CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  14     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  15 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  16
  17 enable_language(C)
  18
  19
  20 ########################################################################
  21 # Fix stupid flags on MSVC
  22 ########################################################################
  23 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  24     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  25     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  26     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  27     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  28 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  29
  30 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  31
  32 ######################################################################
  33 # compiler tests
  34 # these need ot be done early (before further tests).
  35 #####################################################################
  36
  37 include(CheckCCompilerFlag)
  38 include(CheckCXXCompilerFlag)
  39
  40 # check for buggy GCC 4.1.x
  41 include(gmxCheckGCCVersion)
  42
  43 include(gmxCFlags)
  44 gmx_c_flags()
  45
  46 ########################################################################
  47 # User input options                                                   #
  48 ########################################################################
  49 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  50 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  51 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS)" ON)
  52 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  53 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  54 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  55 set(GMX_ACCELERATION "auto"
  56     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  57
  58 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  59     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  60 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  61        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  62 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  63     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
  64 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  65 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  66 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  67 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  68 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  69
  70
  71 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  72 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  73 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  74 option(GMX_DISABLE_GCC41_CHECK "Disable check for (buggy) gcc 4.1.x" OFF)
  75
  76 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries.")
  77
  78
  79
  80 ########################################################################
  81 #Process MPI settings
  82 ########################################################################
  83 if(GMX_MPI)
  84     if(GMX_THREADS)
  85         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  86         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  87             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  88     endif(GMX_THREADS)
  89     find_package(MPI)
  90     if(MPI_FOUND)
  91         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  92         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  93
  94         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  95         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  96         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  97         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
  98         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
  99             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 100         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 101     else(MPI_FOUND)
 102         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 103     endif(MPI_FOUND)
 104     include(gmxTestCatamount)
 105     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 106     if(GMX_CRAY_XT3)
 107         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 108         set(GMX_NO_NICE 1)
 109     endif(GMX_CRAY_XT3)
 110     set(GMX_LIB_MPI 1)
 111 endif(GMX_MPI)
 112
 113
 114 #######################################################################
 115 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 116 #######################################################################
 117 if(GMX_OPENMM)
 118     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
 119     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 120     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
 121     if(GMX_MPI)
 122         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 123     endif(GMX_MPI)
 124     if(GMX_THREADS)
 125         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
 126         set(GMX_THREADS OFF)
 127     endif(GMX_THREADS)
 128     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 129         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
 130     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 131     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "auto|none|None|NONE" OR NOT ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "")
 132         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
 133         set(GMX_ACCELERATION "none")
 134     endif()
 135     if(GMX_FAHCORE)
 136         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 137     endif(GMX_FAHCORE)
 138 endif(GMX_OPENMM)
 139
 140
 141
 142 ########################################################################
 143 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 144 ########################################################################
 145 include(CheckIncludeFiles)
 146 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 147 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 148 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 149 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 150 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 151 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 152 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 153 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 154 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 155 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 156 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 157 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 158 check_include_files(copyfile.h   HAVE_COPYFILE_H)
 159 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 160 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 161 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 162 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 163 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 164 # SSE support
 165 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 166 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 167 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 168 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 169 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 170
 171
 172 include(CheckFunctionExists)
 173 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 174 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 175 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 176 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 177 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 178 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 179 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 180 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 181 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 182 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 183 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 184 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 185 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 186 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 187 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 188 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 189 check_function_exists(copyfile          HAVE_COPYFILE)
 190 # check_function_exists(CopyFile          HAVE_WIN_COPYFILE)
 191 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 192
 193 include(CheckLibraryExists)
