man/man1/tpbconv.1

   1 .TH tpbconv 1 "Fri 19 Apr 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.7"
   2 .SH NAME
   3 tpbconv - makes a run input file for restarting a crashed run
   4
   5 .B VERSION 4.5.7
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3tpbconv\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.trr "
  10 .BI "\-e" " ener.edr "
  11 .BI "\-n" " index.ndx "
  12 .BI "\-o" " tpxout.tpr "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-extend" " real "
  17 .BI "\-until" " real "
  18 .BI "\-nsteps" " int "
  19 .BI "\-time" " real "
  20 .BI "\-[no]zeroq" ""
  21 .BI "\-[no]vel" ""
  22 .BI "\-[no]cont" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&tpbconv can edit run input files in four ways.
  25
  26
  27 \&\fB 1.\fR by modifying the number of steps in a run input file
  28 \&with options \fB \-extend\fR, \fB \-until\fR or \fB \-nsteps\fR
  29 \&(nsteps=\-1 means unlimited number of steps)
  30
  31
  32 \&\fB 2.\fR (OBSOLETE) by creating a run input file
  33 \&for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.
  34 \&a full disk, or by making a continuation run input file.
  35 \&This option is obsolete, since mdrun now writes and reads
  36 \&checkpoint files.
  37 \&\fB Note\fR that a frame with coordinates and velocities is needed.
  38 \&When pressure and/or Nose\-Hoover temperature coupling is used
  39 \&an energy file can be supplied to get an exact continuation
  40 \&of the original run.
  41
  42
  43 \&\fB 3.\fR by creating a \fB .tpx\fR file for a subset of your original
  44 \&tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from
  45 \&your \fB .tpx\fR file, or when you want to make e.g. a pure Calpha \fB .tpx\fR file.
  46 \&Note that you may need to use \fB \-nsteps \-1\fR (or similar) to get
  47 \&this to work.
  48 \&\fB WARNING: this \fB .tpx\fR file is not fully functional\fR.
  49
  50
  51 \&\fB 4.\fR by setting the charges of a specified group
  52 \&to zero. This is useful when doing free energy estimates
  53 \&using the LIE (Linear Interaction Energy) method.
  54 .SH FILES
  55 .BI "\-s" " topol.tpr"
  56 .B Input
  57  Run input file: tpr tpb tpa
  58
  59 .BI "\-f" " traj.trr"
  60 .B Input, Opt.
  61  Full precision trajectory: trr trj cpt
  62
  63 .BI "\-e" " ener.edr"
  64 .B Input, Opt.
  65  Energy file
  66
  67 .BI "\-n" " index.ndx"
  68 .B Input, Opt.
  69  Index file
  70
  71 .BI "\-o" " tpxout.tpr"
  72 .B Output
  73  Run input file: tpr tpb tpa
  74
  75 .SH OTHER OPTIONS
  76 .BI "\-[no]h"  "no    "
  77  Print help info and quit
  78
  79 .BI "\-[no]version"  "no    "
  80  Print version info and quit
  81
  82 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  83  Set the nicelevel
  84
  85 .BI "\-extend"  " real" " 0     "
  86  Extend runtime by this amount (ps)
  87
  88 .BI "\-until"  " real" " 0     "
  89  Extend runtime until this ending time (ps)
  90
  91 .BI "\-nsteps"  " int" " 0"
  92  Change the number of steps
  93
  94 .BI "\-time"  " real" " \-1    "
  95  Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame
  96
  97 .BI "\-[no]zeroq"  "no    "
  98  Set the charges of a group (from the index) to zero
  99
 100 .BI "\-[no]vel"  "yes   "
 101  Require velocities from trajectory
 102
 103 .BI "\-[no]cont"  "yes   "
 104  For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step
 105
 106 .SH SEE ALSO
 107 .BR gromacs(7)
 108
 109 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.