share/top/amber99sb.ff/dna.rtp

   1 [ bondedtypes ]
   2 ; Col 1: Type of bond
   3 ; Col 2: Type of angles
   4 ; Col 3: Type of proper dihedrals
   5 ; Col 4: Type of improper dihedrals
   6 ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
   7 ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
   8 ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
   9 ; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it is 1
  10 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  11      1       1          9          4        1         3      1     0
  12
  13
  14 ; 5' (XXF), 3' (XXT), non-terminal (XX), and monomer (XXN) nuc's
  15
  16 [ DA5 ]
  17  [ atoms ]
  18    H5T    amber99_25    0.44220     1
  19    O5'    amber99_43   -0.63180     2
  20    C5'    amber99_11   -0.00690     3
  21   H5'1    amber99_19    0.07540     4
  22   H5'2    amber99_19    0.07540     5
  23    C4'    amber99_11    0.16290     6
  24    H4'    amber99_19    0.11760     7
  25    O4'    amber99_44   -0.36910     8
  26    C1'    amber99_11    0.04310     9
  27    H1'    amber99_20    0.18380    10
  28     N9    amber99_40   -0.02680    11
  29     C8    amber99_6     0.16070    12
  30     H8    amber99_24    0.18770    13
  31     N7    amber99_36   -0.61750    14
  32     C5    amber99_4     0.07250    15
  33     C6    amber99_3     0.68970    16
  34     N6    amber99_38   -0.91230    17
  35    H61    amber99_17    0.41670    18
  36    H62    amber99_17    0.41670    19
  37     N1    amber99_37   -0.76240    20
  38     C2    amber99_9     0.57160    21
  39     H2    amber99_24    0.05980    22
  40     N3    amber99_37   -0.74170    23
  41     C4    amber99_4     0.38000    24
  42    C3'    amber99_11    0.07130    25
  43    H3'    amber99_19    0.09850    26
  44    C2'    amber99_11   -0.08540    27
  45   H2'1    amber99_18    0.07180    28
  46   H2'2    amber99_18    0.07180    29
  47    O3'    amber99_44   -0.52320    30
  48  [ bonds ]
  49    H5T   O5'
  50    O5'   C5'
  51    C5'  H5'1
  52    C5'  H5'2
  53    C5'   C4'
  54    C4'   H4'
  55    C4'   O4'
  56    C4'   C3'
  57    O4'   C1'
  58    C1'   H1'
  59    C1'    N9
  60    C1'   C2'
  61     N9    C8
  62     N9    C4
  63     C8    H8
  64     C8    N7
  65     N7    C5
  66     C5    C6
  67     C5    C4
  68     C6    N6
  69     C6    N1
  70     N6   H61
  71     N6   H62
  72     N1    C2
  73     C2    H2
  74     C2    N3
  75     N3    C4
  76    C3'   H3'
  77    C3'   C2'
  78    C3'   O3'
  79    C2'  H2'1
  80    C2'  H2'2
  81  [ impropers ]
  82     C8    C4    N9   C1'
  83     C6   H61    N6   H62
  84     N9    N7    C8    H8
  85     N1    N3    C2    H2
  86     C5    N1    C6    N6
  87
  88 [ DA ]
  89  [ atoms ]
  90      P    amber99_46    1.16590     1
  91    O1P    amber99_45   -0.77610     2
  92    O2P    amber99_45   -0.77610     3
  93    O5'    amber99_44   -0.49540     4
  94    C5'    amber99_11   -0.00690     5
  95   H5'1    amber99_19    0.07540     6
  96   H5'2    amber99_19    0.07540     7
  97    C4'    amber99_11    0.16290     8
  98    H4'    amber99_19    0.11760     9
  99    O4'    amber99_44   -0.36910    10
 100    C1'    amber99_11    0.04310    11
 101    H1'    amber99_20    0.18380    12
 102     N9    amber99_40   -0.02680    13
 103     C8    amber99_6     0.16070    14
 104     H8    amber99_24    0.18770    15
 105     N7    amber99_36   -0.61750    16
 106     C5    amber99_4     0.07250    17
 107     C6    amber99_3     0.68970    18
 108     N6    amber99_38   -0.91230    19
 109    H61    amber99_17    0.41670    20
 110    H62    amber99_17    0.41670    21
 111     N1    amber99_37   -0.76240    22
 112     C2    amber99_9     0.57160    23
 113     H2    amber99_24    0.05980    24
 114     N3    amber99_37   -0.74170    25
 115     C4    amber99_4     0.38000    26
 116    C3'    amber99_11    0.07130    27
 117    H3'    amber99_19    0.09850    28
 118    C2'    amber99_11   -0.08540    29
 119   H2'1    amber99_18    0.07180    30
 120   H2'2    amber99_18    0.07180    31
 121    O3'    amber99_44   -0.52320    32
 122  [ bonds ]
 123      P   O1P
 124      P   O2P
 125      P   O5'
 126    O5'   C5'
 127    C5'  H5'1
 128    C5'  H5'2
 129    C5'   C4'
 130    C4'   H4'
 131    C4'   O4'
 132    C4'   C3'
 133    O4'   C1'
 134    C1'   H1'
 135    C1'    N9
 136    C1'   C2'
 137     N9    C8
 138     N9    C4
 139     C8    H8
