man/man1/g_helixorient.1

   1 .TH g_helixorient 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_helixorient - calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_helixorient\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-oaxis" " helixaxis.dat "
  12 .BI "\-ocenter" " center.dat "
  13 .BI "\-orise" " rise.xvg "
  14 .BI "\-oradius" " radius.xvg "
  15 .BI "\-otwist" " twist.xvg "
  16 .BI "\-obending" " bending.xvg "
  17 .BI "\-otilt" " tilt.xvg "
  18 .BI "\-orot" " rotation.xvg "
  19 .BI "\-[no]h" ""
  20 .BI "\-[no]version" ""
  21 .BI "\-nice" " int "
  22 .BI "\-b" " time "
  23 .BI "\-e" " time "
  24 .BI "\-dt" " time "
  25 .BI "\-xvg" " enum "
  26 .BI "\-[no]sidechain" ""
  27 .BI "\-[no]incremental" ""
  28 .SH DESCRIPTION
  29 \&g_helixorient calculates the coordinates and direction of the average
  30 \&axis inside an alpha helix, and the direction/vectors of both the
  31 \&alpha carbon and (optionally) a sidechain atom relative to the axis.
  32
  33
  34 \&As input, you need to specify an index group with alpha carbon atoms
  35 \&corresponding to an alpha helix of continuous residues. Sidechain
  36 \&directions require a second index group of the same size, containing
  37 \&the heavy atom in each residue that should represent the sidechain.
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  40 \&Note that this program does not do any fitting of structures.
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  43 \&We need four Calpha coordinates to define the local direction of the helix
  44 \&axis.
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  46
  47 \&The tilt/rotation is calculated from Euler rotations, where we define
  48 \&the helix axis as the local X axis, the residues/CA\-vector as Y, and the
  49 \&Z axis from their cross product. We use the Euler Y\-Z\-X rotation, meaning
  50 \&we first tilt the helix axis (1) around and (2) orthogonal to the residues
  51 \&vector, and finally apply the (3) rotation around it. For debugging or other
  52 \&purposes, we also write out the actual Euler rotation angles as theta1\-3.xvg
  53 .SH FILES
  54 .BI "\-s" " topol.tpr"
  55 .B Input
  56  Run input file: tpr tpb tpa
  57
  58 .BI "\-f" " traj.xtc"
  59 .B Input
  60  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  61
  62 .BI "\-n" " index.ndx"
  63 .B Input, Opt.
  64  Index file
  65
  66 .BI "\-oaxis" " helixaxis.dat"
  67 .B Output
  68  Generic data file
  69
  70 .BI "\-ocenter" " center.dat"
  71 .B Output
  72  Generic data file
  73
  74 .BI "\-orise" " rise.xvg"
  75 .B Output
  76  xvgr/xmgr file
  77
  78 .BI "\-oradius" " radius.xvg"
  79 .B Output
  80  xvgr/xmgr file
  81
  82 .BI "\-otwist" " twist.xvg"
  83 .B Output
  84  xvgr/xmgr file
  85
  86 .BI "\-obending" " bending.xvg"
  87 .B Output
  88  xvgr/xmgr file
  89
  90 .BI "\-otilt" " tilt.xvg"
  91 .B Output
  92  xvgr/xmgr file
  93
  94 .BI "\-orot" " rotation.xvg"
  95 .B Output
  96  xvgr/xmgr file
  97
  98 .SH OTHER OPTIONS
  99 .BI "\-[no]h"  "no    "
 100  Print help info and quit
 101
 102 .BI "\-[no]version"  "no    "
 103  Print version info and quit
 104
 105 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 106  Set the nicelevel
 107
 108 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 109  First frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 112  Last frame (ps) to read from trajectory
 113
 114 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 115  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 116
 117 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 118  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 119
 120 .BI "\-[no]sidechain"  "no    "
 121  Calculate sidechain directions relative to helix axis too.
 122
 123 .BI "\-[no]incremental"  "no    "
 124  Calculate incremental rather than total rotation/tilt.
 125
 126 .SH SEE ALSO
 127 .BR gromacs(7)
 128
 129 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.