man/man1/g_disre.1

   1 .TH g_disre 1 "Fri 19 Apr 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.7"
   2 .SH NAME
   3 g_disre - analyzes distance restraints
   4
   5 .B VERSION 4.5.7
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_disre\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-ds" " drsum.xvg "
  11 .BI "\-da" " draver.xvg "
  12 .BI "\-dn" " drnum.xvg "
  13 .BI "\-dm" " drmax.xvg "
  14 .BI "\-dr" " restr.xvg "
  15 .BI "\-l" " disres.log "
  16 .BI "\-n" " viol.ndx "
  17 .BI "\-q" " viol.pdb "
  18 .BI "\-c" " clust.ndx "
  19 .BI "\-x" " matrix.xpm "
  20 .BI "\-[no]h" ""
  21 .BI "\-[no]version" ""
  22 .BI "\-nice" " int "
  23 .BI "\-b" " time "
  24 .BI "\-e" " time "
  25 .BI "\-dt" " time "
  26 .BI "\-[no]w" ""
  27 .BI "\-xvg" " enum "
  28 .BI "\-ntop" " int "
  29 .BI "\-maxdr" " real "
  30 .BI "\-nlevels" " int "
  31 .BI "\-[no]third" ""
  32 .SH DESCRIPTION
  33 \&\fB g_disre\fR computes violations of distance restraints.
  34 \&If necessary, all protons can be added to a protein molecule
  35 \&using the \fB g_protonate\fR program.
  36
  37
  38 \&The program always
  39 \&computes the instantaneous violations rather than time\-averaged,
  40 \&because this analysis is done from a trajectory file afterwards
  41 \&it does not make sense to use time averaging. However,
  42 \&the time averaged values per restraint are given in the log file.
  43
  44
  45 \&An index file may be used to select specific restraints for
  46 \&printing.
  47
  48
  49 \&When the optional \fB \-q\fR flag is given a \fB .pdb\fR file coloured by the
  50 \&amount of average violations.
  51
  52
  53 \&When the \fB \-c\fR option is given, an index file will be read
  54 \&containing the frames in your trajectory corresponding to the clusters
  55 \&(defined in another manner) that you want to analyze. For these clusters
  56 \&the program will compute average violations using the third power
  57 \&averaging algorithm and print them in the log file.
  58 .SH FILES
  59 .BI "\-s" " topol.tpr"
  60 .B Input
  61  Run input file: tpr tpb tpa
  62
  63 .BI "\-f" " traj.xtc"
  64 .B Input
  65  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  66
  67 .BI "\-ds" " drsum.xvg"
  68 .B Output
  69  xvgr/xmgr file
  70
  71 .BI "\-da" " draver.xvg"
  72 .B Output
  73  xvgr/xmgr file
  74
  75 .BI "\-dn" " drnum.xvg"
  76 .B Output
  77  xvgr/xmgr file
  78
  79 .BI "\-dm" " drmax.xvg"
  80 .B Output
  81  xvgr/xmgr file
  82
  83 .BI "\-dr" " restr.xvg"
  84 .B Output
  85  xvgr/xmgr file
  86
  87 .BI "\-l" " disres.log"
  88 .B Output
  89  Log file
  90
  91 .BI "\-n" " viol.ndx"
  92 .B Input, Opt.
  93  Index file
  94
  95 .BI "\-q" " viol.pdb"
  96 .B Output, Opt.
  97  Protein data bank file
  98
  99 .BI "\-c" " clust.ndx"
 100 .B Input, Opt.
 101  Index file
 102
 103 .BI "\-x" " matrix.xpm"
 104 .B Output, Opt.
 105  X PixMap compatible matrix file
 106
 107 .SH OTHER OPTIONS
 108 .BI "\-[no]h"  "no    "
 109  Print help info and quit
 110
 111 .BI "\-[no]version"  "no    "
 112  Print version info and quit
 113
 114 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 115  Set the nicelevel
 116
 117 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 118  First frame (ps) to read from trajectory
 119
 120 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 121  Last frame (ps) to read from trajectory
 122
 123 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 124  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 125
 126 .BI "\-[no]w"  "no    "
 127  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 128
 129 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 130  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 131
 132 .BI "\-ntop"  " int" " 0"
 133  Number of large violations that are stored in the log file every step
 134
 135 .BI "\-maxdr"  " real" " 0     "
 136  Maximum distance violation in matrix output. If less than or equal to 0 the maximum will be determined by the data.
 137
 138 .BI "\-nlevels"  " int" " 20"
 139  Number of levels in the matrix output
 140
 141 .BI "\-[no]third"  "yes   "
 142  Use inverse third power averaging or linear for matrix output
 143
 144 .SH SEE ALSO
 145 .BR gromacs(7)
 146
 147 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.