 140     C8    N7
 141     N7    C5
 142     C5    C6
 143     C5    C4
 144     C6    N6
 145     C6    N1
 146     N6   H61
 147     N6   H62
 148     N1    C2
 149     C2    H2
 150     C2    N3
 151     N3    C4
 152    C3'   H3'
 153    C3'   C2'
 154    C3'   O3'
 155    C2'  H2'1
 156    C2'  H2'2
 157   -O3'     P
 158  [ impropers ]
 159     C4    C8    N9   C1'
 160     C6   H61    N6   H62
 161     N9    N7    C8    H8
 162     N1    N3    C2    H2
 163     C5    N6    C6    N1
 164
 165 [ DA3 ]
 166  [ atoms ]
 167      P    amber99_46    1.16590     1
 168    O1P    amber99_45   -0.77610     2
 169    O2P    amber99_45   -0.77610     3
 170    O5'    amber99_44   -0.49540     4
 171    C5'    amber99_11   -0.00690     5
 172   H5'1    amber99_19    0.07540     6
 173   H5'2    amber99_19    0.07540     7
 174    C4'    amber99_11    0.16290     8
 175    H4'    amber99_19    0.11760     9
 176    O4'    amber99_44   -0.36910    10
 177    C1'    amber99_11    0.04310    11
 178    H1'    amber99_20    0.18380    12
 179     N9    amber99_40   -0.02680    13
 180     C8    amber99_6     0.16070    14
 181     H8    amber99_24    0.18770    15
 182     N7    amber99_36   -0.61750    16
 183     C5    amber99_4     0.07250    17
 184     C6    amber99_3     0.68970    18
 185     N6    amber99_38   -0.91230    19
 186    H61    amber99_17    0.41670    20
 187    H62    amber99_17    0.41670    21
 188     N1    amber99_37   -0.76240    22
 189     C2    amber99_9     0.57160    23
 190     H2    amber99_24    0.05980    24
 191     N3    amber99_37   -0.74170    25
 192     C4    amber99_4     0.38000    26
 193    C3'    amber99_11    0.07130    27
 194    H3'    amber99_19    0.09850    28
 195    C2'    amber99_11   -0.08540    29
 196   H2'1    amber99_18    0.07180    30
 197   H2'2    amber99_18    0.07180    31
 198    O3'    amber99_43   -0.65490    32
 199    H3T    amber99_25    0.43960    33
 200  [ bonds ]
 201      P   O1P
 202      P   O2P
 203      P   O5'
 204    O5'   C5'
 205    C5'  H5'1
 206    C5'  H5'2
 207    C5'   C4'
 208    C4'   H4'
 209    C4'   O4'
 210    C4'   C3'
 211    O4'   C1'
 212    C1'   H1'
 213    C1'    N9
 214    C1'   C2'
 215     N9    C8
 216     N9    C4
 217     C8    H8
 218     C8    N7
 219     N7    C5
 220     C5    C6
 221     C5    C4
 222     C6    N6
 223     C6    N1
 224     N6   H61
 225     N6   H62
 226     N1    C2
 227     C2    H2
 228     C2    N3
 229     N3    C4
 230    C3'   H3'
 231    C3'   C2'
 232    C3'   O3'
 233    C2'  H2'1
 234    C2'  H2'2
 235    O3'   H3T
 236   -O3'     P
 237  [ impropers ]
 238     C4    C8    N9   C1'
 239     C6   H61    N6   H62
 240     N9    N7    C8    H8
 241     N1    N3    C2    H2
 242     C5    N6    C6    N1
 243
 244 [ DAN ]
 245  [ atoms ]
 246    H5T    amber99_25    0.44220     1
 247    O5'    amber99_43   -0.63180     2
 248    C5'    amber99_11   -0.00690     3
 249   H5'1    amber99_19    0.07540     4
 250   H5'2    amber99_19    0.07540     5
 251    C4'    amber99_11    0.16290     6
 252    H4'    amber99_19    0.11760     7
 253    O4'    amber99_44   -0.36910     8
 254    C1'    amber99_11    0.04310     9
 255    H1'    amber99_20    0.18380    10
 256     N9    amber99_40   -0.02680    11
 257     C8    amber99_6     0.16070    12
 258     H8    amber99_24    0.18770    13
 259     N7    amber99_36   -0.61750    14
 260     C5    amber99_4     0.07250    15
 261     C6    amber99_3     0.68970    16
 262     N6    amber99_38   -0.91230    17
 263    H61    amber99_17    0.41670    18
 264    H62    amber99_17    0.41670    19
 265     N1    amber99_37   -0.76240    20
 266     C2    amber99_9     0.57160    21
 267     H2    amber99_24    0.05980    22
 268     N3    amber99_37   -0.74170    23
 269     C4    amber99_4     0.38000    24
 270    C3'    amber99_11    0.07130    25
 271    H3'    amber99_19    0.09850    26
 272    C2'    amber99_11   -0.08540    27
 273   H2'1    amber99_18    0.07180    28
 274   H2'2    amber99_18    0.07180    29
 275    O3'    amber99_43   -0.65490    30
 276    H3T    amber99_25    0.43960    31
 277  [ bonds ]
 278    H5T   O5'
 279    O5'   C5'
 280    C5'  H5'1
 281    C5'  H5'2
 282    C5'   C4'
 283    C4'   H4'
 284    C4'   O4'
 285    C4'   C3'
 286    O4'   C1'
 287    C1'   H1'
 288    C1'    N9
 289    C1'   C2'
 290     N9    C8
 291     N9    C4
 292     C8    H8
 293     C8    N7
 294     N7    C5
