0 of your liquid
 132
 133 .BI "\-epsRF"  " real" " 78.5  "
 134  Epsilon of the reaction field used in your simulation. A value of 0 means infinity.
 135
 136 .BI "\-fix"  " int" " 0"
 137  Fix parameters at their start values, A (2), tau1 (1), or tau2 (4)
 138
 139 .BI "\-ffn"  " enum" " none"
 140  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR or \fB exp9\fR
 141
 142 .BI "\-nsmooth"  " int" " 3"
 143  Number of points for smoothing
 144
 145 .SH SEE ALSO
 146 .BR gromacs(7)
 147
 148 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.