share/top/residues.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <!DOCTYPE residues SYSTEM "residues.dtd">
   3
   4 <residues>
   5   <residue restype="ACE">
   6     <ratom name="CA">
   7     <ratom name="HA1">
   8     <ratom name="HA2">
   9     <ratom name="HA3">
  10     <ratom name="C">
  11     <ratom name="O">
  12     <rbond a1="CA" a2="HA1"/>
  13     <rbond a1="CA" a2="HA2"/>
  14     <rbond a1="CA" a2="HA3"/>
  15     <rbond a1="CA" a2="C"/>
  16     <rbond a1="C" a2="O"/>
  17     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CA C O"/>
  18   </residue>
  19
  20   <residue restype="ALA">
  21     <ratom name="N">
  22     <ratom name="H">
  23     <ratom name="CA">
  24     <ratom name="HA">
  25     <ratom name="CB">
  26     <ratom name="HB1">
  27     <ratom name="HB2">
  28     <ratom name="HB3">
  29     <ratom name="C">
  30     <ratom name="O">
  31     <rbond a1="N" a2="H"/>
  32     <rbond a1="N" a2="CA"/>
  33     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
  34     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
  35     <rbond a1="CA" a2="C"/>
  36     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
  37     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
  38     <rbond a1="CB" a2="HB3"/>
  39     <rbond a1="C" a2="O"/>
  40     <rbond a1="-C" a2="N"/>
  41     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
  42     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
  43     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
  44     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
  45     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
  46     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CB CA N"/>
  47   </residue>
  48
  49   <residue restype="ARG">
  50     <ratom name="N">
  51     <ratom name="H">
  52     <ratom name="CA">
  53     <ratom name="HA">
  54     <ratom name="CB">
  55     <ratom name="HB1">
  56     <ratom name="HB2">
  57     <ratom name="CG">
  58     <ratom name="HG1">
  59     <ratom name="HG2">
  60     <ratom name="CD">
  61     <ratom name="HD1">
  62     <ratom name="HD2">
  63     <ratom name="NE">
  64     <ratom name="HE">
  65     <ratom name="CZ">
  66     <ratom name="NH1">
  67     <ratom name="HH11">
  68     <ratom name="HH12">
  69     <ratom name="NH2">
  70     <ratom name="HH21">
  71     <ratom name="HH22">
  72     <ratom name="C">
  73     <ratom name="O">
  74     <rbond a1="N" a2="H"/>
  75     <rbond a1="N" a2="CA"/>
  76     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
  77     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
  78     <rbond a1="CA" a2="C"/>
  79     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
  80     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
  81     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
  82     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
  83     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
  84     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
  85     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
  86     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
  87     <rbond a1="CD" a2="NE"/>
  88     <rbond a1="NE" a2="HE"/>
  89     <rbond a1="NE" a2="CZ"/>
  90     <rbond a1="CZ" a2="NH1"/>
  91     <rbond a1="CZ" a2="NH2"/>
  92     <rbond a1="NH1" a2="HH11"/>
  93     <rbond a1="NH1" a2="HH12"/>
  94     <rbond a1="NH2" a2="HH21"/>
  95     <rbond a1="NH2" a2="HH22"/>
  96     <rbond a1="C" a2="O"/>
  97     <rbond a1="-C" a2="N"/>
  98     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
  99     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 100     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 101     <rimproper a1="NE" a2="CD" a3="CZ" a4="HE"/>
 102     <rimproper a1="CZ" a2="NH1" a3="NH2" a4="NE"/>
 103     <rimproper a1="NH1" a2="HH11" a3="HH12" a4="CZ"/>
 104     <rimproper a1="NH2" a2="HH21" a3="HH22" a4="CZ"/>
 105     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 106     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 107     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 108     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
 109     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD NE CG"/>
 110     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE CD CZ"/>
 111     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="NH1 CZ NE"/>
 112     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="NH2 CZ NE"/>
 113   </residue>
 114
 115   <residue restype="ASN">
 116     <ratom name="N">
 117     <ratom name="H">
 118     <ratom name="CA">
 119     <ratom name="HA">
 120     <ratom name="CB">
 121     <ratom name="HB1">
 122     <ratom name="HB2">
 123     <ratom name="CG">
 124     <ratom name="OD1">
 125     <ratom name="ND2">
 126     <ratom name="HD21">
 127     <ratom name="HD22">
 128     <ratom name="C">
 129     <ratom name="O">
 130     <rbond a1="N" a2="H"/>
 131     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 132     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 133     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 134     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 135     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 136     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 137     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 138     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
 139     <rbond a1="CG" a2="ND2"/>
 140     <rbond a1="ND2" a2="HD21"/>
 141     <rbond a1="ND2" a2="HD22"/>
 142     <rbond a1="C" a2="O"/>
 143     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 144     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 145     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 146     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 147     <rimproper a1="CG" a2="OD1" a3="ND2" a4="CB"/>
 148     <rimproper a1="ND2" a2="HD21" a3="HD22" a4="CG"/>
 149     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 150     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 151     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 152     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="ND2 CG CB"/>
 153   </residue>
 154
 155   <residue restype="ASP">
 156     <ratom name="N">
 157     <ratom name="H">
 158     <ratom name="CA">
 159     <ratom name="HA">
 160     <ratom name="CB">
 161     <ratom name="HB1">
 162     <ratom name="HB2">
 163     <ratom name="CG">
 164     <ratom name="OD1">
 165     <ratom name="OD2">
 166     <ratom name="C">
 167     <ratom name="O">
 168     <rbond a1="N" a2="H"/>
 169     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 170     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 171     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 172     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 173     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 174     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 175     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 176     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
 177     <rbond a1="CG" a2="OD2"/>
 178     <rbond a1="C" a2="O"/>
 179     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 180     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 181     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 182     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 183     <rimproper a1="CG" a2="OD1" a3="OD2" a4="CB"/>
 184     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 185     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 186     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 187   </residue>
 188
 189   <residue restype="ASPH">
 190     <ratom name="N">
 191     <ratom name="H">
 192     <ratom name="CA">
 193     <ratom name="HA">
 194     <ratom name="CB">
 195     <ratom name="HB1">
 196     <ratom name="HB2">
 197     <ratom name="CG">
 198     <ratom name="OD1">
 199     <ratom name="OD2">
 200     <ratom name="HD2">
 201     <ratom name="C">
 202     <ratom name="O">
 203     <rbond a1="N" a2="H"/>
 204     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 205     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 206     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 207     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 208     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 209     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 210     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 211     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
 212     <rbond a1="CG" a2="OD2"/>
 213     <rbond a1="OD2" a2="HD2"/>
 214     <rbond a1="C" a2="O"/>
 215     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 216     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 217     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 218     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 219     <rimproper a1="CG" a2="OD1" a3="OD2" a4="CB"/>
 220     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 221     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 222     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 223     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OD1 CG CB"/>
