Remove some boost::scoped_ptr uses
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tree8c3d306289afaae223a5b83e009cadfee17c2031
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 14 .gitignore
-rw-r--r-- 2729 CMakeLists.txt
-rw-r--r-- 2787 GMXRC.bash.cmakein
-rw-r--r-- 602 GMXRC.cmakein
-rw-r--r-- 3038 GMXRC.csh.cmakein
-rw-r--r-- 136 GMXRC.zsh.cmakein
-rwxr-xr-x 345 checkheaders.sh
-rwxr-xr-x 3378 demux.pl
-rwxr-xr-x 748 grompplog2top
-rwxr-xr-x 2396 make_gromos_bon.pl
-rwxr-xr-x 4475 make_gromos_nb.pl
-rwxr-xr-x 6694 make_gromos_rtp.pl
-rwxr-xr-x 10827 make_gromos_rtp.py
-rwxr-xr-x 8217 xplor2gmx.pl