Move early return for nbnxm force reduction
[gromacs.git] / COPYING
blob7203cc4edfa9082eb165e2bb5e197f65675fe41d
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. ThreeFry Random Engine
23 12. Gamma distribution from libc++
24 13. md5
25 14. lmfit
26 15. clFFT
27 16. Guidelines Support Library (GSL)
28 17. P0009 reference implementation (Sandia Corporation)
30 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
31 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
32 to combine all of this information into a single license file. Sorry
33 about that.
35 ============================================
37 1. GROMACS
38 ==========
40 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
41 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
42 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
43 license comes after the applicable LGPL license in this file.
45 ============================================
47                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
48                        Version 2.1, February 1999
50  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
51  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
52  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
53  of this license document, but changing it is not allowed.
55 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
56  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
57  the version number 2.1.]
59                             Preamble
61   The licenses for most software are designed to take away your
62 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
63 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
64 free software--to make sure the software is free for all its users.
66   This license, the Lesser General Public License, applies to some
67 specially designated software packages--typically libraries--of the
68 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
69 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
70 this license or the ordinary General Public License is the better
71 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
73   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
74 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
75 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
76 for this service if you wish); that you receive source code or can get
77 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
78 it in new free programs; and that you are informed that you can do
79 these things.
81   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
82 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
83 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
84 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
86   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
87 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
88 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
89 code.  If you link other code with the library, you must provide
90 complete object files to the recipients, so that they can relink them
91 with the library after making changes to the library and recompiling
92 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
94   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
95 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
96 permission to copy, distribute and/or modify the library.
98   To protect each distributor, we want to make it very clear that
99 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
100 modified by someone else and passed on, the recipients should know
101 that what they have is not the original version, so that the original
102 author's reputation will not be affected by problems that might be
103 introduced by others.
105   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
106 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
107 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
108 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
109 any patent license obtained for a version of the library must be
110 consistent with the full freedom of use specified in this license.
112   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
113 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
114 General Public License, applies to certain designated libraries, and
115 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
116 this license for certain libraries in order to permit linking those
117 libraries into non-free programs.
119   When a program is linked with a library, whether statically or using
120 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
121 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
122 General Public License therefore permits such linking only if the
123 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
124 Public License permits more lax criteria for linking other code with
125 the library.
127   We call this license the "Lesser" General Public License because it
128 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
129 Public License.  It also provides other free software developers Less
130 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
131 are the reason we use the ordinary General Public License for many
132 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
133 special circumstances.
135   For example, on rare occasions, there may be a special need to
136 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
137 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
138 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
139 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
140 case, there is little to gain by limiting the free library to free
141 software only, so we use the Lesser General Public License.
143   In other cases, permission to use a particular library in non-free
144 programs enables a greater number of people to use a large body of
145 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
146 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
147 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
148 system.
150   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
151 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
152 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
153 that program using a modified version of the Library.
155   The precise terms and conditions for copying, distribution and
156 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
157 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
158 former contains code derived from the library, whereas the latter must
159 be combined with the library in order to run.
161                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
162    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
164   0. This License Agreement applies to any software library or other
165 program which contains a notice placed by the copyright holder or
166 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
167 this Lesser General Public License (also called "this License").
168 Each licensee is addressed as "you".
170   A "library" means a collection of software functions and/or data
171 prepared so as to be conveniently linked with application programs
172 (which use some of those functions and data) to form executables.
174   The "Library", below, refers to any such software library or work
175 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
176 Library" means either the Library or any derivative work under
177 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
178 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
179 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
180 included without limitation in the term "modification".)
182   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
183 making modifications to it.  For a library, complete source code means
184 all the source code for all modules it contains, plus any associated
185 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
186 and installation of the library.
188   Activities other than copying, distribution and modification are not
189 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
190 running a program using the Library is not restricted, and output from
191 such a program is covered only if its contents constitute a work based
192 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
193 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
194 and what the program that uses the Library does.
196   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
197 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
198 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
199 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
200 all the notices that refer to this License and to the absence of any
201 warranty; and distribute a copy of this License along with the
202 Library.
204   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
205 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
206 fee.
208   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
209 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
210 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
211 above, provided that you also meet all of these conditions:
213     a) The modified work must itself be a software library.
215     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
216     stating that you changed the files and the date of any change.
218     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
219     charge to all third parties under the terms of this License.
