man/man1/g_current.1

   1 .TH g_current 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_current - calculate current autocorrelation function of system
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_current\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-f" " traj.xtc "
  11 .BI "\-o" " current.xvg "
  12 .BI "\-caf" " caf.xvg "
  13 .BI "\-dsp" " dsp.xvg "
  14 .BI "\-md" " md.xvg "
  15 .BI "\-mj" " mj.xvg "
  16 .BI "\-mc" " mc.xvg "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-[no]w" ""
  24 .BI "\-xvg" " enum "
  25 .BI "\-sh" " int "
  26 .BI "\-[no]nojump" ""
  27 .BI "\-eps" " real "
  28 .BI "\-bfit" " real "
  29 .BI "\-efit" " real "
  30 .BI "\-bvit" " real "
  31 .BI "\-evit" " real "
  32 .BI "\-tr" " real "
  33 .BI "\-temp" " real "
  34 .SH DESCRIPTION
  35 \&This is a tool for calculating the current autocorrelation function, the correlation
  36 \&of the rotational and translational dipole moment of the system, and the resulting static
  37 \&dielectric constant. To obtain a reasonable result the index group has to be neutral.
  38 \&Furthermore the routine is capable of extracting the static conductivity from the current
  39 \&autocorrelation function, if velocities are given. Additionally an Einstein\-Helfand fit also
  40 \&allows to get the static conductivity.
  41
  42
  43 \&The flag \fB \-caf\fR is for the output of the current autocorrelation function and \fB \-mc\fR writes the
  44 \&correlation of the rotational and translational part of the dipole moment in the corresponding
  45 \&file. However this option is only available for trajectories containing velocities.
  46 \&Options \fB \-sh\fR and \fB \-tr\fR are responsible for the averaging and integration of the
  47 \&autocorrelation functions. Since averaging proceeds by shifting the starting point
  48 \&through the trajectory, the shift can be modified with \fB \-sh\fR to enable the choice of uncorrelated
  49 \&starting points. Towards the end, statistical inaccuracy grows and integrating the
  50 \&correlation function only yields reliable values until a certain point, depending on
  51 \&the number of frames. The option \fB \-tr\fR controls the region of the integral taken into account
  52 \&for calculating the static dielectric constant.
  53 \&
  54
  55
  56 \&Option \fB \-temp\fR sets the temperature required for the computation of the static dielectric constant.
  57 \&
  58
  59
  60 \&Option \fB \-eps\fR controls the dielectric constant of the surrounding medium for simulations using
  61 \&a Reaction Field or dipole corrections of the Ewald summation (eps=0 corresponds to
  62 \&tin\-foil boundary conditions).
  63 \&
  64
  65
  66 \&\fB \-[no]nojump\fR unfolds the coordinates to allow free diffusion. This is required to get a continuous
  67 \&translational dipole moment, required for the Einstein\-Helfand fit. The resuls from the fit allow to
  68 \&determine the dielectric constant for system of charged molecules. However it is also possible to extract
  69 \&the dielectric constant from the fluctuations of the total dipole moment in folded coordinates. But this
  70 \&options has to be used with care, since only very short time spans fulfill the approximation, that the density
  71 \&of the molecules is approximately constant and the averages are already converged. To be on the safe side,
  72 \&the dielectric constant should be calculated with the help of the Einstein\-Helfand method for
  73 \&the translational part of the dielectric constant.
  74 .SH FILES
  75 .BI "\-s" " topol.tpr"
  76 .B Input
  77  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  78
  79 .BI "\-n" " index.ndx"
  80 .B Input, Opt.
  81  Index file
  82
  83 .BI "\-f" " traj.xtc"
  84 .B Input
  85  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  86
  87 .BI "\-o" " current.xvg"
  88 .B Output
  89  xvgr/xmgr file
  90
  91 .BI "\-caf" " caf.xvg"
  92 .B Output, Opt.
  93  xvgr/xmgr file
  94
  95 .BI "\-dsp" " dsp.xvg"
  96 .B Output
  97  xvgr/xmgr file
  98
  99 .BI "\-md" " md.xvg"
 100 .B Output
 101  xvgr/xmgr file
 102
 103 .BI "\-mj" " mj.xvg"
 104 .B Output
 105  xvgr/xmgr file
 106
 107 .BI "\-mc" " mc.xvg"
 108 .B Output, Opt.
 109  xvgr/xmgr file
 110
 111 .SH OTHER OPTIONS
 112 .BI "\-[no]h"  "no    "
 113  Print help info and quit
 114
 115 .BI "\-[no]version"  "no    "
 116  Print version info and quit
 117
 118 .BI "\-nice"  " int" " 0"
 119  Set the nicelevel
 120
 121 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 122  First frame (ps) to read from trajectory
 123
 124 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 125  Last frame (ps) to read from trajectory
 126
 127 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 128  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 129
 130 .BI "\-[no]w"  "no    "
 131  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 132
 133 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 134  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 135
 136 .BI "\-sh"  " int" " 1000"
 137  Shift of the frames for averaging the correlation functions and the mean\-square displacement.
 138
 139 .BI "\-[no]nojump"  "yes   "
 140  Removes jumps of atoms across the box.
 141
 142 .BI "\-eps"  " real" " 0     "
 143  Dielectric constant of the surrounding medium. eps=0.0 corresponds to eps=infinity (thinfoil boundary conditions).
 144
 145 .BI "\-bfit"  " real" " 100   "
 146  Begin of the fit of the straight line to the MSD of the translational fraction of the dipole moment.
 147
 148 .BI "\-efit"  " real" " 400   "
 149  End of the fit of the straight line to the MSD of the translational fraction of the dipole moment.
 150
 151 .BI "\-bvit"  " real" " 0.5   "
 152  Begin of the fit of the current autocorrelation function to a*tb.
 153
 154 .BI "\-evit"  " real" " 5     "
 155  End of the fit of the current autocorrelation function to a*tb.
 156
 157 .BI "\-tr"  " real" " 0.25  "
 158  Fraction of the trajectory taken into account for the integral.
 159
 160 .BI "\-temp"  " real" " 300   "
 161  Temperature for calculating epsilon.
 162
 163 .SH SEE ALSO
 164 .BR gromacs(7)
 165
 166 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.