Improved error message
[gromacs.git] / CMakeLists.txt
blob85af2a8958698ddce3fe58c10ffafe095d71a719
1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
3 project(Gromacs)
4 include(Dart)
5 mark_as_advanced(DART_ROOT)
7 # PROJECT_VERSION should have the following structure: 
8 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
10 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish 
11 # between a build from official release and a build from git release branch on a 
12 # machine with no git. 
14 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
15 set(PROJECT_VERSION "4.5.5-dev")
16 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
17     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
18 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
19 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
20     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
21 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
22 set(SOVERSION 6)
23 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
24 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
25 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "5")
26 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "5")
29 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
30 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
32 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
33 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
34 endif()
36 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
37     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
38 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
40 enable_language(C)
42 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
43 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
44 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
45 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
46 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
47 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
48 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
49 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
50 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
52 #must come after all cpack settings!
53 include(CPack)
55 ########################################################################
56 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
57 ########################################################################
58 if(CMAKE_HOST_UNIX)
59     execute_process(COMMAND hostname
60                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
61                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
62     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
63         message(WARNING "
64             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
65             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
66             recommended to regenerate the cache!")
67     endif()
68     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
69             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
70 endif()
72 ########################################################################
73 # Fix stupid flags on MSVC
74 ########################################################################
75 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON) 
76 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
77     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
78     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
80     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE) 
81     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)        
82 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
84 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
88 ######################################################################
89 # compiler tests
90 # these need ot be done early (before further tests).
91 #####################################################################
93 include(CheckCCompilerFlag)
94 include(CheckCXXCompilerFlag)
96 include(gmxCFlags)
97 gmx_c_flags()
99 ########################################################################
100 # User input options                                                   #
101 ########################################################################
102 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
103 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
104 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (thread-based) version of GROMACS (cannot be combined with MPI yet)" ON)
105 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
106 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
107 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
108 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
109 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
110 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
111 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
112 set(GMX_ACCELERATION "auto" 
113     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran")
115 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3" 
116     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
117 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE 
118        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
119 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
120 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none" 
121     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
122 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
123 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
124 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
125 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
126 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
127 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
128 mark_as_advanced(GMX_DLOPEN)
131 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
132 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
133 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
134 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
136 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
137 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
139 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
141 if(UNIX AND NOT APPLE)
142     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
143     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
144 endif()
146 ########################################################################
147 # Set up binary and library suffixing 
148 ########################################################################
149 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
150 set(GMX_LIBS_SUFFIX "" 
151   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
152 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
153   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
154   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
155   if (GMX_MPI)
156     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
157     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
158   endif(GMX_MPI)
159   if (GMX_DOUBLE)
160     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
161     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
162   endif(GMX_DOUBLE)
163   if (GMX_OPENMM)
164     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-gpu")
165     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_gpu")
166   endif(GMX_OPENMM)
167   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
168   message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")    
169   message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"") 
170 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
171   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
172   message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")    
173   message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
174 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
176 set(PKG_CFLAGS "")
177 if(GMX_DOUBLE)
178     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
179 endif(GMX_DOUBLE)
180 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
181   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
182 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
183 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
184   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
185 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
187 ########################################################################
188 #Process MPI settings
189 ########################################################################
190 include(CheckCSourceCompiles) # for gmxTestMPI_IN_PLACE
191 if(GMX_MPI)
192     if(GMX_THREADS)
193         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
194         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL 
195             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
196     endif(GMX_THREADS)
197     find_package(MPI)
198     if(MPI_FOUND)
199         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
200         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
201         
202         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
203         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
204         if(GMX_FAHCORE)
205             add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
206         endif(GMX_FAHCORE)
207         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
208         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
209             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
210         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
212         # test for unsuitable versions of OpenMPI
213         exec_program(${MPIEXEC}
214           ARGS --version
215           OUTPUT_VARIABLE MPI_TYPE
216           RETURN_VALUE MPI_EXEC_RETURN)
217         if(MPI_EXEC_RETURN EQUAL 0)
218           if(MPI_TYPE MATCHES "Open MPI|OpenRTE")
219             string(REGEX MATCH "[0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*" MPI_VERSION ${MPI_TYPE})
220             if(MPI_VERSION VERSION_LESS "1.4.1")
