scripts/completion.bash

   1 shopt -s extglob
   2 _do_dssp_compl() {
   3 local p c
   4 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
   5 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ssdump -map -o -sc -a -ta -aa -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -sss' -- $c)); return 0; fi
   6 case "$p" in
   7 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
   8 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
   9 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  10 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  11 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  12 -ssdump) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  13 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.map*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  14 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  15 -sc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  16 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  17 -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  18 -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  19 esac }
  20 complete -F _do_dssp_compl do_dssp
  21 shopt -s extglob
  22 _editconf_compl() {
  23 local p c
  24 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  25 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -mead -bf -h -version -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -aligncenter -align -translate -rotate -princ -scale -density -pbc -grasp -rvdw -sig56 -vdwread -atom -legend -label -conect' -- $c)); return 0; fi
  26 case "$p" in
  27 -bt) COMPREPLY=( $(compgen -W ' triclinic cubic dodecahedron octahedron ' -- $c ));;
  28 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  29 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  30 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  31 -mead) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pqr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  32 -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  33 esac }
  34 complete -F _editconf_compl editconf
  35 shopt -s extglob
  36 _eneconv_compl() {
  37 local p c
  38 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  39 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
  40 case "$p" in
  41 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  42 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  43 esac }
  44 complete -F _eneconv_compl eneconv
  45 shopt -s extglob
  46 _g_anadock_compl() {
  47 local p c
  48 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  49 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ox -od -of -g -h -version -nice -xvg -free -norms -cutoff' -- $c)); return 0; fi
  50 case "$p" in
  51 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  52 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  53 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  54 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  55 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  56 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  57 esac }
  58 complete -F _g_anadock_compl g_anadock
  59 shopt -s extglob
  60 _g_anaeig_compl() {
  61 local p c
  62 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  63 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -v2 -f -s -n -eig -eig2 -comp -rmsf -proj -2d -3d -filt -extr -over -inpr -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -first -last -skip -max -nframes -split -entropy -temp -nevskip' -- $c)); return 0; fi
  64 case "$p" in
  65 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
  66 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  67 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  68 -v2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  69 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  70 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  71 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  72 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  73 -eig2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  74 -comp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  75 -rmsf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  76 -proj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  77 -2d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  78 -3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  79 -filt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  80 -extr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  81 -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  82 -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  83 esac }
  84 complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
  85 shopt -s extglob
  86 _g_analyze_compl() {
  87 local p c
  88 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  89 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ac -msd -cc -dist -av -ee -bal -g -h -version -nice -w -xvg -notime -b -e -n -d -bw -errbar -integrate -aver_start -xydy -regression -luzar -temp -fitstart -fitend -smooth -filter -power -nosubav -oneacf -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
  90 case "$p" in
  91 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
  92 -errbar) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none stddev error 90 ' -- $c ));;
  93 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
  94 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
  95 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  96 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  97 -msd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  98 -cc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  99 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 100 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 101 -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 102 -bal) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 103 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 104 esac }
 105 complete -F _g_analyze_compl g_analyze
 106 shopt -s extglob
 107 _g_angle_compl() {
 108 local p c
 109 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 110 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -od -ov -of -ot -oh -oc -or -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -type -all -binwidth -noperiodic -chandler -avercorr -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 111 case "$p" in
 112 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 113 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
 114 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 115 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 116 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 117 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 118 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 119 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 120 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 121 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 122 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 123 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 124 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.trr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 125 esac }
 126 complete -F _g_angle_compl g_angle
 127 shopt -s extglob
 128 _g_bar_compl() {
 129 local p c
 130 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 131 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -oi -oh -g -h -version -nice -w -xvg -b -e -temp -prec -nbmin -nbmax -nbin' -- $c)); return 0; fi
 132 case "$p" in
 133 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 134 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 135 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 136 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 137 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 138 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 139 esac }
 140 complete -F _g_bar_compl g_bar
 141 shopt -s extglob
 142 _g_bond_compl() {
 143 local p c
 144 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 145 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -l -d -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -blen -tol -noaver -noaverdist' -- $c)); return 0; fi
 146 case "$p" in
 147 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 148 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 149 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 150 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 151 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 152 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 153 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 154 esac }
 155 complete -F _g_bond_compl g_bond
 156 shopt -s extglob
 157 _g_bundle_compl() {
 158 local p c
 159 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 160 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -od -oz -ot -otr -otl -ok -okr -okl -oa -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -na -z' -- $c)); return 0; fi
 161 case "$p" in
 162 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 163 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 164 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 165 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 166 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 167 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 168 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 169 -oz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 170 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 171 -otr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 172 -otl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 173 -ok) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 174 -okr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 175 -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 176 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 177 esac }
 178 complete -F _g_bundle_compl g_bundle
 179 shopt -s extglob
 180 _g_chi_compl() {
 181 local p c
 182 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 183 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -o -p -ss -jc -corr -g -ot -oh -rt -cp -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -r0 -phi -psi -omega -rama -viol -noperiodic -all -rad -shift -binwidth -core_rotamer -maxchi -nonormhisto -ramomega -bfact -chi_prod -HChi -bmax -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 184 case "$p" in
 185 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 186 -maxchi) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 4 5 6 ' -- $c ));;
