CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.5-beta3"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  14     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  15 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  16
  17 enable_language(C)
  18
  19 ########################################################################
  20 # Fix stupid flags on MSVC
  21 ########################################################################
  22 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  23     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  24     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  25     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  26     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  27 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  28
  29 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  30
  31 ######################################################################
  32 # compiler tests
  33 # these need ot be done early (before further tests).
  34 #####################################################################
  35
  36 include(CheckCCompilerFlag)
  37 include(CheckCXXCompilerFlag)
  38
  39 include(gmxCFlags)
  40 gmx_c_flags()
  41
  42 ########################################################################
  43 # User input options                                                   #
  44 ########################################################################
  45 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  46 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  47 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS)" ON)
  48 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  49 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  50 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  51 set(GMX_ACCELERATION "auto"
  52     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  53
  54 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  55     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  56 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  57        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  58 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  59     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
  60 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  61 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  62 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  63 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  64 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  65
  66
  67 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  68 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  69
  70 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  71
  72 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default GROMACS suffixes" ON)
  73 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for doubule).")
  74 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
  75   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for mpi, _mpi_d for mpi and double).")
  76 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
  77   if (GMX_MPI)
  78     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
  79   endif(GMX_MPI)
  80   if (GMX_DOUBLE)
  81     set (GMX_BINARY_SUFFIX "_d")
  82     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
  83   endif(GMX_DOUBLE)
  84 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
  85
  86 set(PKG_CFLAGS "")
  87 if(GMX_DOUBLE)
  88   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
  89 endif(GMX_DOUBLE)
  90 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  91   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
  92 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  93
  94 ########################################################################
  95 #Process MPI settings
  96 ########################################################################
  97 if(GMX_MPI)
  98         MESSAGE(WARNING "
  99             There are known problems with some MPI implementations:
 100                      OpenMPI version < 1.4.1
 101                      MVAPICH2 version <= 1.4.1                               *")
 102     if(GMX_THREADS)
 103         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
 104         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
 105             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
 106     endif(GMX_THREADS)
 107     find_package(MPI)
 108     if(MPI_FOUND)
 109         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
 110         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
 111
 112         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
 113         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
 114         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
 115         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 116         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 117             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 118         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 119     else(MPI_FOUND)
 120         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 121     endif(MPI_FOUND)
 122     include(gmxTestCatamount)
 123     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 124     if(GMX_CRAY_XT3)
 125         set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_CRAY_XT3")
 126         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 127         set(GMX_NO_NICE 1)
 128     endif(GMX_CRAY_XT3)
 129     set(GMX_LIB_MPI 1)
 130     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_LIB_MPI")
 131 endif(GMX_MPI)
 132
 133
 134 #######################################################################
 135 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 136 #######################################################################
 137 if(GMX_OPENMM)
 138     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
 139     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 140     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
 141     if(GMX_MPI)
 142         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 143     endif(GMX_MPI)
 144     if(GMX_THREADS)
 145         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
 146         set(GMX_THREADS OFF)
 147     endif(GMX_THREADS)
 148     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 149         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
 150     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 151     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "auto|none|None|NONE" OR NOT ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "")
 152         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
 153         set(GMX_ACCELERATION "none")
 154     endif()
 155     if(GMX_FAHCORE)
 156         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 157     endif(GMX_FAHCORE)
 158 endif(GMX_OPENMM)
 159
 160
 161 ########################################################################
 162 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 163 ########################################################################
 164 include(CheckIncludeFiles)
 165 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 166 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 167 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 168 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 169 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 170 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 171 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 172 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 173 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 174 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 175 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 176 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 177 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 178 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 179 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 180 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 181 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 182 # SSE support
 183 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 184 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 185 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 186 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 187 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 188
 189
 190 include(CheckFunctionExists)
