CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6.2)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100305"
   5     CACHE STRING "Gromacs version string")
   6
   7 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   8 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
   9
  10 ########################################################################
  11 # User input options                                                   #
  12 ########################################################################
  13 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  14 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  15 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  16 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  17 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  18 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  19 set(GMX_ACCELERATION "none"
  20     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  21
  22 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  23     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  24 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  25        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  26 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  27     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  28 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  29 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  30 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  31 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  32 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  33
  34 enable_language(C)
  35
  36 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  37 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  38
  39 #######################################################################
  40 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  41 #######################################################################
  42 if(GMX_OPENMM)
  43     if(GMX_MPI)
  44         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI option!")
  45     endif(GMX_MPI)
  46     if(GMX_THREADS)
  47         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with threads option!")
  48     endif(GMX_THREADS)
  49 #    if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  50 #        message(WARNING "The OpenMM build cannot make use of gromacs software 1/sqrt!")
  51 #        set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  52 #    endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  53     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  54         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  55         set(GMX_ACCELERATION "none")
  56     endif()
  57     if(GMX_FAHCORE)
  58         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  59     endif(GMX_FAHCORE)
  60 endif(GMX_OPENMM)
  61
  62
  63 ########################################################################
  64 # Fix stupid flags on MSVC
  65 ########################################################################
  66 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  67     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  68     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  69     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  70     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  71 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  72
  73 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  74
  75 ########################################################################
  76 #Process MPI settings
  77 ########################################################################
  78 if(GMX_MPI)
  79     if(GMX_THREADS)
  80         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  81         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  82             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  83     endif(GMX_THREADS)
  84     find_package(MPI)
  85     if(MPI_FOUND)
  86         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  87         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  88
  89         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  90         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  91         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  92         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
  93         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
  94             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
  95         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
  96     else(MPI_FOUND)
  97         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
  98     endif(MPI_FOUND)
  99     include(gmxTestCatamount)
 100     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 101     if(GMX_CRAY_XT3)
 102         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 103         set(GMX_NO_NICE 1)
 104     endif(GMX_CRAY_XT3)
 105     set(GMX_LIB_MPI 1)
 106 endif(GMX_MPI)
 107
 108 ########################################################################
 109 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 110 ########################################################################
 111 include(CheckIncludeFiles)
 112 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 113 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 114 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 115 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 116 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 117 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 118 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 119 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 120 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 121 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 122 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 123 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 124 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 125 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 126 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 127 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 128 # SSE support
 129 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 130 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 131 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 132 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 133
 134 include(CheckFunctionExists)
 135 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 136 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 137 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 138 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 139 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 140 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 141 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 142 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 143 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 144 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 145
 146 include(CheckLibraryExists)
 147 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 148
 149 include(CheckTypeSize)
 150 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 151 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 152 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 153 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 154 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 155 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 156
 157 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 158 check_type_size(uid_t uid_t)
 159 if(NOT uid_t)
 160   set(uid_t int)
 161 else(NOT uid_t)
 162   set(uid_t 0)
 163 endif(NOT uid_t)
 164
 165 check_type_size(gid_t gid_t)
 166 if(NOT gid_t)
 167   set(gid_t 1)
 168 else(NOT gid_t)
 169   set(gid_t 0)
 170 endif(NOT gid_t)
 171
 172 check_type_size(size_t size_t)
 173 if(NOT size_t)
 174   set(size_t int)
 175 else(NOT size_t)
 176   set(size_t 0)
 177 endif(NOT size_t)
 178
 179 check_type_size(off_t off_t)
 180 if(NOT off_t)
 181   set(off_t int)
 182 else(NOT off_t)
 183   set(off_t 0)
 184 endif(NOT off_t)
 185
 186 include(TestBigEndian)
 187 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 188
 189
 190
 191 ########################################################################
 192 # Find external packages                                               #
 193 ########################################################################
 194
 195 find_package(LibXml2)
 196 if(LIBXML2_FOUND)
 197     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 198     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 199     set(HAVE_LIBXML2 1)
 200 endif(LIBXML2_FOUND)
 201
 202 find_package(X11)
 203 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 204 if(X11_FOUND)
 205     set(HAVE_X11 1)
 206 endif(X11_FOUND)
 207
 208 if(GMX_THREADS)
 209     include(ThreadMPI)
 210     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 211     set(GMX_MPI 1)
 212     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 213     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 214         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 215     endif()
 216 endif(GMX_THREADS)
 217
 218 if(GMX_OPENMM)
 219     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 220     find_package(CUDA 2.3 EXACT REQUIRED)   # TODO what are we compatible with?