 224   </residue>
 225
 226   <residue restype="CYS2">
 227     <ratom name="N">
 228     <ratom name="H">
 229     <ratom name="CA">
 230     <ratom name="HA">
 231     <ratom name="CB">
 232     <ratom name="HB1">
 233     <ratom name="HB2">
 234     <ratom name="SG">
 235     <ratom name="C">
 236     <ratom name="O">
 237     <rbond a1="N" a2="H"/>
 238     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 239     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 240     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 241     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 242     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 243     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 244     <rbond a1="CB" a2="SG"/>
 245     <rbond a1="C" a2="O"/>
 246     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 247     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 248     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 249     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 250     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 251     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 252     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB SG CA"/>
 253   </residue>
 254
 255   <residue restype="CYSH">
 256     <ratom name="N">
 257     <ratom name="H">
 258     <ratom name="CA">
 259     <ratom name="HA">
 260     <ratom name="CB">
 261     <ratom name="HB1">
 262     <ratom name="HB2">
 263     <ratom name="SG">
 264     <ratom name="HG">
 265     <ratom name="C">
 266     <ratom name="O">
 267     <rbond a1="N" a2="H"/>
 268     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 269     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 270     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 271     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 272     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 273     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 274     <rbond a1="CB" a2="SG"/>
 275     <rbond a1="SG" a2="HG"/>
 276     <rbond a1="C" a2="O"/>
 277     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 278     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 279     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 280     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 281     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 282     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 283     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB SG CA"/>
 284     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="2" addnum="1" addto="SG CB CA"/>
 285   </residue>
 286
 287   <residue restype="GLN">
 288     <ratom name="N">
 289     <ratom name="H">
 290     <ratom name="CA">
 291     <ratom name="HA">
 292     <ratom name="CB">
 293     <ratom name="HB1">
 294     <ratom name="HB2">
 295     <ratom name="CG">
 296     <ratom name="HG1">
 297     <ratom name="HG2">
 298     <ratom name="CD">
 299     <ratom name="OE1">
 300     <ratom name="NE2">
 301     <ratom name="HE21">
 302     <ratom name="HE22">
 303     <ratom name="C">
 304     <ratom name="O">
 305     <rbond a1="N" a2="H"/>
 306     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 307     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 308     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 309     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 310     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 311     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 312     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 313     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
 314     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
 315     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
 316     <rbond a1="CD" a2="OE1"/>
 317     <rbond a1="CD" a2="NE2"/>
 318     <rbond a1="NE2" a2="HE21"/>
 319     <rbond a1="NE2" a2="HE22"/>
 320     <rbond a1="C" a2="O"/>
 321     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 322     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 323     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 324     <rimproper a1="CD" a2="OE1" a3="NE2" a4="CG"/>
 325     <rimproper a1="NE2" a2="HE21" a3="HE22" a4="CD"/>
 326     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 327     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 328     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 329     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 330     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
 331     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="NE2 CD CG"/>
 332   </residue>
 333
 334   <residue restype="GLU">
 335     <ratom name="N">
 336     <ratom name="H">
 337     <ratom name="CA">
 338     <ratom name="HA">
 339     <ratom name="CB">
 340     <ratom name="HB1">
 341     <ratom name="HB2">
 342     <ratom name="CG">
 343     <ratom name="HG1">
 344     <ratom name="HG2">
 345     <ratom name="CD">
 346     <ratom name="OE1">
 347     <ratom name="OE2">
 348     <ratom name="C">
 349     <ratom name="O">
 350     <rbond a1="N" a2="H"/>
 351     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 352     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 353     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 354     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 355     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 356     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 357     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 358     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
 359     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
 360     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
 361     <rbond a1="CD" a2="OE1"/>
 362     <rbond a1="CD" a2="OE2"/>
 363     <rbond a1="C" a2="O"/>
 364     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 365     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 366     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 367     <rimproper a1="CD" a2="OE1" a3="OE2" a4="CG"/>
 368     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 369     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 370     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 371     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 372     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
 373   </residue>
 374
 375   <residue restype="GLUH">
 376     <ratom name="N">
 377     <ratom name="H">
 378     <ratom name="CA">
 379     <ratom name="HA">
 380     <ratom name="CB">
 381     <ratom name="HB1">
 382     <ratom name="HB2">
 383     <ratom name="CG">
 384     <ratom name="HG1">
 385     <ratom name="HG2">
 386     <ratom name="CD">
 387     <ratom name="OE1">
 388     <ratom name="OE2">
 389     <ratom name="HE2">
 390     <ratom name="C">
 391     <ratom name="O">
 392     <rbond a1="N" a2="H"/>
 393     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 394     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 395     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 396     <rbond a1="CB" a2="C"/>
 397     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 398     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 399     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 400     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
 401     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
 402     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
 403     <rbond a1="CD" a2="OE1"/>
 404     <rbond a1="CD" a2="OE2"/>
 405     <rbond a1="OE2" a2="HE2"/>
 406     <rbond a1="C" a2="O"/>
 407     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 408     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 409     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 410     <rimproper a1="CD" a2="OE1" a3="OE2" a4="CG"/>
 411     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 412     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 413     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 414     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 415     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
 416     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OE2 CD CG"/>
 417   </residue>
 418
 419   <residue restype="GLY">
 420     <ratom name="N">
 421     <ratom name="H">
 422     <ratom name="CA">
 423     <ratom name="HA1">
 424     <ratom name="HA2">
 425     <ratom name="C">
 426     <ratom name="O">
 427     <rbond a1="N" a2="H"/>
 428     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 429     <rbond a1="CA" a2="HA1"/>
 430     <rbond a1="CA" a2="HA2"/>
 431     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 432     <rbond a1="C" a2="O"/>
 433     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 434     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 435     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 436     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 437     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CA C N"/>
 438   </residue>
 439
 440   <residue restype="HEME">
 441     <ratom name="FE">
 442     <ratom name="NA">
