admin/programs.txt

   1 HEAD|Generating topologies and coordinates
   2 pdb2gmx|converts pdb files to topology and coordinate files
   3 x2top|generates a primitive topology from coordinates
   4 editconf|edits the box and writes subgroups
   5 genbox|solvates a system
   6 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
   7 genconf|multiplies a conformation in 'random' orientations
   8 genrestr|generates position restraints or distance restraints for index groups
   9 protonate|protonates structures
  10 END
  11
  12 HEAD|Running a simulation
  13 grompp|makes a run input file
  14 tpbconv|makes a run input file for restarting a crashed run
  15 mdrun|performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization
  16 END
  17
  18 HEAD|Viewing trajectories
  19 ngmx|displays a trajectory
  20 highway|X-windows gadget for highway simulations
  21 END
  22
  23 HEAD|Processing energies
  24 g_energy|writes energies to xvg files and displays averages
  25 g_enemat|extracts an energy matrix from an energy file
  26 mdrun|with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames
  27 END
  28
  29 HEAD|Converting files
  30 editconf|converts and manipulates structure files
  31 trjconv|converts and manipulates trajectory files
  32 trjcat|concatenates trajectory files
  33 eneconv|converts energy files
  34 xmp2ps|converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
  35 sigeps|convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
  36 END
  37
  38 HEAD|Tools
  39 make_ndx|makes index files
  40 mk_angndx|generates index files for g_angle
  41 gmxcheck|checks and compares files
  42 gmxdump|makes binary files human readable
  43 gen_table|generate tables for use by mdrun
  44 g_traj|plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
  45 g_analyze|analyzes data sets
  46 trjorder|orders molecules according to their distance to a group
  47 g_filter|frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
  48 g_lie|free energy estimate from linear combinations
  49 g_dyndom|interpolate and extrapolate structure rotations
  50 g_morph|linear interpolation of conformations
  51 g_wham|weighted histogram analysis after umbrella sampling
  52 ffscan|scan and modify force field data for a single point energy calculation
  53 xpm2ps|convert XPM (XPixelMap) file to postscript
  54 g_sham|read/write xmgr and xvgr data sets
  55 g_spatial|calculates the spatial distribution function (more control than g_sdf)
  56 g_sdf|calculates the spatial distribution function (faster than g_spatial)
  57 g_select|selects groups of atoms based on flexible textual selections
  58 END
  59
  60 HEAD|Distances between structures
  61 g_rms|calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
  62 g_confrms|fits two structures and calculates the rmsd
  63 g_cluster|clusters structures
  64 g_rmsf|calculates atomic fluctuations
  65 END
  66
  67 HEAD|Distances in structures over time
  68 g_mindist|calculates the minimum distance between two groups
  69 g_dist|calculates the distances between the centers of mass of two groups
  70 g_bond|calculates distances between atoms
  71 g_mdmat|calculates residue contact maps
  72 g_polystat|calculates static properties of polymers
  73 g_rmsdist|calculates atom pair distances averaged with power 2, -3 or -6
  74 END
  75
  76 HEAD|Mass distribution properties over time
  77 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
  78 g_gyrate|calculates the radius of gyration
  79 g_msd|calculates mean square displacements
  80 g_polystat|calculates static properties of polymers
  81 g_rotacf|calculates the rotational correlation function for molecules
  82 g_rotmat|plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
  83 g_vanhove|calculates Van Hove displacement functions
  84 END
  85
  86 HEAD|Analyzing bonded interactions
  87 g_bond|calculates bond length distributions
  88 mk_angndx|generates index files for g_angle
  89 g_angle|calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
  90 g_dih|analyzes dihedral transitions
  91 END
  92
  93 HEAD|Structural properties
  94 g_hbond|computes and analyzes hydrogen bonds
  95 g_saltbr|computes salt bridges
  96 g_sas|computes solvent accessible surface area
  97 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
  98 g_principal|calculates axes of inertia for a group of atoms
  99 g_rdf|calculates radial distribution functions
 100 g_sdf|calculates solvent distribution functions
 101 g_sgangle|computes the angle and distance between two groups
 102 g_sorient|analyzes solvent orientation around solutes
 103 g_spol|analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
 104 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. helices
 105 g_disre|analyzes distance restraints
 106 g_clustsize|calculate size distributions of atomic clusters
 107 anadock|cluster structures from Autodock runs
 108 END
 109
 110 HEAD|Kinetic properties
 111 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
 112 g_velacc|calculates velocity autocorrelation functions
 113 g_tcaf|calculates viscosities of liquids
 114 g_kinetics|derives information about kinetic processes from you trajectories
 115 END
 116
 117 HEAD|Electrostatic properties
 118 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 119 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 120 g_dipoles|computes the total dipole plus fluctuations
 121 g_dielectric|calculates frequency dependent dielectric constants
 122 g_current|calculates dielectric constants for charged systems
 123 END
 124
 125 HEAD|Protein specific analysis
 126 do_dssp|assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
 127 g_chi|calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
 128 g_helix|calculates basic properties of alpha helices
 129 g_helixorient|calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices
 130 g_rama|computes Ramachandran plots
 131 xrama|shows animated Ramachandran plots
 132 wheel|plots helical wheels
 133 END
 134
 135 HEAD|Interfaces
 136 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 137 g_density|calculates the density of the system
 138 g_densmap|calculates 2D planar or axial-radial density maps
 139 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
 140 g_h2order|computes the orientation of water molecules
 141 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. transmembrane helices
 142 g_membed|embeds a protein into a lipid bilayer
 143 END
 144
 145
 146 HEAD|Covariance analysis
 147 g_covar|calculates and diagonalizes the covariance matrix
 148 g_anaeig|analyzes the eigenvectors
 149 make_edi|generate input files for essential dynamics sampling
 150 END
 151
 152 HEAD|Normal modes
 153 grompp|makes a run input file
 154 mdrun|finds a potential energy minimum
 155 mdrun|calculates the Hessian
 156 g_nmeig|diagonalizes the Hessian
 157 g_nmtraj|generate oscillating trajectory of an eigenmode
 158 g_anaeig|analyzes the normal modes
 159 g_nmens|generates an ensemble of structures from the normal modes
 160 END