 187 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 188 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 189 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 190 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 191 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 192 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 193 -ss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 194 -jc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 195 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 196 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 197 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 198 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 199 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 200 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 201 esac }
 202 complete -F _g_chi_compl g_chi
 203 shopt -s extglob
 204 _g_cluster_compl() {
 205 local p c
 206 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 207 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT' -- $c)); return 0; fi
 208 case "$p" in
 209 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 210 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 211 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' linkage jarvis-patrick monte-carlo diagonalization gromos ' -- $c ));;
 212 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 213 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 214 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 215 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 216 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 217 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 218 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 219 -ev) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 220 -sz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 221 -tr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 222 -ntr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 223 -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 224 -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 225 esac }
 226 complete -F _g_cluster_compl g_cluster
 227 shopt -s extglob
 228 _g_clustsize_compl() {
 229 local p c
 230 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 231 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -ow -nc -mc -ac -hc -temp -mcn -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -cut -mol -nopbc -nskip -nlevels -ndf -rgblo -rgbhi' -- $c)); return 0; fi
 232 case "$p" in
 233 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 234 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 235 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 236 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tpr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 237 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 238 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 239 -ow) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 240 -nc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 241 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 242 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 243 -hc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 244 -temp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 245 -mcn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 246 esac }
 247 complete -F _g_clustsize_compl g_clustsize
 248 shopt -s extglob
 249 _g_confrms_compl() {
 250 local p c
 251 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 252 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -n1 -n2 -no -h -version -nice -w -one -nomw -pbc -nofit -name -label -bfac' -- $c)); return 0; fi
 253 case "$p" in
 254 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 255 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 256 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 257 -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 258 -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 259 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 260 esac }
 261 complete -F _g_confrms_compl g_confrms
 262 shopt -s extglob
 263 _g_covar_compl() {
 264 local p c
 265 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 266 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -v -av -l -ascii -xpm -xpma -h -version -nice -b -e -dt -tu -xvg -nofit -ref -mwa -last -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 267 case "$p" in
 268 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 269 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 270 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 271 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 272 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 273 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 274 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 275 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 276 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 277 -ascii) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 278 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 279 -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 280 esac }
 281 complete -F _g_covar_compl g_covar
 282 shopt -s extglob
 283 _g_current_compl() {
 284 local p c
 285 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 286 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -o -caf -dsp -md -mj -mc -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sh -nonojump -eps -bfit -efit -bvit -evit -tr -temp' -- $c)); return 0; fi
 287 case "$p" in
 288 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 289 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 290 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 291 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 292 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 293 -caf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 294 -dsp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 295 -md) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 296 -mj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 297 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 298 esac }
 299 complete -F _g_current_compl g_current
 300 shopt -s extglob
 301 _g_density_compl() {
 302 local p c
 303 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 304 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -ei -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -dens -ng -symm -center' -- $c)); return 0; fi
 305 case "$p" in
 306 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 307 -dens) COMPREPLY=( $(compgen -W ' mass number charge electron ' -- $c ));;
 308 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 309 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 310 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 311 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 312 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 313 esac }
 314 complete -F _g_density_compl g_density
 315 shopt -s extglob
 316 _g_densmap_compl() {
 317 local p c
 318 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 319 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -o -h -version -nice -b -e -dt -w -bin -aver -xmin -xmax -n1 -n2 -amax -rmax -mirror -sums -unit -dmin -dmax' -- $c)); return 0; fi
 320 case "$p" in
 321 -aver) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z y x ' -- $c ));;
 322 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' nm-3 nm-2 count ' -- $c ));;
 323 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 324 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 325 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 326 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 327 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 328 esac }
 329 complete -F _g_densmap_compl g_densmap
 330 shopt -s extglob
 331 _g_dielectric_compl() {
 332 local p c
 333 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 334 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -d -o -c -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -fft -nox1 -eint -bfit -efit -tail -A -tau1 -tau2 -eps0 -epsRF -fix -ffn -nsmooth' -- $c)); return 0; fi
 335 case "$p" in
 336 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 337 -ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 338 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 339 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 340 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 341 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 342 esac }
 343 complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
 344 shopt -s extglob
 345 _g_dih_compl() {
 346 local p c
 347 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 348 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -sa -mult' -- $c)); return 0; fi
 349 case "$p" in
 350 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 351 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 352 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 353 esac }
 354 complete -F _g_dih_compl g_dih
 355 shopt -s extglob
 356 _g_dipoles_compl() {
 357 local p c
 358 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 359 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -en -f -s -n -o -eps -a -d -c -g -adip -dip3d -cos -cmap -q -slab -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -mu -mumax -epsilonRF -skip -temp -corr -nopairs -ncos -axis -sl -gkratom -gkratom2 -rcmax -phi -nlevels -ndegrees -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 360 case "$p" in
 361 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 362 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol molsep total ' -- $c ));;
 363 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 364 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 365 -en) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 366 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 367 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 368 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 369 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 370 -eps) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 371 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 372 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 373 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 374 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 375 -adip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 376 -dip3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 377 -cos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 378 -cmap) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 379 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 380 -slab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 381 esac }
 382 complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
 383 shopt -s extglob
 384 _g_disre_compl() {
 385 local p c