221               MESSAGE(WARNING "
222             There are known problems with OpenMPI version < 1.4.1.
223             Please consider updating your OpenMPI.")
224             endif(MPI_VERSION VERSION_LESS "1.4.1")
225             unset(MPI_VERSION)
226           else(MPI_TYPE MATCHES "Open MPI|OpenRTE")
227             # This is not OpenMPI, so give the old generic warning message
228             MESSAGE(WARNING "
229             There are known problems with some MPI implementations:
230                      MVAPICH2 version <= 1.4.1
231             Please consider updating your MPI if applicable.")
232           endif(MPI_TYPE MATCHES "Open MPI|OpenRTE")
233           unset(MPI_TYPE)
234         endif(MPI_EXEC_RETURN EQUAL 0)
235     else(MPI_FOUND)
236         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
237     endif(MPI_FOUND)
238     include(gmxTestCatamount)
239     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
240     if(GMX_CRAY_XT3)
241         set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_CRAY_XT3")
242         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
243         set(GMX_NO_NICE 1)
244     endif(GMX_CRAY_XT3)
245     set(GMX_LIB_MPI 1)
246     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_LIB_MPI")
247 endif(GMX_MPI)
250 #######################################################################
251 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
252 #######################################################################
253 if(GMX_OPENMM)
254     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
255     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
256     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
257     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
258         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
259         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING 
260                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
261     endif()
262     if(GMX_MPI)
263         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
264     endif(GMX_MPI)
265     if(GMX_THREADS)
266         message(STATUS "Threads are  not compatible with OpenMM build, disabled!")
267         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL 
268                 "Threads are not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
269     endif(GMX_THREADS)
270     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
271         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING 
272                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
273     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
274     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
275     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
276         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")     
277         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING 
278                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
279     endif()
280     if(GMX_FAHCORE)
281         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
282     endif(GMX_FAHCORE)
283     if(GMX_DOUBLE)
284         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
285     endif()
286     # mark as advanced the unused variables
287     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
288         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREADS GMX_DOUBLE)
289 else(GMX_OPENMM)
290      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
291         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREADS GMX_DOUBLE)   
292 endif(GMX_OPENMM)
295 ########################################################################
296 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
297 ########################################################################
298 include(CheckIncludeFiles)
299 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
300 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
301 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
302 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
303 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
304 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
305 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
306 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
307 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
308 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
309 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
310 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
311 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
312 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
313 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
314 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
315 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
316 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
317 # SSE support
318 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
319 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
320 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
321 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
322 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
325 include(CheckFunctionExists)
326 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
327 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
328 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
329 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
330 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
331 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
332 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
333 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
334 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
335 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
336 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
337 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
338 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
339 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
341 include(CheckLibraryExists)
342 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
343 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
346 include(CheckTypeSize)
348 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
349 check_type_size("int"           SIZEOF_INT) 
350 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT) 
351 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT) 
352 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
353 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
355 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
356     set(GMX_64_BIT TRUE)
357 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
358     set(GMX_64_BIT FALSE)
359 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
361 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present 
362 check_type_size(uid_t uid_t)
363 if(NOT uid_t)
364   set(uid_t int)
365 else(NOT uid_t)
366   set(uid_t 0)
367 endif(NOT uid_t)
369 check_type_size(gid_t gid_t)
370 if(NOT gid_t)
371   set(gid_t 1)
372 else(NOT gid_t)
373   set(gid_t 0)
374 endif(NOT gid_t)
376 check_type_size(size_t size_t)
377 if(NOT size_t)
378   set(size_t int)
379 else(NOT size_t)
380   set(size_t 0)
381 endif(NOT size_t)
383 check_type_size(off_t off_t)
384 if(NOT off_t)
385   set(off_t int)
386 else(NOT off_t)
387   set(off_t 0)
388 endif(NOT off_t)
390 include(TestBigEndian)
391 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
396 ########################################################################
397 # Find external packages                                               #
398 ########################################################################
399 if(UNIX AND NOT APPLE)
400     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
401         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
402         if(BUILD_SHARED_LIBS)
403             message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
404             set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" FORCE)
405         endif()
406     endif()
407 endif()
409 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
410 if (GMX_XML)
411   find_package(LibXml2)
412   set(PKG_XML "")
413   if(LIBXML2_FOUND)
414     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
415     set(PKG_XML libxml-2.0)
416     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
417     set(HAVE_LIBXML2 1)
418   endif(LIBXML2_FOUND)
419 endif(GMX_XML)
421 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
422 if (GMX_GSL)
423   find_package(gsl)
424   set(PKG_GSL "")
425   if(GSL_FOUND)
426     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
427     set(PKG_GSL gsl)
428     set(HAVE_LIBGSL 1)
429   endif(GSL_FOUND)
430 endif (GMX_GSL)
432 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
433 if (GMX_X11)
434         find_package(X11)
435         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
436         if(X11_FOUND)
437         set(HAVE_X11 1)
438         endif(X11_FOUND)
439 endif(GMX_X11)
441 if(GMX_THREADS)
442     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREADS")
443     include(ThreadMPI)
