CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  14     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  15 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  16
  17
  18 ########################################################################
  19 # User input options                                                   #
  20 ########################################################################
  21 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  22 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  23 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  24 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  25 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  26 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  27 set(GMX_ACCELERATION "none"
  28     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  29
  30 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  31     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  32 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  33        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  34 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  35     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  36 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  37 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  38 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  39 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  40 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  41
  42 enable_language(C)
  43
  44 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  45 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  46 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  47
  48 #######################################################################
  49 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  50 #######################################################################
  51 if(GMX_OPENMM)
  52     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
  53     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
  54     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
  55     if(GMX_MPI)
  56         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
  57     endif(GMX_MPI)
  58     if(GMX_THREADS)
  59         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
  60         set(GMX_THREADS OFF)
  61     endif(GMX_THREADS)
  62     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  63         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  64     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  65     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  66         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  67         set(GMX_ACCELERATION "none")
  68     endif()
  69     if(GMX_FAHCORE)
  70         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
  71     endif(GMX_FAHCORE)
  72 endif(GMX_OPENMM)
  73
  74
  75 ########################################################################
  76 # Fix stupid flags on MSVC
  77 ########################################################################
  78 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  80     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  81     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  82     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  83 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  84
  85 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  86
  87 ########################################################################
  88 #Process MPI settings
  89 ########################################################################
  90 if(GMX_MPI)
  91     if(GMX_THREADS)
  92         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  93         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  94             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  95     endif(GMX_THREADS)
  96     find_package(MPI)
  97     if(MPI_FOUND)
  98         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  99         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
 100
 101         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
 102         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
 103         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
 104         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 105         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 106             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 107         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 108     else(MPI_FOUND)
 109         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 110     endif(MPI_FOUND)
 111     include(gmxTestCatamount)
 112     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 113     if(GMX_CRAY_XT3)
 114         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 115         set(GMX_NO_NICE 1)
 116     endif(GMX_CRAY_XT3)
 117     set(GMX_LIB_MPI 1)
 118 endif(GMX_MPI)
 119
 120 ########################################################################
 121 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 122 ########################################################################
 123 include(CheckIncludeFiles)
 124 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 125 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 126 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 127 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 128 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 129 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 130 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 131 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 132 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 133 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 134 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 135 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 136 check_include_files(copyfile.h   HAVE_COPYFILE_H)
 137 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 138 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 139 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 140 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 141 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 142 # SSE support
 143 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 144 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 145 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 146 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 147 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 148
 149
 150 include(CheckFunctionExists)
 151 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 152 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 153 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 154 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 155 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 156 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 157 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 158 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 159 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 160 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 161 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 162 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 163 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 164 check_function_exists(copyfile          HAVE_COPYFILE)
 165 # check_function_exists(CopyFile          HAVE_WIN_COPYFILE)
 166 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 167
 168 include(CheckLibraryExists)
 169 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 170 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 171
 172 include(CheckTypeSize)
 173 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 174 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 175 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 176 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 177 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 178 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 179
 180 if (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 181     set(GMX_64_BIT FALSE)
 182 else (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 183     set(GMX_64_BIT TRUE)
 184 endif (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 185
 186 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 187 check_type_size(uid_t uid_t)
 188 if(NOT uid_t)
 189   set(uid_t int)
 190 else(NOT uid_t)
 191   set(uid_t 0)
 192 endif(NOT uid_t)
 193
 194 check_type_size(gid_t gid_t)
 195 if(NOT gid_t)
 196   set(gid_t 1)
 197 else(NOT gid_t)
 198   set(gid_t 0)
 199 endif(NOT gid_t)
 200
 201 check_type_size(size_t size_t)
 202 if(NOT size_t)
 203   set(size_t int)
 204 else(NOT size_t)
 205   set(size_t 0)
 206 endif(NOT size_t)
 207
 208 check_type_size(off_t off_t)
 209 if(NOT off_t)
 210   set(off_t int)
 211 else(NOT off_t)
 212   set(off_t 0)
 213 endif(NOT off_t)
 214
 215 include(TestBigEndian)
 216 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 217
 218
 219
 220
 221 ########################################################################
 222 # Find external packages                                               #
 223 ########################################################################
 224
 225 find_package(LibXml2)
 226 if(LIBXML2_FOUND)
 227     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 228     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 229     set(HAVE_LIBXML2 1)
 230 endif(LIBXML2_FOUND)
 231
 232 find_package(X11)
 233 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 234 if(X11_FOUND)
 235     set(HAVE_X11 1)
 236 endif(X11_FOUND)
 237
 238 if(GMX_THREADS)
 239     include(ThreadMPI)
 240     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 241     set(GMX_MPI 1)
 242     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 243     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 244         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 245     endif()
 246 endif(GMX_THREADS)
 247
 248 if(GMX_OPENMM)
 249     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 250     find_package(CUDA 2.3 REQUIRED)
 251     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 252     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 253         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 254     endif()
 255     find_package(OpenMM)
 256 endif(GMX_OPENMM)
 257
 258 if(APPLE)
 259    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 260    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 261 endif(APPLE)
 262
 263 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 264 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 265     if(USE_VERSION_H)
 266         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 267         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 268         find_package(Git 1.5.1)
 269         # this should at some point become VERSION_LESS
 270         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
 271             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 272         endif()
 273     endif()
 274 else()
 275     set(USE_VERSION_H OFF)
 276 endif()
 277
 278 if (GMX_DLOPEN)
 279     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
 280 endif (GMX_DLOPEN)
 281
 282 ########################################################################
 283 # Generate development version info for cache
 284 ########################################################################
 285 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 286 # include(gmxGenerateVersionString)
 287
 288 ########################################################################
 289 # Our own GROMACS tests
 290 ########################################################################
 291
 292 include(CheckCCompilerFlag)
 293 include(CheckCXXCompilerFlag)
 294
 295 include(gmxCFlags)
 296 gmx_c_flags()
 297
 298 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 299 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 300 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 301
 302 include(gmxCheckBuildUserTime)
 303 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 304
 305 include(gmxTestFloatFormat)
 306 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 307                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 308                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 309
 310 include(gmxTestLargeFiles)
 311 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 312
 313 include(gmxTestSignal)
 314 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 315
 316 include(gmxTestInline)
 317 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 318
 319 include(gmxTestPipes)
 320 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 321
 322 include(gmxTestInlineASM)
 323 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 324 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 325
 326 # reasonable defaults for fast binaries.