 386 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 387 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -ds -da -dn -dm -dr -l -n -q -c -x -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -ntop -maxdr -nlevels -nothird' -- $c)); return 0; fi
 388 case "$p" in
 389 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 390 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 391 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 392 -ds) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 393 -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 394 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 395 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 396 -dr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 397 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 398 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 399 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 400 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 401 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 402 esac }
 403 complete -F _g_disre_compl g_disre
 404 shopt -s extglob
 405 _g_dist_compl() {
 406 local p c
 407 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 408 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -lt -h -version -nice -b -e -dt -xvg -dist' -- $c)); return 0; fi
 409 case "$p" in
 410 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 411 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 412 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 413 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 414 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 415 -lt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 416 esac }
 417 complete -F _g_dist_compl g_dist
 418 shopt -s extglob
 419 _g_dyndom_compl() {
 420 local p c
 421 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 422 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -h -version -nice -firstangle -lastangle -nframe -maxangle -trans -head -tail' -- $c)); return 0; fi
 423 case "$p" in
 424 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 425 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 426 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 427 esac }
 428 complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
 429 shopt -s extglob
 430 _g_enemat_compl() {
 431 local p c
 432 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 433 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -groups -eref -emat -etot -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sum -skip -nomean -nlevels -max -min -nocoul -coulr -coul14 -nolj -lj -lj14 -bhamsr -bhamlr -nofree -temp' -- $c)); return 0; fi
 434 case "$p" in
 435 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 436 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 437 -groups) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 438 -eref) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 439 -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 440 -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 441 esac }
 442 complete -F _g_enemat_compl g_enemat
 443 shopt -s extglob
 444 _g_energy_compl() {
 445 local p c
 446 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 447 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -ora -ort -oda -odr -odt -oten -corr -vis -ravg -h -version -nice -b -e -w -xvg -fee -fetemp -zero -sum -dp -nbmin -nbmax -mutot -skip -aver -nmol -nconstr -fluc -orinst -ovec -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 448 case "$p" in
 449 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 450 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 451 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 452 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 453 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 454 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 455 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 456 -viol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 457 -pairs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 458 -ora) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 459 -ort) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 460 -oda) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 461 -odr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 462 -odt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 463 -oten) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 464 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 465 -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 466 -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 467 esac }
 468 complete -F _g_energy_compl g_energy
 469 shopt -s extglob
 470 _g_filter_compl() {
 471 local p c
 472 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 473 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -oh -h -version -nice -b -e -dt -w -nf -all -nonojump -fit' -- $c)); return 0; fi
 474 case "$p" in
 475 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 476 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 477 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 478 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 479 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 480 esac }
 481 complete -F _g_filter_compl g_filter
 482 shopt -s extglob
 483 _g_gyrate_compl() {
 484 local p c
 485 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 486 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -acf -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nmol -q -p -moi -nz -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 487 case "$p" in
 488 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 489 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 490 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 491 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 492 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 493 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 494 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 495 -acf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 496 esac }
 497 complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
 498 shopt -s extglob
 499 _g_h2order_compl() {
 500 local p c
 501 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 502 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nm -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl' -- $c)); return 0; fi
 503 case "$p" in
 504 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 505 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 506 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 507 -nm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 508 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 509 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 510 esac }
 511 complete -F _g_h2order_compl g_h2order
 512 shopt -s extglob
 513 _g_hbond_compl() {
 514 local p c
 515 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 516 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -h -version -nice -b -e -dt -xvg -a -r -noda -r2 -abin -rbin -nonitacc -contact -shell -fitstart -fitstart -temp -smooth -dump -max_hb -nomerge -geminate -diff -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 517 case "$p" in
 518 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 519 -geminate) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none dd ad aa a4 ' -- $c ));;
 520 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 521 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 522 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 523 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 524 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 525 -num) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 526 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 527 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 528 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 529 -ang) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 530 -hx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 531 -hbn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 532 -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 533 -don) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 534 -dan) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 535 -life) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 536 -nhbdist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 537 esac }
 538 complete -F _g_hbond_compl g_hbond
 539 shopt -s extglob
 540 _g_helix_compl() {
 541 local p c
 542 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 543 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -to -cz -co -h -version -nice -b -e -dt -w -r0 -q -noF -db -prop -ev -ahxstart -ahxend' -- $c)); return 0; fi
 544 case "$p" in
 545 -prop) COMPREPLY=( $(compgen -W ' RAD TWIST RISE LEN NHX DIP RMS CPHI RMSA PHI PSI HB3 HB4 HB5 CD222 ' -- $c ));;
 546 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 547 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 548 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 549 -to) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.g87*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 550 -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 551 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 552 esac }
 553 complete -F _g_helix_compl g_helix
 554 shopt -s extglob
 555 _g_helixorient_compl() {
 556 local p c
 557 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 558 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -oaxis -ocenter -orise -oradius -otwist -obending -otilt -orot -h -version -nice -b -e -dt -xvg -sidechain -incremental' -- $c)); return 0; fi
 559 case "$p" in
 560 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 561 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 562 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 563 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 564 -oaxis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 565 -ocenter) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 566 -orise) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 567 -oradius) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 568 -otwist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 569 -obending) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 570 -otilt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 571 -orot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 572 esac }
 573 complete -F _g_helixorient_compl g_helixorient
 574 shopt -s extglob
 575 _g_lie_compl() {
 576 local p c
 577 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 578 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -Elj -Eqq -Clj -Cqq -ligand' -- $c)); return 0; fi
 579 case "$p" in
