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   1 GROMACS 2018.2 release notes
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   3
   4 This version was released on TODO, 2018. These release notes document
   5 the changes that have taken place in GROMACS since version 2018.1, to fix known
   6 issues. It also incorporates all fixes made in version TODO and
   7 earlier, which you can find described in the :ref:`release-notes`.
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Prevent OpenCL timing memory leak
  13 """""""""""""""""""""""""""""""""
  14
  15 When using OpenCL builds and timing, a memory leak would lead to all system memory being used up.
  16
  17 :issue:`2470`
  18
  19 Fixes for ``gmx`` tools
  20 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  21
  22 Fixed buffer overflow in grompp warnings
  23 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  24 When grompp issued a warning or error with a filename/path of more than
  25 255 characters, a buffer overflow would occur. This could also happens
  26 during make check/test.
  27
  28 :issue:`2465`
  29
  30 Fix infinite loop in gmx solvate
  31 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  32 When provided with a PDB file that had no box information for the solvent,
  33 gmx solvate could be stuck in an infinite loop.
  34 Fixed by disallowing empty boxes for solvent PDB files.
  35
  36 :issue:`2523`
  37
  38 Fixed enemat when the .edr file had no matching energy groups
  39 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  40
  41 :issue:`2508`
  42
  43 Fixes to improve portability
  44 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  45
  46 Fixed CUDA compilation on Windows.
  47 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  48
  49 :issue:`2509`
  50
  51 Miscellaneous
  52 ^^^^^^^^^^^^^
  53
  54 Fixed inadvertent disabling of SIMD version of the integrator
  55 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  56
  57 Fixed a bug so the SIMD version of the leap-frog integrator is chosen, when possible.
  58
  59 :issue:`2497`
  60
  61 Fix own FFTW builds on certain AVX2/AVX512 hardware
  62 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  63
  64 Version 3.3.8 of FFTW fixes some known gcc-8 errors for AVX2 by removing the
  65 fast-math flag, and it also appears to fix an issue with failed unit tests on
  66 AVX512-capable hardware, so we have bumped the version we download to 3.3.8.
  67
  68 :issue:`2541`