 295     C5    C6
 296     C5    C4
 297     C6    N6
 298     C6    N1
 299     N6   H61
 300     N6   H62
 301     N1    C2
 302     C2    H2
 303     C2    N3
 304     N3    C4
 305    C3'   H3'
 306    C3'   C2'
 307    C3'   O3'
 308    C2'  H2'1
 309    C2'  H2'2
 310    O3'   H3T
 311   -O3'     P
 312  [ impropers ]
 313     C8    C4    N9   C1'
 314     C6   H61    N6   H62
 315     N9    N7    C8    H8
 316     N1    N3    C2    H2
 317     C5    N1    C6    N6
 318
 319
 320
 321 [ DT5 ]
 322  [ atoms ]
 323    H5T    amber99_25    0.44220     1
 324    O5'    amber99_43   -0.63180     2
 325    C5'    amber99_11   -0.00690     3
 326   H5'1    amber99_19    0.07540     4
 327   H5'2    amber99_19    0.07540     5
 328    C4'    amber99_11    0.16290     6
 329    H4'    amber99_19    0.11760     7
 330    O4'    amber99_44   -0.36910     8
 331    C1'    amber99_11    0.06800     9
 332    H1'    amber99_20    0.18040    10
 333     N1    amber99_40   -0.02390    11
 334     C6    amber99_7    -0.22090    12
 335     H6    amber99_23    0.26070    13
 336     C5    amber99_7     0.00250    14
 337     C7    amber99_11   -0.22690    15
 338    H71    amber99_18    0.07700    16
 339    H72    amber99_18    0.07700    17
 340    H73    amber99_18    0.07700    18
 341     C4    amber99_2     0.51940    19
 342     O4    amber99_41   -0.55630    20
 343     N3    amber99_35   -0.43400    21
 344     H3    amber99_17    0.34200    22
 345     C2    amber99_2     0.56770    23
 346     O2    amber99_41   -0.58810    24
 347    C3'    amber99_11    0.07130    25
 348    H3'    amber99_19    0.09850    26
 349    C2'    amber99_11   -0.08540    27
 350   H2'1    amber99_18    0.07180    28
 351   H2'2    amber99_18    0.07180    29
 352    O3'    amber99_44   -0.52320    30
 353  [ bonds ]
 354    H5T   O5'
 355    O5'   C5'
 356    C5'  H5'1
 357    C5'  H5'2
 358    C5'   C4'
 359    C4'   H4'
 360    C4'   O4'
 361    C4'   C3'
 362    O4'   C1'
 363    C1'   H1'
 364    C1'    N1
 365    C1'   C2'
 366     N1    C6
 367     N1    C2
 368     C6    H6
 369     C6    C5
 370     C5    C7
 371     C5    C4
 372     C7   H71
 373     C7   H72
 374     C7   H73
 375     C4    O4
 376     C4    N3
 377     N3    H3
 378     N3    C2
 379     C2    O2
 380    C3'   H3'
 381    C3'   C2'
 382    C3'   O3'
 383    C2'  H2'1
 384    C2'  H2'2
 385  [ impropers ]
 386     C6    C2    N1   C1'
 387     C6    C4    C5    C7
 388     N1    N3    C2    O2
 389     C5    N3    C4    O4
 390     C4    C2    N3    H3
 391     N1    C5    C6    H6
 392
 393 [ DT ]
 394  [ atoms ]
 395      P    amber99_46    1.16590     1
 396    O1P    amber99_45   -0.77610     2
 397    O2P    amber99_45   -0.77610     3
 398    O5'    amber99_44   -0.49540     4
 399    C5'    amber99_11   -0.00690     5
 400   H5'1    amber99_19    0.07540     6
 401   H5'2    amber99_19    0.07540     7
 402    C4'    amber99_11    0.16290     8
 403    H4'    amber99_19    0.11760     9
 404    O4'    amber99_44   -0.36910    10
 405    C1'    amber99_11    0.06800    11
 406    H1'    amber99_20    0.18040    12
 407     N1    amber99_40   -0.02390    13
 408     C6    amber99_7    -0.22090    14
 409     H6    amber99_23    0.26070    15
 410     C5    amber99_7     0.00250    16
 411     C7    amber99_11   -0.22690    17
 412    H71    amber99_18    0.07700    18
 413    H72    amber99_18    0.07700    19
 414    H73    amber99_18    0.07700    20
 415     C4    amber99_2     0.51940    21
 416     O4    amber99_41   -0.55630    22
 417     N3    amber99_35   -0.43400    23
 418     H3    amber99_17    0.34200    24
 419     C2    amber99_2     0.56770    25
 420     O2    amber99_41   -0.58810    26
 421    C3'    amber99_11    0.07130    27
 422    H3'    amber99_19    0.09850    28
 423    C2'    amber99_11   -0.08540    29
 424   H2'1    amber99_18    0.07180    30
 425   H2'2    amber99_18    0.07180    31
 426    O3'    amber99_44   -0.52320    32
 427  [ bonds ]
 428      P   O1P
 429      P   O2P
 430      P   O5'
 431    O5'   C5'
 432    C5'  H5'1
 433    C5'  H5'2
 434    C5'   C4'
 435    C4'   H4'
 436    C4'   O4'
 437    C4'   C3'
 438    O4'   C1'
 439    C1'   H1'
 440    C1'    N1
 441    C1'   C2'
 442     N1    C6
 443     N1    C2
 444     C6    H6
 445     C6    C5
 446     C5    C7
 447     C5    C4
 448     C7   H71
 449     C7   H72
 450     C7   H73
 451     C4    O4
 452     C4    N3