 580 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 581 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 582 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 583 esac }
 584 complete -F _g_lie_compl g_lie
 585 shopt -s extglob
 586 _g_mdmat_compl() {
 587 local p c
 588 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 589 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -mean -frames -no -h -version -nice -b -e -dt -xvg -t -nlevels' -- $c)); return 0; fi
 590 case "$p" in
 591 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 592 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 593 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 594 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 595 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 596 -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 597 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 598 esac }
 599 complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
 600 shopt -s extglob
 601 _g_membed_compl() {
 602 local p c
 603 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 604 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -p -o -x -cpi -cpo -c -e -g -ei -rerun -table -tablep -tableb -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -h -version -nice -deffnm -xvg -xyinit -xyend -zinit -zend -nxy -nz -rad -pieces -asymmetry -ndiff -maxwarn -nocompact -v' -- $c)); return 0; fi
 605 case "$p" in
 606 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 607 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 608 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 609 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 610 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 611 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 612 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 613 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 614 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 615 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 616 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 617 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 618 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 619 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 620 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 621 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 622 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 623 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 624 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 625 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 626 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 627 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 628 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 629 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 630 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 631 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 632 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 633 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 634 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 635 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 636 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 637 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 638 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 639 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 640 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 641 esac }
 642 complete -F _g_membed_compl g_membed
 643 shopt -s extglob
 644 _g_mindist_compl() {
 645 local p c
 646 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 647 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -on -o -ox -or -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -matrix -max -d -group -pi -split -ng -nopbc -respertime -printresname' -- $c)); return 0; fi
 648 case "$p" in
 649 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 650 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 651 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 652 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 653 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 654 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 655 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 656 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 657 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 658 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 659 esac }
 660 complete -F _g_mindist_compl g_mindist
 661 shopt -s extglob
 662 _g_morph_compl() {
 663 local p c
 664 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 665 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -or -n -h -version -nice -w -xvg -ninterm -first -last -nofit' -- $c)); return 0; fi
 666 case "$p" in
 667 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 668 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 669 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 670 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 671 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 672 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 673 esac }
 674 complete -F _g_morph_compl g_morph
 675 shopt -s extglob
 676 _g_msd_compl() {
 677 local p c
 678 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 679 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -mol -pdb -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -type -lateral -ten -ngroup -nomw -rmcomm -tpdb -trestart -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 680 case "$p" in
 681 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 682 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 683 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 684 -lateral) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 685 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 686 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 687 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 688 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 689 -mol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 690 -pdb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 691 esac }
 692 complete -F _g_msd_compl g_msd
 693 shopt -s extglob
 694 _g_nmeig_compl() {
 695 local p c
 696 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 697 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -of -ol -v -h -version -nice -xvg -nom -first -last' -- $c)); return 0; fi
 698 case "$p" in
 699 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 700 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 701 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 702 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 703 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 704 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 705 esac }
 706 complete -F _g_nmeig_compl g_nmeig
 707 shopt -s extglob
 708 _g_nmens_compl() {
 709 local p c
 710 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 711 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -e -s -n -o -h -version -nice -xvg -temp -seed -num -first -last' -- $c)); return 0; fi
 712 case "$p" in
 713 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 714 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 715 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 716 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 717 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 718 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 719 esac }
 720 complete -F _g_nmens_compl g_nmens
 721 shopt -s extglob
 722 _g_nmtraj_compl() {
 723 local p c
 724 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 725 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -v -o -h -version -nice -eignr -phases -temp -amplitude -nframes' -- $c)); return 0; fi
 726 case "$p" in
 727 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 728 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 729 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 730 esac }
 731 complete -F _g_nmtraj_compl g_nmtraj
 732 shopt -s extglob
 733 _g_order_compl() {
 734 local p c
 735 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 736 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nr -s -o -od -ob -os -Sg -Sk -Sgsl -Sksl -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -szonly -unsat -permolecule -radial -calcdist' -- $c)); return 0; fi
 737 case "$p" in
 738 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 739 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
 740 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 741 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 742 -nr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 743 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 744 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 745 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 746 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 747 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 748 -Sg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 749 -Sk) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 750 -Sgsl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 751 -Sksl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 752 esac }
 753 complete -F _g_order_compl g_order
 754 shopt -s extglob
 755 _g_polystat_compl() {
 756 local p c
 757 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 758 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -v -p -i -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -nomw -pc' -- $c)); return 0; fi
 759 case "$p" in
 760 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 761 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 762 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 763 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 764 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 765 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 766 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 767 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 768 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 769 esac }
 770 complete -F _g_polystat_compl g_polystat
 771 shopt -s extglob
 772 _g_potential_compl() {
 773 local p c
 774 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 775 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -oc -of -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -sl -cb -ce -tz -spherical -ng -correct' -- $c)); return 0; fi
 776 case "$p" in
 777 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 778 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 779 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 780 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 781 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 782 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 783 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 784 esac }
