docs/reference-manual/algorithms.rst

   1 .. _algorithms:
   2
   3 Algorithms
   4 ==========
   5
   6 In this chapter we first give describe some general concepts used in
   7 |Gromacs|: *periodic boundary conditions* (sec. :ref:`pbc`) and the *group
   8 concept* (sec. :ref:`groupconcept`). The MD algorithm is described in
   9 sec. :ref:`MD`: first a global form of the algorithm is given, which is
  10 refined in subsequent subsections. The (simple) EM (Energy Minimization)
  11 algorithm is described in sec. :ref:`EM`. Some other algorithms for
  12 special purpose dynamics are described after this.
  13
  14 A few issues are of general interest. In all cases the *system* must be
  15 defined, consisting of molecules. Molecules again consist of particles
  16 with defined interaction functions. The detailed description of the
  17 *topology* of the molecules and of the *force field* and the calculation
  18 of forces is given in chapter :ref:`ff`. In the present chapter we
  19 describe other aspects of the algorithm, such as pair list generation,
  20 update of velocities and positions, coupling to external temperature and
  21 pressure, conservation of constraints. The *analysis* of the data
  22 generated by an MD simulation is treated in chapter :ref:`analysis`.
  23
  24 .. toctree::
  25    :maxdepth: 2
  26
  27    algorithms/periodic-boundary-conditions
  28    algorithms/group-concept
  29    algorithms/molecular-dynamics
  30    algorithms/shell-molecular-dynamics
  31    algorithms/constraint-algorithms
  32    algorithms/simulated-annealing
  33    algorithms/stochastic-dynamics
  34    algorithms/brownian-dynamics
  35    algorithms/energy-minimization
  36    algorithms/normal-mode-analysis
  37    algorithms/free-energy-calculations
  38    algorithms/replica-exchange
  39    algorithms/essential-dynamics
  40    algorithms/expanded-ensemble
  41    algorithms/parallelization-domain-decomp
  42
  43