docs/release-notes/2020/major/deprecated-functionality.rst

   1 .. _anticipated-changes:
   2
   3 .. Note to developers!
   4    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   5    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   6    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
   7    a space between the colon and number!
   8
   9 Changes anticipated to |Gromacs| NEXT functionality
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Functionality deprecated in |Gromacs| NEXT
  13 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  14
  15 Functionality deprecated in |Gromacs| 2019
  16 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  17
  18 Generation of virtual sites to replace aromatic rings in standard residues
  19 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  20 These are thought to produce artefacts under some circumstances
  21 (unpublished results), were never well tested, are not widely used,
  22 and we need to simplify pdb2gmx.
  23
  24 Benchmarking options only available with ``gmx benchmark``
  25 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  26 Options such as ``-confout``, ``-resethway``, ``-resetstep`` are not
  27 intended for use by regular mdrun users, so making them only available
  28 with a dedicated tool is more clear. Also, this permits us to customize
  29 defaults for e.g. writing files at the end of a simulation part in ways
  30 that suit the respective mdrun and benchmark use cases, so ``-confout``
  31 will no longer be required.
  32
  33 ``gmx mdrun -nsteps``
  34 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  35 The number of simulation steps described by the .tpr file can be
  36 changed with ``gmx convert-tpr``, or altered in .mdp file before the
  37 call to ``gmx grompp``. The convenience of this mdrun option was
  38 outweighted by the doubtful quality of its implementation, no clear
  39 record in the log file, and lack of maintenance.