Merge branch 'release-4-5-patches' into release-4-6
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drwxr-xr-x   ..
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-rw-r--r-- 6923 add_par.c
-rw-r--r-- 2443 add_par.h
-rw-r--r-- 4006 compute_io.c
-rw-r--r-- 1688 compute_io.h
-rw-r--r-- 15890 convparm.c
-rw-r--r-- 1658 convparm.h
-rw-r--r-- 20862 do_gct.c
-rw-r--r-- 9628 fflibutil.c
-rw-r--r-- 3101 fflibutil.h
-rw-r--r-- 5872 ffscan.c
-rw-r--r-- 2030 g_luck.c
-rw-r--r-- 6165 g_protonate.c
-rw-r--r-- 17079 g_x2top.c
-rw-r--r-- 2119 g_x2top.h
-rw-r--r-- 14182 gctio.c
-rw-r--r-- 21044 gen_ad.c
-rw-r--r-- 64741 gen_vsite.c
-rw-r--r-- 1984 gen_vsite.h
-rw-r--r-- 18198 genalg.c
-rw-r--r-- 2606 genalg.h
-rw-r--r-- 21537 genhydro.c
-rw-r--r-- 2795 genhydro.h
drwxr-xr-x - gmx_gpu_utils
-rw-r--r-- 2846 gmx_xml.c
-rw-r--r-- 539 gmx_xml.h
-rw-r--r-- 21181 gmxcheck.c
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-rw-r--r-- 13650 gpp_atomtype.c
-rw-r--r-- 2734 gpp_bond_atomtype.c
-rw-r--r-- 2305 gpp_bond_atomtype.h
-rw-r--r-- 1683 gpp_tomorse.h
-rw-r--r-- 51308 grompp.c
-rw-r--r-- 6173 h_db.c
-rw-r--r-- 2197 h_db.h
-rw-r--r-- 7318 hackblock.c
-rw-r--r-- 7891 hizzie.c
-rw-r--r-- 1607 hizzie.h
-rw-r--r-- 27124 ionize.c
-rw-r--r-- 1979 ionize.h
-rw-r--r-- 360 libgmxpreprocess.pc.cmakein
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-rw-r--r-- 18562 md_openmm.c
-rw-r--r-- 2274 md_openmm.h
-rw-r--r-- 32773 mdrun.c
-rw-r--r-- 18011 mk_ghat.c
-rw-r--r-- 8162 nm2type.c
-rw-r--r-- 57508 openmm_wrapper.cpp
-rw-r--r-- 3110 openmm_wrapper.h
-rw-r--r-- 67240 pdb2gmx.c
-rw-r--r-- 49457 pdb2top.c
-rw-r--r-- 4036 pgutil.c
-rw-r--r-- 2075 pgutil.h
-rw-r--r-- 5825 readadress.c
-rw-r--r-- 89226 readir.c
-rw-r--r-- 5269 readir.h
-rw-r--r-- 10035 readpull.c
-rw-r--r-- 10419 readrot.c
-rw-r--r-- 22540 repl_ex.c
-rw-r--r-- 2733 repl_ex.h
-rw-r--r-- 16816 resall.c
-rw-r--r-- 8048 rtp2xml.c
-rw-r--r-- 30547 runner.c
-rw-r--r-- 421919 slater_S_integrals.c
-rw-r--r-- 517 slater_S_integrals.h
-rw-r--r-- 3945 sorting.c
-rw-r--r-- 2917 sorting.h
-rw-r--r-- 8877 specbond.c
-rw-r--r-- 1645 specbond.h
-rw-r--r-- 14302 ter_db.c
-rw-r--r-- 2144 ter_db.h
-rw-r--r-- 7296 tomorse.c
-rw-r--r-- 1643 topdef.h
-rw-r--r-- 9860 topdirs.c
-rw-r--r-- 1965 topdirs.h
-rw-r--r-- 9278 topexcl.c
-rw-r--r-- 2778 topexcl.h
-rw-r--r-- 40329 topio.c
-rw-r--r-- 2380 topio.h
-rw-r--r-- 63092 toppush.c
-rw-r--r-- 4710 toppush.h
-rw-r--r-- 6343 topshake.c
-rw-r--r-- 1597 topshake.h
-rw-r--r-- 11343 toputil.c
-rw-r--r-- 42423 tpbcmp.c
-rw-r--r-- 1908 tpbcmp.h
-rw-r--r-- 19790 tpbconv.c
-rw-r--r-- 39475 vsite_parm.c
-rw-r--r-- 2075 vsite_parm.h
-rw-r--r-- 7481 xlate.c
-rw-r--r-- 1821 xlate.h
-rw-r--r-- 6020 xmdrun.h
-rw-r--r-- 11995 xutils.c