444     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
445     set(GMX_MPI 1)
446     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
447     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
448         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
449     endif()
450 endif(GMX_THREADS)
452 if(GMX_OPENMM)
453     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
454     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
455     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
456     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")    
457         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
458     endif()
459     find_package(OpenMM) 
460 endif(GMX_OPENMM)
462 if(APPLE)
463    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
464    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
465 endif(APPLE)
467 if(CYGWIN)
468     set(GMX_CYGWIN 1)
469 endif(CYGWIN)
471 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
472 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
473     if(USE_VERSION_H)
474         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not 
475         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
476         find_package(Git 1.5.1)
477         # this should at some point become VERSION_LESS
478         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
479             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
480             set(USE_VERSION_H OFF)
481         endif()
482     endif()
483 else()
484     set(USE_VERSION_H OFF)
485 endif()
487 if (GMX_DLOPEN)
488     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
489     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
490 else(GMX_DLOPEN)
491     set(PKG_DL_LIBS)
492 endif (GMX_DLOPEN)
494 ########################################################################
495 # Generate development version info for cache
496 ########################################################################
497 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
498 # include(gmxGenerateVersionString)
500 ########################################################################
501 # Our own GROMACS tests
502 ########################################################################
504 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
505 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
506 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
508 include(gmxCheckBuildUserTime)
509 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
511 include(gmxTestFloatFormat)
512 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754 
513                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
514                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
516 include(gmxTestLargeFiles)
517 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
518 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
520 include(gmxTestSignal)
521 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
522 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
524 include(gmxTestInline)
525 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
527 include(gmxTestRestrict)
528 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
530 include(gmxTestPipes)
531 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
533 include(gmxTestIsfinite)
534 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
535 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
536 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
538 include(gmxTestInlineASM)
539 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
540 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
542 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
543 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
544   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)" OR CYGWIN)
546     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
547     
548     # Determine the assembler/compiler to use
549   else()
550     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
551   endif()
552 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
554 include(gmxTestXDR)
555 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
556 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
557     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
558     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
559 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
561 # Process nonbonded accelerated kernels settings
562 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
563 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
564   # nothing to do
565 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
566     
567     if (GMX_64_BIT)
568       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
569     else (GMX_64_BIT)
570       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
571     endif (GMX_64_BIT)
573     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
574       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
575     else()
576       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
577     endif()
578         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM-NASM)
580     if (NOT GMX_64_BIT)
581         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse 
582         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
583         if (XFLAGS_SSE)
584             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
585         endif (XFLAGS_SSE)
586         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
587         if (XXFLAGS_SSE)
588             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
589         endif (XXFLAGS_SSE)
590     endif (NOT GMX_64_BIT)
592     if(GMX_IA32_ASM)
593       if(GMX_DOUBLE)
594         set(GMX_IA32_SSE2 1)
595       else()
596        set(GMX_IA32_SSE 1)
597       endif()
598     elseif(GMX_X86_64_ASM)
599       if(GMX_DOUBLE)
600        set(GMX_X86_64_SSE2 1)
601       else()
602         set(GMX_X86_64_SSE 1)
603       endif()
604     endif()
606 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
607 #        set(GMX_SSE3 1)
608 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
609 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
610 #        set(GMX_SSE4_1 1)
611 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
613 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
614     set(GMX_FORTRAN 1)
615     #these are switch on by default sometimes
616     set(GMX_IA32_ASM 0)
617     set(GMX_GMX_X86_64_ASM 0)
618 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
619 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
620     message(STATUS "Configuring for BlueGene")
621     set(GMX_BLUEGENE 1)
622     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
623         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
624         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
625     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
626     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
627     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
628     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
629     set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL "Threads not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
630     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
631 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
632     set(GMX_POWER6 1)
633     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
634     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
635 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
636     set(GMX_IA64_ASM 1)
637     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
638     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
639 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
640     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
641     if(HAVE_ALTIVEC_H)
642         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
643     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
644 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
645     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
646 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
648 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
649     if (GMX_THREADS)
650         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with threads and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
651     endif(GMX_THREADS)
652     enable_language(Fortran)
653     include(FortranCInterface)
654     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
655     if(extra_under_score)
656         set(extrasuffix "_")
657     endif(extra_under_score)
658     if(prefix)
659       set(prefix "${prefix} ##")
660     endif(prefix)
661     if(suffix)
662       set(suffix "## ${suffix}")
663       if(extrasuffix)
664         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
665       endif(extrasuffix)
666     else(suffix)
667       if(extrasuffix)
668         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
669         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
670       endif(extrasuffix)
671     endif(suffix)
673     if(isupper)
674         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
