man/man1/g_anaeig.1

   1 .TH g_anaeig 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_anaeig - analyzes the eigenvectors
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_anaeig\fP
   8 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
   9 .BI "\-v2" " eigenvec2.trr "
  10 .BI "\-f" " traj.xtc "
  11 .BI "\-s" " topol.tpr "
  12 .BI "\-n" " index.ndx "
  13 .BI "\-eig" " eigenval.xvg "
  14 .BI "\-eig2" " eigenval2.xvg "
  15 .BI "\-comp" " eigcomp.xvg "
  16 .BI "\-rmsf" " eigrmsf.xvg "
  17 .BI "\-proj" " proj.xvg "
  18 .BI "\-2d" " 2dproj.xvg "
  19 .BI "\-3d" " 3dproj.pdb "
  20 .BI "\-filt" " filtered.xtc "
  21 .BI "\-extr" " extreme.pdb "
  22 .BI "\-over" " overlap.xvg "
  23 .BI "\-inpr" " inprod.xpm "
  24 .BI "\-[no]h" ""
  25 .BI "\-[no]version" ""
  26 .BI "\-nice" " int "
  27 .BI "\-b" " time "
  28 .BI "\-e" " time "
  29 .BI "\-dt" " time "
  30 .BI "\-tu" " enum "
  31 .BI "\-[no]w" ""
  32 .BI "\-xvg" " enum "
  33 .BI "\-first" " int "
  34 .BI "\-last" " int "
  35 .BI "\-skip" " int "
  36 .BI "\-max" " real "
  37 .BI "\-nframes" " int "
  38 .BI "\-[no]split" ""
  39 .BI "\-[no]entropy" ""
  40 .BI "\-temp" " real "
  41 .BI "\-nevskip" " int "
  42 .SH DESCRIPTION
  43 \&\fB g_anaeig\fR analyzes eigenvectors. The eigenvectors can be of a
  44 \&covariance matrix (\fB g_covar\fR) or of a Normal Modes analysis
  45 \&(\fB g_nmeig\fR).
  46
  47
  48 \&When a trajectory is projected on eigenvectors, all structures are
  49 \&fitted to the structure in the eigenvector file, if present, otherwise
  50 \&to the structure in the structure file. When no run input file is
  51 \&supplied, periodicity will not be taken into account. Most analyses
  52 \&are performed on eigenvectors \fB \-first\fR to \fB \-last\fR, but when
  53 \&\fB \-first\fR is set to \-1 you will be prompted for a selection.
  54
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  56 \&\fB \-comp\fR: plot the vector components per atom of eigenvectors
  57 \&\fB \-first\fR to \fB \-last\fR.
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  60 \&\fB \-rmsf\fR: plot the RMS fluctuation per atom of eigenvectors
  61 \&\fB \-first\fR to \fB \-last\fR (requires \fB \-eig\fR).
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  64 \&\fB \-proj\fR: calculate projections of a trajectory on eigenvectors
  65 \&\fB \-first\fR to \fB \-last\fR.
  66 \&The projections of a trajectory on the eigenvectors of its
  67 \&covariance matrix are called principal components (pc's).
  68 \&It is often useful to check the cosine content of the pc's,
  69 \&since the pc's of random diffusion are cosines with the number
  70 \&of periods equal to half the pc index.
  71 \&The cosine content of the pc's can be calculated with the program
  72 \&\fB g_analyze\fR.
  73
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  75 \&\fB \-2d\fR: calculate a 2d projection of a trajectory on eigenvectors
  76 \&\fB \-first\fR and \fB \-last\fR.
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  79 \&\fB \-3d\fR: calculate a 3d projection of a trajectory on the first
  80 \&three selected eigenvectors.
  81
  82
  83 \&\fB \-filt\fR: filter the trajectory to show only the motion along
  84 \&eigenvectors \fB \-first\fR to \fB \-last\fR.
  85
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  87 \&\fB \-extr\fR: calculate the two extreme projections along a trajectory
  88 \&on the average structure and interpolate \fB \-nframes\fR frames
  89 \&between them, or set your own extremes with \fB \-max\fR. The
  90 \&eigenvector \fB \-first\fR will be written unless \fB \-first\fR and
  91 \&\fB \-last\fR have been set explicitly, in which case all eigenvectors
  92 \&will be written to separate files. Chain identifiers will be added
  93 \&when writing a \fB .pdb\fR file with two or three structures (you
  94 \&can use \fB rasmol \-nmrpdb\fR to view such a pdb file).
  95
  96
  97 \&  Overlap calculations between covariance analysis:
  98
  99 \&  NOTE: the analysis should use the same fitting structure
 100
 101
 102 \&\fB \-over\fR: calculate the subspace overlap of the eigenvectors in
 103 \&file \fB \-v2\fR with eigenvectors \fB \-first\fR to \fB \-last\fR
 104 \&in file \fB \-v\fR.
 105
 106
 107 \&\fB \-inpr\fR: calculate a matrix of inner\-products between
 108 \&eigenvectors in files \fB \-v\fR and \fB \-v2\fR. All eigenvectors
 109 \&of both files will be used unless \fB \-first\fR and \fB \-last\fR
 110 \&have been set explicitly.