 453     N3    H3
 454     N3    C2
 455     C2    O2
 456    C3'   H3'
 457    C3'   C2'
 458    C3'   O3'
 459    C2'  H2'1
 460    C2'  H2'2
 461   -O3'     P
 462  [ impropers ]
 463     C2    C6    N1   C1'
 464     C4    C6    C5    C7
 465     N1    N3    C2    O2
 466     C5    N3    C4    O4
 467     C4    C2    N3    H3
 468     N1    C5    C6    H6
 469
 470 [ DT3 ]
 471  [ atoms ]
 472      P    amber99_46    1.16590     1
 473    O1P    amber99_45   -0.77610     2
 474    O2P    amber99_45   -0.77610     3
 475    O5'    amber99_44   -0.49540     4
 476    C5'    amber99_11   -0.00690     5
 477   H5'1    amber99_19    0.07540     6
 478   H5'2    amber99_19    0.07540     7
 479    C4'    amber99_11    0.16290     8
 480    H4'    amber99_19    0.11760     9
 481    O4'    amber99_44   -0.36910    10
 482    C1'    amber99_11    0.06800    11
 483    H1'    amber99_20    0.18040    12
 484     N1    amber99_40   -0.02390    13
 485     C6    amber99_7    -0.22090    14
 486     H6    amber99_23    0.26070    15
 487     C5    amber99_7     0.00250    16
 488     C7    amber99_11   -0.22690    17
 489    H71    amber99_18    0.07700    18
 490    H72    amber99_18    0.07700    19
 491    H73    amber99_18    0.07700    20
 492     C4    amber99_2     0.51940    21
 493     O4    amber99_41   -0.55630    22
 494     N3    amber99_35   -0.43400    23
 495     H3    amber99_17    0.34200    24
 496     C2    amber99_2     0.56770    25
 497     O2    amber99_41   -0.58810    26
 498    C3'    amber99_11    0.07130    27
 499    H3'    amber99_19    0.09850    28
 500    C2'    amber99_11   -0.08540    29
 501   H2'1    amber99_18    0.07180    30
 502   H2'2    amber99_18    0.07180    31
 503    O3'    amber99_43   -0.65490    32
 504    H3T    amber99_25    0.43960    33
 505  [ bonds ]
 506      P   O1P
 507      P   O2P
 508      P   O5'
 509    O5'   C5'
 510    C5'  H5'1
 511    C5'  H5'2
 512    C5'   C4'
 513    C4'   H4'
 514    C4'   O4'
 515    C4'   C3'
 516    O4'   C1'
 517    C1'   H1'
 518    C1'    N1
 519    C1'   C2'
 520     N1    C6
 521     N1    C2
 522     C6    H6
 523     C6    C5
 524     C5    C7
 525     C5    C4
 526     C7   H71
 527     C7   H72
 528     C7   H73
 529     C4    O4
 530     C4    N3
 531     N3    H3
 532     N3    C2
 533     C2    O2
 534    C3'   H3'
 535    C3'   C2'
 536    C3'   O3'
 537    C2'  H2'1
 538    C2'  H2'2
 539    O3'   H3T
 540   -O3'     P
 541  [ impropers ]
 542     C2    C6    N1   C1'
 543     C4    C6    C5    C7
 544     N1    N3    C2    O2
 545     C5    N3    C4    O4
 546     C4    C2    N3    H3
 547     N1    C5    C6    H6
 548
 549 [ DTN ]
 550  [ atoms ]
 551    H5T    amber99_25    0.44220     1
 552    O5'    amber99_43   -0.63180     2
 553    C5'    amber99_11   -0.00690     3
 554   H5'1    amber99_19    0.07540     4
 555   H5'2    amber99_19    0.07540     5
 556    C4'    amber99_11    0.16290     6
 557    H4'    amber99_19    0.11760     7
 558    O4'    amber99_44   -0.36910     8
 559    C1'    amber99_11    0.06800     9
 560    H1'    amber99_20    0.18040    10
 561     N1    amber99_40   -0.02390    11
 562     C6    amber99_7    -0.22090    12
 563     H6    amber99_23    0.26070    13
 564     C5    amber99_7     0.00250    14
 565     C7    amber99_11   -0.22690    15
 566    H71    amber99_18    0.07700    16
 567    H72    amber99_18    0.07700    17
 568    H73    amber99_18    0.07700    18
 569     C4    amber99_2     0.51940    19
 570     O4    amber99_41   -0.55630    20
 571     N3    amber99_35   -0.43400    21
 572     H3    amber99_17    0.34200    22
 573     C2    amber99_2     0.56770    23
 574     O2    amber99_41   -0.58810    24
 575    C3'    amber99_11    0.07130    25
 576    H3'    amber99_19    0.09850    26
 577    C2'    amber99_11   -0.08540    27
 578   H2'1    amber99_18    0.07180    28
 579   H2'2    amber99_18    0.07180    29
 580    O3'    amber99_43   -0.65490    30
 581    H3T    amber99_25    0.43960    31
 582  [ bonds ]
 583    H5T   O5'
 584    O5'   C5'
 585    C5'  H5'1
 586    C5'  H5'2
 587    C5'   C4'
 588    C4'   H4'
 589    C4'   O4'
 590    C4'   C3'
 591    O4'   C1'
 592    C1'   H1'
 593    C1'    N1
 594    C1'   C2'
 595     N1    C6
 596     N1    C2
 597     C6    H6
 598     C6    C5
 599     C5    C7
 600     C5    C4
 601     C7   H71
 602     C7   H72
 603     C7   H73
 604     C4    O4
 605     C4    N3
