Fix gmx mdrun -membed -ntmpi -1
[gromacs.git] / CMakeLists.txt
blob047600e5ff48ae411db9fe4f3b3972fccc5c9258
2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
4 # Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
12 # of the License, or (at your option) any later version.
14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17 # Lesser General Public License for more details.
19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20 # License along with GROMACS; if not, see
21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
25 # consider that scientific software is very special. Version
26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
30 # official version at http://www.gromacs.org.
32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8.8)
36 # When we require cmake >= 2.8.12, it will provide
37 # CMAKE_MINIMUM_REQUIRED_VERSION automatically, but in the meantime we
38 # need to set a variable, and it must have a different name.
39 set(GMX_CMAKE_MINIMUM_REQUIRED_VERSION "2.8.8")
41 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
42 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
43 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
45 project(Gromacs)
47 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
48 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
49 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
51 # Set up common version variables, as well as general information about
52 # the build tree (whether the build is from a source package or from a git
53 # repository).  Also declares a few functions that will be used for generating
54 # version info files later.
55 include(gmxBuildTreeInfo)
56 include(gmxVersionInfo)
58 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
59     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
60 endif()
61 if("${CMAKE_INSTALL_PREFIX}" STREQUAL "${CMAKE_BINARY_DIR}")
62     message(FATAL_ERROR "GROMACS cannot be installed into the build tree, choose a different location for CMAKE_INSTALL_PREFIX")
63 endif()
65 include(gmxBuildTypeReference)
66 include(gmxBuildTypeProfile)
67 include(gmxBuildTypeTSAN)
68 include(gmxBuildTypeASAN)
69 include(gmxBuildTypeMSAN)
70 include(gmxBuildTypeReleaseWithAssert)
72 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
73     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference RelWithAssert Profile." FORCE)
74     # There's no need to offer a user the choice of ThreadSanitizer
75     # Set the possible values of build type for cmake-gui
76     set_property(CACHE CMAKE_BUILD_TYPE PROPERTY STRINGS "Debug" "Release"
77         "MinSizeRel" "RelWithDebInfo" "Reference" "RelWithAssert" "Profile")
78 endif()
79 if(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
80     # Add appropriate GROMACS-specific build types for the Visual
81     # Studio generator (Debug, Release, MinSizeRel and RelWithDebInfo
82     # are already present by default).
83     list(APPEND CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "RelWithAssert" "Reference")
84     list(REMOVE_DUPLICATES CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
85     set(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "${CMAKE_CONFIGURATION_TYPES}" CACHE STRING
86         "List of configuration types"
87         FORCE)
88 endif()
89 set(build_types_with_explicit_flags RELEASE DEBUG RELWITHDEBINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
91 set_property(GLOBAL PROPERTY FIND_LIBRARY_USE_LIB64_PATHS ON)
93 # Set a default valgrind suppression file.
94 # This unfortunately needs to duplicate information from CTest to work as
95 # expected...
96 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE
97     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp"
98     CACHE FILEPATH
99     "File that contains suppressions for the memory checker")
100 include(CTest)
102 include(gmxCPackUtilities)
103 gmx_cpack_init()
105 # Variables that accumulate stuff influencing the installed headers
106 set(INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS "")
107 set(INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "")
109 ########################################################################
110 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
111 ########################################################################
112 if(CMAKE_HOST_UNIX)
113     execute_process(COMMAND hostname
114                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
115                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
116     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
117         message(WARNING "
118             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
119             is being reused! This could lead to inconsistencies; therefore, it is
120             recommended to regenerate the cache!")
121     endif()
122     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
123             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
124 endif()
126 ########################################################################
127 # Detect architecture before setting options so we can alter defaults
128 ########################################################################
129 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
130 # SIMD instructions possibilities on that hardware, suggest SIMD instruction set
131 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
132 # SIMD.
133 include(gmxDetectTargetArchitecture)
134 gmx_detect_target_architecture()
136 # Permit the user to specify a particular standard library, e.g. compiling
137 # with "-stdlib=libc++" and linking with "-lc++abi -lc++" to get clang's libcxx.