 785 complete -F _g_potential_compl g_potential
 786 shopt -s extglob
 787 _g_principal_compl() {
 788 local p c
 789 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 790 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -a1 -a2 -a3 -om -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -foo' -- $c)); return 0; fi
 791 case "$p" in
 792 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 793 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 794 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 795 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 796 -a1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 797 -a2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 798 -a3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 799 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 800 esac }
 801 complete -F _g_principal_compl g_principal
 802 shopt -s extglob
 803 _g_protonate_compl() {
 804 local p c
 805 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 806 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
 807 case "$p" in
 808 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 809 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 810 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 811 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 812 esac }
 813 complete -F _g_protonate_compl g_protonate
 814 shopt -s extglob
 815 _g_rama_compl() {
 816 local p c
 817 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 818 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg' -- $c)); return 0; fi
 819 case "$p" in
 820 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 821 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 822 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 823 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 824 esac }
 825 complete -F _g_rama_compl g_rama
 826 shopt -s extglob
 827 _g_rdf_compl() {
 828 local p c
 829 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 830 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -d -o -sq -cn -hq -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -bin -com -surf -rdf -nopbc -nonorm -xy -cut -ng -fade -nlevel -startq -endq -energy' -- $c)); return 0; fi
 831 case "$p" in
 832 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 833 -surf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no mol res ' -- $c ));;
 834 -rdf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom mol_com mol_cog res_com res_cog ' -- $c ));;
 835 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 836 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 837 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 838 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 839 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 840 -sq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 841 -cn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 842 -hq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 843 esac }
 844 complete -F _g_rdf_compl g_rdf
 845 shopt -s extglob
 846 _g_rms_compl() {
 847 local p c
 848 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 849 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -f2 -n -o -mir -a -dist -m -bin -bm -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -what -nopbc -fit -prev -split -skip -skip2 -max -min -bmax -bmin -nomw -nlevels -ng' -- $c)); return 0; fi
 850 case "$p" in
 851 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
 852 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 853 -what) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rmsd rho rhosc ' -- $c ));;
 854 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rot+trans translation none ' -- $c ));;
 855 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 856 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 857 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 858 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 859 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 860 -mir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 861 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 862 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 863 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 864 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 865 -bm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 866 esac }
 867 complete -F _g_rms_compl g_rms
 868 shopt -s extglob
 869 _g_rmsdist_compl() {
 870 local p c
 871 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 872 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -equiv -o -rms -scl -mean -nmr3 -nmr6 -noe -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -nlevels -max -nosumh -nopbc' -- $c)); return 0; fi
 873 case "$p" in
 874 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 875 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 876 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 877 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 878 -equiv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 879 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 880 -rms) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 881 -scl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 882 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 883 -nmr3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 884 -nmr6) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 885 -noe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 886 esac }
 887 complete -F _g_rmsdist_compl g_rmsdist
 888 shopt -s extglob
 889 _g_rmsf_compl() {
 890 local p c
 891 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 892 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -q -oq -ox -o -od -oc -dir -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -res -aniso -nofit' -- $c)); return 0; fi
 893 case "$p" in
 894 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 895 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 896 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 897 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 898 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 899 -oq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 900 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 901 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 902 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 903 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 904 -dir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 905 esac }
 906 complete -F _g_rmsf_compl g_rmsf
 907 shopt -s extglob
 908 _g_rotacf_compl() {
 909 local p c
 910 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 911 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -d -noaver -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 912 case "$p" in
 913 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 914 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 915 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
 916 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 917 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 918 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 919 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 920 esac }
 921 complete -F _g_rotacf_compl g_rotacf
 922 shopt -s extglob
 923 _g_rotmat_compl() {
 924 local p c
 925 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 926 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -ref -skip -fitxy -nomw' -- $c)); return 0; fi
 927 case "$p" in
 928 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 929 -ref) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none xyz xy ' -- $c ));;
 930 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 931 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 932 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 933 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 934 esac }
 935 complete -F _g_rotmat_compl g_rotmat
 936 shopt -s extglob
 937 _g_saltbr_compl() {
 938 local p c
 939 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 940 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -version -nice -b -e -dt -t -sep' -- $c)); return 0; fi
 941 case "$p" in
 942 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 943 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 944 esac }
 945 complete -F _g_saltbr_compl g_saltbr
 946 shopt -s extglob
 947 _g_sas_compl() {
 948 local p c
 949 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 950 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -or -oa -tv -q -n -i -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -probe -ndots -qmax -f_index -minarea -nopbc -noprot -dgs' -- $c)); return 0; fi
 951 case "$p" in
 952 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 953 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 954 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 955 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 956 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 957 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 958 -tv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 959 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 960 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 961 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 962 esac }
 963 complete -F _g_sas_compl g_sas
 964 shopt -s extglob
 965 _g_sdf_compl() {
 966 local p c
 967 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 968 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -r -h -version -nice -b -e -dt -mode -triangle -dtri -bin -grid' -- $c)); return 0; fi
 969 case "$p" in
 970 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 971 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 972 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 973 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 974 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 975 esac }
 976 complete -F _g_sdf_compl g_sdf
 977 shopt -s extglob
 978 _g_select_compl() {
 979 local p c
 980 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 981 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -sf -n -os -oc -oi -om -on -h -version -nice -b -e -dt -xvg -normpbc -nopbc -select -selrpos -seltype -dump -norm -cfnorm -resnr' -- $c)); return 0; fi
 982 case "$p" in
 983 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
 984 -selrpos) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom res_com res_cog mol_com mol_cog whole_res_com whole_res_cog whole_mol_com whole_mol_cog part_res_com part_res_cog part_mol_com part_mol_cog dyn_res_com dyn_res_cog dyn_mol_com dyn_mol_cog ' -- $c ));;