 194 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 195 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 196
 197 include(CheckTypeSize)
 198 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 199 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 200 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 201 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 202 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 203 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 204
 205 if (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 206     set(GMX_64_BIT FALSE)
 207 else (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 208     set(GMX_64_BIT TRUE)
 209 endif (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 210
 211 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 212 check_type_size(uid_t uid_t)
 213 if(NOT uid_t)
 214   set(uid_t int)
 215 else(NOT uid_t)
 216   set(uid_t 0)
 217 endif(NOT uid_t)
 218
 219 check_type_size(gid_t gid_t)
 220 if(NOT gid_t)
 221   set(gid_t 1)
 222 else(NOT gid_t)
 223   set(gid_t 0)
 224 endif(NOT gid_t)
 225
 226 check_type_size(size_t size_t)
 227 if(NOT size_t)
 228   set(size_t int)
 229 else(NOT size_t)
 230   set(size_t 0)
 231 endif(NOT size_t)
 232
 233 check_type_size(off_t off_t)
 234 if(NOT off_t)
 235   set(off_t int)
 236 else(NOT off_t)
 237   set(off_t 0)
 238 endif(NOT off_t)
 239
 240 include(TestBigEndian)
 241 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 242
 243
 244
 245
 246 ########################################################################
 247 # Find external packages                                               #
 248 ########################################################################
 249
 250 find_package(LibXml2)
 251 set(PKG_XML "")
 252 if(LIBXML2_FOUND)
 253     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 254     set(PKG_XML libxml-2.0)
 255     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 256     set(HAVE_LIBXML2 1)
 257 endif(LIBXML2_FOUND)
 258
 259 find_package(gsl)
 260 set(PKG_GSL "")
 261 if(GSL_FOUND)
 262     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 263     set(PKG_GSL gsl)
 264     set(HAVE_LIBGSL 1)
 265 endif(GSL_FOUND)
 266
 267 find_package(X11)
 268 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 269 if(X11_FOUND)
 270     set(HAVE_X11 1)
 271 endif(X11_FOUND)
 272
 273 if(GMX_THREADS)
 274     include(ThreadMPI)
 275     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 276     set(GMX_MPI 1)
 277     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 278     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 279         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 280     endif()
 281 endif(GMX_THREADS)
 282
 283 if(GMX_OPENMM)
 284     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 285     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 286     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 287     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 288         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 289     endif()
 290     find_package(OpenMM)
 291 endif(GMX_OPENMM)
 292
 293 if(APPLE)
 294    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 295    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 296 endif(APPLE)
 297
 298 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 299 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 300     if(USE_VERSION_H)
 301         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 302         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 303         find_package(Git 1.5.1)
 304         # this should at some point become VERSION_LESS
 305         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
 306             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 307         endif()
 308     endif()
 309 else()
 310     set(USE_VERSION_H OFF)
 311 endif()
 312
 313 if (GMX_DLOPEN)
 314     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
 315 endif (GMX_DLOPEN)
 316
 317 ########################################################################
 318 # Generate development version info for cache
 319 ########################################################################
 320 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 321 # include(gmxGenerateVersionString)
 322
 323 ########################################################################
 324 # Our own GROMACS tests
 325 ########################################################################
 326
 327 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 328 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 329 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 330
 331 include(gmxCheckBuildUserTime)
 332 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 333
 334 include(gmxTestFloatFormat)
 335 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 336                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 337                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 338
 339 include(gmxTestLargeFiles)
 340 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 341
 342 include(gmxTestSignal)
 343 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 344
 345 include(gmxTestInline)
 346 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 347
 348 include(gmxTestRestrict)
 349 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 350
 351 include(gmxTestPipes)
 352 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 353
 354 include(gmxTestInlineASM)
 355 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 356 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 357
 358 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 359 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 360     if (GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 361         set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 362         if (GMX_64_BIT)
 363             set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL
 364                 "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 365         else (GMX_64_BIT)
 366             set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL
 367                 "Add SSE assembly files for IA32" FORCE)
 368         endif (GMX_64_BIT)
 369     endif (GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 370 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 371
 372
 373
 374
 375 include(gmxTestXDR)
 376 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 377 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 378     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 379 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 380
 381 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 382     enable_language(Fortran)
 383     include(FortranCInterface)
 384     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 385     if(extra_under_score)
 386         set(extrasuffix "_")
 387     endif(extra_under_score)
 388
 389     if(isupper)
 390         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 391         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 392     else(isupper)
 393         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 394         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 395     endif(isupper)
 396 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 397         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 398         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 399 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 400
 401
 402 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 403 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 404 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 405 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 406   # nothing to do
 407 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 408     if (NOT GMX_64_BIT)
 409         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 410         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 411         if (XFLAGS_SSE)
 412             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 413         endif (XFLAGS_SSE)
 414         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 415         if (XXFLAGS_SSE)
 416             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 417         endif (XXFLAGS_SSE)
 418     endif (NOT GMX_64_BIT)
 419     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 420         if(GMX_IA32_ASM)
 421           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 422           set(GMX_IA32_SSE 1)
