man/man1/g_density.1

   1 .TH g_density 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
   2 .SH NAME
   3 g_density - calculates the density of the system
   4
   5 .B VERSION 4.5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_density\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-ei" " electrons.dat "
  12 .BI "\-o" " density.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-d" " string "
  22 .BI "\-sl" " int "
  23 .BI "\-dens" " enum "
  24 .BI "\-ng" " int "
  25 .BI "\-[no]symm" ""
  26 .BI "\-[no]center" ""
  27 .SH DESCRIPTION
  28 \&Compute partial densities across the box, using an index file. Densities
  29 \&in kg/m3, number densities or electron densities can be
  30 \&calculated. For electron densities, a file describing the number of
  31 \&electrons for each type of atom should be provided using \fB \-ei\fR.
  32 \&It should look like:
  33
  34 \&   2
  35
  36 \&   atomname = nrelectrons
  37
  38 \&   atomname = nrelectrons
  39
  40 \&The first line contains the number of lines to read from the file.
  41 \&There should be one line for each unique atom name in your system.
  42 \&The number of electrons for each atom is modified by its atomic
  43 \&partial charge.
  44 .SH FILES
  45 .BI "\-f" " traj.xtc"
  46 .B Input
  47  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  48
  49 .BI "\-n" " index.ndx"
  50 .B Input, Opt.
  51  Index file
  52
  53 .BI "\-s" " topol.tpr"
  54 .B Input
  55  Run input file: tpr tpb tpa
  56
  57 .BI "\-ei" " electrons.dat"
  58 .B Input, Opt.
  59  Generic data file
  60
  61 .BI "\-o" " density.xvg"
  62 .B Output
  63  xvgr/xmgr file
  64
  65 .SH OTHER OPTIONS
  66 .BI "\-[no]h"  "no    "
  67  Print help info and quit
  68
  69 .BI "\-[no]version"  "no    "
  70  Print version info and quit
  71
  72 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  73  Set the nicelevel
  74
  75 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  76  First frame (ps) to read from trajectory
  77
  78 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  79  Last frame (ps) to read from trajectory
  80
  81 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  82  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  83
  84 .BI "\-[no]w"  "no    "
  85  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  86
  87 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  88  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  89
  90 .BI "\-d"  " string" " Z"
  91  Take the normal on the membrane in direction X, Y or Z.
  92
  93 .BI "\-sl"  " int" " 50"
  94  Divide the box in nr slices.
  95
  96 .BI "\-dens"  " enum" " mass"
  97  Density: \fB mass\fR, \fB number\fR, \fB charge\fR or \fB electron\fR
  98
  99 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 100  Number of groups to compute densities of
 101
 102 .BI "\-[no]symm"  "no    "
 103  Symmetrize the density along the axis, with respect to the center. Useful for bilayers.
 104
 105 .BI "\-[no]center"  "no    "
 106  Shift the center of mass along the axis to zero. This means if your axis is Z and your box is bX, bY, bZ, the center of mass will be at bX/2, bY/2, 0.
 107
 108 .SH KNOWN PROBLEMS
 109 \- When calculating electron densities, atomnames are used instead of types. This is bad.
 110
 111 .SH SEE ALSO
 112 .BR gromacs(7)
 113
 114 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.