 191 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 192 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 193 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 194 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 195 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 196 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 197 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 198 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 199 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 200 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 201 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 202 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 203 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 204 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 205 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 206 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 207
 208 include(CheckLibraryExists)
 209 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 210 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 211
 212
 213 include(CheckTypeSize)
 214
 215 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 216 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 217 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 218 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 219 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 220 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 221
 222 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 223     set(GMX_64_BIT TRUE)
 224 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 225     set(GMX_64_BIT FALSE)
 226 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 227
 228 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 229 check_type_size(uid_t uid_t)
 230 if(NOT uid_t)
 231   set(uid_t int)
 232 else(NOT uid_t)
 233   set(uid_t 0)
 234 endif(NOT uid_t)
 235
 236 check_type_size(gid_t gid_t)
 237 if(NOT gid_t)
 238   set(gid_t 1)
 239 else(NOT gid_t)
 240   set(gid_t 0)
 241 endif(NOT gid_t)
 242
 243 check_type_size(size_t size_t)
 244 if(NOT size_t)
 245   set(size_t int)
 246 else(NOT size_t)
 247   set(size_t 0)
 248 endif(NOT size_t)
 249
 250 check_type_size(off_t off_t)
 251 if(NOT off_t)
 252   set(off_t int)
 253 else(NOT off_t)
 254   set(off_t 0)
 255 endif(NOT off_t)
 256
 257 include(TestBigEndian)
 258 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 259
 260
 261
 262
 263 ########################################################################
 264 # Find external packages                                               #
 265 ########################################################################
 266
 267 find_package(LibXml2)
 268 set(PKG_XML "")
 269 if(LIBXML2_FOUND)
 270     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 271     set(PKG_XML libxml-2.0)
 272     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 273     set(HAVE_LIBXML2 1)
 274 endif(LIBXML2_FOUND)
 275
 276 find_package(X11)
 277 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 278 if(X11_FOUND)
 279     set(HAVE_X11 1)
 280 endif(X11_FOUND)
 281
 282 if(GMX_THREADS)
 283     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREADS")
 284     include(ThreadMPI)
 285     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 286     set(GMX_MPI 1)
 287     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 288     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 289         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 290     endif()
 291 endif(GMX_THREADS)
 292
 293 if(GMX_OPENMM)
 294     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 295     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 296     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 297     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 298         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 299     endif()
 300     find_package(OpenMM)
 301 endif(GMX_OPENMM)
 302
 303 if(APPLE)
 304    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 305    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 306 endif(APPLE)
 307
 308 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 309 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 310     if(USE_VERSION_H)
 311         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 312         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 313         find_package(Git 1.5.1)
 314         # this should at some point become VERSION_LESS
 315         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
 316             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 317         endif()
 318     endif()
 319 else()
 320     set(USE_VERSION_H OFF)
 321 endif()
 322
 323 if (GMX_DLOPEN)
 324     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
 325 endif (GMX_DLOPEN)
 326
 327 ########################################################################
 328 # Generate development version info for cache
 329 ########################################################################
 330 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 331 # include(gmxGenerateVersionString)
 332
 333 ########################################################################
 334 # Our own GROMACS tests
 335 ########################################################################
 336
 337 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 338 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 339 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 340
 341 include(gmxCheckBuildUserTime)
 342 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 343
 344 include(gmxTestFloatFormat)
 345 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 346                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 347                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 348
 349 include(gmxTestLargeFiles)
 350 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 351 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 352
 353 include(gmxTestSignal)
 354 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 355
 356 include(gmxTestInline)
 357 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 358
 359 include(gmxTestRestrict)
 360 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 361
 362 include(gmxTestPipes)
 363 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 364
 365 include(gmxTestInlineASM)
 366 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 367 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 368
 369 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 370 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 371   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)")
 372
 373     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 374
 375     if (GMX_64_BIT)
 376       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 377     else (GMX_64_BIT)
 378       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
 379     endif (GMX_64_BIT)
 380
 381     # Determine the assembler/compiler to use
 382   else()
 383     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 384   endif()
 385 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 386
 387
 388 include(gmxTestXDR)
 389 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 390 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 391     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 392     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 393 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 394
 395 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 396     enable_language(Fortran)
 397     include(FortranCInterface)
 398     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 399     if(extra_under_score)
 400         set(extrasuffix "_")
 401     endif(extra_under_score)
 402
 403     if(isupper)
 404         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 405         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 406     else(isupper)
 407         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 408         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 409     endif(isupper)
 410 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 411         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 412         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 413 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 414
 415
 416 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 417 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 418 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 419   # nothing to do
 420 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 421
 422     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 423       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
 424     else(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 425       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
 426     endif(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 427     if (NOT GMX_64_BIT)
 428         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 429         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 430         if (XFLAGS_SSE)
 431             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 432         endif (XFLAGS_SSE)
 433         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 434         if (XXFLAGS_SSE)
 435             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 436         endif (XXFLAGS_SSE)