138 set(GMX_STDLIB_CXX_FLAGS "" CACHE STRING "Compiler flag for a C++ standard library flavour")
139 set(GMX_STDLIB_LIBRARIES "" CACHE STRING "Linker libraries for a particular C++ standard library")
140 mark_as_advanced(GMX_STDLIB_CXX_FLAGS)
141 mark_as_advanced(GMX_STDLIB_LIBRARIES)
143 ########################################################################
144 # Detect CXX11 support and flags
145 ########################################################################
146 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
147 # are used with permission from CMake v3.0.0 so that GROMACS can detect
148 # invalid options with the Intel Compilers, and we have added a line
149 # to detect warnings with the Fujitsu compilers on K computer and ICC.
150 # CMake-3.0 also has a bug where the FAIL_REGEX pattern for AIX contains
151 # a semicolon. Since this is also used as a separator in lists inside CMake,
152 # that string ends up being split into two separate patterns, and the last
153 # part is just a single word that also matches other messages. We solved this
154 # by replacing the semicolon with a period that matches any character.
156 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
157 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
158 include(CheckCCompilerFlag)
159 include(CheckCXXCompilerFlag)
161 # This must come early, since some of our configuration flag tests
162 # depend on being able to compile C++11 source files.
163 include(gmxTestCXX11)
164 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11_FLAGS GMX_STDLIB_CXX_FLAGS GMX_STDLIB_LIBRARIES)
166 # Make sure all C++ code will be compiled in C++11 mode, with the
167 # expected standard library.
168 set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${GMX_STDLIB_CXX_FLAGS}")
170 ########################################################################
171 # User input options                                                   #
172 ########################################################################
173 include(gmxOptionUtilities)
175 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
177 # Fujitsu only has SIMD in double precision, so this will be faster
178 gmx_set_boolean(GMX_DOUBLE_DEFAULT GMX_TARGET_FUJITSU_SPARC64)
179 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" ${GMX_DOUBLE_DEFAULT})
180 option(GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION "Accept single precision 1/sqrt(x) when using Fujitsu HPC-ACE SIMD" OFF)
181 mark_as_advanced(GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION)
183 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
184 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
185 gmx_dependent_option(
186     GMX_MPI_IN_PLACE
187     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
188     ON
189     GMX_MPI)
190 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
191 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
192 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
194 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable GROMACS cool quotes" ON)
195 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
196 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
198 option(GMX_USE_OPENCL "Enable OpenCL acceleration" OFF)
200 # Decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection.
201 # GCC 4.6 requires CUDA 5.0 and VS2015 requires CUDA 8.0
202 if(MSVC)
203     set(REQUIRED_CUDA_VERSION 8.0)
204 else()
205     set(REQUIRED_CUDA_VERSION 5.0)
206 endif()
207 set(REQUIRED_CUDA_COMPUTE_CAPABILITY 2.0)
209 # OpenCL required version: 1.1 or newer
210 set(REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION 1.1)
212 if(NOT GMX_USE_OPENCL)
213     # CUDA detection is done only if GMX_USE_OPENCL is OFF.
