man/man1/g_sorient.1

   1 .TH g_sorient 1 "Fri 19 Apr 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.7"
   2 .SH NAME
   3 g_sorient - analyzes solvent orientation around solutes
   4
   5 .B VERSION 4.5.7
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sorient\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " sori.xvg "
  12 .BI "\-no" " snor.xvg "
  13 .BI "\-ro" " sord.xvg "
  14 .BI "\-co" " scum.xvg "
  15 .BI "\-rc" " scount.xvg "
  16 .BI "\-[no]h" ""
  17 .BI "\-[no]version" ""
  18 .BI "\-nice" " int "
  19 .BI "\-b" " time "
  20 .BI "\-e" " time "
  21 .BI "\-dt" " time "
  22 .BI "\-[no]w" ""
  23 .BI "\-xvg" " enum "
  24 .BI "\-[no]com" ""
  25 .BI "\-[no]v23" ""
  26 .BI "\-rmin" " real "
  27 .BI "\-rmax" " real "
  28 .BI "\-cbin" " real "
  29 .BI "\-rbin" " real "
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .SH DESCRIPTION
  32 \&\fB g_sorient\fR analyzes solvent orientation around solutes.
  33 \&It calculates two angles between the vector from one or more
  34 \&reference positions to the first atom of each solvent molecule:
  35
  36
  37 \&theta_1: the angle with the vector from the first atom of the solvent
  38 \&molecule to the midpoint between atoms 2 and 3.
  39
  40 \&theta_2: the angle with the normal of the solvent plane, defined by the
  41 \&same three atoms, or, when the option \fB \-v23\fR is set,
  42 \&the angle with the vector between atoms 2 and 3.
  43
  44
  45 \&The reference can be a set of atoms or
  46 \&the center of mass of a set of atoms. The group of solvent atoms should
  47 \&consist of 3 atoms per solvent molecule.
  48 \&Only solvent molecules between \fB \-rmin\fR and \fB \-rmax\fR are
  49 \&considered for \fB \-o\fR and \fB \-no\fR each frame.
  50
  51
  52 \&\fB \-o\fR: distribtion of cos(theta_1) for rmin=r=rmax.
  53
  54
  55 \&\fB \-no\fR: distribution of cos(theta_2) for rmin=r=rmax.
  56
  57
  58 \&\fB \-ro\fR: cos(theta_1) and 3cos(2theta_2)\-1 as a function of the
  59 \&distance.
  60
  61
  62 \&\fB \-co\fR: the sum over all solvent molecules within distance r
  63 \&of cos(theta_1) and 3cos(2(theta_2)\-1) as a function of r.
  64
  65
  66 \&\fB \-rc\fR: the distribution of the solvent molecules as a function of r
  67 .SH FILES
  68 .BI "\-f" " traj.xtc"
  69 .B Input
  70  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  71
  72 .BI "\-s" " topol.tpr"
  73 .B Input
  74  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  75
  76 .BI "\-n" " index.ndx"
  77 .B Input, Opt.
  78  Index file
  79
  80 .BI "\-o" " sori.xvg"
  81 .B Output
  82  xvgr/xmgr file
  83
  84 .BI "\-no" " snor.xvg"
  85 .B Output
  86  xvgr/xmgr file
  87
  88 .BI "\-ro" " sord.xvg"
  89 .B Output
  90  xvgr/xmgr file
  91
  92 .BI "\-co" " scum.xvg"
  93 .B Output
  94  xvgr/xmgr file
  95
  96 .BI "\-rc" " scount.xvg"
  97 .B Output
  98  xvgr/xmgr file
  99
 100 .SH OTHER OPTIONS
 101 .BI "\-[no]h"  "no    "
 102  Print help info and quit
 103
 104 .BI "\-[no]version"  "no    "
 105  Print version info and quit
 106
 107 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 108  Set the nicelevel
 109
 110 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 111  First frame (ps) to read from trajectory
 112
 113 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 114  Last frame (ps) to read from trajectory
 115
 116 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 117  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 118
 119 .BI "\-[no]w"  "no    "
 120  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 121
 122 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 123  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 124
 125 .BI "\-[no]com"  "no    "
 126  Use the center of mass as the reference postion
 127
 128 .BI "\-[no]v23"  "no    "
 129  Use the vector between atoms 2 and 3
 130
 131 .BI "\-rmin"  " real" " 0     "
 132  Minimum distance (nm)
 133
 134 .BI "\-rmax"  " real" " 0.5   "
 135  Maximum distance (nm)
 136
 137 .BI "\-cbin"  " real" " 0.02  "
 138  Binwidth for the cosine
 139
 140 .BI "\-rbin"  " real" " 0.02  "
 141  Binwidth for r (nm)
 142
 143 .BI "\-[no]pbc"  "no    "
 144  Check PBC for the center of mass calculation. Only necessary when your reference group consists of several molecules.
 145
 146 .SH SEE ALSO
 147 .BR gromacs(7)
 148
 149 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.