Use ListOfLists for atom to constraint mapping
[gromacs.git] / src / gromacs / mdlib / 
tree851983e9d88fcca984cafb55814385562d2d5ddb
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 1992 CMakeLists.txt
-rw-r--r-- 5253 boxdeformation.cpp
-rw-r--r-- 3549 boxdeformation.h
-rw-r--r-- 4604 broadcaststructs.cpp
-rw-r--r-- 4287 broadcaststructs.h
-rw-r--r-- 53746 calc_verletbuf.cpp
-rw-r--r-- 7753 calc_verletbuf.h
-rw-r--r-- 3924 calcmu.cpp
-rw-r--r-- 2485 calcmu.h
-rw-r--r-- 7533 calcvir.cpp
-rw-r--r-- 2161 calcvir.h
-rw-r--r-- 4498 checkpointhandler.cpp
-rw-r--r-- 5861 checkpointhandler.h
-rw-r--r-- 5534 compute_io.cpp
-rw-r--r-- 2126 compute_io.h
-rw-r--r-- 40762 constr.cpp
-rw-r--r-- 12627 constr.h
-rw-r--r-- 8190 constraintrange.cpp
-rw-r--r-- 2089 constraintrange.h
-rw-r--r-- 59608 coupling.cpp
-rw-r--r-- 25725 dispersioncorrection.cpp
-rw-r--r-- 7520 dispersioncorrection.h
-rw-r--r-- 10572 ebin.cpp
-rw-r--r-- 7669 ebin.h
-rw-r--r-- 8117 enerdata_utils.cpp
-rw-r--r-- 2531 enerdata_utils.h
-rw-r--r-- 50449 energyoutput.cpp
-rw-r--r-- 13856 energyoutput.h
-rw-r--r-- 49126 expanded.cpp
-rw-r--r-- 3285 expanded.h
-rw-r--r-- 16172 force.cpp
-rw-r--r-- 5888 force.h
-rw-r--r-- 2819 force_flags.h
-rw-r--r-- 51224 forcerec.cpp
-rw-r--r-- 5928 forcerec.h
-rw-r--r-- 2003 forcerec_threading.h
-rw-r--r-- 16334 gmx_omp_nthreads.cpp
-rw-r--r-- 4839 gmx_omp_nthreads.h
-rw-r--r-- 14351 groupcoord.cpp
-rw-r--r-- 10865 groupcoord.h
-rw-r--r-- 15939 leapfrog_cuda.cu
-rw-r--r-- 6509 leapfrog_cuda.cuh
-rw-r--r-- 84278 lincs.cpp
-rw-r--r-- 4560 lincs.h
-rw-r--r-- 40811 lincs_cuda.cu
-rw-r--r-- 7707 lincs_cuda.cuh
-rw-r--r-- 4915 makeconstraints.h
-rw-r--r-- 20083 md_support.cpp
-rw-r--r-- 6718 md_support.h
-rw-r--r-- 18521 mdatoms.cpp
-rw-r--r-- 4361 mdatoms.h
-rw-r--r-- 24658 mdebin_bar.cpp
-rw-r--r-- 8186 mdebin_bar.h
-rw-r--r-- 18156 mdoutf.cpp
-rw-r--r-- 6714 mdoutf.h
-rw-r--r-- 48070 membed.cpp
-rw-r--r-- 2547 membed.h
-rw-r--r-- 27505 nsgrid.cpp
-rw-r--r-- 6534 nsgrid.h
-rw-r--r-- 16084 perf_est.cpp
-rw-r--r-- 2666 perf_est.h
-rw-r--r-- 9694 qm_gamess.cpp
-rw-r--r-- 2305 qm_gamess.h
-rw-r--r-- 27466 qm_gaussian.cpp
-rw-r--r-- 2696 qm_gaussian.h
-rw-r--r-- 9371 qm_mopac.cpp
-rw-r--r-- 2459 qm_mopac.h
-rw-r--r-- 11006 qm_orca.cpp
-rw-r--r-- 1923 qm_orca.h
-rw-r--r-- 32891 qmmm.cpp
-rw-r--r-- 6597 qmmm.h
-rw-r--r-- 4302 rbin.cpp
-rw-r--r-- 2773 rbin.h
-rw-r--r-- 8698 resethandler.cpp
-rw-r--r-- 8297 resethandler.h
-rw-r--r-- 3047 rf_util.cpp
-rw-r--r-- 2039 rf_util.h
-rw-r--r-- 31086 settle.cpp
-rw-r--r-- 4130 settle.h
-rw-r--r-- 24515 settle_cuda.cu
-rw-r--r-- 10335 settle_cuda.cuh
-rw-r--r-- 30836 shake.cpp
-rw-r--r-- 5095 shake.h
-rw-r--r-- 5383 sighandler.cpp
-rw-r--r-- 3944 sighandler.h
-rw-r--r-- 78745 sim_util.cpp
-rw-r--r-- 5123 simulationsignal.cpp
-rw-r--r-- 6454 simulationsignal.h
-rw-r--r-- 10865 splitter.cpp
-rw-r--r-- 2258 splitter.h
-rw-r--r-- 12207 stat.cpp
-rw-r--r-- 3297 stat.h
-rw-r--r-- 8473 stophandler.cpp
-rw-r--r-- 13185 stophandler.h
drwxr-xr-x - tests
-rw-r--r-- 9815 tgroup.cpp
-rw-r--r-- 3190 tgroup.h
-rw-r--r-- 7814 trajectory_writing.cpp
-rw-r--r-- 3781 trajectory_writing.h
-rw-r--r-- 72331 update.cpp
-rw-r--r-- 16143 update.h
-rw-r--r-- 7404 update_constrain_cuda.h
-rw-r--r-- 4662 update_constrain_cuda_impl.cpp
-rw-r--r-- 12030 update_constrain_cuda_impl.cu
-rw-r--r-- 9081 update_constrain_cuda_impl.h
-rw-r--r-- 28276 updategroups.cpp
-rw-r--r-- 3648 updategroups.h
-rw-r--r-- 5605 updategroupscog.cpp
-rw-r--r-- 6469 updategroupscog.h
-rw-r--r-- 19621 vcm.cpp
-rw-r--r-- 4457 vcm.h
-rw-r--r-- 82942 vsite.cpp
-rw-r--r-- 7474 vsite.h
-rw-r--r-- 11589 wall.cpp
-rw-r--r-- 2613 wall.h