214     include(gmxManageGPU)
215     set(GMX_USE_CUDA ${GMX_GPU})
216     if(GMX_GPU)
217         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_CUDA")
218     else()
219         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_NONE")
220     endif()
221 else()
222     #Now the OpenCL path (for both AMD and NVIDIA)
223     if(GMX_GPU)
224         include(gmxManageOpenCL)
225         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_OPENCL")
226     else()
227         message(FATAL_ERROR "OpenCL requested but GPU option is not enabled (try -DGMX_GPU=on) ")
228     endif()
229 endif()
231 include(gmxDetectSimd)
232 gmx_detect_simd(GMX_SUGGESTED_SIMD)
234 gmx_option_multichoice(
235     GMX_SIMD
236     "SIMD instruction set for CPU kernels and compiler optimization"
237     "${GMX_SUGGESTED_SIMD}"
238     None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 AVX2_256 AVX_512 AVX_512_KNL MIC ARM_NEON ARM_NEON_ASIMD IBM_QPX IBM_VMX IBM_VSX Sparc64_HPC_ACE Reference)
240 if(GMX_TARGET_MIC)
241     set(GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT "mkl")
242 else()
243     set(GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT "fftw3")
244 endif()
246 gmx_option_multichoice(
247     GMX_FFT_LIBRARY
248     "FFT library"
249     "${GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT}"
250     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
251 gmx_dependent_option(
252     GMX_BUILD_OWN_FFTW
253     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
254     OFF
255     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
256 gmx_dependent_option(
257     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
258     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
259     OFF
260     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
261 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
262 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
264 gmx_option_multichoice(
265     GMX_QMMM_PROGRAM
266     "QM package for QM/MM"
267     None
268     none gaussian mopac gamess orca)
270 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_FLOAT_WIDTH  "Reference SIMD single precision width" STRING "4" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
271 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_DOUBLE_WIDTH "Reference SIMD double precision width" STRING "2" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
273 # This should be moved to a separate NBNXN cmake module when that code is cleaned up and modularized
275 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
276 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
277 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
278 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
280 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
282 option(GMX_USE_TNG "Use the TNG library for trajectory I/O" ON)
284 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
286 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
287 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
289 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
290 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
292 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
293        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
294        OFF)
295 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
297 option(GMX_DEVELOPER_BUILD
298     "Enable Developer convenience features: always build unit-tests"
299     OFF)
300 mark_as_advanced(GMX_DEVELOPER_BUILD)
302 gmx_set_boolean(GMX_COMPILER_WARNINGS_DEFAULT "NOT SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION")
303 option(GMX_COMPILER_WARNINGS
304     "Enable a default set of compiler warnings"
305     ${GMX_COMPILER_WARNINGS_DEFAULT})
306 mark_as_advanced(GMX_COMPILER_WARNINGS)
307 # Always turn on compiler warnings with a developer build.
308 gmx_add_cache_dependency(GMX_COMPILER_WARNINGS BOOL "NOT GMX_DEVELOPER_BUILD" ON)
310 option(GMX_BUILD_SHARED_EXE
311     "Build exectuables as shared binaries. If not set, this disables rpath and dynamic linker flags in an attempt to build a static binary, but this may require setting up the toolchain properly and making appropriate libraries available."
312     ON)
313 mark_as_advanced(GMX_BUILD_SHARED_EXE)
315 ######################################################################
316 # Detect OpenMP support
317 ######################################################################
318 # The OpenMP detection _must_ come before tests for other CFLAGS.
319 include(gmxManageOpenMP)
323 ######################################################################
324 # Compiler tests
325 # These need to be done early (before further tests).
326 #####################################################################
328 include(gmxCFlags)
329 gmx_c_flags()
331 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
332 # generated in gmxCFlags nor are SIMD or MPI related.
333 set(EXTRA_C_FLAGS "")
334 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
336 # Run through a number of tests for buggy compilers and other issues
337 include(gmxTestCompilerProblems)
338 gmx_test_compiler_problems()
339 # GMX_SIMD will not be set automatically until the second
340 # pass (which is not strictly guaranteed to occur), so putting this
341 # check here among logically-related tests is inefficient, but the
342 # potential loss is likely zero.
343 if(GMX_SIMD STREQUAL "AVX_256"
344         AND CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC
345         AND (C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "4.6.1"
346             OR CXX_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "4.6.1"))
347     message(FATAL_ERROR "gcc 4.6.1 has buggy support for AVX, and GROMACS mdrun will not work. If you want simulation performance, use a more recent compiler. Otherwise, use GMX_SIMD=SSE4.1")
348     # See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=49002
349 endif()
351 # Implement double-precision option. This is complicated because we
352 # need installed headers to use the precision mode of the build that
353 # produced the library, but cannot use config.h in that case. We also
354 # want such variables to always have a definition, because #if is more
355 # robust than #ifdef. So, we put this value on the compiler command
356 # line in all cases.
