kernel/nb_kernel_ElecEwSw_VdwNone_GeomW4W4/reference.warn

   1 WARNING 1 [file grompp.mdp]:
   2   The switching range should be 5% or less (currently 100.00% using a
   3   switching range of 0.000000-0.990000) for accurate electrostatic
   4   energies, energy conservation will be good regardless, since ewald_rtol =
   5   1e-05.
   6
   7 WARNING 2 [file grompp.mdp]:
   8   rvdw-switch is equal 0 even though you are using a switched Lennard-Jones
   9   potential.  This suggests it was not set in the mdp, which can lead to
  10   large energy errors.  In GROMACS, 0.05 to 0.1 nm is often a reasonable
  11   vdw switching range.
  12
  13 WARNING 3 [file topol.top, line 103]:
  14   The bond in molecule-type SOL between atoms 1 OW and 2 HW1 has an
  15   estimated oscillational period of 8.6e-03 ps, which is less than 5 times
  16   the time step of 2.0e-03 ps.
  17   Maybe you asked for fexible water.
  18
  19 WARNING 4 [file grompp.mdp]:
  20   Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups
  21
  22 WARNING 5 [file grompp.mdp]:
  23   The sum of the two largest charge group radii (0.272388) is larger than
  24   rlist (0.010000)
  25