 606     N3    H3
 607     N3    C2
 608     C2    O2
 609    C3'   H3'
 610    C3'   C2'
 611    C3'   O3'
 612    C2'  H2'1
 613    C2'  H2'2
 614    O3'   H3T
 615   -O3'     P
 616  [ impropers ]
 617     C6    C2    N1   C1'
 618     C6    C4    C5    C7
 619     N1    N3    C2    O2
 620     C5    N3    C4    O4
 621     C4    C2    N3    H3
 622     N1    C5    C6    H6
 623
 624
 625
 626 [ DG5 ]
 627  [ atoms ]
 628    H5T    amber99_25    0.44220     1
 629    O5'    amber99_43   -0.63180     2
 630    C5'    amber99_11   -0.00690     3
 631   H5'1    amber99_19    0.07540     4
 632   H5'2    amber99_19    0.07540     5
 633    C4'    amber99_11    0.16290     6
 634    H4'    amber99_19    0.11760     7
 635    O4'    amber99_44   -0.36910     8
 636    C1'    amber99_11    0.03580     9
 637    H1'    amber99_20    0.17460    10
 638     N9    amber99_40    0.05770    11
 639     C8    amber99_6     0.07360    12
 640     H8    amber99_24    0.19970    13
 641     N7    amber99_36   -0.57250    14
 642     C5    amber99_4     0.19910    15
 643     C6    amber99_2     0.49180    16
 644     O6    amber99_41   -0.56990    17
 645     N1    amber99_35   -0.50530    18
 646     H1    amber99_17    0.35200    19
 647     C2    amber99_3     0.74320    20
 648     N2    amber99_38   -0.92300    21
 649    H21    amber99_17    0.42350    22
 650    H22    amber99_17    0.42350    23
 651     N3    amber99_37   -0.66360    24
 652     C4    amber99_4     0.18140    25
 653    C3'    amber99_11    0.07130    26
 654    H3'    amber99_19    0.09850    27
 655    C2'    amber99_11   -0.08540    28
 656   H2'1    amber99_18    0.07180    29
 657   H2'2    amber99_18    0.07180    30
 658    O3'    amber99_44   -0.52320    31
 659  [ bonds ]
 660    H5T   O5'
 661    O5'   C5'
 662    C5'  H5'1
 663    C5'  H5'2
 664    C5'   C4'
 665    C4'   H4'
 666    C4'   O4'
 667    C4'   C3'
 668    O4'   C1'
 669    C1'   H1'
 670    C1'    N9
 671    C1'   C2'
 672     N9    C8
 673     N9    C4
 674     C8    H8
 675     C8    N7
 676     N7    C5
 677     C5    C6
 678     C5    C4
 679     C6    O6
 680     C6    N1
 681     N1    H1
 682     N1    C2
 683     C2    N2
 684     C2    N3
 685     N2   H21
 686     N2   H22
 687     N3    C4
 688    C3'   H3'
 689    C3'   C2'
 690    C3'   O3'
 691    C2'  H2'1
 692    C2'  H2'2
 693  [ impropers ]
 694     C8    C4    N9   C1'
 695     C5    N1    C6    O6
 696     C6    C2    N1    H1
 697     C2   H21    N2   H22
 698     N9    N7    C8    H8
 699     N1    N3    C2    N2
 700
 701 [ DG ]
 702  [ atoms ]
 703      P    amber99_46    1.16590     1
 704    O1P    amber99_45   -0.77610     2
 705    O2P    amber99_45   -0.77610     3
 706    O5'    amber99_44   -0.49540     4
 707    C5'    amber99_11   -0.00690     5
 708   H5'1    amber99_19    0.07540     6
 709   H5'2    amber99_19    0.07540     7
 710    C4'    amber99_11    0.16290     8
 711    H4'    amber99_19    0.11760     9
 712    O4'    amber99_44   -0.36910    10
 713    C1'    amber99_11    0.03580    11
 714    H1'    amber99_20    0.17460    12
 715     N9    amber99_40    0.05770    13
 716     C8    amber99_6     0.07360    14
 717     H8    amber99_24    0.19970    15
 718     N7    amber99_36   -0.57250    16
 719     C5    amber99_4     0.19910    17
 720     C6    amber99_2     0.49180    18
 721     O6    amber99_41   -0.56990    19
 722     N1    amber99_35   -0.50530    20
 723     H1    amber99_17    0.35200    21
 724     C2    amber99_3     0.74320    22
 725     N2    amber99_38   -0.92300    23
 726    H21    amber99_17    0.42350    24
 727    H22    amber99_17    0.42350    25
 728     N3    amber99_37   -0.66360    26
 729     C4    amber99_4     0.18140    27
 730    C3'    amber99_11    0.07130    28
 731    H3'    amber99_19    0.09850    29
 732    C2'    amber99_11   -0.08540    30
 733   H2'1    amber99_18    0.07180    31
 734   H2'2    amber99_18    0.07180    32
 735    O3'    amber99_44   -0.52320    33
 736  [ bonds ]
 737      P   O1P
 738      P   O2P
 739      P   O5'
 740    O5'   C5'
 741    C5'  H5'1
 742    C5'  H5'2
 743    C5'   C4'
 744    C4'   H4'
 745    C4'   O4'
 746    C4'   C3'
 747    O4'   C1'
 748    C1'   H1'
 749    C1'    N9
 750    C1'   C2'
 751     N9    C8
 752     N9    C4
 753     C8    H8
 754     C8    N7
 755     N7    C5
 756     C5    C6
 757     C5    C4
 758     C6    O6
 759     C6    N1
 760     N1    H1