358 # GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION does not need to be handled here,
359 # because no installed header needs it
360 if(GMX_DOUBLE)
361     set(GMX_DOUBLE_VALUE 1)
362 else()
363     set(GMX_DOUBLE_VALUE 0)
364 endif()
365 add_definitions(-DGMX_DOUBLE=${GMX_DOUBLE_VALUE})
366 list(APPEND INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "-DGMX_DOUBLE=${GMX_DOUBLE_VALUE}")
368 if(WIN32)
369     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES "wsock32")
370     add_definitions(-DGMX_HAVE_WINSOCK)
371 endif()
375 ########################################################################
376 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
377 ########################################################################
378 include(CheckIncludeFiles)
379 include(CheckIncludeFileCXX)
380 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
381 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
382 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
383 check_include_files(time.h       HAVE_TIME_H)
384 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
385 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
386 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
388 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
389 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
390 # as selections won't be fully functional.
392 include(CheckCXXSymbolExists)
393 check_cxx_symbol_exists(gettimeofday      sys/time.h   HAVE_GETTIMEOFDAY)
394 check_cxx_symbol_exists(sysconf           unistd.h     HAVE_SYSCONF)
395 check_cxx_symbol_exists(nice              unistd.h     HAVE_NICE)
396 check_cxx_symbol_exists(fsync             unistd.h     HAVE_FSYNC)
397 check_cxx_symbol_exists(_fileno           stdio.h      HAVE__FILENO)
398 check_cxx_symbol_exists(fileno            stdio.h      HAVE_FILENO)
399 check_cxx_symbol_exists(_commit           io.h         HAVE__COMMIT)
400 check_cxx_symbol_exists(sigaction         signal.h     HAVE_SIGACTION)
402 # We cannot check for the __builtins as symbols, but check if code compiles
403 check_cxx_source_compiles("int main(){ return __builtin_clz(1);}"   HAVE_BUILTIN_CLZ)
404 check_cxx_source_compiles("int main(){ return __builtin_clzll(1);}" HAVE_BUILTIN_CLZLL)
405 if(MSVC)
406     check_cxx_source_compiles("#include <intrin.h>\n int main(){unsigned long r;unsigned long i=1;_BitScanReverse(&r,i);return r;}" HAVE_BITSCANREVERSE)
407     check_cxx_source_compiles("#include <intrin.h>\n int main(){unsigned long r;unsigned __int64 i=1;_BitScanReverse(&r,i);return r;}" HAVE_BITSCANREVERSE64)
408 elseif(CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL")
409     check_cxx_source_compiles("int main(){ return __cntlz4(1);}" HAVE_CNTLZ4)
410     check_cxx_source_compiles("int main(){ return __cntlz8(1);}" HAVE_CNTLZ8)
411 endif()
413 include(CheckLibraryExists)
414 find_library(HAVE_LIBM m)
415 mark_as_advanced(HAVE_LIBM)
416 check_library_exists(rt clock_gettime "" HAVE_CLOCK_GETTIME)
417 check_library_exists(m feenableexcept "" HAVE_FEENABLEEXCEPT)
419 include(TestSchedAffinity)
420 test_sched_affinity(HAVE_SCHED_AFFINITY)
422 # Aligned memory allocation. We need to check for both mm_malloc(),
423 # posix_memalign(), memalign(), and on windows also _aligned_malloc()
424 include(gmxTestMMMalloc)
425 gmx_test_mm_malloc(HAVE__MM_MALLOC)
426 check_cxx_symbol_exists(posix_memalign    stdlib.h     HAVE_POSIX_MEMALIGN)
427 check_cxx_symbol_exists(memalign          stdlib.h     HAVE_MEMALIGN)
428 if(MSVC)
429     # No need to waste time on this test on platforms where it will never be true
430     check_cxx_symbol_exists(_aligned_malloc   stdlib.h     HAVE__ALIGNED_MALLOC)
431 endif()
433 include(TestBigEndian)
434 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
436 gmx_set_boolean(GMX_USE_NICE "HAVE_UNISTD_H AND HAVE_NICE")
438 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
439 # here. Because the initial settings for some of the main options have
440 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
441 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
442 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
443 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
444 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
445 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
446     include(gmxManageBlueGene)
447 endif()
449 if(GMX_TARGET_FUJITSU_SPARC64)
450     include(gmxManageFujitsuSparc64)
451 endif()
453 ########################################################################
454 #Process MPI settings
455 ########################################################################
456 include(gmxManageMPI)
459 ########################################################################
460 #Process shared/static library settings
461 ########################################################################
462 include(gmxManageSharedLibraries)
465 ########################################################################
466 # Find external packages                                               #
467 ########################################################################
469 # TNG wants zlib if it is available. And static libxml2 might have a dependency
470 find_package(ZLIB QUIET)
471 include(gmxTestZLib)
472 gmx_test_zlib(HAVE_ZLIB)
474 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit
475 # tests. This exports LIBXML2_FOUND, which we should not use because
476 # it does not tell us that linking will succeed. Instead, we test that
477 # next.