 111
 112
 113 \&When \fB \-v\fR, \fB \-eig\fR, \fB \-v2\fR and \fB \-eig2\fR are given,
 114 \&a single number for the overlap between the covariance matrices is
 115 \&generated. The formulas are:
 116
 117 \&        difference = sqrt(tr((sqrt(M1) \- sqrt(M2))2))
 118
 119 \&normalized overlap = 1 \- difference/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
 120
 121 \&     shape overlap = 1 \- sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) \- sqrt(M2/tr(M2)))2))
 122
 123 \&where M1 and M2 are the two covariance matrices and tr is the trace
 124 \&of a matrix. The numbers are proportional to the overlap of the square
 125 \&root of the fluctuations. The normalized overlap is the most useful
 126 \&number, it is 1 for identical matrices and 0 when the sampled
 127 \&subspaces are orthogonal.
 128
 129
 130 \&When the \fB \-entropy\fR flag is given an entropy estimate will be
 131 \&computed based on the Quasiharmonic approach and based on
 132 \&Schlitter's formula.
 133 .SH FILES
 134 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
 135 .B Input
 136  Full precision trajectory: trr trj cpt
 137
 138 .BI "\-v2" " eigenvec2.trr"
 139 .B Input, Opt.
 140  Full precision trajectory: trr trj cpt
 141
 142 .BI "\-f" " traj.xtc"
 143 .B Input, Opt.
 144  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 145
 146 .BI "\-s" " topol.tpr"
 147 .B Input, Opt.
 148  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 149
 150 .BI "\-n" " index.ndx"
 151 .B Input, Opt.
 152  Index file
 153
 154 .BI "\-eig" " eigenval.xvg"
 155 .B Input, Opt.
 156  xvgr/xmgr file
 157
 158 .BI "\-eig2" " eigenval2.xvg"
 159 .B Input, Opt.
 160  xvgr/xmgr file
 161
 162 .BI "\-comp" " eigcomp.xvg"
 163 .B Output, Opt.
 164  xvgr/xmgr file
 165
 166 .BI "\-rmsf" " eigrmsf.xvg"
 167 .B Output, Opt.
 168  xvgr/xmgr file
 169
 170 .BI "\-proj" " proj.xvg"
 171 .B Output, Opt.
 172  xvgr/xmgr file
 173
 174 .BI "\-2d" " 2dproj.xvg"
 175 .B Output, Opt.
 176  xvgr/xmgr file
 177
 178 .BI "\-3d" " 3dproj.pdb"
 179 .B Output, Opt.
 180  Structure file: gro g96 pdb etc.
 181
 182 .BI "\-filt" " filtered.xtc"
 183 .B Output, Opt.
 184  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 185
 186 .BI "\-extr" " extreme.pdb"
 187 .B Output, Opt.
 188  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 189
 190 .BI "\-over" " overlap.xvg"
 191 .B Output, Opt.
 192  xvgr/xmgr file
 193
 194 .BI "\-inpr" " inprod.xpm"
 195 .B Output, Opt.
 196  X PixMap compatible matrix file
 197
 198 .SH OTHER OPTIONS
 199 .BI "\-[no]h"  "no    "
 200  Print help info and quit
 201
 202 .BI "\-[no]version"  "no    "
 203  Print version info and quit
 204
 205 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 206  Set the nicelevel
 207
 208 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 209  First frame (ps) to read from trajectory
 210
 211 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 212  Last frame (ps) to read from trajectory
 213
 214 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 215  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 216
 217 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 218  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 219
 220 .BI "\-[no]w"  "no    "
 221  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 222
 223 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 224  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 225
 226 .BI "\-first"  " int" " 1"
 227  First eigenvector for analysis (\-1 is select)
 228
 229 .BI "\-last"  " int" " 8"
 230  Last eigenvector for analysis (\-1 is till the last)
 231
 232 .BI "\-skip"  " int" " 1"
 233  Only analyse every nr\-th frame
 234
 235 .BI "\-max"  " real" " 0     "
 236  Maximum for projection of the eigenvector on the average structure, max=0 gives the extremes
 237
 238 .BI "\-nframes"  " int" " 2"
 239  Number of frames for the extremes output
 240
 241 .BI "\-[no]split"  "no    "
 242  Split eigenvector projections where time is zero
 243
 244 .BI "\-[no]entropy"  "no    "
 245  Compute entropy according to the Quasiharmonic formula or Schlitter's method.
 246
 247 .BI "\-temp"  " real" " 298.15"
 248  Temperature for entropy calculations
 249
 250 .BI "\-nevskip"  " int" " 6"
 251  Number of eigenvalues to skip when computing the entropy due to the quasi harmonic approximation. When you do a rotational and/or translational fit prior to the covariance analysis, you get 3 or 6 eigenvalues that are very close to zero, and which should not be taken into account when computing the entropy.
 252
 253 .SH SEE ALSO
 254 .BR gromacs(7)
 255
 256 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.