 443     <ratom name="NB">
 444     <ratom name="NC">
 445     <ratom name="ND">
 446     <ratom name="CHA">
 447     <ratom name="HHA">
 448     <ratom name="C1A">
 449     <ratom name="C2A">
 450     <ratom name="C3A">
 451     <ratom name="C4A">
 452     <ratom name="CMA">
 453     <ratom name="HMA1">
 454     <ratom name="HMA2">
 455     <ratom name="HMA3">
 456     <ratom name="CAA">
 457     <ratom name="HAA1">
 458     <ratom name="HAA2">
 459     <ratom name="CBA">
 460     <ratom name="HBA1">
 461     <ratom name="HBA2">
 462     <ratom name="CGA">
 463     <ratom name="O1A">
 464     <ratom name="O2A">
 465     <ratom name="H2A">
 466     <ratom name="CHB">
 467     <ratom name="HHB">
 468     <ratom name="C1B">
 469     <ratom name="C2B">
 470     <ratom name="H2B">
 471     <ratom name="C3B">
 472     <ratom name="C4B">
 473     <ratom name="CMB">
 474     <ratom name="HMB1">
 475     <ratom name="HMB2">
 476     <ratom name="HMB3">
 477     <ratom name="CAB">
 478     <ratom name="HAB1">
 479     <ratom name="HAB2">
 480     <ratom name="CBB">
 481     <ratom name="HBB1">
 482     <ratom name="HBB2">
 483     <ratom name="HBB3">
 484     <ratom name="CHC">
 485     <ratom name="HHC">
 486     <ratom name="C1C">
 487     <ratom name="C2C">
 488     <ratom name="H2C">
 489     <ratom name="C3C">
 490     <ratom name="C4C">
 491     <ratom name="CMC">
 492     <ratom name="HMC1">
 493     <ratom name="HMC2">
 494     <ratom name="HMC3">
 495     <ratom name="CAC">
 496     <ratom name="HAC1">
 497     <ratom name="HAC2">
 498     <ratom name="CBC">
 499     <ratom name="HBC1">
 500     <ratom name="HBC2">
 501     <ratom name="HBC3">
 502     <ratom name="CHD">
 503     <ratom name="HHD">
 504     <ratom name="C1D">
 505     <ratom name="C2D">
 506     <ratom name="C3D">
 507     <ratom name="C4D">
 508     <ratom name="CMD">
 509     <ratom name="HMD1">
 510     <ratom name="HMD2">
 511     <ratom name="HMD3">
 512     <ratom name="CAD">
 513     <ratom name="HAD1">
 514     <ratom name="HAD2">
 515     <ratom name="CBD">
 516     <ratom name="HBD1">
 517     <ratom name="HBD2">
 518     <ratom name="CGD">
 519     <ratom name="O1D">
 520     <ratom name="O2D">
 521     <ratom name="H2D">
 522     <rbond a1="FE" a2="NA"/>
 523     <rbond a1="FE" a2="NB"/>
 524     <rbond a1="FE" a2="NC"/>
 525     <rbond a1="FE" a2="ND"/>
 526     <rbond a1="NA" a2="C1A"/>
 527     <rbond a1="C1A" a2="C2A"/>
 528     <rbond a1="C2A" a2="C3A"/>
 529     <rbond a1="C3A" a2="C4A"/>
 530     <rbond a1="NA" a2="C4A"/>
 531     <rbond a1="C2A" a2="CAA"/>
 532     <rbond a1="CAA" a2="CBA"/>
 533     <rbond a1="CBA" a2="CGA"/>
 534     <rbond a1="CGA" a2="O1A"/>
 535     <rbond a1="CGA" a2="O2A"/>
 536     <rbond a1="C3A" a2="CMA"/>
 537     <rbond a1="CMA" a2="HMA1"/>
 538     <rbond a1="CMA" a2="HMA2"/>
 539     <rbond a1="CMA" a2="HMA3"/>
 540     <rbond a1="C4A" a2="CHB"/>
 541     <rbond a1="CHB" a2="C1B"/>
 542     <rbond a1="NB" a2="C1B"/>
 543     <rbond a1="C1B" a2="C2B"/>
 544     <rbond a1="C2B" a2="C3B"/>
 545     <rbond a1="C3B" a2="C4B"/>
 546     <rbond a1="NB" a2="C4B"/>
 547     <rbond a1="C2B" a2="CMB"/>
 548     <rbond a1="CMB" a2="HMB1"/>
 549     <rbond a1="CMB" a2="HMB2"/>
 550     <rbond a1="CMB" a2="HMB3"/>
 551     <rbond a1="C3B" a2="CAB"/>
 552     <rbond a1="CAB" a2="CBB"/>
 553     <rbond a1="C4B" a2="CHC"/>
 554     <rbond a1="CHC" a2="C1C"/>
 555     <rbond a1="NC" a2="C1C"/>
 556     <rbond a1="C1C" a2="C2C"/>
 557     <rbond a1="C2C" a2="C3C"/>
 558     <rbond a1="C3C" a2="C4C"/>
 559     <rbond a1="NC" a2="C4C"/>
 560     <rbond a1="C2C" a2="CMC"/>
 561     <rbond a1="CMC" a2="HMC1"/>
 562     <rbond a1="CMC" a2="HMC2"/>
 563     <rbond a1="CMC" a2="HMC3"/>
 564     <rbond a1="C3C" a2="CAC"/>
 565     <rbond a1="CAC" a2="CBC"/>
 566     <rbond a1="C4C" a2="CHD"/>
 567     <rbond a1="CHD" a2="C1D"/>
 568     <rbond a1="ND" a2="C1D"/>
 569     <rbond a1="C1D" a2="C2D"/>
 570     <rbond a1="C2D" a2="C3D"/>
 571     <rbond a1="C3D" a2="C4D"/>
 572     <rbond a1="ND" a2="C4D"/>
 573     <rbond a1="C2D" a2="CMD"/>
 574     <rbond a1="CMD" a2="HMD1"/>
 575     <rbond a1="CMD" a2="HMD2"/>
 576     <rbond a1="CMD" a2="HMD3"/>
 577     <rbond a1="C3D" a2="CAD"/>
 578     <rbond a1="CAD" a2="CBD"/>
 579     <rbond a1="CBD" a2="CGD"/>
 580     <rbond a1="CGD" a2="O1D"/>
 581     <rbond a1="CGD" a2="O2D"/>
 582     <rbond a1="CHA" a2="C4D"/>
 583     <rbond a1="CHA" a2="C1A"/>
 584     <rangle a1="NA" a2="FE" a3="NC"/>
 585     <rangle a1="NB" a2="FE" a3="ND"/>
 586     <rdihedral a1="ND" a2="FE" a3="NA" a4="C1A"/>
 587     <rdihedral a1="NA" a2="FE" a3="NB" a4="C1B"/>
 588     <rdihedral a1="NB" a2="FE" a3="NC" a4="C1C"/>
 589     <rdihedral a1="NC" a2="FE" a3="ND" a4="C1D"/>
 590     <rdihedral a1="FE" a2="NA" a3="C1A" a4="CHA"/>
 591     <rdihedral a1="FE" a2="NA" a3="C4A" a4="C3A"/>
 592     <rdihedral a1="FE" a2="NB" a3="C1B" a4="CHB"/>
 593     <rdihedral a1="FE" a2="NB" a3="C4B" a4="C3B"/>
 594     <rdihedral a1="FE" a2="NC" a3="C1C" a4="CHC"/>
 595     <rdihedral a1="FE" a2="NC" a3="C4C" a4="C3C"/>
 596     <rdihedral a1="FE" a2="ND" a3="C1D" a4="CHD"/>
 597     <rdihedral a1="FE" a2="ND" a3="C4D" a4="CHA"/>
 598     <rdihedral a1="NA" a2="C1A" a3="C2A" a4="C3A"/>
 599     <rdihedral a1="C1A" a2="C2A" a3="C3A" a4="C4A"/>
 600     <rdihedral a1="C2A" a2="C3A" a3="C4A" a4="NA"/>
 601     <rdihedral a1="NB" a2="C1B" a3="C2B" a4="C3B"/>
 602     <rdihedral a1="C1B" a2="C2B" a3="C3B" a4="C4B"/>
 603     <rdihedral a1="C2B" a2="C3B" a3="C4B" a4="NB"/>
 604     <rdihedral a1="NC" a2="C1C" a3="C2C" a4="C3C"/>
 605     <rdihedral a1="C1C" a2="C2C" a3="C3C" a4="C4C"/>
 606     <rdihedral a1="C2C" a2="C3C" a3="C4C" a4="NC"/>
 607     <rdihedral a1="ND" a2="C1D" a3="C2D" a4="C3D"/>
 608     <rdihedral a1="C1D" a2="C2D" a3="C3D" a4="C4D"/>
 609     <rdihedral a1="C2D" a2="C3D" a3="C4D" a4="ND"/>
 610     <rimproper a1="FE" a2="C1A" a3="C4A" a4="NA"/>
 611     <rimproper a1="FE" a2="C1B" a3="C4B" a4="NB"/>
 612     <rimproper a1="FE" a2="C1C" a3="C4C" a4="NC"/>
 613     <rimproper a1="FE" a2="C1D" a3="C4D" a4="ND"/>
 614     <rimproper a1="CHA" a2="NA" a3="C2A" a4="C1A"/>
 615     <rimproper a1="CHB" a2="NA" a3="C3A" a4="C4A"/>
 616     <rimproper a1="CHB" a2="NB" a3="C2B" a4="C1B"/>
 617     <rimproper a1="CHC" a2="NB" a3="C3B" a4="C4B"/>
 618     <rimproper a1="CHC" a2="NC" a3="C2C" a4="C1C"/>
 619     <rimproper a1="CHD" a2="NC" a3="C3C" a4="C4C"/>
 620     <rimproper a1="CHD" a2="ND" a3="C2D" a4="C1D"/>
 621     <rimproper a1="CHA" a2="ND" a3="C3D" a4="C4D"/>
 622     <rimproper a1="C2A" a2="C1A" a3="C3A" a4="CAA"/>
 623     <rimproper a1="C3A" a2="C2A" a3="C4A" a4="CMA"/>
 624     <rimproper a1="C2B" a2="C1B" a3="C3B" a4="CMB"/>
 625     <rimproper a1="C3B" a2="C2B" a3="C4B" a4="CAB"/>
 626     <rimproper a1="C2C" a2="C1C" a3="C3C" a4="CMC"/>
 627     <rimproper a1="C3C" a2="C2C" a3="C4C" a4="CAC"/>
 628     <rimproper a1="C2D" a2="C1D" a3="C3D" a4="CMD"/>
 629     <rimproper a1="C3D" a2="C2D" a3="C4D" a4="CAD"/>
 630     <rimproper a1="CBA" a2="O1A" a3="O2A" a4="CGA"/>
 631     <rimproper a1="CBD" a2="O1D" a3="O2D" a4="CGD"/>
 632     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMA C3A C4A"/>
 633     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMB C2B C3B"/>
 634     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMC C2C C3C"/>
 635     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMD C2D C1D"/>
 636     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CBC CAC C3C"/>
 637     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAC C3C CBC"/>
 638     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAB CBB C3B"/>
 639     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CBB CAB C3B"/>
 640     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHC C4B C1C"/>
 641     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHD C4C C1D"/>
 642     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHB C4A C1B"/>
 643     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHA C4D C1A"/>
 644     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CBA CAA CGA"/>
 645     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAA CBA C2A"/>
 646     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CBD CAD CGD"/>
 647     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAD CBD C2D"/>
 648     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="1" addto="O2A CGA CBA"/>
 649     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="1" addto="O2D CGD CBD"/>
 650   </residue>
 651
 652   <residue restype="HIS1">
 653     <ratom name="N">
 654     <ratom name="H">
 655     <ratom name="CA">
 656     <ratom name="HA">
 657     <ratom name="CB">
 658     <ratom name="HB1">
 659     <ratom name="HB2">
 660     <ratom name="CG">
 661     <ratom name="ND1">
 662     <ratom name="HD1">
 663     <ratom name="CD2">
 664     <ratom name="HD2">
 665     <ratom name="CE1">
 666     <ratom name="HE1">
 667     <ratom name="NE2">
 668     <ratom name="C">
 669     <ratom name="O">
 670     <rbond a1="N" a2="H"/>