221     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
222     table of data to be supplied by an application program that uses
223     the facility, other than as an argument passed when the facility
224     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
225     in the event an application does not supply such function or
226     table, the facility still operates, and performs whatever part of
227     its purpose remains meaningful.
229     (For example, a function in a library to compute square roots has
230     a purpose that is entirely well-defined independent of the
231     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
232     application-supplied function or table used by this function must
233     be optional: if the application does not supply it, the square
234     root function must still compute square roots.)
236 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
237 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
238 and can be reasonably considered independent and separate works in
239 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
240 sections when you distribute them as separate works.  But when you
241 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
242 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
243 this License, whose permissions for other licensees extend to the
244 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
247 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
248 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
249 exercise the right to control the distribution of derivative or
250 collective works based on the Library.
252 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
253 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
254 a storage or distribution medium does not bring the other work under
255 the scope of this License.
257   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
258 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
259 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
260 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
261 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
262 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
263 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
264 these notices.
266   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
267 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
268 subsequent copies and derivative works made from that copy.
270   This option is useful when you wish to copy part of the code of
271 the Library into a program that is not a library.
273   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
274 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
275 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
276 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
277 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
278 medium customarily used for software interchange.
280   If distribution of object code is made by offering access to copy
281 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
282 source code from the same place satisfies the requirement to
283 distribute the source code, even though third parties are not
284 compelled to copy the source along with the object code.
286   5. A program that contains no derivative of any portion of the
287 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
288 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
289 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
290 therefore falls outside the scope of this License.
292   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
293 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
294 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
295 library".  The executable is therefore covered by this License.
296 Section 6 states terms for distribution of such executables.
298   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
299 that is part of the Library, the object code for the work may be a
300 derivative work of the Library even though the source code is not.
301 Whether this is true is especially significant if the work can be
302 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
303 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
305   If such an object file uses only numerical parameters, data
306 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
307 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
308 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
309 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
310 Library will still fall under Section 6.)
312   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
313 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
314 Any executables containing that work also fall under Section 6,
315 whether or not they are linked directly with the Library itself.
317   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
318 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
319 work containing portions of the Library, and distribute that work
320 under terms of your choice, provided that the terms permit
321 modification of the work for the customer's own use and reverse
322 engineering for debugging such modifications.
324   You must give prominent notice with each copy of the work that the
325 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
326 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
327 during execution displays copyright notices, you must include the
328 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
329 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
330 of these things:
332     a) Accompany the work with the complete corresponding
333     machine-readable source code for the Library including whatever
334     changes were used in the work (which must be distributed under
335     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
336     with the Library, with the complete machine-readable "work that
337     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
338     user can modify the Library and then relink to produce a modified
339     executable containing the modified Library.  (It is understood
340     that the user who changes the contents of definitions files in the
341     Library will not necessarily be able to recompile the application
342     to use the modified definitions.)
344     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
345     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
346     copy of the library already present on the user's computer system,
347     rather than copying library functions into the executable, and (2)
348     will operate properly with a modified version of the library, if
349     the user installs one, as long as the modified version is
350     interface-compatible with the version that the work was made with.
352     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
353     least three years, to give the same user the materials
354     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
355     than the cost of performing this distribution.
357     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
358     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
359     specified materials from the same place.
361     e) Verify that the user has already received a copy of these
362     materials or that you have already sent this user a copy.
364   For an executable, the required form of the "work that uses the
365 Library" must include any data and utility programs needed for
366 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
367 the materials to be distributed need not include anything that is
368 normally distributed (in either source or binary form) with the major
369 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
370 which the executable runs, unless that component itself accompanies
371 the executable.
373   It may happen that this requirement contradicts the license
374 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
375 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
376 use both them and the Library together in an executable that you
377 distribute.
379   7. You may place library facilities that are a work based on the
380 Library side-by-side in a single library together with other library
381 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
382 library, provided that the separate distribution of the work based on
383 the Library and of the other library facilities is otherwise
384 permitted, and provided that you do these two things:
386     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
387     based on the Library, uncombined with any other library
388     facilities.  This must be distributed under the terms of the
389     Sections above.
391     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
392     that part of it is a work based on the Library, and explaining
393     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
395   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
396 the Library except as expressly provided under this License.  Any
397 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
398 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
399 rights under this License.  However, parties who have received copies,
400 or rights, from you under this License will not have their licenses
401 terminated so long as such parties remain in full compliance.