675         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
676     else(isupper)
677         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
678         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
679     endif(isupper)
680 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
681         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
682         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
683 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
685 # Process QM/MM Settings
686 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
687 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
688     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
689 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
690     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
691 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
692     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
693 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
694     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
695 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
696     # nothing to do
697 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
698     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
699 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
701 # Process FFT library settings - if not OpenMM build 
702 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
703 set(PKG_FFT "")
704 set(PKG_FFT_LIBS "")
705 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
706 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
707     if(GMX_DOUBLE)
708         find_package(FFTW3 REQUIRED)
709                 include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
710         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
711         set(PKG_FFT "fftw3")
712     else(GMX_DOUBLE)
713         find_package(FFTW3F REQUIRED)
714         include_directories(${FFTW3F_INCLUDE_DIR})
715         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3F_LIBRARIES})
716         set(PKG_FFT "fftw3f")
717     endif(GMX_DOUBLE)
719     if(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
720         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
721     endif(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
723     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
725 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
726 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
727     if(GMX_DOUBLE)
728         find_package(FFTW2 REQUIRED)
729     else(GMX_DOUBLE)
730         find_package(FFTW2F REQUIRED)
731     endif(GMX_DOUBLE)
733     if(NOT FFTW2_FOUND)
734            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
735     endif(NOT FFTW2_FOUND)
736     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
737     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
738     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
740     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
741         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
742     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
743         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
744     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
745         set(FFTW2_NAME_FFTW 1) 
746     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
748     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
749 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
750 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
751     find_package(MKL REQUIRED)
752     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
753     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
754     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
756     set(GMX_FFT_MKL 1)
757     set(HAVE_MKL 1)
759 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
760 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
761 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
762 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
763     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
764     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
765 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
766     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
767 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
769 # MKL has BLAS/LAPACK routines
770 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
771   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
772   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
773 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
774   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in") 
775   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in") 
776   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
777     #FindBLAS needs Fortran
778     enable_language(Fortran)
779     if (GMX_BLAS_USER)
780         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
781     else(GMX_BLAS_USER)
782         find_package(BLAS REQUIRED)
783         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
784     endif(GMX_BLAS_USER)
785   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
786   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
787     #FindLAPACK needs Fortran
788     enable_language(Fortran)
789         if (GMX_LAPACK_USER)
790         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
791         else(GMX_LAPACK_USER)
792         find_package(LAPACK REQUIRED)
793         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
794     endif(GMX_LAPACK_USER)
795   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
796 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
797 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
798 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
800 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
801 if(HAVE_LIBM)
802     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
803 endif(HAVE_LIBM)
805 if(GMX_FAHCORE)
806   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING 
807       "Path to swindirect.h")
808   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
809 endif(GMX_FAHCORE)
811 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
812 # these are set after everything else
813 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
814     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags" 
815         FORCE)
816     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING 
817         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
818     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING 
819         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
820     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS 
821         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}" 
822         CACHE STRING "Linker flags" FORCE) 
823 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
825 ########################################################################
826 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
827 ########################################################################
828 if ( DEFINED GMXLIB )
829     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
830 else()
831     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
832 endif()
833 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
834 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
835 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
836 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
838 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
840 ##################################################################
841 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
842 ##################################################################
843 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
844     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
845     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
846     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
847     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
848 endif()
850 add_subdirectory(share)
851 add_subdirectory(include)
852 add_subdirectory(man)
853 add_subdirectory(src)
854 add_subdirectory(scripts)
856 #######################
857 ## uninstall target
858 #######################
859     CONFIGURE_FILE(
860                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
861                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
862                    IMMEDIATE @ONLY)
863 ###########################
864 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
865                   "${CMAKE_COMMAND}" -P 
866                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
867 ###########################
870 ########################################################################
871 # Tests                                                                #
872 ########################################################################
874 include(CTest)
875 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
876 IF(BUILD_TESTING)
877         enable_testing()
878         add_subdirectory(tests)
879 ENDIF()