man/man1/g_select.1

   1 .TH g_select 1 "Fri 19 Apr 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.7"
   2 .SH NAME
   3 g_select - selects groups of atoms based on flexible textual selections
   4
   5 .B VERSION 4.5.7
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_select\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-sf" " selection.dat "
  11 .BI "\-n" " index.ndx "
  12 .BI "\-os" " size.xvg "
  13 .BI "\-oc" " cfrac.xvg "
  14 .BI "\-oi" " index.dat "
  15 .BI "\-om" " mask.dat "
  16 .BI "\-on" " index.ndx "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-xvg" " enum "
  24 .BI "\-[no]rmpbc" ""
  25 .BI "\-[no]pbc" ""
  26 .BI "\-select" " string "
  27 .BI "\-selrpos" " enum "
  28 .BI "\-seltype" " enum "
  29 .BI "\-[no]dump" ""
  30 .BI "\-[no]norm" ""
  31 .BI "\-[no]cfnorm" ""
  32 .BI "\-resnr" " enum "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 \&\fB g_select\fR writes out basic data about dynamic selections.
  35 \&It can be used for some simple analyses, or the output can
  36 \&be combined with output from other programs and/or external
  37 \&analysis programs to calculate more complex things.
  38 \&Any combination of the output options is possible, but note
  39 \&that \fB \-om\fR only operates on the first selection.
  40 \&\fB \-os\fR is the default output option if none is selected.
  41
  42
  43 \&With \fB \-os\fR, calculates the number of positions in each
  44 \&selection for each frame. With \fB \-norm\fR, the output is
  45 \&between 0 and 1 and describes the fraction from the maximum
  46 \&number of positions (e.g., for selection 'resname RA and x  5'
  47 \&the maximum number of positions is the number of atoms in
  48 \&RA residues). With \fB \-cfnorm\fR, the output is divided
  49 \&by the fraction covered by the selection.
  50 \&\fB \-norm\fR and \fB \-cfnorm\fR can be specified independently
  51 \&of one another.
  52
  53
  54 \&With \fB \-oc\fR, the fraction covered by each selection is
  55 \&written out as a function of time.
  56
  57
  58 \&With \fB \-oi\fR, the selected atoms/residues/molecules are
  59 \&written out as a function of time. In the output, the first
  60 \&column contains the frame time, the second contains the number
  61 \&of positions, followed by the atom/residue/molecule numbers.
  62 \&If more than one selection is specified, the size of the second
  63 \&group immediately follows the last number of the first group
  64 \&and so on. With \fB \-dump\fR, the frame time and the number
  65 \&of positions is omitted from the output. In this case, only one
  66 \&selection can be given.
  67
  68
  69 \&With \fB \-on\fR, the selected atoms are written as a index file
  70 \&compatible with \fB make_ndx\fR and the analyzing tools. Each selection
  71 \&is written as a selection group and for dynamic selections a
  72 \&group is written for each frame.
  73
  74
  75 \&For residue numbers, the output of \fB \-oi\fR can be controlled
  76 \&with \fB \-resnr\fR: \fB number\fR (default) prints the residue
  77 \&numbers as they appear in the input file, while \fB index\fR prints
  78 \&unique numbers assigned to the residues in the order they appear
  79 \&in the input file, starting with 1. The former is more intuitive,
  80 \&but if the input contains multiple residues with the same number,
  81 \&the output can be less useful.
  82
  83
  84 \&With \fB \-om\fR, a mask is printed for the first selection
  85 \&as a function of time. Each line in the output corresponds to
  86 \&one frame, and contains either 0/1 for each atom/residue/molecule
  87 \&possibly selected. 1 stands for the atom/residue/molecule being
  88 \&selected for the current frame, 0 for not selected.
  89 \&With \fB \-dump\fR, the frame time is omitted from the output.
  90 .SH FILES
  91 .BI "\-f" " traj.xtc"
  92 .B Input, Opt.
  93  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  94
  95 .BI "\-s" " topol.tpr"
  96 .B Input, Opt.
  97  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  98
  99 .BI "\-sf" " selection.dat"
 100 .B Input, Opt.
 101  Generic data file
 102
 103 .BI "\-n" " index.ndx"
 104 .B Input, Opt.
 105  Index file
 106
 107 .BI "\-os" " size.xvg"
 108 .B Output, Opt.
 109  xvgr/xmgr file
 110
 111 .BI "\-oc" " cfrac.xvg"
 112 .B Output, Opt.
 113  xvgr/xmgr file
 114
 115 .BI "\-oi" " index.dat"
 116 .B Output, Opt.
 117  Generic data file
 118
 119 .BI "\-om" " mask.dat"
 120 .B Output, Opt.
 121  Generic data file
 122
 123 .BI "\-on" " index.ndx"
 124 .B Output, Opt.
 125  Index file
 126
 127 .SH OTHER OPTIONS
 128 .BI "\-[no]h"  "no    "
 129  Print help info and quit
 130
 131 .BI "\-[no]version"  "no    "
 132  Print version info and quit
 133
 134 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 135  Set the nicelevel
 136
 137 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 138  First frame (ps) to read from trajectory
 139
 140 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 141  Last frame (ps) to read from trajectory
 142
 143 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 144  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 145
 146 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 147  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 148
 149 .BI "\-[no]rmpbc"  "yes   "
 150  Make molecules whole for each frame
 151
 152 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 153  Use periodic boundary conditions for distance calculation
 154
 155 .BI "\-select"  " string" " "
 156  Selection string (use 'help' for help). Note that the whole selection string will need to be quoted so that your shell will pass it in as a string. Example: \fB g_select \-select '"Nearby water" resname SOL and within 0.25 of group Protein'\fR
 157
 158 .BI "\-selrpos"  " enum" " atom"
 159  Selection reference position: \fB atom\fR, \fB res_com\fR, \fB res_cog\fR, \fB mol_com\fR, \fB mol_cog\fR, \fB whole_res_com\fR, \fB whole_res_cog\fR, \fB whole_mol_com\fR, \fB whole_mol_cog\fR, \fB part_res_com\fR, \fB part_res_cog\fR, \fB part_mol_com\fR, \fB part_mol_cog\fR, \fB dyn_res_com\fR, \fB dyn_res_cog\fR, \fB dyn_mol_com\fR or \fB dyn_mol_cog\fR
 160
 161 .BI "\-seltype"  " enum" " atom"
 162  Default analysis positions: \fB atom\fR, \fB res_com\fR, \fB res_cog\fR, \fB mol_com\fR, \fB mol_cog\fR, \fB whole_res_com\fR, \fB whole_res_cog\fR, \fB whole_mol_com\fR, \fB whole_mol_cog\fR, \fB part_res_com\fR, \fB part_res_cog\fR, \fB part_mol_com\fR, \fB part_mol_cog\fR, \fB dyn_res_com\fR, \fB dyn_res_cog\fR, \fB dyn_mol_com\fR or \fB dyn_mol_cog\fR
 163
 164 .BI "\-[no]dump"  "no    "
 165  Do not print the frame time (\-om, \-oi) or the index size (\-oi)
 166
 167 .BI "\-[no]norm"  "no    "
 168  Normalize by total number of positions with \-os
 169
 170 .BI "\-[no]cfnorm"  "no    "
 171  Normalize by covered fraction with \-os
 172
 173 .BI "\-resnr"  " enum" " number"
 174  Residue number output type: \fB number\fR or \fB index\fR
 175
 176 .SH SEE ALSO
 177 .BR gromacs(7)
 178
 179 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.