 761     N1    C2
 762     C2    N2
 763     C2    N3
 764     N2   H21
 765     N2   H22
 766     N3    C4
 767    C3'   H3'
 768    C3'   C2'
 769    C3'   O3'
 770    C2'  H2'1
 771    C2'  H2'2
 772   -O3'     P
 773  [ impropers ]
 774     C4    C8    N9   C1'
 775     C5    N1    C6    O6
 776     C6    C2    N1    H1
 777     C2   H21    N2   H22
 778     N9    N7    C8    H8
 779     N2    N1    C2    N3
 780
 781 [ DG3 ]
 782  [ atoms ]
 783      P    amber99_46    1.16590     1
 784    O1P    amber99_45   -0.77610     2
 785    O2P    amber99_45   -0.77610     3
 786    O5'    amber99_44   -0.49540     4
 787    C5'    amber99_11   -0.00690     5
 788   H5'1    amber99_19    0.07540     6
 789   H5'2    amber99_19    0.07540     7
 790    C4'    amber99_11    0.16290     8
 791    H4'    amber99_19    0.11760     9
 792    O4'    amber99_44   -0.36910    10
 793    C1'    amber99_11    0.03580    11
 794    H1'    amber99_20    0.17460    12
 795     N9    amber99_40    0.05770    13
 796     C8    amber99_6     0.07360    14
 797     H8    amber99_24    0.19970    15
 798     N7    amber99_36   -0.57250    16
 799     C5    amber99_4     0.19910    17
 800     C6    amber99_2     0.49180    18
 801     O6    amber99_41   -0.56990    19
 802     N1    amber99_35   -0.50530    20
 803     H1    amber99_17    0.35200    21
 804     C2    amber99_3     0.74320    22
 805     N2    amber99_38   -0.92300    23
 806    H21    amber99_17    0.42350    24
 807    H22    amber99_17    0.42350    25
 808     N3    amber99_37   -0.66360    26
 809     C4    amber99_4     0.18140    27
 810    C3'    amber99_11    0.07130    28
 811    H3'    amber99_19    0.09850    29
 812    C2'    amber99_11   -0.08540    30
 813   H2'1    amber99_18    0.07180    31
 814   H2'2    amber99_18    0.07180    32
 815    O3'    amber99_43   -0.65490    33
 816    H3T    amber99_25    0.43960    34
 817  [ bonds ]
 818      P   O1P
 819      P   O2P
 820      P   O5'
 821    O5'   C5'
 822    C5'  H5'1
 823    C5'  H5'2
 824    C5'   C4'
 825    C4'   H4'
 826    C4'   O4'
 827    C4'   C3'
 828    O4'   C1'
 829    C1'   H1'
 830    C1'    N9
 831    C1'   C2'
 832     N9    C8
 833     N9    C4
 834     C8    H8
 835     C8    N7
 836     N7    C5
 837     C5    C6
 838     C5    C4
 839     C6    O6
 840     C6    N1
 841     N1    H1
 842     N1    C2
 843     C2    N2
 844     C2    N3
 845     N2   H21
 846     N2   H22
 847     N3    C4
 848    C3'   H3'
 849    C3'   C2'
 850    C3'   O3'
 851    C2'  H2'1
 852    C2'  H2'2
 853    O3'   H3T
 854   -O3'     P
 855  [ impropers ]
 856     C4    C8    N9   C1'
 857     C5    N1    C6    O6
 858     C6    C2    N1    H1
 859     C2   H21    N2   H22
 860     N9    N7    C8    H8
 861     N2    N1    C2    N3
 862
 863 [ DGN ]
 864  [ atoms ]
 865    H5T    amber99_25    0.44220     1
 866    O5'    amber99_43   -0.63180     2
 867    C5'    amber99_11   -0.00690     3
 868   H5'1    amber99_19    0.07540     4
 869   H5'2    amber99_19    0.07540     5
 870    C4'    amber99_11    0.16290     6
 871    H4'    amber99_19    0.11760     7
 872    O4'    amber99_44   -0.36910     8
 873    C1'    amber99_11    0.03580     9
 874    H1'    amber99_20    0.17460    10
 875     N9    amber99_40    0.05770    11
 876     C8    amber99_6     0.07360    12
 877     H8    amber99_24    0.19970    13
 878     N7    amber99_36   -0.57250    14
 879     C5    amber99_4     0.19910    15
 880     C6    amber99_2     0.49180    16
 881     O6    amber99_41   -0.56990    17
 882     N1    amber99_35   -0.50530    18
 883     H1    amber99_17    0.35200    19
 884     C2    amber99_3     0.74320    20
 885     N2    amber99_38   -0.92300    21
 886    H21    amber99_17    0.42350    22
 887    H22    amber99_17    0.42350    23
 888     N3    amber99_37   -0.66360    24
 889     C4    amber99_4     0.18140    25
 890    C3'    amber99_11    0.07130    26
 891    H3'    amber99_19    0.09850    27
 892    C2'    amber99_11   -0.08540    28
 893   H2'1    amber99_18    0.07180    29
 894   H2'2    amber99_18    0.07180    30
 895    O3'    amber99_43   -0.65490    31
 896    H3T    amber99_25    0.43960    32
 897  [ bonds ]
 898    H5T   O5'
 899    O5'   C5'
 900    C5'  H5'1
 901    C5'  H5'2
 902    C5'   C4'
 903    C4'   H4'
 904    C4'   O4'
 905    C4'   C3'
 906    O4'   C1'
 907    C1'   H1'
 908    C1'    N9
 909    C1'   C2'
 910     N9    C8
 911     N9    C4