 671     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 672     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 673     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 674     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 675     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 676     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 677     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 678     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
 679     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
 680     <rbond a1="ND1" a2="HD1"/>
 681     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
 682     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
 683     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
 684     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
 685     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
 686     <rbond a1="C" a2="O"/>
 687     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 688     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 689     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 690     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
 691     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
 692     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
 693     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
 694     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
 695     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
 696     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CE1" a4="HD1"/>
 697     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
 698     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
 699     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 700     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 701     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 702     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 703     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
 704     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
 705     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="ND1 CG CE1"/>
 706   </residue>
 707
 708   <residue restype="HISA">
 709     <ratom name="N">
 710     <ratom name="H">
 711     <ratom name="CA">
 712     <ratom name="HA">
 713     <ratom name="CB">
 714     <ratom name="HB1">
 715     <ratom name="HB2">
 716     <ratom name="CG">
 717     <ratom name="ND1">
 718     <ratom name="HD1">
 719     <ratom name="CD2">
 720     <ratom name="HD2">
 721     <ratom name="CE1">
 722     <ratom name="HE1">
 723     <ratom name="NE2">
 724     <ratom name="C">
 725     <ratom name="O">
 726     <rbond a1="N" a2="H"/>
 727     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 728     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 729     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 730     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 731     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 732     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 733     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 734     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
 735     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
 736     <rbond a1="ND1" a2="HD1"/>
 737     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
 738     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
 739     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
 740     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
 741     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
 742     <rbond a1="C" a2="O"/>
 743     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 744     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 745     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 746     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
 747     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
 748     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
 749     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
 750     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
 751     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
 752     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CE1" a4="HD1"/>
 753     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
 754     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
 755     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 756     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 757     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 758     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 759     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="ND1 CG CE1"/>
 760     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
 761     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
 762   </residue>
 763
 764   <residue restype="HISB">
 765     <ratom name="N">
 766     <ratom name="H">
 767     <ratom name="CA">
 768     <ratom name="HA">
 769     <ratom name="CB">
 770     <ratom name="HB1">
 771     <ratom name="HB2">
 772     <ratom name="CG">
 773     <ratom name="ND1">
 774     <ratom name="CD2">
 775     <ratom name="HD2">
 776     <ratom name="CE1">
 777     <ratom name="HE1">
 778     <ratom name="NE2">
 779     <ratom name="HE2">
 780     <ratom name="C">
 781     <ratom name="O">
 782     <rbond a1="N" a2="H"/>
 783     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 784     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 785     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 786     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 787     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 788     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 789     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 790     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
 791     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
 792     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
 793     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
 794     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
 795     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
 796     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
 797     <rbond a1="NE2" a2="HE2"/>
 798     <rbond a1="C" a2="O"/>
 799     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 800     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 801     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 802     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
 803     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
 804     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
 805     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
 806     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
 807     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
 808     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
 809     <rimproper a1="NE2" a2="CD2" a3="CE1" a4="HE2"/>
 810     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
 811     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 812     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 813     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 814     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 815     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE2 CE1 CD2"/>
 816     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
 817     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
 818   </residue>
 819
 820   <residue restype="HISH">
 821     <ratom name="N">
 822     <ratom name="H">
 823     <ratom name="CA">
 824     <ratom name="HA">
 825     <ratom name="CB">
 826     <ratom name="HB1">
 827     <ratom name="HB2">
 828     <ratom name="CG">
 829     <ratom name="ND1">
 830     <ratom name="HD1">
 831     <ratom name="CD2">
 832     <ratom name="HD2">
 833     <ratom name="CE1">
 834     <ratom name="HE1">
 835     <ratom name="NE2">
 836     <ratom name="HE2">
 837     <ratom name="C">
 838     <ratom name="O">
 839     <rbond a1="N" a2="H"/>
 840     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 841     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 842     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 843     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 844     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 845     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 846     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 847     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
 848     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
 849     <rbond a1="ND1" a2="HD1"/>
 850     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
 851     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
 852     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
 853     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
 854     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
 855     <rbond a1="NE2" a2="HE2"/>
 856     <rbond a1="C" a2="O"/>
 857     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 858     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 859     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 860     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
 861     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
