Use ListOfLists for atom to constraint mapping
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-rw-r--r-- 4307 entropy.cpp
-rw-r--r-- 2971 gmx_make_ndx.cpp
-rw-r--r-- 6218 gmx_mindist.cpp
-rw-r--r-- 6633 gmx_msd.cpp
-rw-r--r-- 3659 gmx_traj.cpp
-rw-r--r-- 20 msd.ndx
-rw-r--r-- 182 msd_coords.gro
-rw-r--r-- 920 msd_traj.xtc
drwxr-xr-x - refdata