403   9. You are not required to accept this License, since you have not
404 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
405 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
406 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
407 modifying or distributing the Library (or any work based on the
408 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
409 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
410 the Library or works based on it.
412   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
413 Library), the recipient automatically receives a license from the
414 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
415 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
416 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
417 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
418 this License.
420   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
421 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
422 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
423 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
424 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
425 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
426 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
427 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
428 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
429 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
430 the only way you could satisfy both it and this License would be to
431 refrain entirely from distribution of the Library.
433 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
434 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
435 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
437 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
438 patents or other property right claims or to contest validity of any
439 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
440 integrity of the free software distribution system which is
441 implemented by public license practices.  Many people have made
442 generous contributions to the wide range of software distributed
443 through that system in reliance on consistent application of that
444 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
445 to distribute software through any other system and a licensee cannot
446 impose that choice.
448 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
449 be a consequence of the rest of this License.
451   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
452 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
453 original copyright holder who places the Library under this License may add
454 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
455 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
456 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
457 written in the body of this License.
459   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
460 versions of the Lesser General Public License from time to time.
461 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
462 but may differ in detail to address new problems or concerns.
464 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
465 specifies a version number of this License which applies to it and
466 "any later version", you have the option of following the terms and
467 conditions either of that version or of any later version published by
468 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
469 license version number, you may choose any version ever published by
470 the Free Software Foundation.
472   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
473 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
474 write to the author to ask for permission.  For software which is
475 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
476 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
477 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
478 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
479 and reuse of software generally.
481                             NO WARRANTY
483   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
484 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
485 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
486 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
487 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
488 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
489 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
490 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
491 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
493   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
494 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
495 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
496 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
497 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
498 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
499 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
500 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
501 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
502 DAMAGES.
504                      END OF TERMS AND CONDITIONS
506            How to Apply These Terms to Your New Libraries
508   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
509 possible use to the public, we recommend making it free software that
510 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
511 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
512 ordinary General Public License).
514   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
515 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
516 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
517 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
519     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
520     Copyright (C) <year>  <name of author>
522     This library is free software; you can redistribute it and/or
523     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
524     License as published by the Free Software Foundation; either
525     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
527     This library is distributed in the hope that it will be useful,
528     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
529     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
530     Lesser General Public License for more details.
532     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
533     License along with this library; if not, write to the Free Software
534     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
536 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
538 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
539 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
540 necessary.  Here is a sample; alter the names:
542   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
543   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
545   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
546   Ty Coon, President of Vice
548 That's all there is to it!
550 ============================================
552                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
553                        Version 2, June 1991
555  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
556  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
557  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
558  of this license document, but changing it is not allowed.
560                             Preamble
562   The licenses for most software are designed to take away your
563 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
564 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
565 software--to make sure the software is free for all its users.  This
566 General Public License applies to most of the Free Software
567 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
568 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
569 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
570 your programs, too.
572   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
573 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
574 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
575 this service if you wish), that you receive source code or can get it
576 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
577 in new free programs; and that you know you can do these things.
579   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
580 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
581 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
582 distribute copies of the software, or if you modify it.
584   For example, if you distribute copies of such a program, whether
585 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
586 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
587 source code.  And you must show them these terms so they know their
588 rights.
590   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
591 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
592 distribute and/or modify the software.
594   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
595 that everyone understands that there is no warranty for this free
596 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
597 want its recipients to know that what they have is not the original, so
598 that any problems introduced by others will not reflect on the original
599 authors' reputations.
601   Finally, any free program is threatened constantly by software
602 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
603 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
604 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
605 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
607   The precise terms and conditions for copying, distribution and
608 modification follow.
610                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
611    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
613   0. This License applies to any program or other work which contains
614 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
615 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
616 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
617 means either the Program or any derivative work under copyright law:
618 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
619 either verbatim or with modifications and/or translated into another
620 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
621 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
623 Activities other than copying, distribution and modification are not
624 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
625 running the Program is not restricted, and the output from the Program
626 is covered only if its contents constitute a work based on the
627 Program (independent of having been made by running the Program).
628 Whether that is true depends on what the Program does.
630   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
631 source code as you receive it, in any medium, provided that you
632 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
633 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
634 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
635 and give any other recipients of the Program a copy of this License
636 along with the Program.