 862     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
 863     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
 864     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
 865     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
 866     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CE1" a4="HD1"/>
 867     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
 868     <rimproper a1="NE2" a2="CE1" a3="CD2" a4="HE2"/>
 869     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
 870     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 871     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 872     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 873     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
 874     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
 875     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
 876     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="ND1 CG CE1"/>
 877     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE2 CE1 CD2"/>
 878   </residue>
 879
 880   <residue restype="HOH">
 881     <ratom name="OW">
 882     <ratom name="HW1">
 883     <ratom name="HW2">
 884     <rbond a1="OW" a2="HW1"/>
 885     <rbond a1="OW" a2="HW2"/>
 886     <raddh hclass="polar"     addgeom="7" addnum="2" addto="OW (null) (null)"/>
 887   </residue>
 888
 889   <residue restype="HYP">
 890     <ratom name="N">
 891     <ratom name="CA">
 892     <ratom name="HA">
 893     <ratom name="CB">
 894     <ratom name="HB1">
 895     <ratom name="HB2">
 896     <ratom name="CG">
 897     <ratom name="HG">
 898     <ratom name="OD1">
 899     <ratom name="HD1">
 900     <ratom name="CD2">
 901     <ratom name="HD1">
 902     <ratom name="HD2">
 903     <ratom name="C">
 904     <ratom name="O">
 905     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 906     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 907     <rbond a1="C" a2="O"/>
 908     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 909     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 910     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 911     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
 912     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
 913     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
 914     <rbond a1="CG" a2="HG"/>
 915     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
 916     <rbond a1="OD1" a2="HD1"/>
 917     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
 918     <rbond a1="CD2" a2="HD1"/>
 919     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
 920     <rbond a1="CD2" a2="N"/>
 921     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="CD2"/>
 922     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 923     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 924     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CB" a4="OD1"/>
 925     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 926     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OD1 CG CB"/>
 927     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CG CB OD1 CD2"/>
 928   </residue>
 929
 930   <residue restype="ILE">
 931     <ratom name="N">
 932     <ratom name="H">
 933     <ratom name="CA">
 934     <ratom name="HA">
 935     <ratom name="CB">
 936     <ratom name="HB">
 937     <ratom name="CG1">
 938     <ratom name="HG11">
 939     <ratom name="HG12">
 940     <ratom name="CG2">
 941     <ratom name="HG21">
 942     <ratom name="HG22">
 943     <ratom name="HG23">
 944     <ratom name="CD">
 945     <ratom name="HD1">
 946     <ratom name="HD2">
 947     <ratom name="HD3">
 948     <ratom name="C">
 949     <ratom name="O">
 950     <rbond a1="N" a2="H"/>
 951     <rbond a1="N" a2="CA"/>
 952     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
 953     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
 954     <rbond a1="CA" a2="C"/>
 955     <rbond a1="CB" a2="HB"/>
 956     <rbond a1="CB" a2="CG1"/>
 957     <rbond a1="CB" a2="CG2"/>
 958     <rbond a1="CG1" a2="HG11"/>
 959     <rbond a1="CG1" a2="HG12"/>
 960     <rbond a1="CG1" a2="CD"/>
 961     <rbond a1="CG2" a2="HG21"/>
 962     <rbond a1="CG2" a2="HG22"/>
 963     <rbond a1="CG2" a2="HG23"/>
 964     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
 965     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
 966     <rbond a1="CD" a2="HD3"/>
 967     <rbond a1="C" a2="O"/>
 968     <rbond a1="-C" a2="N"/>
 969     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
 970     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
 971     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
 972     <rimproper a1="CB" a2="CG1" a3="CG2" a4="CA"/>
 973     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
 974     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
 975     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CB CA CG1 CG2"/>
 976     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG1 CD CB"/>
 977     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG2 CB CA"/>
 978     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CD CG1 CB"/>
 979   </residue>
 980
 981   <residue restype="LEU">
 982     <ratom name="N">
 983     <ratom name="H">
 984     <ratom name="CA">
 985     <ratom name="HA">
 986     <ratom name="CB">
 987     <ratom name="HB1">
 988     <ratom name="HB2">
 989     <ratom name="CG">
 990     <ratom name="HG">
 991     <ratom name="CD1">
 992     <ratom name="HD11">
 993     <ratom name="HD12">
 994     <ratom name="HD13">
 995     <ratom name="CD2">
 996     <ratom name="HD21">
 997     <ratom name="HD22">
 998     <ratom name="HD23">
 999     <ratom name="C">
1000     <ratom name="O">
1001     <rbond a1="N" a2="H"/>
1002     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1003     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1004     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1005     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1006     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1007     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1008     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1009     <rbond a1="CG" a2="HG"/>
1010     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1011     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1012     <rbond a1="CD1" a2="HD11"/>
1013     <rbond a1="CD1" a2="HD12"/>
1014     <rbond a1="CD1" a2="HD13"/>
1015     <rbond a1="CD2" a2="HD21"/>
1016     <rbond a1="CD2" a2="HD22"/>
1017     <rbond a1="CD2" a2="HD23"/>
1018     <rbond a1="C" a2="O"/>
1019     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1020     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1021     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1022     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1023     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CD1" a4="CB"/>
1024     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1025     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1026     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1027     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CG CB CD1 CD2"/>
1028     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CD1 CG CB"/>
1029     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CD2 CG CB"/>
1030   </residue>
1031
1032   <residue restype="LYS">
1033     <ratom name="N">
1034     <ratom name="H">
1035     <ratom name="CA">
1036     <ratom name="HA">
1037     <ratom name="CB">
1038     <ratom name="HB1">
1039     <ratom name="HB2">
1040     <ratom name="CG">
1041     <ratom name="HG1">
1042     <ratom name="HG2">
1043     <ratom name="CD">
1044     <ratom name="HD1">
1045     <ratom name="HD2">
1046     <ratom name="CE">
1047     <ratom name="HE1">
1048     <ratom name="HE2">
1049     <ratom name="NZ">
1050     <ratom name="HZ1">
1051     <ratom name="HZ2">
1052     <ratom name="C">
1053     <ratom name="O">
1054     <rbond a1="N" a2="H"/>
1055     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1056     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1057     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1058     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1059     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1060     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1061     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1062     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1063     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1064     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
1065     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
1066     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
1067     <rbond a1="CD" a2="CE"/>
1068     <rbond a1="CE" a2="HE1"/>
1069     <rbond a1="CE" a2="HE2"/>
1070     <rbond a1="CE" a2="NZ"/>
1071     <rbond a1="NZ" a2="HZ1"/>
1072     <rbond a1="NZ" a2="HZ2"/>
1073     <rbond a1="C" a2="O"/>
1074     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1075     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1076     <rimproper a1="NZ" a2="CE" a3="HZ2" a4="NZ"/>
1077     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1078     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1079     <rimproper a1="NZ" a2="CE" a3="HZ2" a4="HZ1"/>
