man/man1/g_covar.1

   1 .TH g_covar 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_covar - calculates and diagonalizes the covariance matrix
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_covar\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " eigenval.xvg "
  12 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
  13 .BI "\-av" " average.pdb "
  14 .BI "\-l" " covar.log "
  15 .BI "\-ascii" " covar.dat "
  16 .BI "\-xpm" " covar.xpm "
  17 .BI "\-xpma" " covara.xpm "
  18 .BI "\-[no]h" ""
  19 .BI "\-[no]version" ""
  20 .BI "\-nice" " int "
  21 .BI "\-b" " time "
  22 .BI "\-e" " time "
  23 .BI "\-dt" " time "
  24 .BI "\-tu" " enum "
  25 .BI "\-xvg" " enum "
  26 .BI "\-[no]fit" ""
  27 .BI "\-[no]ref" ""
  28 .BI "\-[no]mwa" ""
  29 .BI "\-last" " int "
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .SH DESCRIPTION
  32 \&\fB g_covar\fR calculates and diagonalizes the (mass\-weighted)
  33 \&covariance matrix.
  34 \&All structures are fitted to the structure in the structure file.
  35 \&When this is not a run input file periodicity will not be taken into
  36 \&account. When the fit and analysis groups are identical and the analysis
  37 \&is non mass\-weighted, the fit will also be non mass\-weighted.
  38 \&
  39
  40
  41 \&The eigenvectors are written to a trajectory file (\fB \-v\fR).
  42 \&When the same atoms are used for the fit and the covariance analysis,
  43 \&the reference structure for the fit is written first with t=\-1.
  44 \&The average (or reference when \fB \-ref\fR is used) structure is
  45 \&written with t=0, the eigenvectors
  46 \&are written as frames with the eigenvector number as timestamp.
  47 \&
  48
  49
  50 \&The eigenvectors can be analyzed with \fB g_anaeig\fR.
  51 \&
  52
  53
  54 \&Option \fB \-ascii\fR writes the whole covariance matrix to
  55 \&an ASCII file. The order of the elements is: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
  56 \&
  57
  58
  59 \&Option \fB \-xpm\fR writes the whole covariance matrix to an xpm file.
  60 \&
  61
  62
  63 \&Option \fB \-xpma\fR writes the atomic covariance matrix to an xpm file,
  64 \&i.e. for each atom pair the sum of the xx, yy and zz covariances is
  65 \&written.
  66 .SH FILES
  67 .BI "\-f" " traj.xtc"
  68 .B Input
  69  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  70
  71 .BI "\-s" " topol.tpr"
  72 .B Input
  73  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  74
  75 .BI "\-n" " index.ndx"
  76 .B Input, Opt.
  77  Index file
  78
  79 .BI "\-o" " eigenval.xvg"
  80 .B Output
  81  xvgr/xmgr file
  82
  83 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
  84 .B Output
  85  Full precision trajectory: trr trj cpt
  86
  87 .BI "\-av" " average.pdb"
  88 .B Output
  89  Structure file: gro g96 pdb etc.
  90
  91 .BI "\-l" " covar.log"
  92 .B Output
  93  Log file
  94
  95 .BI "\-ascii" " covar.dat"
  96 .B Output, Opt.
  97  Generic data file
  98
  99 .BI "\-xpm" " covar.xpm"
 100 .B Output, Opt.
 101  X PixMap compatible matrix file
 102
 103 .BI "\-xpma" " covara.xpm"
 104 .B Output, Opt.
 105  X PixMap compatible matrix file
 106
 107 .SH OTHER OPTIONS
 108 .BI "\-[no]h"  "no    "
 109  Print help info and quit
 110
 111 .BI "\-[no]version"  "no    "
 112  Print version info and quit
 113
 114 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 115  Set the nicelevel
 116
 117 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 118  First frame (ps) to read from trajectory
 119
 120 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 121  Last frame (ps) to read from trajectory
 122
 123 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 124  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 125
 126 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 127  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 128
 129 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 130  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 131
 132 .BI "\-[no]fit"  "yes   "
 133  Fit to a reference structure
 134
 135 .BI "\-[no]ref"  "no    "
 136  Use the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average
 137
 138 .BI "\-[no]mwa"  "no    "
 139  Mass\-weighted covariance analysis
 140
 141 .BI "\-last"  " int" " \-1"
 142  Last eigenvector to write away (\-1 is till the last)
 143
 144 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 145  Apply corrections for periodic boundary conditions
 146
 147 .SH SEE ALSO
 148 .BR gromacs(7)
 149
 150 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.