man/man1/do_dssp.1

   1 .TH do_dssp 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 do_dssp - assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3do_dssp\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-ssdump" " ssdump.dat "
  12 .BI "\-map" " ss.map "
  13 .BI "\-o" " ss.xpm "
  14 .BI "\-sc" " scount.xvg "
  15 .BI "\-a" " area.xpm "
  16 .BI "\-ta" " totarea.xvg "
  17 .BI "\-aa" " averarea.xvg "
  18 .BI "\-[no]h" ""
  19 .BI "\-[no]version" ""
  20 .BI "\-nice" " int "
  21 .BI "\-b" " time "
  22 .BI "\-e" " time "
  23 .BI "\-dt" " time "
  24 .BI "\-tu" " enum "
  25 .BI "\-[no]w" ""
  26 .BI "\-xvg" " enum "
  27 .BI "\-sss" " string "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 \&do_dssp
  30 \&reads a trajectory file and computes the secondary structure for
  31 \&each time frame
  32 \&calling the dssp program. If you do not have the dssp program,
  33 \&get it. do_dssp assumes that the dssp executable is
  34 \&/usr/local/bin/dssp. If this is not the case, then you should
  35 \&set an environment variable \fB DSSP\fR pointing to the dssp
  36 \&executable, e.g.:
  37
  38
  39 \&\fB setenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp\fR
  40
  41
  42 \&The structure assignment for each residue and time is written to an
  43 \&\fB .xpm\fR matrix file. This file can be visualized with for instance
  44 \&\fB xv\fR and can be converted to postscript with \fB xpm2ps\fR.
  45 \&Individual chains are separated by light grey lines in the xpm and
  46 \&postscript files.
  47 \&The number of residues with each secondary structure type and the
  48 \&total secondary structure (\fB \-sss\fR) count as a function of
  49 \&time are also written to file (\fB \-sc\fR).
  50
  51
  52 \&Solvent accessible surface (SAS) per residue can be calculated, both in
  53 \&absolute values (A2) and in fractions of the maximal accessible
  54 \&surface of a residue. The maximal accessible surface is defined as
  55 \&the accessible surface of a residue in a chain of glycines.
  56 \&\fB Note\fR that the program \fB g_sas\fR can also compute SAS
  57 \&and that is more efficient.
  58
  59
  60 \&Finally, this program can dump the secondary structure in a special file
  61 \&\fB ssdump.dat\fR for usage in the program \fB g_chi\fR. Together
  62 \&these two programs can be used to analyze dihedral properties as a
  63 \&function of secondary structure type.
  64 .SH FILES
  65 .BI "\-f" " traj.xtc"
  66 .B Input
  67  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  68
  69 .BI "\-s" " topol.tpr"
  70 .B Input
  71  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  72
  73 .BI "\-n" " index.ndx"
  74 .B Input, Opt.
  75  Index file
  76
  77 .BI "\-ssdump" " ssdump.dat"
  78 .B Output, Opt.
  79  Generic data file
  80
  81 .BI "\-map" " ss.map"
  82 .B Input, Lib.
  83  File that maps matrix data to colors
  84
  85 .BI "\-o" " ss.xpm"
  86 .B Output
  87  X PixMap compatible matrix file
  88
  89 .BI "\-sc" " scount.xvg"
  90 .B Output
  91  xvgr/xmgr file
  92
  93 .BI "\-a" " area.xpm"
  94 .B Output, Opt.
  95  X PixMap compatible matrix file
  96
  97 .BI "\-ta" " totarea.xvg"
  98 .B Output, Opt.
  99  xvgr/xmgr file
 100
 101 .BI "\-aa" " averarea.xvg"
 102 .B Output, Opt.
 103  xvgr/xmgr file
 104
 105 .SH OTHER OPTIONS
 106 .BI "\-[no]h"  "no    "
 107  Print help info and quit
 108
 109 .BI "\-[no]version"  "no    "
 110  Print version info and quit
 111
 112 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 113  Set the nicelevel
 114
 115 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 116  First frame (ps) to read from trajectory
 117
 118 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 119  Last frame (ps) to read from trajectory
 120
 121 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 122  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 123
 124 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 125  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 126
 127 .BI "\-[no]w"  "no    "
 128  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 129
 130 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 131  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 132
 133 .BI "\-sss"  " string" " HEBT"
 134  Secondary structures for structure count
 135
 136 .SH SEE ALSO
 137 .BR gromacs(7)
 138
 139 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.