 423         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 424           set(GMX_SSE 1)
 425         endif(GMX_IA32_ASM)
 426     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 427     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 428         if(GMX_X86_64_ASM)
 429           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 430           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 431         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 432           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 433             set(GMX_SSE2 1)
 434           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 435         endif(GMX_X86_64_ASM)
 436     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 437 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 438 #        set(GMX_SSE3 1)
 439 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 440 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 441 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 442 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 443
 444 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 445     set(GMX_FORTRAN 1)
 446 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 447     set(GMX_BLUEGENE 1)
 448 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 449     set(GMX_POWER6 1)
 450 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 451     set(GMX_IA64_ASM 1)
 452     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 453     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 454 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 455     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 456     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 457         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 458     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 459 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 460     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 461 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 462
 463
 464
 465
 466
 467
 468
 469 # Process QM/MM Settings
 470 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 471 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 472     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 473 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 474     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 475 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 476     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 477 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 478     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 479 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 480     # nothing to do
 481 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 482     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 483 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 484
 485 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 486 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 487 set(PKG_FFT "")
 488 set(PKG_FFT_LIBS "")
 489 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 490 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 491     if(GMX_DOUBLE)
 492         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 493         set(PKG_FFT "fftw3")
 494     else(GMX_DOUBLE)
 495         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 496         set(PKG_FFT "fftw3f")
 497     endif(GMX_DOUBLE)
 498
 499     if(NOT FFTW3_FOUND)
 500         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 501     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 502
 503     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 504     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 505     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 506
 507 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 508 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 509     if(GMX_DOUBLE)
 510         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 511     else(GMX_DOUBLE)
 512         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 513     endif(GMX_DOUBLE)
 514
 515     if(NOT FFTW2_FOUND)
 516            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 517     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 518     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 519     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 520     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
 521
 522     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 523         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 524     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 525         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 526     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 527         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 528     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 529
 530     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 531 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 532 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 533     find_package(MKL REQUIRED)
 534     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 535     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 536     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 537
 538     set(GMX_FFT_MKL 1)
 539     set(HAVE_MKL 1)
 540
 541 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 542 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 543 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 544 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 545     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 546     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 547 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 548     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 549 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 550
 551 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 552 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 553   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 554   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 555 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 556   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 557   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 558 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 559
 560 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 561 if(HAVE_LIBM)
 562     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 563 endif(HAVE_LIBM)
 564
 565
 566
 567 if(GMX_FAHCORE)
 568   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 569       "Path to swindirect.h")
 570   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 571 endif(GMX_FAHCORE)
 572
 573 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 574 # these are set after everything else
 575 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 576     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 577         FORCE)
 578     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 579         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 580     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 581         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 582     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 583         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 584         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 585 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 586
 587 ########################################################################
 588 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 589 ########################################################################
 590 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 591 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 592 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 593 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 594 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 595
 596 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 597
 598
 599 add_subdirectory(share)
 600 add_subdirectory(include)
 601 add_subdirectory(man)
 602
 603 add_subdirectory(src)
 604
 605 ########################################################################
 606 # Tests                                                                #
 607 ########################################################################
 608
 609 enable_testing()
 610 add_test(TestBuildAll make)
 611
 612 add_subdirectory(tests)