 912     C8    H8
 913     C8    N7
 914     N7    C5
 915     C5    C6
 916     C5    C4
 917     C6    O6
 918     C6    N1
 919     N1    H1
 920     N1    C2
 921     C2    N2
 922     C2    N3
 923     N2   H21
 924     N2   H22
 925     N3    C4
 926    C3'   H3'
 927    C3'   C2'
 928    C3'   O3'
 929    C2'  H2'1
 930    C2'  H2'2
 931    O3'   H3T
 932   -O3'     P
 933  [ impropers ]
 934     C8    C4    N9   C1'
 935     C5    N1    C6    O6
 936     C6    C2    N1    H1
 937     C2   H21    N2   H22
 938     N9    N7    C8    H8
 939     N1    N3    C2    N2
 940
 941
 942
 943
 944 [ DC5 ]
 945  [ atoms ]
 946    H5T    amber99_25    0.44220     1
 947    O5'    amber99_43   -0.63180     2
 948    C5'    amber99_11   -0.00690     3
 949   H5'1    amber99_19    0.07540     4
 950   H5'2    amber99_19    0.07540     5
 951    C4'    amber99_11    0.16290     6
 952    H4'    amber99_19    0.11760     7
 953    O4'    amber99_44   -0.36910     8
 954    C1'    amber99_11   -0.01160     9
 955    H1'    amber99_20    0.19630    10
 956     N1    amber99_40   -0.03390    11
 957     C6    amber99_7    -0.01830    12
 958     H6    amber99_23    0.22930    13
 959     C5    amber99_7    -0.52220    14
 960     H5    amber99_22    0.18630    15
 961     C4    amber99_3     0.84390    16
 962     N4    amber99_38   -0.97730    17
 963    H41    amber99_17    0.43140    18
 964    H42    amber99_17    0.43140    19
 965     N3    amber99_37   -0.77480    20
 966     C2    amber99_2     0.79590    21
 967     O2    amber99_41   -0.65480    22
 968    C3'    amber99_11    0.07130    23
 969    H3'    amber99_19    0.09850    24
 970    C2'    amber99_11   -0.08540    25
 971   H2'1    amber99_18    0.07180    26
 972   H2'2    amber99_18    0.07180    27
 973    O3'    amber99_44   -0.52320    28
 974  [ bonds ]
 975    H5T   O5'
 976    O5'   C5'
 977    C5'  H5'1
 978    C5'  H5'2
 979    C5'   C4'
 980    C4'   H4'
 981    C4'   O4'
 982    C4'   C3'
 983    O4'   C1'
 984    C1'   H1'
 985    C1'    N1
 986    C1'   C2'
 987     N1    C6
 988     N1    C2
 989     C6    H6
 990     C6    C5
 991     C5    H5
 992     C5    C4
 993     C4    N4
 994     C4    N3
 995     N4   H41
 996     N4   H42
 997     N3    C2
 998     C2    O2
 999    C3'   H3'
1000    C3'   C2'
1001    C3'   O3'
1002    C2'  H2'1
1003    C2'  H2'2
1004  [ impropers ]
1005     C6    C2    N1   C1'
1006     N1    N3    C2    O2
1007     C4   H41    N4   H42
1008     N1    C5    C6    H6
1009     C6    C4    C5    H5
1010     N3    C5    C4    N4
1011
1012 [ DC ]
1013  [ atoms ]
1014      P    amber99_46    1.16590     1
1015    O1P    amber99_45   -0.77610     2
1016    O2P    amber99_45   -0.77610     3
1017    O5'    amber99_44   -0.49540     4
1018    C5'    amber99_11   -0.00690     5
1019   H5'1    amber99_19    0.07540     6
1020   H5'2    amber99_19    0.07540     7
1021    C4'    amber99_11    0.16290     8
1022    H4'    amber99_19    0.11760     9
1023    O4'    amber99_44   -0.36910    10
1024    C1'    amber99_11   -0.01160    11
1025    H1'    amber99_20    0.19630    12
1026     N1    amber99_40   -0.03390    13
1027     C6    amber99_7    -0.01830    14
1028     H6    amber99_23    0.22930    15
1029     C5    amber99_7    -0.52220    16
1030     H5    amber99_22    0.18630    17
1031     C4    amber99_3     0.84390    18
1032     N4    amber99_38   -0.97730    19
1033    H41    amber99_17    0.43140    20
1034    H42    amber99_17    0.43140    21
1035     N3    amber99_37   -0.77480    22
1036     C2    amber99_2     0.79590    23
1037     O2    amber99_41   -0.65480    24
1038    C3'    amber99_11    0.07130    25
1039    H3'    amber99_19    0.09850    26
1040    C2'    amber99_11   -0.08540    27
1041   H2'1    amber99_18    0.07180    28
1042   H2'2    amber99_18    0.07180    29
1043    O3'    amber99_44   -0.52320    30
1044  [ bonds ]
1045      P   O1P
1046      P   O2P
1047      P   O5'
1048    O5'   C5'
1049    C5'  H5'1
1050    C5'  H5'2
1051    C5'   C4'
1052    C4'   H4'
1053    C4'   O4'
1054    C4'   C3'
1055    O4'   C1'
1056    C1'   H1'
1057    C1'    N1
1058    C1'   C2'
1059     N1    C6
1060     N1    C2
1061     C6    H6
1062     C6    C5
1063     C5    H5
1064     C5    C4
1065     C4    N4
1066     C4    N3
1067     N4   H41
1068     N4   H42
1069     N3    C2
1070     C2    O2
1071    C3'   H3'
1072    C3'   C2'
1073    C3'   O3'
1074    C2'  H2'1