478 #if(DEFINED LIBXML2_LIBRARIES)
479 #  set(LibXml2_FIND_QUIETLY TRUE)
480 #endif()
481 #find_package(LibXml2)
482 #include(gmxTestLibXml2)
483 #gmx_test_libxml2(HAVE_LIBXML2)
484 #option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${HAVE_LIBXML2})
485 #set(PKG_XML "")
486 #mark_as_advanced(GMX_XML)
487 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
488 #if(GMX_XML AND NOT HAVE_LIBXML2)
489 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
490 #endif()
491 #if(GMX_XML)
492 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
493 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
494 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
495 #endif()
497 if(DEFINED HWLOC_LIBRARIES)
498   set(Hwloc_FIND_QUIETLY TRUE)
499 endif()
500 find_package(Hwloc 1.5)
501 if(HWLOC_FOUND)
502     set(GMX_HWLOC_DEFAULT ON)
503 else()
504     set(GMX_HWLOC_DEFAULT OFF)
505 endif()
506 option(GMX_HWLOC "Add support for hwloc Portable Hardware locality library" ${GMX_HWLOC_DEFAULT})
507 if(GMX_HWLOC)
508     if(HWLOC_FOUND)
509         include_directories(${HWLOC_INCLUDE_DIRS})
510         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${HWLOC_LIBRARIES})
511     else()
512         message(FATAL_ERROR "Hwloc package support requested, but not found.")
513     endif()
514 endif()
516 option(GMX_EXTERNAL_TINYXML2 "Use external TinyXML-2 instead of compiling the version bundled with GROMACS." OFF)
517 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_TINYXML2)
518 if(GMX_EXTERNAL_TINYXML2)
519     # Find an external TinyXML-2 library.
520     find_package(TinyXML-2 3.0.0)
521     set(HAVE_TINYXML2 ${TinyXML2_FOUND})
522     if(NOT HAVE_TINYXML2)
523         message(FATAL_ERROR "External TinyXML-2 could not be found, please adjust your search paths")
524     endif()
525 endif()
527 option(GMX_EXTRAE "Add support for tracing using EXTRAE" OFF)
528 mark_as_advanced(GMX_EXTRAE)
530 if (GMX_EXTRAE)
531   find_package(EXTRAE)
532   if(EXTRAE_FOUND)
533     include_directories(SYSTEM ${EXTRAE_INCLUDE_DIR})
534     set(HAVE_EXTRAE 1)
535   else()
536     message(FATAL_ERROR "EXTRAE library was not found. Please add the correct path to CMAKE_PREFIX_PATH")
537   endif()
538 endif()
540 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
541 if (GMX_X11)
542     find_package(X11)
543     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
544     if(NOT X11_FOUND)
545         message(FATAL_ERROR
546                 "X11 include files and/or libraries were not found. "
547                 "Set GMX_X11=OFF to compile without X11 support. "
548                 "gmx view will not be available.")
