man/man1/g_dielectric.1

   1 .TH g_dielectric 1 "Fri 19 Apr 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.7"
   2 .SH NAME
   3 g_dielectric - calculates frequency dependent dielectric constants
   4
   5 .B VERSION 4.5.7
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dielectric\fP
   8 .BI "\-f" " dipcorr.xvg "
   9 .BI "\-d" " deriv.xvg "
  10 .BI "\-o" " epsw.xvg "
  11 .BI "\-c" " cole.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .BI "\-[no]w" ""
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-[no]fft" ""
  21 .BI "\-[no]x1" ""
  22 .BI "\-eint" " real "
  23 .BI "\-bfit" " real "
  24 .BI "\-efit" " real "
  25 .BI "\-tail" " real "
  26 .BI "\-A" " real "
  27 .BI "\-tau1" " real "
  28 .BI "\-tau2" " real "
  29 .BI "\-eps0" " real "
  30 .BI "\-epsRF" " real "
  31 .BI "\-fix" " int "
  32 .BI "\-ffn" " enum "
  33 .BI "\-nsmooth" " int "
  34 .SH DESCRIPTION
  35 \&\fB g_dielectric\fR calculates frequency dependent dielectric constants
  36 \&from the autocorrelation function of the total dipole moment in
  37 \&your simulation. This ACF can be generated by \fB g_dipoles\fR.
  38 \&The functional forms of the available functions are:
  39
  40
  41 \&One parameter:    y = exp(\-a_1 x),
  42
  43 \&Two parameters:   y = a_2 exp(\-a_1 x),
  44
  45 \&Three parameters: y = a_2 exp(\-a_1 x) + (1 \- a_2) exp(\-a_3 x).
  46
  47 \&Start values for the fit procedure can be given on the command line.
  48 \&It is also possible to fix parameters at their start value, use \fB \-fix\fR
  49 \&with the number of the parameter you want to fix.
  50 \&
  51
  52
  53 \&Three output files are generated, the first contains the ACF,
  54 \&an exponential fit to it with 1, 2 or 3 parameters, and the
  55 \&numerical derivative of the combination data/fit.
  56 \&The second file contains the real and imaginary parts of the
  57 \&frequency\-dependent dielectric constant, the last gives a plot
  58 \&known as the Cole\-Cole plot, in which the imaginary
  59 \&component is plotted as a function of the real component.
  60 \&For a pure exponential relaxation (Debye relaxation) the latter
  61 \&plot should be one half of a circle.
  62 .SH FILES
  63 .BI "\-f" " dipcorr.xvg"
  64 .B Input
  65  xvgr/xmgr file
  66
  67 .BI "\-d" " deriv.xvg"
  68 .B Output
  69  xvgr/xmgr file
  70
  71 .BI "\-o" " epsw.xvg"
  72 .B Output
  73  xvgr/xmgr file
  74
  75 .BI "\-c" " cole.xvg"
  76 .B Output
  77  xvgr/xmgr file
  78
  79 .SH OTHER OPTIONS
  80 .BI "\-[no]h"  "no    "
  81  Print help info and quit
  82
  83 .BI "\-[no]version"  "no    "
  84  Print version info and quit
  85
  86 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  87  Set the nicelevel
  88
  89 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  90  First frame (ps) to read from trajectory
  91
  92 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  93  Last frame (ps) to read from trajectory
  94
  95 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  96  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  97
  98 .BI "\-[no]w"  "no    "
  99  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 100
 101 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 102  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 103
 104 .BI "\-[no]fft"  "no    "
 105  use fast fourier transform for correlation function
 106
 107 .BI "\-[no]x1"  "yes   "
 108  use first column as \fI x\fR\-axis rather than first data set
 109
 110 .BI "\-eint"  " real" " 5     "
 111  Time to end the integration of the data and start to use the fit
 112
 113 .BI "\-bfit"  " real" " 5     "
 114  Begin time of fit
 115
 116 .BI "\-efit"  " real" " 500   "
 117  End time of fit
 118
 119 .BI "\-tail"  " real" " 500   "
 120  Length of function including data and tail from fit
 121
 122 .BI "\-A"  " real" " 0.5   "
 123  Start value for fit parameter A
 124
 125 .BI "\-tau1"  " real" " 10    "
 126  Start value for fit parameter tau1
 127
 128 .BI "\-tau2"  " real" " 1     "
 129  Start value for fit parameter tau2
 130
 131 .BI "\-eps0"  " real" " 80    "
 132  epsilon0 of your liquid
 133
 134 .BI "\-epsRF"  " real" " 78.5  "
 135  epsilon of the reaction field used in your simulation. A value of 0 means infinity.
 136
 137 .BI "\-fix"  " int" " 0"
 138  Fix parameters at their start values, A (2), tau1 (1), or tau2 (4)
 139
 140 .BI "\-ffn"  " enum" " none"
 141  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR, \fB exp9\fR or \fB erffit\fR
 142
 143 .BI "\-nsmooth"  " int" " 3"
 144  Number of points for smoothing
 145
 146 .SH SEE ALSO
 147 .BR gromacs(7)
 148
 149 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.