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drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 4398 CMakeLists.txt
-rw-r--r-- 4175 compressed_x_output.cpp
-rw-r--r-- 2750 domain_decomposition.cpp
-rw-r--r-- 5370 energycomparison.cpp
-rw-r--r-- 3546 energycomparison.h
-rw-r--r-- 6919 energyreader.cpp
-rw-r--r-- 7571 energyreader.h
-rw-r--r-- 2712 grompp.cpp
-rw-r--r-- 5809 initialconstraints.cpp
-rw-r--r-- 3502 interactiveMD.cpp
-rw-r--r-- 4517 mdruncomparison.h
-rw-r--r-- 6772 mimic.cpp
-rw-r--r-- 7948 minimize.cpp
-rw-r--r-- 9340 moduletest.cpp
-rw-r--r-- 8715 moduletest.h
-rw-r--r-- 4327 multisim.cpp
-rw-r--r-- 6154 multisimtest.cpp
-rw-r--r-- 4138 multisimtest.h
-rw-r--r-- 6205 normalmodes.cpp
-rw-r--r-- 11069 pmetest.cpp
drwxr-xr-x - refdata
-rw-r--r-- 3135 replicaexchange.cpp
-rw-r--r-- 14738 rerun.cpp
-rw-r--r-- 5145 swapcoords.cpp
-rw-r--r-- 7312 tabulated_bonded_interactions.cpp
-rw-r--r-- 3300 termination.cpp
-rw-r--r-- 3582 terminationhelper.cpp
-rw-r--r-- 3900 terminationhelper.h
-rw-r--r-- 5325 tpitest.cpp
-rw-r--r-- 5648 trajectory_writing.cpp
-rw-r--r-- 7524 trajectorycomparison.cpp
-rw-r--r-- 4441 trajectorycomparison.h
-rw-r--r-- 5154 trajectoryreader.cpp
-rw-r--r-- 5795 trajectoryreader.h