 985 -seltype) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom res_com res_cog mol_com mol_cog whole_res_com whole_res_cog whole_mol_com whole_mol_cog part_res_com part_res_cog part_mol_com part_mol_cog dyn_res_com dyn_res_cog dyn_mol_com dyn_mol_cog ' -- $c ));;
 986 -resnr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' number index ' -- $c ));;
 987 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 988 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 989 -sf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 990 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 991 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 992 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 993 -oi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 994 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 995 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 996 esac }
 997 complete -F _g_select_compl g_select
 998 shopt -s extglob
 999 _g_sgangle_compl() {
1000 local p c
1001 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1002 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -oa -od -od1 -od2 -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -one -z' -- $c)); return 0; fi
1003 case "$p" in
1004 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1005 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1006 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1007 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1008 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1009 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1010 -od1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1011 -od2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1012 esac }
1013 complete -F _g_sgangle_compl g_sgangle
1014 shopt -s extglob
1015 _g_sham_compl() {
1016 local p c
1017 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1018 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ge -ene -dist -histo -bin -lp -ls -lsh -lss -map -ls3 -mdata -g -h -version -nice -w -xvg -notime -b -e -ttol -n -d -bw -nosham -tsham -pmin -dim -ngrid -xmin -xmax -pmax -gmax -emin -emax -nlevels -mname' -- $c)); return 0; fi
1019 case "$p" in
1020 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1021 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1022 -ge) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1023 -ene) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1024 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1025 -histo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1026 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1027 -lp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1028 -ls) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1029 -lsh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1030 -lss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1031 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1032 -ls3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1033 -mdata) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1034 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1035 esac }
1036 complete -F _g_sham_compl g_sham
1037 shopt -s extglob
1038 _g_sigeps_compl() {
1039 local p c
1040 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1041 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -o -h -version -nice -w -xvg -c6 -cn -pow -sig -eps -A -B -C -qi -qj -sigfac' -- $c)); return 0; fi
1042 case "$p" in
1043 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1044 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1045 esac }
1046 complete -F _g_sigeps_compl g_sigeps
1047 shopt -s extglob
1048 _g_sorient_compl() {
1049 local p c
1050 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1051 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -no -ro -co -rc -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -com -v23 -rmin -rmax -cbin -rbin -pbc' -- $c)); return 0; fi
1052 case "$p" in
1053 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1054 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1055 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1056 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1057 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1058 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1059 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1060 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1061 -rc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1062 esac }
1063 complete -F _g_sorient_compl g_sorient
1064 shopt -s extglob
1065 _g_spatial_compl() {
1066 local p c
1067 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1068 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -h -version -nice -b -e -dt -w -pbc -nodiv -ign -bin -nab' -- $c)); return 0; fi
1069 case "$p" in
1070 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1071 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1072 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1073 esac }
1074 complete -F _g_spatial_compl g_spatial
1075 shopt -s extglob
1076 _g_spol_compl() {
1077 local p c
1078 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1079 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -com -refat -rmin -rmax -dip -bw' -- $c)); return 0; fi
1080 case "$p" in
1081 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1082 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1083 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1084 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1085 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1086 esac }
1087 complete -F _g_spol_compl g_spol
1088 shopt -s extglob
1089 _g_tcaf_compl() {
1090 local p c
1091 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1092 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ot -oa -o -of -oc -ov -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -mol -k34 -wt -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1093 case "$p" in
1094 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1095 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1096 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
1097 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1098 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1099 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1100 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1101 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1102 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1103 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1104 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1105 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1106 esac }
1107 complete -F _g_tcaf_compl g_tcaf
1108 shopt -s extglob
1109 _g_traj_compl() {
1110 local p c
1111 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1112 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ox -oxt -ov -of -ob -ot -ekt -ekr -vd -cv -cf -av -af -h -version -nice -b -e -dt -tu -w -xvg -com -nopbc -mol -nojump -nox -noy -noz -ng -len -fp -bin -scale' -- $c)); return 0; fi
1113 case "$p" in
1114 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1115 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1116 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1117 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1118 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1119 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1120 -oxt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1121 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1122 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1123 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1124 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1125 -ekt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1126 -ekr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1127 -vd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1128 -cv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1129 -cf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1130 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1131 -af) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1132 esac }
1133 complete -F _g_traj_compl g_traj
1134 shopt -s extglob
1135 _g_tune_pme_compl() {
1136 local p c
1137 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1138 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -p -err -so -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -bo -bx -bcpo -bc -be -bg -beo -bdhdl -bfield -btpi -btpid -bjo -bffout -bdevout -brunav -bpx -bpf -bmtx -bdn -h -version -nice -xvg -np -npstring -nt -r -max -min -npme -upfac -downfac -ntpr -four -steps -resetstep -simsteps -launch -deffnm -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
1139 case "$p" in
1140 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1141 -npstring) COMPREPLY=( $(compgen -W ' -np -n none ' -- $c ));;
1142 -npme) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto all subset ' -- $c ));;
1143 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1144 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1145 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1146 -err) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1147 -so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1148 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1149 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1150 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1151 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1152 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1153 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1154 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1155 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1156 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1157 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1158 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1159 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1160 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1161 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1162 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1163 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1164 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1165 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1166 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1167 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1168 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1169 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1170 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1171 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1172 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1173 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1174 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1175 -bo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1176 -bx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1177 -bcpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1178 -bc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1179 -be) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1180 -bg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1181 -beo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1182 -bdhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1183 -bfield) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1184 -btpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1185 -btpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1186 -bjo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1187 -bffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1188 -bdevout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1189 -brunav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1190 -bpx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1191 -bpf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1192 -bmtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1193 -bdn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1194 esac }