 327 if (NOT DEFINED GMX_SSE_SET)
 328     if (GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 329         set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 330         if (GMX_64_BIT)
 331             set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL
 332                 "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 333         else (GMX_64_BIT)
 334             set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL
 335                 "Add SSE assembly files for IA32" FORCE)
 336         endif (GMX_64_BIT)
 337     endif (GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 338     set (GMX_SSE_SET true CACHE INTERNAL "SSE is set" FORCE)
 339 endif (NOT DEFINED GMX_SSE_SET)
 340
 341
 342
 343
 344 include(gmxTestXDR)
 345 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 346 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 347     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 348 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 349
 350 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 351     enable_language(Fortran)
 352     include(FortranCInterface)
 353     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 354     if(extra_under_score)
 355         set(extrasuffix "_")
 356     endif(extra_under_score)
 357
 358     if(isupper)
 359         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 360         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 361     else(isupper)
 362         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 363         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 364     endif(isupper)
 365 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 366         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 367         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 368 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 369
 370
 371 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 372 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 373 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 374 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 375   # nothing to do
 376 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 377     if (NOT GMX_64_BIT)
 378         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 379         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 380         if (XFLAGS_SSE)
 381             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 382         endif (XFLAGS_SSE)
 383         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 384         if (XXFLAGS_SSE)
 385             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 386         endif (XXFLAGS_SSE)
 387     endif (NOT GMX_64_BIT)
 388     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 389         if(GMX_IA32_ASM)
 390           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 391           set(GMX_IA32_SSE 1)
 392         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 393           set(GMX_SSE 1)
 394         endif(GMX_IA32_ASM)
 395     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 396     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 397         if(GMX_X86_64_ASM)
 398           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 399           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 400         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 401           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 402             set(GMX_SSE2 1)
 403           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 404         endif(GMX_X86_64_ASM)
 405     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 406 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 407 #        set(GMX_SSE3 1)
 408 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 409 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 410 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 411 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 412
 413 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 414     set(GMX_FORTRAN 1)
 415 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 416     set(GMX_BLUEGENE 1)
 417 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 418     set(GMX_POWER6 1)
 419 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 420     set(GMX_IA64_ASM 1)
 421     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 422     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 423 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 424     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 425     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 426         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 427     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 428 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 429     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 430 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 431
 432
 433
 434
 435
 436
 437
 438 # Process QM/MM Settings
 439 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 440 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 441     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 442 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 443     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 444 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 445     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 446 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 447     # nothing to do
 448 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 449     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 450 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 451
 452 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 453 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 454 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 455 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 456     if(GMX_DOUBLE)
 457         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 458     else(GMX_DOUBLE)
 459         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 460     endif(GMX_DOUBLE)
 461
 462     if(NOT FFTW3_FOUND)
 463         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 464     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 465
 466     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 467     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 468     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 469
 470 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 471 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 472     if(GMX_DOUBLE)
 473         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 474     else(GMX_DOUBLE)
 475         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 476     endif(GMX_DOUBLE)
 477
 478     if(NOT FFTW2_FOUND)
 479            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 480     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 481     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 482     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 483
 484     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 485         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 486     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 487         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 488     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 489         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 490     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 491
 492     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 493 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 494 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 495     find_package(MKL REQUIRED)
 496     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 497     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 498
 499     set(GMX_FFT_MKL 1)
 500     set(HAVE_MKL 1)
 501
 502 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 503 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 504 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 505 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 506     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 507     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 508 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 509     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 510 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 511
 512 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 513 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 514   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 515   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 516 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 517   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 518   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 519 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 520
 521 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 522 if(HAVE_LIBM)
 523     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 524 endif(HAVE_LIBM)
 525
 526
 527
 528 if(GMX_FAHCORE)
 529   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 530       "Path to swindirect.h")
 531   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 532 endif(GMX_FAHCORE)
 533
 534 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 535 # these are set after everything else
 536 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 537     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 538         FORCE)
 539     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 540         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 541     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 542         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 543     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 544         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 545         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 546 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 547
 548 ########################################################################
 549 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 550 ########################################################################
 551 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 552 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 553 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 554 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 555
 556 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 557
 558
 559 add_subdirectory(share)
 560 add_subdirectory(include)
 561 add_subdirectory(man)
 562
 563 add_subdirectory(src)
 564
 565