man/man1/g_mdmat.1

   1 .TH g_mdmat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_mdmat - calculates residue contact maps
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_mdmat\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-mean" " dm.xpm "
  12 .BI "\-frames" " dmf.xpm "
  13 .BI "\-no" " num.xvg "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-t" " real "
  22 .BI "\-nlevels" " int "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&g_mdmat makes distance matrices consisting of the smallest distance
  25 \&between residue pairs. With \-frames these distance matrices can be
  26 \&stored as a function
  27 \&of time, to be able to see differences in tertiary structure as a
  28 \&funcion of time. If you choose your options unwise, this may generate
  29 \&a large output file. Default only an averaged matrix over the whole
  30 \&trajectory is output.
  31 \&Also a count of the number of different atomic contacts between
  32 \&residues over the whole trajectory can be made.
  33 \&The output can be processed with xpm2ps to make a PostScript (tm) plot.
  34 .SH FILES
  35 .BI "\-f" " traj.xtc"
  36 .B Input
  37  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  38
  39 .BI "\-s" " topol.tpr"
  40 .B Input
  41  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  42
  43 .BI "\-n" " index.ndx"
  44 .B Input, Opt.
  45  Index file
  46
  47 .BI "\-mean" " dm.xpm"
  48 .B Output
  49  X PixMap compatible matrix file
  50
  51 .BI "\-frames" " dmf.xpm"
  52 .B Output, Opt.
  53  X PixMap compatible matrix file
  54
  55 .BI "\-no" " num.xvg"
  56 .B Output, Opt.
  57  xvgr/xmgr file
  58
  59 .SH OTHER OPTIONS
  60 .BI "\-[no]h"  "no    "
  61  Print help info and quit
  62
  63 .BI "\-[no]version"  "no    "
  64  Print version info and quit
  65
  66 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  67  Set the nicelevel
  68
  69 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  70  First frame (ps) to read from trajectory
  71
  72 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  73  Last frame (ps) to read from trajectory
  74
  75 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  76  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  77
  78 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  79  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  80
  81 .BI "\-t"  " real" " 1.5   "
  82  trunc distance
  83
  84 .BI "\-nlevels"  " int" " 40"
  85  Discretize distance in  levels
  86
  87 .SH SEE ALSO
  88 .BR gromacs(7)
  89
  90 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.