 221     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 222     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 223         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 224     endif()
 225     find_package(OpenMM)
 226 #   message(
 227 #           "OpenMM_ROOT_DIR: ${OpenMM_ROOT_DIR}\n"
 228 #           "OpenMM_LIBRARIES: ${OpenMM_LIBRARIES}\n"
 229 #           "OpenMM_LIBRARY_DIR:   ${OpenMM_LIBRARY_DIR}\n"
 230 #           "OpenMM_INCLUDE_DIR: ${OpenMM_INCLUDE_DIR}\n"
 231 #           "OpenMM_PLUGIN_DIR: ${OpenMM_PLUGIN_DIR}\n"
 232 #           )
 233 endif(GMX_OPENMM)
 234
 235 if(APPLE)
 236    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 237    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 238 endif(APPLE)
 239
 240 ########################################################################
 241 # Our own GROMACS tests
 242 ########################################################################
 243
 244 include(gmxCFlags)
 245 gmx_c_flags()
 246
 247 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 248 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 249 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 250
 251 include(gmxCheckBuildUserTime)
 252 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 253
 254 include(gmxTestFloatFormat)
 255 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 256                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 257                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 258
 259 include(gmxTestLargeFiles)
 260 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 261
 262 include(gmxTestSignal)
 263 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 264
 265 include(gmxTestInline)
 266 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 267
 268 include(gmxTestPipes)
 269 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 270
 271 include(gmxTestInlineASM)
 272 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 273 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 274
 275 include(gmxTestXDR)
 276 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 277 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 278     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 279 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 280
 281 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 282     enable_language(Fortran)
 283     include(FortranCInterface)
 284     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 285     if(extra_under_score)
 286         set(extrasuffix "_")
 287     endif(extra_under_score)
 288
 289     if(isupper)
 290         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 291         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 292     else(isupper)
 293         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 294         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 295     endif(isupper)
 296 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 297         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 298         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 299 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 300
 301
 302 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 303 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 304 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 305 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 306   # nothing to do
 307 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 308     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 309         set(GMX_SSE 1)
 310         if(GMX_IA32_ASM)
 311           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 312           set(GMX_IA32_SSE 1)
 313         endif(GMX_IA32_ASM)
 314     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 315     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 316         if(GMX_X86_64_ASM)
 317           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 318           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 319         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 320           set(GMX_SSE2 1)
 321         endif(GMX_X86_64_ASM)
 322     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 323 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 324 #        set(GMX_SSE3 1)
 325 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 326 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 327 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 328 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 329
 330 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 331     set(GMX_FORTRAN 1)
 332 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 333     set(GMX_BLUEGENE 1)
 334 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 335     set(GMX_POWER6 1)
 336 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 337     set(GMX_IA64_ASM 1)
 338     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 339     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 340 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 341     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 342     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 343         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 344     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 345 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 346     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 347 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 348
 349
 350
 351
 352
 353
 354
 355 # Process QM/MM Settings
 356 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 357 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 358     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 359 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 360     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 361 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 362     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 363 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 364     # nothing to do
 365 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 366     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 367 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 368
 369 # Process FFT library settings
 370 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 371 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 372 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 373     if(GMX_DOUBLE)
 374         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 375     else(GMX_DOUBLE)
 376         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 377     endif(GMX_DOUBLE)
 378
 379     if(NOT FFTW3_FOUND)
 380         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 381     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 382
 383     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 384     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 385     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 386
 387 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 388 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 389     if(GMX_DOUBLE)
 390         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 391     else(GMX_DOUBLE)
 392         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 393     endif(GMX_DOUBLE)
 394
 395     if(NOT FFTW2_FOUND)
 396            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 397     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 398     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 399     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 400
 401     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 402         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 403     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 404         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 405     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 406         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 407     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 408
 409     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 410 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 411 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 412     find_package(MKL REQUIRED)
 413     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 414     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 415
 416     set(GMX_FFT_MKL 1)
 417     set(HAVE_MKL 1)
 418
 419 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 420 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 421 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 422 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 423     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 424     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 425 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 426     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 427 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 428
 429 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 430 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 431   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 432   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 433 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 434   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 435   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 436 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 437
 438 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 439 if(HAVE_LIBM)
 440     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 441 endif(HAVE_LIBM)
 442
 443
 444
 445 if(GMX_FAHCORE)
 446   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 447       "Path to swindirect.h")
 448   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 449 endif(GMX_FAHCORE)
 450
 451 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 452 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 453 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 454
 455 ########################################################################
 456 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 457 ########################################################################
 458 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 459 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 460 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 461 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 462
 463 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 464
 465
 466 add_subdirectory(share)
 467 add_subdirectory(include)
 468 add_subdirectory(man)
 469
 470 add_subdirectory(src)
 471
 472