1080     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1081     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1082     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1083     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
1084     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD CE CG"/>
1085     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CE NZ CD"/>
1086     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="2" addto="NZ CE CD"/>
1087   </residue>
1088
1089   <residue restype="LYSH">
1090     <ratom name="N">
1091     <ratom name="H">
1092     <ratom name="CA">
1093     <ratom name="HA">
1094     <ratom name="CB">
1095     <ratom name="HB1">
1096     <ratom name="HB2">
1097     <ratom name="CG">
1098     <ratom name="HG1">
1099     <ratom name="HG2">
1100     <ratom name="CD">
1101     <ratom name="HD1">
1102     <ratom name="HD2">
1103     <ratom name="CE">
1104     <ratom name="HE1">
1105     <ratom name="HE2">
1106     <ratom name="NZ">
1107     <ratom name="HZ1">
1108     <ratom name="HZ2">
1109     <ratom name="HZ3">
1110     <ratom name="C">
1111     <ratom name="O">
1112     <rbond a1="N" a2="H"/>
1113     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1114     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1115     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1116     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1117     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1118     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1119     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1120     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1121     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1122     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
1123     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
1124     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
1125     <rbond a1="CD" a2="CE"/>
1126     <rbond a1="CE" a2="HE1"/>
1127     <rbond a1="CE" a2="HE2"/>
1128     <rbond a1="CE" a2="NZ"/>
1129     <rbond a1="NZ" a2="HZ1"/>
1130     <rbond a1="NZ" a2="HZ2"/>
1131     <rbond a1="NZ" a2="HZ3"/>
1132     <rbond a1="C" a2="O"/>
1133     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1134     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1135     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1136     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1137     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1138     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1139     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1140     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
1141     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD CE CG"/>
1142     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CE NZ CD"/>
1143     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="3" addto="NZ CE CD"/>
1144   </residue>
1145
1146   <residue restype="MET">
1147     <ratom name="N">
1148     <ratom name="H">
1149     <ratom name="CA">
1150     <ratom name="HA">
1151     <ratom name="CB">
1152     <ratom name="HB1">
1153     <ratom name="HB2">
1154     <ratom name="CG">
1155     <ratom name="HG1">
1156     <ratom name="HG2">
1157     <ratom name="SD">
1158     <ratom name="CE">
1159     <ratom name="HE1">
1160     <ratom name="HE2">
1161     <ratom name="HE3">
1162     <ratom name="C">
1163     <ratom name="O">
1164     <rbond a1="N" a2="H"/>
1165     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1166     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1167     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1168     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1169     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1170     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1171     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1172     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1173     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1174     <rbond a1="CG" a2="SD"/>
1175     <rbond a1="SD" a2="CE"/>
1176     <rbond a1="CE" a2="HE1"/>
1177     <rbond a1="CE" a2="HE2"/>
1178     <rbond a1="CE" a2="HE3"/>
1179     <rbond a1="C" a2="O"/>
1180     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1181     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1182     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1183     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1184     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1185     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1186     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1187     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG SD CB"/>
1188     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CE SD CG"/>
1189   </residue>
1190
1191   <residue restype="NAC">
1192     <ratom name="N">
1193     <ratom name="H">
1194     <ratom name="CA">
1195     <ratom name="HA1">
1196     <ratom name="HA2">
1197     <ratom name="HA3">
1198     <rbond a1="N" a2="H"/>
1199     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1200     <rbond a1="CA" a2="HA1"/>
1201     <rbond a1="CA" a2="HA2"/>
1202     <rbond a1="CA" a2="HA3"/>
1203     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1204     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1205     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1206     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CA N -C"/>
1207   </residue>
1208
1209   <residue restype="NH2">
1210     <ratom name="N">
1211     <ratom name="H1">
1212     <ratom name="H2">
1213     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1214     <rbond a1="N" a2="H1"/>
1215     <rbond a1="N" a2="H2"/>
1216     <rimproper a1="-C" a2="H1" a3="H2" a4="N"/>
1217     <rimproper a1="-C" a2="-O" a3="N" a4="-CA"/>
1218     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="N -C -CA"/>
1219   </residue>
1220
1221   <residue restype="OCT">
1222     <ratom name="C1">
1223     <ratom name="H11">
1224     <ratom name="H12">
1225     <ratom name="H13">
1226     <ratom name="C2">
1227     <ratom name="H21">
1228     <ratom name="H22">
1229     <ratom name="C3">
1230     <ratom name="H31">
1231     <ratom name="H32">
1232     <ratom name="C4">
1233     <ratom name="H41">
1234     <ratom name="H42">
1235     <ratom name="C5">
1236     <ratom name="H51">
1237     <ratom name="H52">
1238     <ratom name="C6">
1239     <ratom name="H61">
1240     <ratom name="H62">
1241     <ratom name="C7">
1242     <ratom name="H71">
1243     <ratom name="H72">
1244     <ratom name="C8">
1245     <ratom name="H81">
1246     <ratom name="H82">
1247     <ratom name="O9">
1248     <ratom name="H10">
1249     <rbond a1="C1" a2="H11"/>
1250     <rbond a1="C1" a2="H12"/>
1251     <rbond a1="C1" a2="H13"/>
1252     <rbond a1="C1" a2="C2"/>
1253     <rbond a1="C2" a2="H21"/>
1254     <rbond a1="C2" a2="H22"/>
1255     <rbond a1="C2" a2="C3"/>
1256     <rbond a1="C3" a2="H31"/>
1257     <rbond a1="C3" a2="H32"/>
1258     <rbond a1="C3" a2="C4"/>
1259     <rbond a1="C4" a2="H41"/>
1260     <rbond a1="C4" a2="H42"/>
1261     <rbond a1="C4" a2="C5"/>
1262     <rbond a1="C5" a2="H51"/>
1263     <rbond a1="C5" a2="H52"/>
1264     <rbond a1="C5" a2="C6"/>
1265     <rbond a1="C6" a2="H61"/>
1266     <rbond a1="C6" a2="H62"/>
1267     <rbond a1="C6" a2="C7"/>
1268     <rbond a1="C7" a2="H71"/>
1269     <rbond a1="C7" a2="H72"/>
1270     <rbond a1="C7" a2="C8"/>
1271     <rbond a1="C8" a2="H81"/>
1272     <rbond a1="C8" a2="H82"/>
1273     <rbond a1="C8" a2="O9"/>
1274     <rbond a1="O9" a2="H10"/>
1275     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="C1 C2 C3"/>
1276     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C2 C1 C3"/>
1277     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C3 C2 C4"/>
1278     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C4 C3 C5"/>
1279     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C5 C4 C6"/>
1280     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C6 C5 C7"/>
1281     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C7 C6 C8"/>
1282     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C8 C7 O9"/>
1283   </residue>
1284
1285   <residue restype="PHE">
1286     <ratom name="N">
1287     <ratom name="H">
1288     <ratom name="CA">
1289     <ratom name="HA">
1290     <ratom name="CB">
1291     <ratom name="HB1">
1292     <ratom name="HB2">
1293     <ratom name="CG">
1294     <ratom name="CD1">
1295     <ratom name="HD1">
1296     <ratom name="CD2">
1297     <ratom name="HD2">
1298     <ratom name="CE1">
1299     <ratom name="HE1">
1300     <ratom name="CE2">
1301     <ratom name="HE2">
1302     <ratom name="CZ">
1303     <ratom name="HZ">
1304     <ratom name="C">
1305     <ratom name="O">
1306     <rbond a1="N" a2="H"/>
1307     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1308     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1309     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1310     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1311     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1312     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1313     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1314     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1315     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1316     <rbond a1="CD1" a2="HD1"/>