638 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
639 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
641   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
642 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
643 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
644 above, provided that you also meet all of these conditions:
646     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
647     stating that you changed the files and the date of any change.
649     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
650     whole or in part contains or is derived from the Program or any
651     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
652     parties under the terms of this License.
654     c) If the modified program normally reads commands interactively
655     when run, you must cause it, when started running for such
656     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
657     announcement including an appropriate copyright notice and a
658     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
659     a warranty) and that users may redistribute the program under
660     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
661     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
662     does not normally print such an announcement, your work based on
663     the Program is not required to print an announcement.)
665 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
666 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
667 and can be reasonably considered independent and separate works in
668 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
669 sections when you distribute them as separate works.  But when you
670 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
671 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
672 this License, whose permissions for other licensees extend to the
673 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
675 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
676 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
677 exercise the right to control the distribution of derivative or
678 collective works based on the Program.
680 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
681 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
682 a storage or distribution medium does not bring the other work under
683 the scope of this License.
685   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
686 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
687 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
689     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
690     source code, which must be distributed under the terms of Sections
691     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
693     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
694     years, to give any third party, for a charge no more than your
695     cost of physically performing source distribution, a complete
696     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
697     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
698     customarily used for software interchange; or,
700     c) Accompany it with the information you received as to the offer
701     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
702     allowed only for noncommercial distribution and only if you
703     received the program in object code or executable form with such
704     an offer, in accord with Subsection b above.)
706 The source code for a work means the preferred form of the work for
707 making modifications to it.  For an executable work, complete source
708 code means all the source code for all modules it contains, plus any
709 associated interface definition files, plus the scripts used to
710 control compilation and installation of the executable.  However, as a
711 special exception, the source code distributed need not include
712 anything that is normally distributed (in either source or binary
713 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
714 operating system on which the executable runs, unless that component
715 itself accompanies the executable.
717 If distribution of executable or object code is made by offering
718 access to copy from a designated place, then offering equivalent
719 access to copy the source code from the same place counts as
720 distribution of the source code, even though third parties are not
721 compelled to copy the source along with the object code.
723   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
724 except as expressly provided under this License.  Any attempt
725 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
726 void, and will automatically terminate your rights under this License.
727 However, parties who have received copies, or rights, from you under
728 this License will not have their licenses terminated so long as such
729 parties remain in full compliance.
731   5. You are not required to accept this License, since you have not
732 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
733 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
734 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
735 modifying or distributing the Program (or any work based on the
736 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
737 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
738 the Program or works based on it.
740   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
741 Program), the recipient automatically receives a license from the
742 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
743 these terms and conditions.  You may not impose any further
744 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
745 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
746 this License.
748   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
749 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
750 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
751 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
752 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
753 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
754 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
755 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
756 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
757 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
758 the only way you could satisfy both it and this License would be to
759 refrain entirely from distribution of the Program.
761 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
762 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
763 apply and the section as a whole is intended to apply in other
764 circumstances.
766 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
767 patents or other property right claims or to contest validity of any
768 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
769 integrity of the free software distribution system, which is
770 implemented by public license practices.  Many people have made
771 generous contributions to the wide range of software distributed
772 through that system in reliance on consistent application of that
773 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
774 to distribute software through any other system and a licensee cannot
775 impose that choice.
777 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
778 be a consequence of the rest of this License.
780   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
781 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
782 original copyright holder who places the Program under this License
783 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
784 those countries, so that distribution is permitted only in or among
785 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
786 the limitation as if written in the body of this License.
788   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
789 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
790 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
791 address new problems or concerns.
793 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
794 specifies a version number of this License which applies to it and "any
795 later version", you have the option of following the terms and conditions
796 either of that version or of any later version published by the Free
797 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
798 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
799 Foundation.
801   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
802 programs whose distribution conditions are different, write to the author
803 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
804 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
805 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
806 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
807 of promoting the sharing and reuse of software generally.
809                             NO WARRANTY
811   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
812 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
813 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
814 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
815 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
816 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
817 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
818 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
819 REPAIR OR CORRECTION.
821   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
822 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
823 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
824 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
825 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
826 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
827 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
828 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
829 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
831                      END OF TERMS AND CONDITIONS
833             How to Apply These Terms to Your New Programs
835   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
836 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
837 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
839   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
840 to attach them to the start of each source file to most effectively
841 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
842 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
844     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
845     Copyright (C) <year>  <name of author>
847     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
848     it under the terms of the GNU General Public License as published by
849     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
850     (at your option) any later version.