549     endif()
550     include_directories(SYSTEM ${X11_INCLUDE_DIR})
551 endif()
553 include(ThreadMPI)
554 # Enable core threading facilities
555 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include")
556 # Enable tMPI C++ support
557 tmpi_enable_cxx()
558 if(GMX_THREAD_MPI)
559     # enable MPI functions
560     tmpi_enable()
561     set(MPI_IN_PLACE_EXISTS 1)
562 endif()
563 # If atomics are manually disabled a define is needed because atomics.h doesn't depend on config.h
564 if (TMPI_ATOMICS_DISABLED)
565    add_definitions(-DTMPI_ATOMICS_DISABLED)
566 endif()
568 # Note this relies on zlib detection having already run
569 include(gmxManageTNG)
571 include(gmxManageLmfit)
573 if(GMX_GPU)
574     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
575     gmx_gpu_setup()
576 else()
577     mark_as_advanced(CUDA_HOST_COMPILER)
578 endif()
580 if(CYGWIN)
581     set(GMX_CYGWIN 1)
582 endif()
584 if(WIN32)
585     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
586     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
587     # C++ code using std::min/std::max.
588     add_definitions(-DNOMINMAX)
589 endif()
591 if(CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin") #Work-around for cmake bug #10837
592     if (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC OR CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" OR CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Clang")
593         set(CMAKE_INCLUDE_SYSTEM_FLAG_C "-isystem ")
594     endif()
595     if (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCXX OR CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" OR CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Clang")
596         set(CMAKE_INCLUDE_SYSTEM_FLAG_CXX "-isystem ")
597     endif()
598 endif()
600 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING" ON)
601 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
602 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
604 ########################################################################
605 # Our own GROMACS tests
606 ########################################################################
608 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
609 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
610 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include)
611 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
612 include_directories(BEFORE ${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
614 include(gmxTestInlineASM)
615 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
617 include(gmxSetBuildInformation)
618 gmx_set_build_information()
619 # Turn on RDTSCP if:
620 # - the build system's CPU supports it
621 # - the acceleration is set to AVX as all AVX-capable CPUs support AVX (which
622 #   at this point means that the user set it).
623 # Note: it's better to not use the later set value of GMX_SIMD because
624 # it reflects the system's capability of both compiling and running AVX code.
625 # TODO: After merge with 5.0 one could implement a cache variable dependency
626 # such that GMX_USE_RDTSCP can change if GMX_SIMD is changed to AVX
627 # after the first cmake pass.
628 if (BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" OR GMX_SIMD MATCHES "AVX")
629     set(GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE ON)
630 else()
631     set(GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE OFF)
632 endif()
633 option(GMX_USE_RDTSCP "Use RDTSCP for better CPU-based timers (available on recent x86 CPUs; might need to be off when compiling for heterogeneous environments)" ${GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE})
634 mark_as_advanced(GMX_USE_RDTSCP)
635 if(GMX_USE_RDTSCP)
636     set(HAVE_RDTSCP 1)
637 endif()
639 include(gmxTestLargeFiles)
640 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
642 include(gmxTestSignal)
643 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
645 include(gmxTestPipes)
646 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
648 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
650 include(gmxTestXDR)
651 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
652 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
653     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
654 endif()
657 ##################################################
658 # Process SIMD instruction settings
659 ##################################################
660 # This checks what flags to add in order to
661 # support the SIMD instructions we need, it sets
662 # correct defines for the SIMD instructions supported,
663 # and adds advanced options to control accuracy
664 # for SIMD math operations.
665 include(gmxManageSimd)
666 gmx_manage_simd()
668 include(gmxManageCycleCounters)
669 gmx_manage_cycle_counters()
671 # Process QM/MM Settings
672 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
673     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
674 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
675     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
676 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
677     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
678 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
679     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
680 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
681     # nothing to do
682 else()
683     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
684 endif()
687 ##################################################
688 # Process FFT library settings
689 ##################################################
690 include(gmxManageFFTLibraries)
693 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
695 # Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins
696 set(GMX_USE_PLUGINS OFF)
698 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
699   if(NOT WIN32)
700     # Native Windows does not have, nor need dlopen
701     include(gmxTestdlopen)
702     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
703   endif()
705   # so, should we use plug-ins?
706   if(WIN32 OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
707     if(NOT VMD_QUIETLY)
708       MESSAGE(STATUS "Using dynamic plugins (e.g VMD-supported file formats)")
709     endif()
710     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
711       find_package(VMD)
712     endif()
713     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
714     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
715     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
716   else()
717     set(PKG_DL_LIBS)
718   endif()
719 endif()
720 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
722 # Link real-time library for POSIX timers. The check for clock_gettime
723 # confirms the linkability of rt.
724 if(HAVE_TIME_H AND HAVE_UNISTD_H AND HAVE_CLOCK_GETTIME)
725     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES rt)
726 endif()
728 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
729 if(HAVE_LIBM)
730     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
731 endif()
733 option(GMX_NACL "Configure for Native Client builds" OFF)
734 if (GMX_NACL)
735   list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES nosys)
736   set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS "${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS} -lnosys")
737   # TODO: Is this still necessary with the check for its presence?
738   set(GMX_USE_NICE 0)
739   set(GMX_NO_RENAME 1)
740 endif()
741 mark_as_advanced(GMX_NACL)
743 if(GMX_FAHCORE)
744   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
745       "Path to swindirect.h")
746   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
747 endif()
749 # Value of GMX_BUILD_HELP=AUTO tries to generate things, but will only
750 # produce warnings if that fails.
751 set(build_help_default AUTO)
752 if (SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION OR CMAKE_CROSSCOMPILING)
753     set(build_help_default OFF)
754 endif()
755 gmx_option_trivalue(GMX_BUILD_HELP "Build completions automatically (requires that compiled binaries can be executed on the build host) and install man pages if built (requires building the 'man' target manually)" ${build_help_default})
756 mark_as_advanced(GMX_BUILD_HELP)
757 if (GMX_BUILD_HELP AND SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION AND BUILD_IS_INSOURCE)
758     message(FATAL_ERROR
759         "Rebuilding shell completions or man pages is not supported for "
760         "in-source builds from a source distribution. "
761         "Set GMX_BUILD_HELP=OFF or do an out-of-source build to proceed.")
762 endif()
764 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
765 # these are set after everything else
766 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
767     set(CMAKE_C_FLAGS "${SIMD_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
768     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${SIMD_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
769     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
770     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
771 else()
772     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
773     message("CMAKE_C_FLAGS: ${SIMD_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
774     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
775     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
776     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${SIMD_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
777     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
778     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
779     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
780     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
781 endif()
783 if(NOT GMX_OPENMP)
784     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
785     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
786     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
787     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
788 else()
789     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
790     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
791 endif()
793 ########################################################################
794 # Specify install locations
795 ########################################################################
796 # Use GNUInstallDirs to set paths on multiarch systems.
797 include(GNUInstallDirs)
799 # Customization for the installation tree paths.
800 set(GMX_LIB_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR} CACHE STRING
801     "Library installation directory (default: ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR})")
802 set(GMX_DATA_INSTALL_DIR gromacs CACHE STRING
803     "Data installation directory under share/ (default: gromacs)")
804 mark_as_advanced(GMX_LIB_INSTALL_DIR GMX_DATA_INSTALL_DIR)
806 # These variables are used internally to provide a central location for
807 # customizing the install locations.
808 set(LIB_INSTALL_DIR       ${GMX_LIB_INSTALL_DIR})
809 set(BIN_INSTALL_DIR       bin)
810 # This variable also gets written into config.h for use in finding the data
811 # directories.
812 set(DATA_INSTALL_DIR      share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR})
813 set(MAN_INSTALL_DIR       share/man)
814 # If the nesting level wrt. the installation root is changed,
815 # gromacs-config.cmake.cmakein needs to be adapted.