1195 complete -F _g_tune_pme_compl g_tune_pme
1196 shopt -s extglob
1197 _g_vanhove_compl() {
1198 local p c
1199 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1200 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -om -or -ot -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -sqrt -fm -rmax -rbin -mmax -nlevels -nr -fr -rt -ft' -- $c)); return 0; fi
1201 case "$p" in
1202 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1203 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1204 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1205 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1206 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1207 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1208 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1209 esac }
1210 complete -F _g_vanhove_compl g_vanhove
1211 shopt -s extglob
1212 _g_velacc_compl() {
1213 local p c
1214 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1215 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -version -nice -b -e -dt -w -xvg -m -mol -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1216 case "$p" in
1217 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1218 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1219 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
1220 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1221 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1222 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1223 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1224 esac }
1225 complete -F _g_velacc_compl g_velacc
1226 shopt -s extglob
1227 _g_wham_compl() {
1228 local p c
1229 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1230 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -ix -if -it -ip -o -hist -bsres -bsprof -tab -wcorr -h -version -nice -xvg -min -max -noauto -bins -temp -tol -v -b -e -dt -histonly -boundsonly -nolog -unit -zprof0 -cycl -alpha -flip -hist-eq -nBootstrap -bs-dt -bs-seed -nohistbs -histbs-block -vbs' -- $c)); return 0; fi
1231 case "$p" in
1232 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1233 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' kJ kCal kT ' -- $c ));;
1234 -cycl) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no yes weighted ' -- $c ));;
1235 -ix) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1236 -if) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1237 -it) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1238 -ip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1239 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1240 -hist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1241 -bsres) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1242 -bsprof) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1243 -tab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1244 -wcorr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1245 esac }
1246 complete -F _g_wham_compl g_wham
1247 shopt -s extglob
1248 _g_wheel_compl() {
1249 local p c
1250 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1251 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -version -nice -r0 -rot0 -T -nonn' -- $c)); return 0; fi
1252 case "$p" in
1253 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1254 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1255 esac }
1256 complete -F _g_wheel_compl g_wheel
1257 shopt -s extglob
1258 _g_x2top_compl() {
1259 local p c
1260 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1261 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -r -h -version -nice -ff -v -nexcl -noH14 -alldih -remdih -nopairs -name -nopbc -pdbq -noparam -noround -kb -kt -kp' -- $c)); return 0; fi
1262 case "$p" in
1263 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1264 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1265 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rtp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1266 esac }
1267 complete -F _g_x2top_compl g_x2top
1268 shopt -s extglob
1269 _g_xrama_compl() {
1270 local p c
1271 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1272 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1273 case "$p" in
1274 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1275 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1276 esac }
1277 complete -F _g_xrama_compl g_xrama
1278 shopt -s extglob
1279 _genbox_compl() {
1280 local p c
1281 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1282 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -version -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell -maxsol -vel' -- $c)); return 0; fi
1283 case "$p" in
1284 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1285 -cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1286 -ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1287 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1288 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1289 esac }
1290 complete -F _genbox_compl genbox
1291 shopt -s extglob
1292 _genconf_compl() {
1293 local p c
1294 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1295 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -trj -h -version -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -norenumber' -- $c)); return 0; fi
1296 case "$p" in
1297 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1298 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1299 -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1300 esac }
1301 complete -F _genconf_compl genconf
1302 shopt -s extglob
1303 _genion_compl() {
1304 local p c
1305 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1306 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -table -n -o -g -pot -p -h -version -nice -xvg -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -norandom -seed -scale -conc -neutral' -- $c)); return 0; fi
1307 case "$p" in
1308 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1309 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1310 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1311 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1312 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1313 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1314 -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1315 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1316 esac }
1317 complete -F _genion_compl genion
1318 shopt -s extglob
1319 _genrestr_compl() {
1320 local p c
1321 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1322 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -of -h -version -nice -fc -freeze -disre -disre_dist -disre_frac -disre_up2 -cutoff -constr' -- $c)); return 0; fi
1323 case "$p" in
1324 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1325 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1326 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1327 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1328 esac }
1329 complete -F _genrestr_compl genrestr
1330 shopt -s extglob
1331 _gmxcheck_compl() {
1332 local p c
1333 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1334 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -n -m -h -version -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -rmsd -tol -abstol -ab -lastener' -- $c)); return 0; fi
1335 case "$p" in
1336 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1337 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1338 -s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1339 -s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1340 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1341 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1342 -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1343 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1344 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tex*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1345 esac }
1346 complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
1347 shopt -s extglob
1348 _gmxdump_compl() {
1349 local p c
1350 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1351 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -cp -p -mtx -om -h -version -nice -nonr -sys' -- $c)); return 0; fi
1352 case "$p" in
1353 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1354 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1355 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1356 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1357 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1358 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1359 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1360 esac }
1361 complete -F _gmxdump_compl gmxdump
1362 shopt -s extglob
1363 _grompp_compl() {
1364 local p c
1365 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1366 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -po -c -r -rb -n -p -pp -o -t -e -h -version -nice -v -time -normvsbds -maxwarn -zero -norenum' -- $c)); return 0; fi
1367 case "$p" in
1368 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1369 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1370 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1371 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1372 -rb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1373 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1374 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1375 -pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1376 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1377 -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1378 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1379 esac }