852     This program is distributed in the hope that it will be useful,
853     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
854     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
855     GNU General Public License for more details.
857     You should have received a copy of the GNU General Public License along
858     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
859     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
861 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
863 If the program is interactive, make it output a short notice like this
864 when it starts in an interactive mode:
866     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
867     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
868     This is free software, and you are welcome to redistribute it
869     under certain conditions; type `show c' for details.
871 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
872 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
873 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
874 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
876 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
877 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
878 necessary.  Here is a sample; alter the names:
880   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
881   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
883   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
884   Ty Coon, President of Vice
886 This General Public License does not permit incorporating your program into
887 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
888 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
889 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
890 Public License instead of this License.
892 2. Trajectory file reading using VMD plugins
893 ============================================
895    Files: src/external/vmd_molfile/
896           src/gromacs/fileio/vmdio.c
898                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
899                             University of Illinois
900                              All Rights Reserved
902 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
903                         University of Illinois at Urbana-Champaign
904                         http://www.ks.uiuc.edu/
906 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
907 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
908 the Software without restriction, including without limitation the rights to
909 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
910 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
911 do so, subject to the following conditions:
913 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
914 this list of conditions and the following disclaimers.
916 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
917 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
918 and/or other materials provided with the distribution.
920 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
921 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
922 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
923 specific prior written permission.
925 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
926 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
927 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
928 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
929 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
930 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
931 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
933 3. Internal FFT (ffpack)
934 ========================
936    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
938 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
939 All rights reserved.
941 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
942 modification, are permitted provided that the following conditions are
943 met:
945     * Redistributions of source code must retain the above copyright
946        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
948     * Redistributions in binary form must reproduce the above
949        copyright notice, this list of conditions and the following
950        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
951        with the distribution.
953     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
954        contributors may be used to endorse or promote products derived
955        from this software without specific prior written permission.
957 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
958 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
959 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
960 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
961 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
962 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
963 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
964 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
965 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
966 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
967 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
969 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
970 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
972 4. thread_mpi
973 =============
975    Files: src/external/thread_mpi/
977 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
978 All rights reserved.
980 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
981 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
982 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
983    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
984 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
985    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
986    documentation and/or other materials provided with the distribution.
987 3) Neither the name of the <organization> nor the
988    names of its contributors may be used to endorse or promote products
989    derived from this software without specific prior written permission.
991 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
992 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
993 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
994 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
995 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
996 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
997 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
998 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
999 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
1000 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1002 If you want to redistribute modifications, please consider that
1003 scientific software is very special. Version control is crucial -
1004 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1005 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1006 be called official thread_mpi.
1008 5. Blas
1009 =======
1011 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1012 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1013 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1014 not the reference BLAS implementation.
1016 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1018 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1020 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1021 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1022 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1024 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1025 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1026 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1027 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1028 better idea to use the full reference implementation.
1030 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1032 6. Lapack
1033 =========
1035 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1036 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1037 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1038 not the reference LAPACK implementation.
1040 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1042 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1044 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1045 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1046 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1048 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1049 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1051 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1052 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1053 better idea to use the full reference implementation.
1055 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1057 7. Parts of Boost C++ library
1058 =============================
1060    Files: src/gromacs/utility/current_function.h
1061           src/gromacs/utility/path.cpp
1063 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1065 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1066 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1067 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1068 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1069 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1070 do so, all subject to the following:
1072 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1073 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1074 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1075 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1076 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1077 a source language processor.
1079 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1080 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1081 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1082 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1083 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1084 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1085 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1087 8. Google Test and Google Mock
1088 ===============================
1090    Files: src/external/gmock-1.7.0/*
1092 Copyright 2008, Google Inc.
1093 All rights reserved.
1095 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1096 modification, are permitted provided that the following conditions are
1097 met:
1099     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1100 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1101     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1102 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1103 in the documentation and/or other materials provided with the
1104 distribution.
1105     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1106 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1107 this software without specific prior written permission.
1109 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1110 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1111 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1112 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1113 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1114 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1115 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1116 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1117 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1118 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1119 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1122 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1123 =====================================================
1125     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1127 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1128 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1129 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1130 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1131 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1132 program developed by the user.
