Public Git Hosting - gromacs.git/tree

drwxr-xr-x		..
-rw-r--r--	2121	CMakeLists.txt	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5400	boxdeformation.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3695	boxdeformation.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	23628	broadcaststructs.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3582	broadcaststructs.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	54626	calc_verletbuf.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7249	calc_verletbuf.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3706	calcmu.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2284	calcmu.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7542	calcvir.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2186	calcvir.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4363	checkpointhandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6020	checkpointhandler.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5406	compute_io.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2131	compute_io.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	41094	constr.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	12089	constr.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7967	constraintrange.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2080	constraintrange.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	55979	coupling.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8127	ebin.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3999	ebin.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	47404	expanded.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2779	expanded.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	30321	force.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6893	force.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2828	force_flags.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2053	forcerec-threading.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	106142	forcerec.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7440	forcerec.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	17350	gmx_omp_nthreads.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4786	gmx_omp_nthreads.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	13894	groupcoord.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10302	groupcoord.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	82353	lincs.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3867	lincs.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4935	makeconstraints.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	21516	md_support.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5608	md_support.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	17996	mdatoms.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4379	mdatoms.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	52115	mdebin.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6844	mdebin.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	24355	mdebin_bar.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8961	mdebin_bar.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	17933	mdoutf.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5585	mdoutf.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6081	mdrun.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5484	mdsetup.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3650	mdsetup.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	45429	membed.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2341	membed.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8515	nb_verlet.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	54017	nbnxn_atomdata.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5434	nbnxn_atomdata.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3390	nbnxn_consts.h	blob \| blame \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	nbnxn_cuda	tree \| history
-rw-r--r--	10895	nbnxn_gpu.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	15026	nbnxn_gpu_common.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2646	nbnxn_gpu_common_utils.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6356	nbnxn_gpu_data_mgmt.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2283	nbnxn_gpu_jit_support.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2098	nbnxn_gpu_types.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5413	nbnxn_gpu_types_common.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	55767	nbnxn_grid.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4726	nbnxn_grid.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	13697	nbnxn_internal.h	blob \| blame \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	nbnxn_kernels	tree \| history
drwxr-xr-x	-	nbnxn_ocl	tree \| history
-rw-r--r--	16786	nbnxn_pairlist.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	163487	nbnxn_search.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4061	nbnxn_search.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10396	nbnxn_search_simd_2xnn.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	12998	nbnxn_search_simd_4xn.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2491	nbnxn_simd.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	24623	nbnxn_tuning.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4007	nbnxn_tuning.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3938	nbnxn_util.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	78111	ns.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4010	ns.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	27324	nsgrid.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6175	nsgrid.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	21210	perf_est.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2713	perf_est.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2851	ppforceworkload.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10260	qm_gamess.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2317	qm_gamess.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	29340	qm_gaussian.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2651	qm_gaussian.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8992	qm_mopac.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2454	qm_mopac.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	11461	qm_orca.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	1923	qm_orca.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	33172	qmmm.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6615	qmmm.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4281	rbin.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2768	rbin.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8055	resethandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8321	resethandler.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10855	rf_util.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3133	rf_util.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	31911	settle.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4122	settle.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	29877	shake.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4933	shake.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	47407	shellfc.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5179	shellfc.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5381	sighandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3939	sighandler.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	114973	sim_util.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6852	sim_util.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5090	simulationsignal.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	6718	simulationsignal.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	10918	splitter.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2287	splitter.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	11903	stat.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	8384	stophandler.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	13605	stophandler.h	blob \| blame \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	tests	tree \| history
-rw-r--r--	9502	tgroup.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3089	tgroup.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7807	trajectory_writing.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3668	trajectory_writing.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	72553	update.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	13014	update.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	28928	updategroups.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	3651	updategroups.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5722	updategroupscog.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7032	updategroupscog.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	19141	vcm.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	4622	vcm.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	86572	vsite.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	7015	vsite.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	11613	wall.cpp	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	2539	wall.h	blob \| blame \| history \| raw
-rw-r--r--	5647	wnblist.cpp	blob \| blame \| history \| raw