docs/release-notes/deprecated-functionality.rst

   1 .. _anticipated-changes:
   2
   3 Changes anticipated to |Gromacs| NEXT functionality
   4 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   5
   6 Functionality deprecated in |Gromacs| NEXT
   7 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   8
   9 Functionality deprecated in |Gromacs| 2019
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Generation of virtual sites to replace aromatic rings in standard residues
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14 These are thought to produce artefacts under some circumstances
  15 (unpublished results), were never well tested, are not widely used,
  16 and we need to simplify pdb2gmx.
  17
  18 ``gmx mdrun -gcom``
  19 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  20 This feature sometimes overrides the effects of various .mdp settings
  21 in a way that is difficult to understand and report. A user who wants
  22 to do communication between PP ranks less often should choose their
  23 ``nst*`` mdp options accordingly.
  24
  25 Benchmarking options only available with ``gmx benchmark``
  26 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  27 Options such as ``-confout``, ``-resethway``, ``-resetstep`` are not
  28 intended for use by regular mdrun users, so making them only available
  29 with a dedicated tool is more clear. Also, this permits us to customize
  30 defaults for e.g. writing files at the end of a simulation part in ways
  31 that suit the respective mdrun and benchmark use cases, so ``-confout``
  32 will no longer be required.
  33
  34 ``gmx mdrun -nsteps``
  35 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  36 The number of simulation steps described by the .tpr file can be
  37 changed with ``gmx convert-tpr``, or altered in .mdp file before the
  38 call to ``gmx grompp``. The convenience of this mdrun option was
  39 outweighted by the doubtful quality of its implementation, no clear
  40 record in the log file, and lack of maintenance.
  41
  42 Functionality deprecated before |Gromacs| 2019
  43 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  44 This functionality has been declared as deprecated in previous versions
  45 of |Gromacs|, but has not yet been removed.
  46
  47 The group cutoff scheme
  48 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49 All remaining aspects of the group cutoff scheme will be removed, once
  50 a few remaining features (e.g. tabulated interactions, energy-group
  51 exclusions, and vacuum simulations) are available with the Verlet
  52 scheme. Deprecated in GROMACS 5.1