kernel/nb_kernel_ElecEwSw_VdwBhamSw_GeomW3P1/reference.warn

   1 WARNING 1 [file grompp.mdp]:
   2   The switching range should be 5% or less (currently 22.22% using a
   3   switching range of 0.700000-0.900000) for accurate electrostatic
   4   energies, energy conservation will be good regardless, since ewald_rtol =
   5   1e-05.
   6
   7 WARNING 2 [file topol.top, line 187]:
   8   The bond in molecule-type Protein between atoms 1 N and 2 H1 has an
   9   estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times
  10   the time step of 2.0e-03 ps.
  11   Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
  12
  13 WARNING 3 [file grompp.mdp]:
  14   Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups
  15
  16 WARNING 4 [file grompp.mdp]:
  17   The sum of the two largest charge group radii (0.077669) is larger than
  18   rlist (0.900000) - rvdw (0.900000).
  19   With exact cut-offs, better performance can be obtained with
  20   cutoff-scheme = Verlet, because it does not use charge groups at all.
  21
  22 WARNING 5 [file grompp.mdp]:
  23   The sum of the two largest charge group radii (0.168825) is larger than
  24   rlist (0.900000) - rcoulomb (0.900000).
  25   With exact cut-offs, better performance can be obtained with
  26   cutoff-scheme = Verlet, because it does not use charge groups at all.
  27