1075    C2'  H2'2
1076   -O3'     P
1077  [ impropers ]
1078     C2    C6    N1   C1'
1079     N1    N3    C2    O2
1080     C4   H41    N4   H42
1081     N1    C5    C6    H6
1082     C6    C4    C5    H5
1083     C5    N4    C4    N3
1084
1085 [ DC3 ]
1086  [ atoms ]
1087      P    amber99_46    1.16590     1
1088    O1P    amber99_45   -0.77610     2
1089    O2P    amber99_45   -0.77610     3
1090    O5'    amber99_44   -0.49540     4
1091    C5'    amber99_11   -0.00690     5
1092   H5'1    amber99_19    0.07540     6
1093   H5'2    amber99_19    0.07540     7
1094    C4'    amber99_11    0.16290     8
1095    H4'    amber99_19    0.11760     9
1096    O4'    amber99_44   -0.36910    10
1097    C1'    amber99_11   -0.01160    11
1098    H1'    amber99_20    0.19630    12
1099     N1    amber99_40   -0.03390    13
1100     C6    amber99_7    -0.01830    14
1101     H6    amber99_23    0.22930    15
1102     C5    amber99_7    -0.52220    16
1103     H5    amber99_22    0.18630    17
1104     C4    amber99_3     0.84390    18
1105     N4    amber99_38   -0.97730    19
1106    H41    amber99_17    0.43140    20
1107    H42    amber99_17    0.43140    21
1108     N3    amber99_37   -0.77480    22
1109     C2    amber99_2     0.79590    23
1110     O2    amber99_41   -0.65480    24
1111    C3'    amber99_11    0.07130    25
1112    H3'    amber99_19    0.09850    26
1113    C2'    amber99_11   -0.08540    27
1114   H2'1    amber99_18    0.07180    28
1115   H2'2    amber99_18    0.07180    29
1116    O3'    amber99_43   -0.65490    30
1117    H3T    amber99_25    0.43960    31
1118  [ bonds ]
1119      P   O1P
1120      P   O2P
1121      P   O5'
1122    O5'   C5'
1123    C5'  H5'1
1124    C5'  H5'2
1125    C5'   C4'
1126    C4'   H4'
1127    C4'   O4'
1128    C4'   C3'
1129    O4'   C1'
1130    C1'   H1'
1131    C1'    N1
1132    C1'   C2'
1133     N1    C6
1134     N1    C2
1135     C6    H6
1136     C6    C5
1137     C5    H5
1138     C5    C4
1139     C4    N4
1140     C4    N3
1141     N4   H41
1142     N4   H42
1143     N3    C2
1144     C2    O2
1145    C3'   H3'
1146    C3'   C2'
1147    C3'   O3'
1148    C2'  H2'1
1149    C2'  H2'2
1150    O3'   H3T
1151   -O3'     P
1152  [ impropers ]
1153     C2    C6    N1   C1'
1154     N1    N3    C2    O2
1155     C4   H41    N4   H42
1156     N1    C5    C6    H6
1157     C6    C4    C5    H5
1158     C5    N4    C4    N3
1159
1160 [ DCN ]
1161  [ atoms ]
1162    H5T    amber99_25    0.44220     1
1163    O5'    amber99_43   -0.63180     2
1164    C5'    amber99_11   -0.00690     3
1165   H5'1    amber99_19    0.07540     4
1166   H5'2    amber99_19    0.07540     5
1167    C4'    amber99_11    0.16290     6
1168    H4'    amber99_19    0.11760     7
1169    O4'    amber99_44   -0.36910     8
1170    C1'    amber99_11   -0.01160     9
1171    H1'    amber99_20    0.19630    10
1172     N1    amber99_40   -0.03390    11
1173     C6    amber99_7    -0.01830    12
1174     H6    amber99_23    0.22930    13
1175     C5    amber99_7    -0.52220    14
1176     H5    amber99_22    0.18630    15
1177     C4    amber99_3     0.84390    16
1178     N4    amber99_38   -0.97730    17
1179    H41    amber99_17    0.43140    18
1180    H42    amber99_17    0.43140    19
1181     N3    amber99_37   -0.77480    20
1182     C2    amber99_2     0.79590    21
1183     O2    amber99_41   -0.65480    22
1184    C3'    amber99_11    0.07130    23
1185    H3'    amber99_19    0.09850    24
1186    C2'    amber99_11   -0.08540    25
1187   H2'1    amber99_18    0.07180    26
1188   H2'2    amber99_18    0.07180    27
1189    O3'    amber99_43   -0.65490    28
1190    H3T    amber99_25    0.43960    29
1191  [ bonds ]
1192    H5T   O5'
1193    O5'   C5'
1194    C5'  H5'1
1195    C5'  H5'2
1196    C5'   C4'
1197    C4'   H4'
1198    C4'   O4'
1199    C4'   C3'
1200    O4'   C1'
1201    C1'   H1'
1202    C1'    N1
1203    C1'   C2'
1204     N1    C6
1205     N1    C2
1206     C6    H6
1207     C6    C5
1208     C5    H5
1209     C5    C4
1210     C4    N4
1211     C4    N3
1212     N4   H41
1213     N4   H42
1214     N3    C2
1215     C2    O2
1216    C3'   H3'
1217    C3'   C2'
1218    C3'   O3'
1219    C2'  H2'1
1220    C2'  H2'2
1221    O3'   H3T
1222   -O3'     P
1223  [ impropers ]
1224     C6    C2    N1   C1'
1225     N1    N3    C2    O2
1226     C4   H41    N4   H42
1227     N1    C5    C6    H6
1228     C6    C4    C5    H5
1229     N3    C5    C4    N4
1230