1134 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1135 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1136 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1138 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1139 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1140 modification or enhancement.
1142 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1143 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1144 OR ANY PART THEREOF.
1146 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1147 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1148 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1150 Sun Microsystems, Inc.
1151 2550 Garcia Avenue
1152 Mountain View, California  94043
1155 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1156 ===================================================
1158     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1160 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1162 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1163 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1164 software is freely granted, provided that this notice
1165 is preserved.
1168 11. ThreeFry Random Engine
1169 ============================================
1171 Based on proposed Boost implementations by
1172 a) John Salmon, Copyright 2010-2014 by D. E. Shaw Research
1173 b) Thijs van den Berg, Copyright (c) 2014 M.A. (Thijs) van den Berg
1175 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1177 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1178 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1179 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1180 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1181 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1182 do so, all subject to the following:
1184 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1185 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1186 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1187 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1188 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1189 a source language processor.
1191 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1192 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1193 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1194 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1195 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1196 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1197 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1199 12. Gamma distribution from libc++
1200 ============================================
1202 Copyright (c) The LLVM compiler infrastructure
1204 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1205 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1206 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1207 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
1208 copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
1209 furnished to do so, subject to the following conditions:
1211 The above copyright notice and this permission notice shall be included in
1212 all copies or substantial portions of the Software.
1214 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1215 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1216 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1217 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1218 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1219 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1220 THE SOFTWARE.
1223 13. md5
1224 ============================================
1226 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1228 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1229 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1230 arising from the use of this software.
1232 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1233 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1234 freely, subject to the following restrictions:
1236 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1237   claim that you wrote the original software. If you use this software
1238   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1239   appreciated but is not required.
1240 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1241   misrepresented as being the original software.
1242 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1244 L. Peter Deutsch
1245 ghost@aladdin.com
1247 14. lmfit
1248 ============================================
1249 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1252   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1253                           as operator of Argonne National Laboratory
1254   Copyright (c) 2004-2015 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1256   All rights reserved.
1258   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1259   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1261   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1262     this list of conditions and the following disclaimer.
1263   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1264     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1265     and/or other materials provided with the distribution.
1267   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1268   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1269   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1270   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1271   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1272   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1273   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1274   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1275   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1276   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1277   possibility of such damage.
1280 15. clFFT
1281 ============================================
1283    Files: src/external/clFFT/*
1285 The source for clFFT is licensed under the Apache License, Version 2.0
1288 AMD clFFT
1289     Copyright 2013 Advanced Micro Devices, Inc.
1291     This product includes software developed at
1292     Advanced Micro Devices, Inc. (http://www.amd.com).
1295 15. Guidelines Support Library
1296 ============================================
1298    Files: src/gromacs/compat/pointers.h
1300 The source for the Guidelines Support Library (GSL) is licensed under
1301 the MIT license.
1304 Copyright (c) 2015 Microsoft Corporation. All rights reserved.
1306 This code is licensed under the MIT License (MIT).
1308 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1309 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1310 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1311 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
1312 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do
1313 so, subject to the following conditions:
1315 The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
1316 copies or substantial portions of the Software.
1318 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1319 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1320 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1321 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1322 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1323 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1324 THE SOFTWARE.
1327 17. P0009 reference implementation (Sandia Corporation)
1328 =======================================================
1330    Files: src/gromacs/mdspan/*
1332                          Kokkos v. 2.0
1333               Copyright (2014) Sandia Corporation
1335 Under the terms of Contract DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation,
1336 the U.S. Government retains certain rights in this software.
1338 Kokkos is licensed under 3-clause BSD terms of use:
1340 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1341 modification, are permitted provided that the following conditions are
1342 met:
1344 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
1345 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1347 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
1348 notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
1349 documentation and/or other materials provided with the distribution.
1351 3. Neither the name of the Corporation nor the names of the
1352 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1353 this software without specific prior written permission.
1355 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY SANDIA CORPORATION "AS IS" AND ANY
1356 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
1357 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1358 PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL SANDIA CORPORATION OR THE
1359 CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
1360 EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
1361 PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR
1362 PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF
1363 LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING
1364 NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
1365 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1367 Questions? Contact Christian R. Trott (crtrott@sandia.gov)