1317     <rbond a1="CD1" a2="CE1"/>
1318     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
1319     <rbond a1="CD2" a2="CE2"/>
1320     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
1321     <rbond a1="CE1" a2="CZ"/>
1322     <rbond a1="CE2" a2="HE2"/>
1323     <rbond a1="CE2" a2="CZ"/>
1324     <rbond a1="CZ" a2="HZ"/>
1325     <rbond a1="C" a2="O"/>
1326     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1327     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1328     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1329     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CD2" a4="CB"/>
1330     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CD1" a4="CE1"/>
1331     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="CD2" a4="CE2"/>
1332     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CE1" a4="CZ"/>
1333     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CE2" a4="CZ"/>
1334     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CZ" a4="CE2"/>
1335     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CZ" a4="CE1"/>
1336     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CG" a4="HD1"/>
1337     <rimproper a1="CE1" a2="CZ" a3="CD1" a4="HE1"/>
1338     <rimproper a1="CZ" a2="CE2" a3="CE1" a4="HZ"/>
1339     <rimproper a1="CE2" a2="CD2" a3="CZ" a4="HE2"/>
1340     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CE2" a4="HD2"/>
1341     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1342     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1343     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1344     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1345     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD1 CG CE1"/>
1346     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG CE2"/>
1347     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 CD1 CZ"/>
1348     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE2 CD2 CZ"/>
1349     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CZ CE1 CE2"/>
1350   </residue>
1351
1352   <residue restype="PRO">
1353     <ratom name="N">
1354     <ratom name="CA">
1355     <ratom name="HA">
1356     <ratom name="CB">
1357     <ratom name="HB1">
1358     <ratom name="HB2">
1359     <ratom name="CG">
1360     <ratom name="HG1">
1361     <ratom name="HG2">
1362     <ratom name="CD">
1363     <ratom name="HD1">
1364     <ratom name="HD2">
1365     <ratom name="C">
1366     <ratom name="O">
1367     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1368     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1369     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1370     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1371     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1372     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1373     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1374     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1375     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1376     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
1377     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
1378     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
1379     <rbond a1="CD" a2="N"/>
1380     <rbond a1="C" a2="O"/>
1381     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1382     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="CD"/>
1383     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1384     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1385     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1386     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1387     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
1388     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD N CG"/>
1389   </residue>
1390
1391   <residue restype="SER">
1392     <ratom name="N">
1393     <ratom name="H">
1394     <ratom name="CA">
1395     <ratom name="HA">
1396     <ratom name="CB">
1397     <ratom name="HB1">
1398     <ratom name="HB2">
1399     <ratom name="OG">
1400     <ratom name="HG">
1401     <ratom name="C">
1402     <ratom name="O">
1403     <rbond a1="N" a2="H"/>
1404     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1405     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1406     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1407     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1408     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1409     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1410     <rbond a1="CB" a2="OG"/>
1411     <rbond a1="OG" a2="HG"/>
1412     <rbond a1="C" a2="O"/>
1413     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1414     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1415     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1416     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1417     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1418     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1419     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB OG CA"/>
1420     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OG CB CA"/>
1421   </residue>
1422
1423   <residue restype="THR">
1424     <ratom name="N">
1425     <ratom name="H">
1426     <ratom name="CA">
1427     <ratom name="HA">
1428     <ratom name="CB">
1429     <ratom name="HB">
1430     <ratom name="OG1">
1431     <ratom name="HG1">
1432     <ratom name="CG2">
1433     <ratom name="HG21">
1434     <ratom name="HG22">
1435     <ratom name="HG23">
1436     <ratom name="C">
1437     <ratom name="O">
1438     <rbond a1="N" a2="H"/>
1439     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1440     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1441     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1442     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1443     <rbond a1="CB" a2="HB"/>
1444     <rbond a1="CB" a2="OG1"/>
1445     <rbond a1="CB" a2="CG2"/>
1446     <rbond a1="OG1" a2="HG1"/>
1447     <rbond a1="CG2" a2="HG21"/>
1448     <rbond a1="CG2" a2="HG22"/>
1449     <rbond a1="CG2" a2="HG23"/>
1450     <rbond a1="C" a2="O"/>
1451     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1452     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1453     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1454     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1455     <rimproper a1="CB" a2="OG1" a3="CG2" a4="CA"/>
1456     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1457     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1458     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CB CA OG1 CG2"/>
1459     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OG1 CB CA"/>
1460     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG2 CB CA"/>
1461   </residue>
1462
1463   <residue restype="TRP">
1464     <ratom name="N">
1465     <ratom name="H">
1466     <ratom name="CA">
1467     <ratom name="HA">
1468     <ratom name="CB">
1469     <ratom name="HB1">
1470     <ratom name="HB2">
1471     <ratom name="CG">
1472     <ratom name="CD1">
1473     <ratom name="HD1">
1474     <ratom name="CD2">
1475     <ratom name="NE1">
1476     <ratom name="HE1">
1477     <ratom name="CE2">
1478     <ratom name="CE3">
1479     <ratom name="HE3">
1480     <ratom name="CZ2">
1481     <ratom name="HZ2">
1482     <ratom name="CZ3">
1483     <ratom name="HZ3">
1484     <ratom name="CH2">
1485     <ratom name="HH2">
1486     <ratom name="C">
1487     <ratom name="O">
1488     <rbond a1="N" a2="H"/>
1489     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1490     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1491     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1492     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1493     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1494     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1495     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1496     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1497     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1498     <rbond a1="CD1" a2="HD1"/>
1499     <rbond a1="CD1" a2="NE1"/>
1500     <rbond a1="CD2" a2="CE2"/>
1501     <rbond a1="CD2" a2="CE3"/>
1502     <rbond a1="NE1" a2="HE1"/>
1503     <rbond a1="NE1" a2="CE2"/>
1504     <rbond a1="CE2" a2="CZ2"/>
1505     <rbond a1="CE3" a2="HE3"/>
1506     <rbond a1="CE3" a2="CZ3"/>
1507     <rbond a1="CZ2" a2="HZ2"/>
1508     <rbond a1="CZ2" a2="CH2"/>
1509     <rbond a1="CZ3" a2="HZ3"/>
1510     <rbond a1="CZ3" a2="CH2"/>
1511     <rbond a1="CH2" a2="HH2"/>
1512     <rbond a1="C" a2="O"/>
1513     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1514     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1515     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1516     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CD2" a4="CB"/>
1517     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CD1" a4="NE1"/>