1380 complete -F _grompp_compl grompp
1381 shopt -s extglob
1382 _make_edi_compl() {
1383 local p c
1384 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1385 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -eig -s -n -tar -ori -o -h -version -nice -xvg -mon -linfix -linacc -flood -radfix -radacc -radcon -outfrq -slope -maxedsteps -deltaF0 -deltaF -tau -eqsteps -Eflnull -T -alpha -linstep -accdir -radstep -restrain -hessian -harmonic' -- $c)); return 0; fi
1386 case "$p" in
1387 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1388 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1389 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1390 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1391 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1392 -tar) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1393 -ori) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1394 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1395 esac }
1396 complete -F _make_edi_compl make_edi
1397 shopt -s extglob
1398 _make_ndx_compl() {
1399 local p c
1400 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1401 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -h -version -nice -natoms' -- $c)); return 0; fi
1402 case "$p" in
1403 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1404 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1405 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1406 esac }
1407 complete -F _make_ndx_compl make_ndx
1408 shopt -s extglob
1409 _mdrun_compl() {
1410 local p c
1411 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1412 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dhdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -h -version -nice -deffnm -xvg -pd -dd -nt -npme -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -gcom -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -cpnum -noappend -maxh -multi -replex -reseed -ionize' -- $c)); return 0; fi
1413 case "$p" in
1414 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1415 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1416 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1417 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1418 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1419 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1420 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1421 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1422 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1423 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1424 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1425 -dhdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1426 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1427 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1428 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1429 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1430 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1431 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1432 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1433 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1434 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1435 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1436 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1437 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1438 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1439 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1440 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1441 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1442 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1443 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1444 esac }
1445 complete -F _mdrun_compl mdrun
1446 shopt -s extglob
1447 _mk_angndx_compl() {
1448 local p c
1449 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1450 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -h -version -nice -type -nohyd -hq' -- $c)); return 0; fi
1451 case "$p" in
1452 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
1453 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1454 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1455 esac }
1456 complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
1457 shopt -s extglob
1458 _ngmx_compl() {
1459 local p c
1460 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1461 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -h -version -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1462 case "$p" in
1463 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1464 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1465 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1466 esac }
1467 complete -F _ngmx_compl ngmx
1468 shopt -s extglob
1469 _pdb2gmx_compl() {
1470 local p c
1471 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1472 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -p -i -n -q -h -version -nice -chainsep -ff -water -inter -ss -ter -lys -arg -asp -glu -gln -his -angle -dist -una -ignh -missing -v -posrefc -vsite -heavyh -deuterate -nochargegrp -nocmap -renum -rtpres' -- $c)); return 0; fi
1473 case "$p" in
1474 -chainsep) COMPREPLY=( $(compgen -W ' id_or_ter id_and_ter ter id interactive ' -- $c ));;
1475 -water) COMPREPLY=( $(compgen -W ' select none spc spce tip3p tip4p tip5p ' -- $c ));;
1476 -vsite) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none hydrogens aromatics ' -- $c ));;
1477 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1478 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1479 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1480 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1481 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1482 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1483 esac }
1484 complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
1485 shopt -s extglob
1486 _tpbconv_compl() {
1487 local p c
1488 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1489 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -n -o -h -version -nice -extend -until -nsteps -time -zeroq -novel -nocont' -- $c)); return 0; fi
1490 case "$p" in
1491 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1492 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1493 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1494 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1495 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1496 esac }
1497 complete -F _tpbconv_compl tpbconv
1498 shopt -s extglob
1499 _trjcat_compl() {
1500 local p c
1501 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1502 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -demux -h -version -nice -tu -xvg -b -e -dt -prec -novel -settime -nosort -keeplast -overwrite -cat' -- $c)); return 0; fi
1503 case "$p" in
1504 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1505 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1506 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1507 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1508 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1509 -demux) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1510 esac }
1511 complete -F _trjcat_compl trjcat
1512 shopt -s extglob
1513 _trjconv_compl() {
1514 local p c
1515 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1516 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -s -n -fr -sub -drop -h -version -nice -b -e -tu -w -xvg -skip -dt -round -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -boxcenter -box -trans -shift -fit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep -nzero -dropunder -dropover -conect' -- $c)); return 0; fi
1517 case "$p" in
1518 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' fs ps ns us ms s ' -- $c ));;
1519 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1520 -pbc) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol res atom nojump cluster whole ' -- $c ));;
1521 -ur) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rect tric compact ' -- $c ));;
1522 -boxcenter) COMPREPLY=( $(compgen -W ' tric rect zero ' -- $c ));;
1523 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none rot+trans rotxy+transxy translation transxy progressive ' -- $c ));;
1524 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1525 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1526 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1527 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1528 -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1529 -sub) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1530 -drop) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1531 esac }
1532 complete -F _trjconv_compl trjconv
1533 shopt -s extglob
1534 _trjorder_compl() {
1535 local p c
1536 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1537 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -nshell -h -version -nice -b -e -dt -xvg -na -da -com -r -z' -- $c)); return 0; fi
1538 case "$p" in
1539 -xvg) COMPREPLY=( $(compgen -W ' xmgrace xmgr none ' -- $c ));;
1540 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1541 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1542 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1543 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1544 -nshell) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1545 esac }
1546 complete -F _trjorder_compl trjorder
1547 shopt -s extglob
1548 _xpm2ps_compl() {
1549 local p c
1550 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1551 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -di -do -o -xpm -h -version -nice -w -noframe -title -yonce -legend -diag -size -bx -by -rainbow -gradient -skip -zeroline -legoffset -combine -cmin -cmax' -- $c)); return 0; fi
1552 case "$p" in
1553 -title) COMPREPLY=( $(compgen -W ' top once ylabel none ' -- $c ));;
1554 -legend) COMPREPLY=( $(compgen -W ' both first second none ' -- $c ));;
1555 -diag) COMPREPLY=( $(compgen -W ' first second none ' -- $c ));;
1556 -rainbow) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no blue red ' -- $c ));;
1557 -combine) COMPREPLY=( $(compgen -W ' halves add sub mult div ' -- $c ));;
1558 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1559 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1560 -di) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1561 -do) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1562 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1563 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1564 esac }
1565 complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps