CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2 project(Gromacs)
   3 set(PROJECT_VERSION "4.0.99_development_20090605"
   4     CACHE STRING "Gromacs version string")
   5
   6 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   7 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
   8
   9 ########################################################################
  10 # User input options                                                   #
  11 ########################################################################
  12 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  13 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  14 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" OFF)
  15 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  16 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  17 set(GMX_ACCELERATION "none"
  18     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  19
  20 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  21     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  22 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  23        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  24 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  25     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  26 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  27 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  28 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  29 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  30 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  31
  32 enable_language(C)
  33
  34 ########################################################################
  35 # Fix stupid flags on MSVC
  36 ########################################################################
  37 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  38     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  39     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  40     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  41     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  42 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  43
  44 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  45
  46 ########################################################################
  47 #Process MPI settings
  48 ########################################################################
  49 if(GMX_MPI)
  50     if(GMX_THREADS)
  51         message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  52     endif(GMX_THREADS)
  53     find_package(MPI)
  54     if(MPI_FOUND)
  55         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  56         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  57
  58         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  59         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  60         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  61         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
  62         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
  63             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
  64         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
  65     else(MPI_FOUND)
  66         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
  67     endif(MPI_FOUND)
  68     include(gmxTestCatamount)
  69     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
  70     if(GMX_CRAY_XT3)
  71         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
  72         set(GMX_NO_NICE 1)
  73     endif(GMX_CRAY_XT3)
  74     set(GMX_LIB_MPI 1)
  75 endif(GMX_MPI)
  76
  77 ########################################################################
  78 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
  79 ########################################################################
  80 include(CheckIncludeFiles)
  81 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
  82 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
  83 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
  84 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
  85 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
  86 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
  87 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
  88 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
  89 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
  90 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
  91 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
  92 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
  93 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
  94 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
  95 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
  96 # SSE support
  97 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
  98 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
  99 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 100 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 101
 102 include(CheckFunctionExists)
 103 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 104 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 105 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 106 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 107 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 108 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 109 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 110 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 111
 112 include(CheckLibraryExists)
 113 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 114
 115 include(CheckTypeSize)
 116 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 117 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 118 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 119 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 120 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 121 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 122
 123 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 124 check_type_size(uid_t uid_t)
 125 if(NOT uid_t)
 126   set(uid_t int)
 127 else(NOT uid_t)
 128   set(uid_t 0)
 129 endif(NOT uid_t)
 130
 131 check_type_size(gid_t gid_t)
 132 if(NOT gid_t)
 133   set(gid_t 1)
 134 else(NOT gid_t)
 135   set(gid_t 0)
 136 endif(NOT gid_t)
 137
 138 check_type_size(size_t size_t)
 139 if(NOT size_t)
 140   set(size_t int)
 141 else(NOT size_t)
 142   set(size_t 0)
 143 endif(NOT size_t)
 144
 145 check_type_size(off_t off_t)
 146 if(NOT off_t)
 147   set(off_t int)
 148 else(NOT off_t)
 149   set(off_t 0)
 150 endif(NOT off_t)
 151
 152 include(TestBigEndian)
 153 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 154
 155
 156
 157 ########################################################################
 158 # Find external packages                                               #
 159 ########################################################################
 160
 161 find_package(LibXml2)
 162 if(LIBXML2_FOUND)
 163     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 164     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 165     set(HAVE_LIBXML2 1)
 166 endif(LIBXML2_FOUND)
 167
 168 find_package(X11)
 169 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 170 if(X11_FOUND)
 171     set(HAVE_X11 1)
 172 endif(X11_FOUND)
 173
 174 if(GMX_THREADS)
 175     include(ThreadMPI)
 176     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 177     set(GMX_MPI 1)
 178     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 179     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 180         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 181     endif()
 182 endif(GMX_THREADS)
 183
 184
 185 if(APPLE)
 186    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 187    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 188 endif(APPLE)
 189
 190 ########################################################################
 191 # Our own GROMACS tests
 192 ########################################################################
 193
 194 include(gmxCFlags)
 195 gmx_c_flags()
 196
 197 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 198 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 199 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 200
 201 include(gmxCheckBuildUserTime)
 202 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 203
 204 include(gmxTestFloatFormat)
 205 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 206                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 207                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 208
 209 include(gmxTestLargeFiles)
 210 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 211
 212 include(gmxTestSignal)
 213 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 214 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 215
 216 include(gmxTestInline)
 217 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 218
 219 include(gmxTestPipes)
 220 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 221
 222 include(gmxTestInlineASM)
 223 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 224 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 225
 226 include(gmxTestXDR)
 227 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 228 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 229     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 230 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 231
 232 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 233     enable_language(Fortran)
 234     include(FortranCInterface)
 235     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 236     if(extra_under_score)
 237         set(extrasuffix "_")
 238     endif(extra_under_score)
 239
 240     if(isupper)
 241         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 242         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 243     else(isupper)
 244         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 245         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 246     endif(isupper)
 247 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 248         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 249         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 250 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 251
 252
 253 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 254 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 255 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 256   # nothing to do
 257 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 258     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 259         set(GMX_SSE 1)
 260     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 261     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 262         set(GMX_SSE2 1)
 263     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 264 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 265 #        set(GMX_SSE3 1)
 266 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 267 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 268 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 269 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 270
 271 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 272     set(GMX_FORTRAN 1)
 273 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 274     set(GMX_BLUEGENE 1)
 275 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 276     set(GMX_POWER6 1)
 277 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 278     set(GMX_IA64_ASM 1)
 279     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 280     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 281 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 282     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 283     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 284         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 285     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 286 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 287     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 288 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 289
 290
 291
 292
 293
 294
 295
 296 # Process QM/MM Settings
 297 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 298 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 299     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 300 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 301     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 302 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 303     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 304 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 305     # nothing to do
 306 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 307     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 308 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 309
 310 # Process FFT library settings
 311 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 312 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 313 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 314     if(GMX_DOUBLE)
 315         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 316     else(GMX_DOUBLE)
 317         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 318     endif(GMX_DOUBLE)
 319
 320     if(NOT FFTW3_FOUND)
 321         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 322     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 323
 324     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 325     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 326     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 327
 328 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 329 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 330     if(GMX_DOUBLE)
 331         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 332     else(GMX_DOUBLE)
 333         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 334     endif(GMX_DOUBLE)
 335
 336     if(NOT FFTW2_FOUND)
 337            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 338     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 339     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 340     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 341
 342     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 343         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 344     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 345         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 346     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 347         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 348     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 349
 350     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 351 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 352 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 353     find_package(MKL REQUIRED)
 354     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 355     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 356
 357     set(GMX_FFT_MKL 1)
 358     set(HAVE_MKL 1)
 359
 360 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 361 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 362 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 363 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 364     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 365     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 366 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 367     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 368 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 369
 370 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 371 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 372   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 373   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 374 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 375   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 376   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 377 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 378
 379 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 380 if(HAVE_LIBM)
 381     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 382 endif(HAVE_LIBM)
 383
 384
 385
 386 if(GMX_FAHCORE)
 387   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 388       "Path to swindirect.h")
 389   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 390 endif(GMX_FAHCORE)
 391
 392 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 393 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 394 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 395
 396 ########################################################################
 397 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 398 ########################################################################
 399 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 400 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 401 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 402 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 403
 404 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 405
 406
 407 add_subdirectory(share)
 408 add_subdirectory(include)
 409 add_subdirectory(man)
 410
 411 add_subdirectory(src)
 412
 413