1518     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="CD2" a4="CE2"/>
1519     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="NE1" a4="CE2"/>
1520     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CE2" a4="NE1"/>
1521     <rimproper a1="CD1" a2="NE1" a3="CE2" a4="CD2"/>
1522     <rimproper a1="NE1" a2="CD1" a3="CE2" a4="HE1"/>
1523     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="NE1" a4="HD1"/>
1524     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CE3" a4="CG"/>
1525     <rimproper a1="CE2" a2="CD2" a3="CZ2" a4="NE1"/>
1526     <rimproper a1="CE3" a2="CD2" a3="CE2" a4="CZ2"/>
1527     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CZ2" a4="CH2"/>
1528     <rimproper a1="CE2" a2="CD2" a3="CE3" a4="CZ3"/>
1529     <rimproper a1="CE2" a2="CZ2" a3="CH2" a4="CZ3"/>
1530     <rimproper a1="CD2" a2="CE3" a3="CZ3" a4="CH2"/>
1531     <rimproper a1="CE3" a2="CZ3" a3="CH2" a4="CZ2"/>
1532     <rimproper a1="CE3" a2="CD2" a3="CZ3" a4="HE3"/>
1533     <rimproper a1="CZ3" a2="CE3" a3="CH2" a4="HZ3"/>
1534     <rimproper a1="CH2" a2="CZ3" a3="CZ2" a4="HH2"/>
1535     <rimproper a1="CZ2" a2="CH2" a3="CE2" a4="HZ2"/>
1536     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1537     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1538     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1539     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1540     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD1 NE1 CG"/>
1541     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE1 CD1 CE2"/>
1542     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE3 CD2 CZ3"/>
1543     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CZ3 CE3 CH2"/>
1544     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CH2 CZ3 CZ2"/>
1545     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CZ2 CE2 CH2"/>
1546   </residue>
1547
1548   <residue restype="TYR">
1549     <ratom name="N">
1550     <ratom name="H">
1551     <ratom name="CA">
1552     <ratom name="HA">
1553     <ratom name="CB">
1554     <ratom name="HB1">
1555     <ratom name="HB2">
1556     <ratom name="CG">
1557     <ratom name="CD1">
1558     <ratom name="HD1">
1559     <ratom name="CD2">
1560     <ratom name="HD2">
1561     <ratom name="CE1">
1562     <ratom name="HE1">
1563     <ratom name="CE2">
1564     <ratom name="HE2">
1565     <ratom name="CZ">
1566     <ratom name="OH">
1567     <ratom name="HH">
1568     <ratom name="C">
1569     <ratom name="O">
1570     <rbond a1="N" a2="H"/>
1571     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1572     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1573     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1574     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1575     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1576     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1577     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1578     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1579     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1580     <rbond a1="CD1" a2="HD1"/>
1581     <rbond a1="CD1" a2="CE1"/>
1582     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
1583     <rbond a1="CD2" a2="CE2"/>
1584     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
1585     <rbond a1="CE1" a2="CZ"/>
1586     <rbond a1="CE2" a2="HE2"/>
1587     <rbond a1="CE2" a2="CZ"/>
1588     <rbond a1="CZ" a2="OH"/>
1589     <rbond a1="OH" a2="HH"/>
1590     <rbond a1="C" a2="O"/>
1591     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1592     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1593     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1594     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CD2" a4="CB"/>
1595     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CD1" a4="CE1"/>
1596     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="CD2" a4="CE2"/>
1597     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CE1" a4="CZ"/>
1598     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CE2" a4="CZ"/>
1599     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CZ" a4="CE2"/>
1600     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CZ" a4="CE1"/>
1601     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CG" a4="HD1"/>
1602     <rimproper a1="CE1" a2="CD1" a3="CZ" a4="HE1"/>
1603     <rimproper a1="CZ" a2="CE1" a3="CE2" a4="OH"/>
1604     <rimproper a1="CE2" a2="CZ" a3="CD2" a4="HE2"/>
1605     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CG" a4="HD2"/>
1606     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1607     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1608     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1609     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1610     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD1 CG CE1"/>
1611     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG CE2"/>
1612     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 CD1 CZ"/>
1613     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE2 CD2 CZ"/>
1614     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OH CZ CE1"/>
1615   </residue>
1616
1617   <residue restype="VAL">
1618     <ratom name="N">
1619     <ratom name="H">
1620     <ratom name="CA">
1621     <ratom name="HA">
1622     <ratom name="CB">
1623     <ratom name="HB">
1624     <ratom name="CG1">
1625     <ratom name="HG11">
1626     <ratom name="HG12">
1627     <ratom name="HG13">
1628     <ratom name="CG2">
1629     <ratom name="HG21">
1630     <ratom name="HG22">
1631     <ratom name="HG23">
1632     <ratom name="C">
1633     <ratom name="O">
1634     <rbond a1="N" a2="H"/>
1635     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1636     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1637     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1638     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1639     <rbond a1="CB" a2="HB"/>
1640     <rbond a1="CB" a2="CG1"/>
1641     <rbond a1="CB" a2="CG2"/>
1642     <rbond a1="CG1" a2="HG11"/>
1643     <rbond a1="CG1" a2="HG12"/>
1644     <rbond a1="CG1" a2="HG13"/>
1645     <rbond a1="CG2" a2="HG21"/>
1646     <rbond a1="CG2" a2="HG22"/>
1647     <rbond a1="CG2" a2="HG23"/>
1648     <rbond a1="C" a2="O"/>
1649     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1650     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1651     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1652     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1653     <rimproper a1="CB" a2="CG2" a3="CG1" a4="CA"/>
1654     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1655     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1656     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CB CA CG1 CG2"/>
1657     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG1 CB CA"/>
1658     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG2 CB CA"/>
1659   </residue>
1660
1661   <linkdef linktype="peptide" restype="* *" atomprev="C" atomnext="N" refdist="0.133"/>
1662   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS CYS" atomprev="SG" atomnext="SG" refdist="0.2"/>
1663   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS HEME" atomprev="SG" atomnext="FE" refdist="0.25"/>
1664   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS HEME" atomprev="SG" atomnext="CAB" refdist="0.2"/>
1665   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS HEME" atomprev="SG" atomnext="CAC" refdist="0.2"/>
1666   <linkdef linktype="unknown" restype="HIS HEME" atomprev="NE2" atomnext="FE" refdist="0.2"/>
1667
1668   <moddef modtype="None"
1669   </moddef>
1670
1671   <moddef modtype="NH3+"
1672     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1673     <modreplace oldname="CA" newname="CA"/>
1674     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1675     <moddelete delname="H"/>
1676   </moddef>
1677
1678   <moddef modtype="NH2"
1679     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1680     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1681     <moddelete delname="H"/>
1682   </moddef>
1683
1684   <moddef modtype="PRO-NH2+"
1685     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1686     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1687   </moddef>
1688
1689   <moddef modtype="PRO-NH"
1690     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1691     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1692   </moddef>
1693
1694   <moddef modtype="GLY-NH3+"
1695     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1696     <modreplace oldname="CA" newname="CA"/>
1697     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1698     <moddelete delname="H"/>
1699   </moddef>
1700
1701   <moddef modtype="None"
1702   </moddef>
1703
1704   <moddef modtype="COO-"
1705     <modreplace oldname="C" newname="C"/>
1706     <modadd addname="O" addgeom="3" addto="C CA N"/>
1707     <moddelete delname="O"/>
1708   </moddef>
1709
1710   <moddef modtype="COOH"
1711     <modreplace oldname="C" newname="C"/>
1712     <modreplace oldname="O" newname="O"/>
1713     <modadd addname="OT" addgeom="2" addto="C CA N"/>
1714     <modadd addname="HO" addgeom="2" addto="O C CA"/>
1715   </moddef>
1716
1717 </residues>