 437     endif (NOT GMX_64_BIT)
 438
 439     if(GMX_IA32_ASM)
 440       if(GMX_DOUBLE)
 441         set(GMX_IA32_SSE2 1)
 442       else()
 443         set(GMX_IA32_SSE 1)
 444       endif()
 445     elseif(GMX_X86_64_ASM)
 446       if(GMX_DOUBLE)
 447         set(GMX_X86_64_SSE2 1)
 448       else()
 449         set(GMX_X86_64_SSE 1)
 450       endif()
 451     endif()
 452
 453 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 454 #        set(GMX_SSE3 1)
 455 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 456 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 457 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 458 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 459
 460 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 461     set(GMX_FORTRAN 1)
 462 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 463     set(GMX_BLUEGENE 1)
 464 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 465     set(GMX_POWER6 1)
 466 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 467     set(GMX_IA64_ASM 1)
 468     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 469     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 470 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 471     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 472     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 473         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 474     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 475 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 476     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 477 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 478
 479
 480
 481
 482
 483
 484
 485 # Process QM/MM Settings
 486 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 487 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 488     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 489 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 490     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 491 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 492     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 493 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 494     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 495 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 496     # nothing to do
 497 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 498     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 499 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 500
 501 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 502 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 503 set(PKG_FFT "")
 504 set(PKG_FFT_LIBS "")
 505 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 506 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 507     if(GMX_DOUBLE)
 508         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 509                 include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 510         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 511         set(PKG_FFT "fftw3")
 512     else(GMX_DOUBLE)
 513         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 514         include_directories(${FFTW3F_INCLUDE_DIR})
 515         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3F_LIBRARIES})
 516         set(PKG_FFT "fftw3f")
 517     endif(GMX_DOUBLE)
 518
 519     if(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
 520         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 521     endif(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
 522
 523     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 524
 525 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 526 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 527     if(GMX_DOUBLE)
 528         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 529     else(GMX_DOUBLE)
 530         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 531     endif(GMX_DOUBLE)
 532
 533     if(NOT FFTW2_FOUND)
 534            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 535     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 536     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 537     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 538     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
 539
 540     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 541         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 542     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 543         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 544     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 545         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 546     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 547
 548     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 549 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 550 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 551     find_package(MKL REQUIRED)
 552     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 553     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 554     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 555
 556     set(GMX_FFT_MKL 1)
 557     set(HAVE_MKL 1)
 558
 559 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 560 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 561 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 562 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 563     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 564     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 565 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 566     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 567 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 568
 569 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 570 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 571   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 572   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 573 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 574   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 575   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 576 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 577
 578 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 579 if(HAVE_LIBM)
 580     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 581 endif(HAVE_LIBM)
 582
 583
 584
 585 if(GMX_FAHCORE)
 586   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 587       "Path to swindirect.h")
 588   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 589 endif(GMX_FAHCORE)
 590
 591 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 592 # these are set after everything else
 593 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 594     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 595         FORCE)
 596     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 597         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 598     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 599         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 600     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 601         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 602         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 603 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 604
 605 ########################################################################
 606 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 607 ########################################################################
 608 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 609 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 610 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 611 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 612 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 613
 614 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 615
 616
 617 add_subdirectory(share)
 618 add_subdirectory(include)
 619 add_subdirectory(man)
 620 add_subdirectory(src)
 621 add_subdirectory(scripts)
 622
 623 #######################
 624 ## uninstall target
 625 #######################
 626     CONFIGURE_FILE(
 627                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 628                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 629                    IMMEDIATE @ONLY)
 630 ###########################
 631 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 632                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 633                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 634 ###########################
 635
 636
 637 ########################################################################
 638 # Tests                                                                #
 639 ########################################################################
 640
 641 enable_testing()
 642 add_test(TestBuildAll make)
 643
 644 add_subdirectory(tests)