man/man1/g_sgangle.1

   1 .TH g_sgangle 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_sgangle - computes the angle and distance between two groups
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sgangle\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-oa" " sg_angle.xvg "
  12 .BI "\-od" " sg_dist.xvg "
  13 .BI "\-od1" " sg_dist1.xvg "
  14 .BI "\-od2" " sg_dist2.xvg "
  15 .BI "\-[no]h" ""
  16 .BI "\-[no]version" ""
  17 .BI "\-nice" " int "
  18 .BI "\-b" " time "
  19 .BI "\-e" " time "
  20 .BI "\-dt" " time "
  21 .BI "\-[no]w" ""
  22 .BI "\-xvg" " enum "
  23 .BI "\-[no]one" ""
  24 .BI "\-[no]z" ""
  25 .SH DESCRIPTION
  26 \&Compute the angle and distance between two groups.
  27 \&The groups are defined by a number of atoms given in an index file and
  28 \&may be two or three atoms in size.
  29 \&If \fB \-one\fR is set, only one group should be specified in the index
  30 \&file and the angle between this group at time 0 and t will be computed.
  31 \&The angles calculated depend on the order in which the atoms are
  32 \&given. Giving, for instance, 5 6 will rotate the vector 5\-6 with
  33 \&180 degrees compared to giving 6 5.
  34
  35 If three atoms are given,
  36 \&the normal on the plane spanned by those three atoms will be
  37 \&calculated, using the formula  P1P2 x P1P3.
  38 \&The cos of the angle is calculated, using the inproduct of the two
  39 \&normalized vectors.
  40
  41
  42 \&Here is what some of the file options do:
  43
  44 \&\fB \-oa\fR: Angle between the two groups specified in the index file. If a group contains three atoms the normal to the plane defined by those three atoms will be used. If a group contains two atoms, the vector defined by those two atoms will be used.
  45
  46 \&\fB \-od\fR: Distance between two groups. Distance is taken from the center of one group to the center of the other group.
  47
  48 \&\fB \-od1\fR: If one plane and one vector is given, the distances for each of the atoms from the center of the plane is given separately.
  49
  50 \&\fB \-od2\fR: For two planes this option has no meaning.
  51 .SH FILES
  52 .BI "\-f" " traj.xtc"
  53 .B Input
  54  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  55
  56 .BI "\-n" " index.ndx"
  57 .B Input
  58  Index file
  59
  60 .BI "\-s" " topol.tpr"
  61 .B Input
  62  Run input file: tpr tpb tpa
  63
  64 .BI "\-oa" " sg_angle.xvg"
  65 .B Output
  66  xvgr/xmgr file
  67
  68 .BI "\-od" " sg_dist.xvg"
  69 .B Output, Opt.
  70  xvgr/xmgr file
  71
  72 .BI "\-od1" " sg_dist1.xvg"
  73 .B Output, Opt.
  74  xvgr/xmgr file
  75
  76 .BI "\-od2" " sg_dist2.xvg"
  77 .B Output, Opt.
  78  xvgr/xmgr file
  79
  80 .SH OTHER OPTIONS
  81 .BI "\-[no]h"  "no    "
  82  Print help info and quit
  83
  84 .BI "\-[no]version"  "no    "
  85  Print version info and quit
  86
  87 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  88  Set the nicelevel
  89
  90 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  91  First frame (ps) to read from trajectory
  92
  93 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  94  Last frame (ps) to read from trajectory
  95
  96 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  97  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  98
  99 .BI "\-[no]w"  "no    "
 100  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 101
 102 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 103  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 104
 105 .BI "\-[no]one"  "no    "
 106  Only one group compute angle between vector at time zero and time t
 107
 108 .BI "\-[no]z"  "no    "
 109  Use the \fI z\fR\-axis as reference
 110
 111 .SH SEE ALSO
 112 .BR gromacs(7)
 113
 114 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.