816 set(CMAKE_INSTALL_DIR     share/cmake)
817 # TODO: Make GMXRC adapt if this is changed
818 set(PKGCONFIG_INSTALL_DIR ${LIB_INSTALL_DIR}/pkgconfig)
819 set(OCL_INSTALL_DIR       ${DATA_INSTALL_DIR}/opencl)
820 set(INCL_INSTALL_DIR      include)
822 list(APPEND INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS ${INCL_INSTALL_DIR})
824 # Binary and library suffix options
825 include(gmxManageSuffixes)
827 ################################################################
828 # Shared library load path settings
829 ################################################################
830 # CMake supports RPATH on OS X only from 2.8.12 upwards.
831 # CMAKE_SYSTEM_VERSION > 8.0 matches OS X 10.5 and above, where RPATH support
832 # was added.
834 if(NOT GMX_BUILD_SHARED_EXE)
835     # No rpath
836     set(CMAKE_SKIP_RPATH TRUE)
837     set(CMAKE_EXE_LINK_DYNAMIC_C_FLAGS) # remove -Wl,-Bdynamic
838     set(CMAKE_EXE_LINK_DYNAMIC_CXX_FLAGS)
839 elseif((NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin") OR
840    ((CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) AND (NOT CMAKE_VERSION VERSION_LESS 2.8.12)))
841     # The build folder always has bin/ and lib/; if we are also going to
842     # install to lib/, then the installation RPATH works also in the build
843     # tree.  This makes installation slightly faster (no need to rewrite the
844     # RPATHs), and makes the binaries in the build tree relocatable.
845     if(GMX_LIB_INSTALL_DIR STREQUAL "lib")
846         set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH TRUE)
847     endif()
848     # Set the RPATH as relative to the executable location to make the
849     # binaries relocatable.
850     if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
851         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\$ORIGIN/../${GMX_LIB_INSTALL_DIR}")
852     else()
853         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "@executable_path/../${GMX_LIB_INSTALL_DIR}")
854     endif()
855     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
856     set(CMAKE_MACOSX_RPATH 1)
857 else()
858     # We are on Darwin/OSX, and CMake cannot handle RPATHs automatically.
859     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0)
860         # Set the RPATH options manually.
861         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
862         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../${GMX_LIB_INSTALL_DIR}")
863     else()
864         # Use the old INSTALL_NAME_DIR mechanism if RPATH is not supported.
865         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
866     endif()
867 endif()
869 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
870 #Simpler to always install.
871 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
873 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
874     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
875     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
876     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
877     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
878     # worth the effort.
879     add_definitions(-DNDEBUG -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
880 endif()
882 if (BUILD_TESTING)
883     # "tests" target builds all the separate test binaries.
884     add_custom_target(tests)
885     # "run-ctest" is an internal target that actually runs the tests.
886     # This is necessary to be able to add separate targets that execute as part
887     # of 'make check', but are ensured to be executed after the actual tests.
888     add_custom_target(run-ctest
889                       COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure
890                       COMMENT "Running all tests"
891                       VERBATIM)
892     add_dependencies(run-ctest tests)
893     # "check" target builds and runs all tests.
894     add_custom_target(check DEPENDS run-ctest)
895 endif()
897 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
898     add_subdirectory(docs)
899     add_subdirectory(share)
900     add_subdirectory(scripts)
901 endif()
902 add_subdirectory(src)
904 if (BUILD_TESTING)
905     add_subdirectory(tests)
906 endif()
908 gmx_cpack_write_config()
910 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
911 # Don't bother the user after the first configure pass.
912 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
913     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
914 endif()
915 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
917 #######################
918 ## uninstall target
919 #######################
920 CONFIGURE_FILE(   "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
921                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
922                   IMMEDIATE @ONLY)
923 ###########################
924 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
925                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
926                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
927 ###########################
928 set_directory_properties(PROPERTIES
929             ADDITIONAL_MAKE_CLEAN_FILES "install_manifest.txt")